Protein–RNA interactions for Protein: P39880

CUX1, Homeobox protein cut-like 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,505 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CUX1P39880 SPATA20-226ENST00000619622 2769 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC28.27■■■□□ 2.12
CUX1P39880 FAM198A-202ENST00000430121 3121 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC28.27■■■□□ 2.12
CUX1P39880 HLA-B-249ENST00000412585 1547 ntAPPRIS P1 BASIC28.27■■■□□ 2.12
CUX1P39880 SLC44A3-201ENST00000271227 2388 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.27■■■□□ 2.12
CUX1P39880 CTRC-202ENST00000375949 898 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.27■■■□□ 2.12
CUX1P39880 STARD13-205ENST00000439831 945 ntTSL 2 BASIC28.27■■■□□ 2.12
CUX1P39880 SPDYE18-201ENST00000510091 1050 ntBASIC28.27■■■□□ 2.12
CUX1P39880 SPSB2-204ENST00000523102 1205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.27■■■□□ 2.12
CUX1P39880 SPSB2-205ENST00000524270 1236 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.27■■■□□ 2.12
CUX1P39880 ASXL1-206ENST00000542461 1068 ntTSL 5 BASIC28.27■■■□□ 2.12
CUX1P39880 AC016727.1-204ENST00000578974 420 ntTSL 3 BASIC28.27■■■□□ 2.12
CUX1P39880 AC239798.4-201ENST00000609879 700 ntTSL 2 BASIC28.27■■■□□ 2.12
CUX1P39880 RBBP7-203ENST00000380087 2333 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.27■■■□□ 2.12
CUX1P39880 ARMC10-209ENST00000454559 2347 ntTSL 1 (best) BASIC28.27■■■□□ 2.12
CUX1P39880 TCF25-225ENST00000614813 2047 ntTSL 5 BASIC28.26■■■□□ 2.11
CUX1P39880 CBS-203ENST00000398158 2453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.26■■■□□ 2.11
CUX1P39880 CBSL-206ENST00000624406 2453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.26■■■□□ 2.11
CUX1P39880 POC1A-203ENST00000474012 1760 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.26■■■□□ 2.11
CUX1P39880 BORCS8-MEF2B-203ENST00000514819 1406 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.26■■■□□ 2.11
CUX1P39880 SLC25A48-201ENST00000274513 1880 ntTSL 2 BASIC28.26■■■□□ 2.11
CUX1P39880 PNCK-202ENST00000370142 1525 ntTSL 5 BASIC28.26■■■□□ 2.11
CUX1P39880 PSRC1-201ENST00000369903 1710 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC28.26■■■□□ 2.11
CUX1P39880 IRF3-217ENST00000597198 1741 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.26■■■□□ 2.11
CUX1P39880 RCAN3-204ENST00000425530 997 ntTSL 5 BASIC28.26■■■□□ 2.11
CUX1P39880 TGFA-205ENST00000444975 985 ntTSL 1 (best) BASIC28.26■■■□□ 2.11
CUX1P39880 IGHV3-71-201ENST00000523324 359 ntBASIC28.26■■■□□ 2.11
CUX1P39880 PSMD7-204ENST00000567958 692 ntTSL 3 BASIC28.26■■■□□ 2.11
CUX1P39880 HEXIM2-206ENST00000591576 1176 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.26■■■□□ 2.11
CUX1P39880 LAMTOR5-208ENST00000614544 846 ntTSL 1 (best) BASIC28.26■■■□□ 2.11
CUX1P39880 MAGI2-215ENST00000628980 6212 ntTSL 5 BASIC28.26■■■□□ 2.11
CUX1P39880 IL11RA-215ENST00000602473 1388 ntTSL 1 (best) BASIC28.26■■■□□ 2.11
CUX1P39880 SYN2-206ENST00000621198 2674 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.26■■■□□ 2.11
CUX1P39880 HOXA5-201ENST00000222726 1657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.26■■■□□ 2.11
CUX1P39880 FOXRED2-203ENST00000397223 2184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.25■■■□□ 2.11
CUX1P39880 ACY3-201ENST00000255082 1300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.25■■■□□ 2.11
CUX1P39880 WRAP53-203ENST00000431639 1818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.25■■■□□ 2.11
CUX1P39880 WRAP53-204ENST00000457584 1828 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.25■■■□□ 2.11
CUX1P39880 MMD2-202ENST00000404774 2415 ntTSL 1 (best) BASIC28.25■■■□□ 2.11
CUX1P39880 DLX2-AS1-201ENST00000448117 950 ntTSL 5 BASIC28.25■■■□□ 2.11
CUX1P39880 CSRP2-202ENST00000546966 754 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC28.25■■■□□ 2.11
CUX1P39880 MRPL52-211ENST00000555536 451 ntTSL 3 BASIC28.25■■■□□ 2.11
CUX1P39880 AL136531.2-202ENST00000617804 573 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC28.25■■■□□ 2.11
CUX1P39880 AP001350.2-201ENST00000625104 1094 ntBASIC28.25■■■□□ 2.11
CUX1P39880 SERF2-217ENST00000630046 862 ntTSL 5 BASIC28.25■■■□□ 2.11
CUX1P39880 BFSP1-201ENST00000377868 2063 ntTSL 1 (best) BASIC28.25■■■□□ 2.11
