Protein–RNA interactions for Protein: Q13428

TCOF1, Treacle protein, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 1,488 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TCOF1Q13428 GADD45B-201ENST00000215631 1373 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.5■■□□□ 1.67
TCOF1Q13428 FOXO1B-201ENST00000504678 1527 ntBASIC25.5■■□□□ 1.67
TCOF1Q13428 PPA2-201ENST00000341695 1684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.5■■□□□ 1.67
TCOF1Q13428 IRF5-215ENST00000619830 1652 ntTSL 2 BASIC25.5■■□□□ 1.67
TCOF1Q13428 GFI1-201ENST00000294702 2784 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.49■■□□□ 1.67
TCOF1Q13428 EFS-201ENST00000216733 3118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
TCOF1Q13428 MRGPRD-201ENST00000309106 966 ntAPPRIS P1 BASIC25.49■■□□□ 1.67
TCOF1Q13428 CLDN15-202ENST00000401528 2131 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.49■■□□□ 1.67
TCOF1Q13428 CDK2AP2P3-201ENST00000422476 372 ntBASIC25.49■■□□□ 1.67
TCOF1Q13428 AC142381.1-201ENST00000426099 345 ntBASIC25.49■■□□□ 1.67
TCOF1Q13428 SMIM15-AS1-201ENST00000506902 796 ntTSL 3 BASIC25.49■■□□□ 1.67
TCOF1Q13428 AC106795.3-201ENST00000511650 547 ntTSL 4 BASIC25.49■■□□□ 1.67
TCOF1Q13428 AL138781.1-202ENST00000563018 775 ntTSL 3 BASIC25.49■■□□□ 1.67
TCOF1Q13428 AC133550.1-201ENST00000563565 295 ntTSL 3 BASIC25.49■■□□□ 1.67
TCOF1Q13428 GABARAP-205ENST00000573928 476 ntTSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
TCOF1Q13428 IGSF9-206ENST00000611023 2663 ntTSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
TCOF1Q13428 ZSCAN25-201ENST00000262941 1652 ntTSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
TCOF1Q13428 PCCA-203ENST00000376286 2481 ntTSL 2 BASIC25.49■■□□□ 1.67
TCOF1Q13428 DPAGT1-203ENST00000409993 3274 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.49■■□□□ 1.67
TCOF1Q13428 KCNA3-201ENST00000369769 2569 ntAPPRIS P1 BASIC25.49■■□□□ 1.67
TCOF1Q13428 COQ6-201ENST00000334571 2118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
TCOF1Q13428 CMPK2-201ENST00000256722 2884 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.48■■□□□ 1.67
TCOF1Q13428 PLPPR2-208ENST00000591608 2552 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.48■■□□□ 1.67
TCOF1Q13428 SPEM1-201ENST00000323675 982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.48■■□□□ 1.67
TCOF1Q13428 TEX30-202ENST00000376021 1038 ntTSL 2 BASIC25.48■■□□□ 1.67
TCOF1Q13428 TTC28-AS1-213ENST00000434221 972 ntTSL 3 BASIC25.48■■□□□ 1.67
TCOF1Q13428 NAGK-205ENST00000443938 1221 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC25.48■■□□□ 1.67
TCOF1Q13428 MAGI2-AS3-208ENST00000446159 670 ntTSL 3 BASIC25.48■■□□□ 1.67
TCOF1Q13428 SLC50A1-209ENST00000484157 886 ntTSL 3 BASIC25.48■■□□□ 1.67
TCOF1Q13428 AKR1E2-212ENST00000532248 844 ntTSL 1 (best) BASIC25.48■■□□□ 1.67
TCOF1Q13428 AC015712.4-202ENST00000558641 1007 ntTSL 4 BASIC25.48■■□□□ 1.67
TCOF1Q13428 AP000842.3-202ENST00000569238 1080 ntBASIC25.48■■□□□ 1.67
TCOF1Q13428 RAB34-224ENST00000636513 888 ntTSL 5 BASIC25.48■■□□□ 1.67
