Protein–RNA interactions for Protein: Q70EK8

USP53, Inactive ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 53, humanhuman

Predictions only

Length 1,073 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP53Q70EK8 MXRA8-202ENST00000342753 2231 ntTSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.25
USP53Q70EK8 JMJD4-207ENST00000620518 2432 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.25
USP53Q70EK8 NFS1-202ENST00000374085 2645 ntTSL 2 BASIC16.58■□□□□ 0.25
USP53Q70EK8 SPSB4-201ENST00000310546 2908 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.24
USP53Q70EK8 ARHGEF18-201ENST00000319670 5212 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.24
USP53Q70EK8 TMEM263-204ENST00000548125 3349 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.58■□□□□ 0.24
USP53Q70EK8 PARD3-205ENST00000374773 3420 ntTSL 5 BASIC16.58■□□□□ 0.24
USP53Q70EK8 C22orf39-201ENST00000333059 1221 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.24
USP53Q70EK8 PDLIM7-201ENST00000355572 977 ntTSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.24
USP53Q70EK8 BLOC1S2-202ENST00000370372 1249 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.24
USP53Q70EK8 PNMT-202ENST00000394246 821 ntTSL 2 BASIC16.58■□□□□ 0.24
USP53Q70EK8 FAM8A3P-201ENST00000427218 844 ntBASIC16.58■□□□□ 0.24
USP53Q70EK8 CNN2P11-201ENST00000429351 262 ntBASIC16.58■□□□□ 0.24
USP53Q70EK8 MKNK2P1-201ENST00000437526 628 ntBASIC16.58■□□□□ 0.24
USP53Q70EK8 AKIRIN1-203ENST00000446189 1243 ntTSL 2 BASIC16.58■□□□□ 0.24
USP53Q70EK8 SWI5-205ENST00000495313 466 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC16.58■□□□□ 0.24
USP53Q70EK8 AC023355.1-201ENST00000560323 752 ntTSL 3 BASIC16.58■□□□□ 0.24
USP53Q70EK8 AL031432.2-201ENST00000566714 459 ntBASIC16.58■□□□□ 0.24
USP53Q70EK8 AL928711.1-201ENST00000570165 459 ntBASIC16.58■□□□□ 0.24
USP53Q70EK8 AP002472.1-201ENST00000577490 586 ntBASIC16.58■□□□□ 0.24
USP53Q70EK8 MRPL34-205ENST00000600434 793 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC16.58■□□□□ 0.24
USP53Q70EK8 TMEM177-201ENST00000272521 1394 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.24
USP53Q70EK8 SPSB1-202ENST00000357898 1439 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.58■□□□□ 0.24
USP53Q70EK8 AL138688.1-201ENST00000624851 1594 ntBASIC16.58■□□□□ 0.24
USP53Q70EK8 CPEB2-AS1-201ENST00000500394 1630 ntTSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.24
USP53Q70EK8 AC020916.1-201ENST00000587762 1774 ntBASIC16.58■□□□□ 0.24
USP53Q70EK8 RABEP1-202ENST00000537505 5365 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.24
USP53Q70EK8 SCARB1-208ENST00000544327 1812 ntTSL 5 BASIC16.58■□□□□ 0.24
USP53Q70EK8 CRTAC1-201ENST00000309155 1946 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.24
USP53Q70EK8 LINC01097-201ENST00000627163 2122 ntTSL 2 BASIC16.58■□□□□ 0.24
USP53Q70EK8 ZNF517-201ENST00000359971 2335 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC16.58■□□□□ 0.24
USP53Q70EK8 MZF1-206ENST00000599369 2587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.24
USP53Q70EK8 PCDHA8-201ENST00000378123 2616 ntAPPRIS ALT2 BASIC16.58■□□□□ 0.24
USP53Q70EK8 ARFGAP2-229ENST00000627920 2613 ntTSL 2 BASIC16.58■□□□□ 0.24
USP53Q70EK8 EIF4ENIF1-202ENST00000344710 3115 ntTSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.24
USP53Q70EK8 SLC9A6-208ENST00000636206 4711 ntTSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.24
USP53Q70EK8 CACNA2D2-201ENST00000266039 5476 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.24
USP53Q70EK8 GTF2IP4-202ENST00000544802 3609 ntTSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
USP53Q70EK8 EIF3C-211ENST00000566866 2986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
USP53Q70EK8 PRAMEF20-201ENST00000316412 1597 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.57■□□□□ 0.24
USP53Q70EK8 GULP1-209ENST00000410051 1595 ntTSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
USP53Q70EK8 SRSF1-201ENST00000258962 1513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
USP53Q70EK8 PNRC1-202ENST00000354922 1345 ntTSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
USP53Q70EK8 FOXS1-201ENST00000375978 1319 ntAPPRIS P1 BASIC16.57■□□□□ 0.24
USP53Q70EK8 JMJD6-205ENST00000585429 1330 ntTSL 5 BASIC16.57■□□□□ 0.24
USP53Q70EK8 HMGN4-201ENST00000377575 1225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
USP53Q70EK8 AMACR-204ENST00000382085 1195 ntTSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
USP53Q70EK8 SYS1-203ENST00000414310 795 ntTSL 3 BASIC16.57■□□□□ 0.24
