Protein–RNA interactions for Protein: Q99567

NUP88, Nuclear pore complex protein Nup88, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 741 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
NUP88Q99567 RTKN-203ENST00000305557 2646 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC20.04■□□□□ 0.8
NUP88Q99567 CHTOP-205ENST00000403433 1923 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.04■□□□□ 0.8
NUP88Q99567 PCDH7-206ENST00000543491 4457 ntAPPRIS ALT2 BASIC20.04■□□□□ 0.8
NUP88Q99567 CCNI2-201ENST00000378731 2355 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.03■□□□□ 0.8
NUP88Q99567 BCAR1-209ENST00000546196 1340 ntBASIC20.03■□□□□ 0.8
NUP88Q99567 DFFA-201ENST00000377036 1403 ntTSL 1 (best) BASIC20.03■□□□□ 0.8
NUP88Q99567 GTDC1-219ENST00000542155 2677 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.03■□□□□ 0.8
NUP88Q99567 C1orf159-204ENST00000379339 2429 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.03■□□□□ 0.8
NUP88Q99567 MIPEP-201ENST00000382172 2400 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.03■□□□□ 0.8
NUP88Q99567 KRTCAP2-201ENST00000295682 552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.03■□□□□ 0.8
NUP88Q99567 THAP3-202ENST00000307896 1046 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.03■□□□□ 0.8
NUP88Q99567 DNAJC4-203ENST00000355040 759 ntTSL 1 (best) BASIC20.03■□□□□ 0.8
NUP88Q99567 MFSD13A-202ENST00000369931 823 ntTSL 1 (best) BASIC20.03■□□□□ 0.8
NUP88Q99567 APCDD1L-AS1-201ENST00000420279 555 ntTSL 5 BASIC20.03■□□□□ 0.8
NUP88Q99567 MRPL20-203ENST00000482352 1049 ntTSL 2 BASIC20.03■□□□□ 0.8
NUP88Q99567 EHMT1-216ENST00000493484 1182 ntTSL 3 BASIC20.03■□□□□ 0.8
NUP88Q99567 BLOC1S1-201ENST00000547076 837 ntTSL 2 BASIC20.03■□□□□ 0.8
NUP88Q99567 AQP6-205ENST00000618286 829 ntTSL 5 BASIC20.03■□□□□ 0.8
NUP88Q99567 HIST1H2AK-201ENST00000618958 393 ntAPPRIS P1 BASIC20.03■□□□□ 0.8
NUP88Q99567 TNFRSF13B-201ENST00000261652 1357 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.03■□□□□ 0.8
NUP88Q99567 SSBP3-203ENST00000371319 1578 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC20.03■□□□□ 0.8
NUP88Q99567 PARVG-206ENST00000444313 3523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.03■□□□□ 0.8
NUP88Q99567 MBD4-202ENST00000393278 1684 ntTSL 1 (best) BASIC20.03■□□□□ 0.8
NUP88Q99567 PITPNM2-209ENST00000546049 1793 ntTSL 5 BASIC20.03■□□□□ 0.8
NUP88Q99567 KLHL22-201ENST00000328879 2616 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.03■□□□□ 0.8
NUP88Q99567 AC009779.2-201ENST00000552576 1443 ntTSL 4 BASIC20.02■□□□□ 0.8
NUP88Q99567 TUSC3-204ENST00000506802 1546 ntTSL 5 BASIC20.02■□□□□ 0.8
NUP88Q99567 PTDSS1-202ENST00000517309 5177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.02■□□□□ 0.8
NUP88Q99567 LINC01168-201ENST00000461291 5254 ntTSL 2 BASIC20.02■□□□□ 0.8
NUP88Q99567 CBFB-202ENST00000412916 2971 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.02■□□□□ 0.8
NUP88Q99567 CCT7-215ENST00000539919 2031 ntTSL 2 BASIC20.02■□□□□ 0.8
NUP88Q99567 FFAR2-202ENST00000599180 2133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.02■□□□□ 0.8