TCOF1Q13428 CD72-204ENST00000396757 2035 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC25.48■■□□□ 1.67
TCOF1Q13428 SLC9A3P2-201ENST00000447821 2021 ntBASIC25.48■■□□□ 1.67
TCOF1Q13428 PLXNB2-214ENST00000614805 1387 ntTSL 5 BASIC25.48■■□□□ 1.67
TCOF1Q13428 SMOX-205ENST00000379460 2230 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.48■■□□□ 1.67
TCOF1Q13428 TLE2-217ENST00000590536 2344 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.48■■□□□ 1.67
TCOF1Q13428 SNX17-210ENST00000537606 2400 ntTSL 2 BASIC25.48■■□□□ 1.67
TCOF1Q13428 ATP6V0E2-203ENST00000456496 2722 ntTSL 1 (best) BASIC25.48■■□□□ 1.67
TCOF1Q13428 ATP6V0E2-213ENST00000615196 2727 ntTSL 1 (best) BASIC25.48■■□□□ 1.67
TCOF1Q13428 EYA2-201ENST00000317304 1540 ntTSL 1 (best) BASIC25.48■■□□□ 1.67
TCOF1Q13428 PPM1G-201ENST00000344034 2311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
TCOF1Q13428 STOML1-203ENST00000359750 984 ntTSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
TCOF1Q13428 LRRC37A5P-201ENST00000374304 1103 ntTSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
TCOF1Q13428 SERF1A-207ENST00000512649 846 ntTSL 2 BASIC25.47■■□□□ 1.67
TCOF1Q13428 DUX4L27-201ENST00000554796 1261 ntBASIC25.47■■□□□ 1.67
TCOF1Q13428 KF456478.1-201ENST00000585980 472 ntTSL 3 BASIC25.47■■□□□ 1.67
TCOF1Q13428 SBK3-202ENST00000612221 1270 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.47■■□□□ 1.67
TCOF1Q13428 AC008267.7-201ENST00000624570 1194 ntBASIC25.47■■□□□ 1.67
TCOF1Q13428 HIST1H3D-202ENST00000635200 948 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.47■■□□□ 1.67
TCOF1Q13428 RAB40C-203ENST00000535977 2717 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.47■■□□□ 1.67
TCOF1Q13428 LTBR-207ENST00000539925 1665 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.47■■□□□ 1.67
TCOF1Q13428 NOL4-211ENST00000589544 2221 ntTSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
TCOF1Q13428 RANBP3-201ENST00000034275 1762 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
TCOF1Q13428 LSP1-203ENST00000405957 1785 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.47■■□□□ 1.67
TCOF1Q13428 ADAMTSL1-202ENST00000327883 1864 ntTSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
TCOF1Q13428 NPM2-203ENST00000397940 1874 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC25.47■■□□□ 1.67
TCOF1Q13428 GFY-201ENST00000576655 1876 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.47■■□□□ 1.67
TCOF1Q13428 ANXA4-202ENST00000409920 1414 ntTSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
TCOF1Q13428 GDA-201ENST00000238018 2074 ntTSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
TCOF1Q13428 EPS8L2-205ENST00000526198 2289 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
TCOF1Q13428 KCNC2-203ENST00000393288 2485 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
TCOF1Q13428 LINC00266-1-201ENST00000279067 928 ntTSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
TCOF1Q13428 LSM1-201ENST00000311351 1147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