USP53Q70EK8 C1orf226-202ENST00000426197 1049 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.57■□□□□ 0.24
USP53Q70EK8 AC006042.2-201ENST00000428660 568 ntTSL 4 BASIC16.57■□□□□ 0.24
USP53Q70EK8 FAM58CP-201ENST00000435741 640 ntBASIC16.57■□□□□ 0.24
USP53Q70EK8 OST4-202ENST00000447619 458 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.57■□□□□ 0.24
USP53Q70EK8 SLC26A4-AS1-202ENST00000449741 586 ntTSL 4 BASIC16.57■□□□□ 0.24
USP53Q70EK8 AL391069.3-201ENST00000455503 618 ntTSL 2 BASIC16.57■□□□□ 0.24
USP53Q70EK8 AP000892.1-201ENST00000504906 488 ntTSL 3 BASIC16.57■□□□□ 0.24
USP53Q70EK8 FAM118B-206ENST00000529731 1028 ntTSL 5 BASIC16.57■□□□□ 0.24
USP53Q70EK8 LINC00668-203ENST00000579012 605 ntTSL 3 BASIC16.57■□□□□ 0.24
USP53Q70EK8 AC011467.4-201ENST00000594891 528 ntBASIC16.57■□□□□ 0.24
USP53Q70EK8 ORC5-208ENST00000626700 344 ntTSL 3 BASIC16.57■□□□□ 0.24
USP53Q70EK8 EDA-203ENST00000374552 5278 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
USP53Q70EK8 CLMP-201ENST00000448775 5072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
USP53Q70EK8 ZNF133-212ENST00000622607 2660 ntAPPRIS ALT2 TSL 4 BASIC16.57■□□□□ 0.24
USP53Q70EK8 CCDC137-201ENST00000329214 2468 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
USP53Q70EK8 TMEM198-201ENST00000344458 2393 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
USP53Q70EK8 TJP1-212ENST00000614355 6977 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.57■□□□□ 0.24
USP53Q70EK8 NEIL2-203ENST00000436750 2226 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
USP53Q70EK8 AHRR-209ENST00000512529 1912 ntTSL 5 BASIC16.57■□□□□ 0.24
USP53Q70EK8 GBA2-201ENST00000378088 1672 ntTSL 2 BASIC16.56■□□□□ 0.24
USP53Q70EK8 SUPT20H-202ENST00000356185 2681 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
USP53Q70EK8 TTLL8-201ENST00000266182 2505 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.56■□□□□ 0.24
USP53Q70EK8 PHRF1-202ENST00000413872 5224 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
USP53Q70EK8 AC010619.2-201ENST00000595815 1421 ntTSL 2 BASIC16.56■□□□□ 0.24
USP53Q70EK8 ZNF74-202ENST00000400451 3159 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
USP53Q70EK8 SERHL2-203ENST00000340239 1315 ntTSL 5 BASIC16.56■□□□□ 0.24
USP53Q70EK8 REM2-202ENST00000536884 1331 ntTSL 2 BASIC16.56■□□□□ 0.24
USP53Q70EK8 NDUFA3-201ENST00000303553 379 ntTSL 2 BASIC16.56■□□□□ 0.24
USP53Q70EK8 FAM19A5-204ENST00000406880 833 ntTSL 3 BASIC16.56■□□□□ 0.24
USP53Q70EK8 CD99L2-206ENST00000466436 988 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
USP53Q70EK8 AC010618.3-201ENST00000596643 775 ntTSL 3 BASIC16.56■□□□□ 0.24
USP53Q70EK8 SLC9A3-AS1-204ENST00000606288 791 ntTSL 2 BASIC16.56■□□□□ 0.24
USP53Q70EK8 MAGIX-204ENST00000614074 778 ntTSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
USP53Q70EK8 PLCB2-201ENST00000260402 4616 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.56■□□□□ 0.24
USP53Q70EK8 LRRFIP2-209ENST00000440230 1989 ntTSL 5 BASIC16.56■□□□□ 0.24
USP53Q70EK8 ZBTB4-202ENST00000380599 5866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
USP53Q70EK8 CCDC91-220ENST00000545336 2738 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.56■□□□□ 0.24
USP53Q70EK8 SLC6A17-201ENST00000331565 6427 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.56■□□□□ 0.24
USP53Q70EK8 ELOA3-201ENST00000330682 1877 ntAPPRIS P1 BASIC16.56■□□□□ 0.24
USP53Q70EK8 WBP2-219ENST00000626827 1867 ntTSL 5 BASIC16.56■□□□□ 0.24
USP53Q70EK8 LYPLA2-205ENST00000374514 1810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
USP53Q70EK8 PHKA1-201ENST00000339490 6121 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
USP53Q70EK8 MYBPH-202ENST00000621380 1772 ntTSL 5 BASIC16.56■□□□□ 0.24
USP53Q70EK8 ZNF140-207ENST00000440550 1663 ntTSL 2 BASIC16.56■□□□□ 0.24
USP53Q70EK8 ANKRD6-202ENST00000369408 5258 ntTSL 1 (best) BASIC16.55■□□□□ 0.24
USP53Q70EK8 PTTG1IP-201ENST00000330938 2760 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.55■□□□□ 0.24
USP53Q70EK8 RBFOX1-207ENST00000547338 1513 ntTSL 2 BASIC16.55■□□□□ 0.24
USP53Q70EK8 LRP4-201ENST00000378623 8076 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.55■□□□□ 0.24
USP53Q70EK8 GPSM3-206ENST00000375040 1476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.55■□□□□ 0.24
USP53Q70EK8 COQ10A-202ENST00000433805 1410 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.55■□□□□ 0.24
USP53Q70EK8 MAPKAP1-205ENST00000373503 3045 ntTSL 1 (best) BASIC16.55■□□□□ 0.24
USP53Q70EK8 DEPTOR-203ENST00000523492 1397 ntTSL 2 BASIC16.55■□□□□ 0.24
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 45.1 ms