NUP88Q99567 PPRC1-201ENST00000278070 5330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.02■□□□□ 0.8
NUP88Q99567 FGD5-201ENST00000285046 5720 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.02■□□□□ 0.8
NUP88Q99567 PDLIM7-201ENST00000355572 977 ntTSL 1 (best) BASIC20.02■□□□□ 0.8
NUP88Q99567 ADARB2-201ENST00000381305 703 ntTSL 2 BASIC20.02■□□□□ 0.8
NUP88Q99567 YDJC-202ENST00000398873 1066 ntTSL 1 (best) BASIC20.02■□□□□ 0.8
NUP88Q99567 CCNL2-202ENST00000408918 1186 ntTSL 1 (best) BASIC20.02■□□□□ 0.8
NUP88Q99567 NABP1-203ENST00000409510 843 ntTSL 5 BASIC20.02■□□□□ 0.8
NUP88Q99567 AC105202.1-202ENST00000522060 834 ntTSL 3 BASIC20.02■□□□□ 0.8
NUP88Q99567 MVB12A-211ENST00000529939 1091 ntTSL 3 BASIC20.02■□□□□ 0.8
NUP88Q99567 KRT19P2-202ENST00000557173 1012 ntBASIC20.02■□□□□ 0.8
NUP88Q99567 AC096734.2-201ENST00000562054 433 ntBASIC20.02■□□□□ 0.8
NUP88Q99567 SPATA33-208ENST00000568929 1264 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.02■□□□□ 0.8
NUP88Q99567 TNFRSF13B-203ENST00000579315 600 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC20.02■□□□□ 0.8
NUP88Q99567 AC010624.2-201ENST00000600998 575 ntTSL 5 BASIC20.02■□□□□ 0.8
NUP88Q99567 FMO5-208ENST00000578284 1784 ntTSL 5 BASIC20.02■□□□□ 0.8
NUP88Q99567 FAM153A-203ENST00000440605 1966 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.02■□□□□ 0.8
NUP88Q99567 SNTB1-201ENST00000395601 5164 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.02■□□□□ 0.8
NUP88Q99567 CXADR-201ENST00000284878 6254 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.02■□□□□ 0.8
NUP88Q99567 KCNQ5-212ENST00000628967 3527 ntTSL 2 BASIC20.02■□□□□ 0.79
NUP88Q99567 SATB2-203ENST00000428695 2135 ntTSL 1 (best) BASIC20.02■□□□□ 0.79
NUP88Q99567 SHOX-204ENST00000554971 1902 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.02■□□□□ 0.79
NUP88Q99567 AC025580.3-201ENST00000617932 1424 ntBASIC20.02■□□□□ 0.79
NUP88Q99567 INPP4A-205ENST00000409851 3365 ntTSL 1 (best) BASIC20.01■□□□□ 0.79
NUP88Q99567 XRCC3-201ENST00000352127 2563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.01■□□□□ 0.79
NUP88Q99567 LGMN-201ENST00000334869 2055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.01■□□□□ 0.79
NUP88Q99567 CLDN9-201ENST00000445369 2050 ntAPPRIS P1 BASIC20.01■□□□□ 0.79
NUP88Q99567 KCNA2-201ENST00000316361 2827 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.01■□□□□ 0.79
NUP88Q99567 ST8SIA5-201ENST00000315087 2716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.01■□□□□ 0.79
NUP88Q99567 SBF2-AS1-201ENST00000498905 2709 ntTSL 5 BASIC20.01■□□□□ 0.79
NUP88Q99567 PARVG-205ENST00000422871 3462 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.01■□□□□ 0.79
NUP88Q99567 SLC30A2-202ENST00000374278 3097 ntTSL 1 (best) BASIC20.01■□□□□ 0.79
NUP88Q99567 MOSPD3-201ENST00000223054 1053 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.01■□□□□ 0.79
NUP88Q99567 ZNF593-201ENST00000270812 698 ntTSL 2 BASIC20.01■□□□□ 0.79
NUP88Q99567 C19orf70-201ENST00000309324 896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.01■□□□□ 0.79
NUP88Q99567 GPRC5C-201ENST00000342648 1273 ntTSL 5 BASIC20.01■□□□□ 0.79