TCOF1Q13428 GATD1-206ENST00000526325 756 ntTSL 5 BASIC25.47■■□□□ 1.67
TCOF1Q13428 GCHFR-204ENST00000559445 626 ntTSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
TCOF1Q13428 HFE2-206ENST00000634927 506 ntTSL 4 BASIC25.47■■□□□ 1.67
TCOF1Q13428 PKD1P6-201ENST00000343738 4769 ntBASIC25.47■■□□□ 1.67
TCOF1Q13428 MARVELD3-204ENST00000565261 1351 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
TCOF1Q13428 HOXA5-201ENST00000222726 1657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.46■■□□□ 1.67
TCOF1Q13428 ISG20-201ENST00000306072 1856 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.46■■□□□ 1.67
TCOF1Q13428 DAGLB-202ENST00000425398 2044 ntTSL 2 BASIC25.46■■□□□ 1.67
TCOF1Q13428 UBE2Q2-208ENST00000569423 2969 ntTSL 2 BASIC25.46■■□□□ 1.67
TCOF1Q13428 DEF8-225ENST00000569453 1852 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC25.46■■□□□ 1.67
TCOF1Q13428 AFF2-204ENST00000370458 1488 ntTSL 1 (best) BASIC25.46■■□□□ 1.67
TCOF1Q13428 BCL2L12-203ENST00000441864 1371 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.46■■□□□ 1.67
TCOF1Q13428 WWOX-201ENST00000355860 710 ntTSL 1 (best) BASIC25.46■■□□□ 1.67
TCOF1Q13428 CXCL12-206ENST00000395795 404 ntTSL 5 BASIC25.46■■□□□ 1.67
TCOF1Q13428 OARD1-208ENST00000469104 704 ntTSL 2 BASIC25.46■■□□□ 1.67
TCOF1Q13428 STMN4-207ENST00000523048 1224 ntTSL 2 BASIC25.46■■□□□ 1.67
TCOF1Q13428 EEF1AKMT3-204ENST00000551420 836 ntTSL 2 BASIC25.46■■□□□ 1.67
TCOF1Q13428 RPL13-214ENST00000567815 712 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.46■■□□□ 1.67
TCOF1Q13428 C1QTNF1-212ENST00000583904 1129 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC25.46■■□□□ 1.67
TCOF1Q13428 AC073389.1-201ENST00000595595 795 ntBASIC25.46■■□□□ 1.67
TCOF1Q13428 AC254562.3-201ENST00000626627 631 ntTSL 5 BASIC25.46■■□□□ 1.67
TCOF1Q13428 OARD1-216ENST00000628419 1188 ntTSL 5 BASIC25.46■■□□□ 1.67
TCOF1Q13428 WLS-205ENST00000370976 2332 ntTSL 1 (best) BASIC25.46■■□□□ 1.67
TCOF1Q13428 FGFR2-224ENST00000613048 4369 ntTSL 5 BASIC25.45■■□□□ 1.67
TCOF1Q13428 AC009041.2-204ENST00000568394 3343 ntTSL 1 (best) BASIC25.45■■□□□ 1.67
TCOF1Q13428 AGXT-201ENST00000307503 1865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.45■■□□□ 1.66
TCOF1Q13428 NARF-206ENST00000457415 1668 ntTSL 5 BASIC25.45■■□□□ 1.66
TCOF1Q13428 CCNA1-203ENST00000625767 1699 ntTSL 1 (best) BASIC25.45■■□□□ 1.66
TCOF1Q13428 ZNF773-201ENST00000282292 2206 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.45■■□□□ 1.66
TCOF1Q13428 CCDC90B-202ENST00000455220 1550 ntTSL 1 (best) BASIC25.45■■□□□ 1.66
TCOF1Q13428 ALDH3A1-212ENST00000494157 1572 ntTSL 3 BASIC25.45■■□□□ 1.66
TCOF1Q13428 FOXP4-205ENST00000409208 3341 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.45■■□□□ 1.66
TCOF1Q13428 AP2A2-222ENST00000534328 1491 ntTSL 5 BASIC25.45■■□□□ 1.66
TCOF1Q13428 WLS-202ENST00000354777 2037 ntTSL 1 (best) BASIC25.45■■□□□ 1.66
TCOF1Q13428 GSDMD-206ENST00000526406 2496 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC25.45■■□□□ 1.66
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