NUP88Q99567 MRPL55-208ENST00000366734 990 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.01■□□□□ 0.79
NUP88Q99567 MRPL55-217ENST00000366746 565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.01■□□□□ 0.79
NUP88Q99567 AL122058.1-202ENST00000426580 252 ntTSL 3 BASIC20.01■□□□□ 0.79
NUP88Q99567 AL359317.2-203ENST00000557409 538 ntTSL 4 BASIC20.01■□□□□ 0.79
NUP88Q99567 MIR4469-201ENST00000583919 79 ntBASIC20.01■□□□□ 0.79
NUP88Q99567 AC002091.2-201ENST00000585297 402 ntTSL 2 BASIC20.01■□□□□ 0.79
NUP88Q99567 SEC11C-205ENST00000588875 718 ntTSL 2 BASIC20.01■□□□□ 0.79
NUP88Q99567 DTX2-202ENST00000413936 2472 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.01■□□□□ 0.79
NUP88Q99567 PRR29-AS1-202ENST00000580942 2926 ntTSL 2 BASIC20.01■□□□□ 0.79
NUP88Q99567 RNF34-201ENST00000361234 2066 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.01■□□□□ 0.79
NUP88Q99567 COL27A1-201ENST00000356083 7790 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.01■□□□□ 0.79
NUP88Q99567 NR2F1-201ENST00000327111 3732 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.01■□□□□ 0.79
NUP88Q99567 PPP1R9B-202ENST00000612501 4167 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.01■□□□□ 0.79
NUP88Q99567 CNST-202ENST00000366512 2422 ntTSL 1 (best) BASIC20.01■□□□□ 0.79
NUP88Q99567 NOL4-211ENST00000589544 2221 ntTSL 1 (best) BASIC20■□□□□ 0.79
NUP88Q99567 MAP3K6-201ENST00000357582 4136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20■□□□□ 0.79
NUP88Q99567 LINC01097-201ENST00000627163 2122 ntTSL 2 BASIC20■□□□□ 0.79
NUP88Q99567 NEU1-206ENST00000375631 2045 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20■□□□□ 0.79
NUP88Q99567 CCM2-207ENST00000475551 2471 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20■□□□□ 0.79
NUP88Q99567 ALKBH3-201ENST00000302708 1474 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20■□□□□ 0.79
NUP88Q99567 CLN3-203ENST00000357806 1469 ntTSL 1 (best) BASIC20■□□□□ 0.79
NUP88Q99567 LRP4-201ENST00000378623 8076 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20■□□□□ 0.79
NUP88Q99567 VAV2-203ENST00000406606 4691 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20■□□□□ 0.79
NUP88Q99567 TMEM177-201ENST00000272521 1394 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20■□□□□ 0.79
NUP88Q99567 TUBA4B-203ENST00000490341 1380 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20■□□□□ 0.79
NUP88Q99567 ZNF48-205ENST00000613509 3339 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20■□□□□ 0.79
NUP88Q99567 TUFM-201ENST00000313511 2071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20■□□□□ 0.79
NUP88Q99567 APOLD1-202ENST00000356591 4646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20■□□□□ 0.79
NUP88Q99567 PNRC2-202ENST00000374468 814 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20■□□□□ 0.79
NUP88Q99567 LINC01786-201ENST00000434139 268 ntTSL 5 BASIC20■□□□□ 0.79
NUP88Q99567 RHOQP3-201ENST00000437982 621 ntBASIC20■□□□□ 0.79
NUP88Q99567 DNAJB3-202ENST00000449667 1266 ntBASIC20■□□□□ 0.79
NUP88Q99567 SLC25A6P2-201ENST00000497974 877 ntBASIC20■□□□□ 0.79
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 43.5 ms