CUX1P39880 MYEOV-201ENST00000308946 2287 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.25■■■□□ 2.11
CUX1P39880 SHISA5-220ENST00000619810 2385 ntTSL 2 BASIC28.25■■■□□ 2.11
CUX1P39880 CEP55-201ENST00000371485 2638 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.25■■■□□ 2.11
CUX1P39880 AP1AR-202ENST00000309703 2337 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.25■■■□□ 2.11
CUX1P39880 PCCB-201ENST00000251654 1833 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.25■■■□□ 2.11
CUX1P39880 SLC1A6-210ENST00000600144 1735 ntTSL 1 (best) BASIC28.25■■■□□ 2.11
CUX1P39880 ETV2-205ENST00000479824 1342 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.25■■■□□ 2.11
CUX1P39880 SCRT1-201ENST00000569446 3779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.25■■■□□ 2.11
CUX1P39880 LMNA-207ENST00000368301 2461 ntTSL 2 BASIC28.25■■■□□ 2.11
CUX1P39880 EDN3-204ENST00000371028 2397 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC28.25■■■□□ 2.11
CUX1P39880 FOXC1-201ENST00000380874 3926 ntAPPRIS P1 BASIC28.25■■■□□ 2.11
CUX1P39880 DDT-201ENST00000350608 671 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.24■■■□□ 2.11
CUX1P39880 CTSA-204ENST00000372484 2149 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.24■■■□□ 2.11
CUX1P39880 MRPL28-202ENST00000389675 865 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC28.24■■■□□ 2.11
CUX1P39880 KRT18P34-201ENST00000488218 1270 ntBASIC28.24■■■□□ 2.11
CUX1P39880 ACAP1-208ENST00000574499 412 ntTSL 2 BASIC28.24■■■□□ 2.11
CUX1P39880 SLC25A39-207ENST00000586016 1156 ntTSL 5 BASIC28.24■■■□□ 2.11
CUX1P39880 DBI-212ENST00000627305 620 ntTSL 1 (best) BASIC28.24■■■□□ 2.11
CUX1P39880 LIMS2-217ENST00000545738 1730 ntTSL 5 BASIC28.24■■■□□ 2.11
CUX1P39880 AC093525.9-201ENST00000624961 1746 ntBASIC28.24■■■□□ 2.11
CUX1P39880 TNFRSF8-202ENST00000413146 2363 ntTSL 1 (best) BASIC28.24■■■□□ 2.11
CUX1P39880 RXRB-202ENST00000374685 2846 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.24■■■□□ 2.11
CUX1P39880 IL15-201ENST00000296545 2472 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.24■■■□□ 2.11
CUX1P39880 BHLHE22-201ENST00000321870 3262 ntAPPRIS P1 BASIC28.24■■■□□ 2.11
CUX1P39880 CARHSP1-219ENST00000618335 2972 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC28.24■■■□□ 2.11
CUX1P39880 AC068446.2-201ENST00000500487 2165 ntTSL 2 BASIC28.24■■■□□ 2.11
CUX1P39880 AL035456.1-201ENST00000456064 1369 ntBASIC28.24■■■□□ 2.11
CUX1P39880 CENPM-206ENST00000407253 818 ntTSL 2 BASIC28.23■■■□□ 2.11
CUX1P39880 PTPA-213ENST00000419582 952 ntTSL 1 (best) BASIC28.23■■■□□ 2.11
CUX1P39880 AC093459.1-202ENST00000438963 768 ntTSL 3 BASIC28.23■■■□□ 2.11
CUX1P39880 AC124944.1-201ENST00000448113 625 ntTSL 2 BASIC28.23■■■□□ 2.11
CUX1P39880 AL354710.2-201ENST00000468244 550 ntTSL 4 BASIC28.23■■■□□ 2.11
CUX1P39880 ALKBH7-203ENST00000599849 556 ntTSL 3 BASIC28.23■■■□□ 2.11
CUX1P39880 SIGLEC29P-201ENST00000599873 1114 ntBASIC28.23■■■□□ 2.11
CUX1P39880 ELP5-214ENST00000574993 2209 ntTSL 1 (best) BASIC28.23■■■□□ 2.11
CUX1P39880 MPP2-206ENST00000518766 1896 ntTSL 2 BASIC28.23■■■□□ 2.11
CUX1P39880 SMIM10-201ENST00000330288 1536 ntAPPRIS P1 BASIC28.23■■■□□ 2.11
CUX1P39880 VPS13B-201ENST00000355155 2822 ntTSL 1 (best) BASIC28.23■■■□□ 2.11
CUX1P39880 PGR-201ENST00000263463 2496 ntTSL 1 (best) BASIC28.23■■■□□ 2.11
CUX1P39880 BLOC1S3-201ENST00000433642 2601 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.23■■■□□ 2.11
CUX1P39880 FGFR2-207ENST00000359354 1680 ntTSL 1 (best) BASIC28.23■■■□□ 2.11
CUX1P39880 RAD51C-215ENST00000583539 1319 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.23■■■□□ 2.11
CUX1P39880 LLGL2-203ENST00000392550 3509 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.23■■■□□ 2.11
CUX1P39880 SCYL1-203ENST00000420247 2583 ntTSL 1 (best) BASIC28.23■■■□□ 2.11
CUX1P39880 APEH-202ENST00000438011 2249 ntTSL 1 (best) BASIC28.23■■■□□ 2.11
CUX1P39880 AC073439.1-201ENST00000624121 1774 ntBASIC28.23■■■□□ 2.11
CUX1P39880 UBC-201ENST00000339647 2688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.23■■■□□ 2.11
CUX1P39880 NGF-201ENST00000369512 1047 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.23■■■□□ 2.11
CUX1P39880 SNRPB-201ENST00000381342 1154 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.23■■■□□ 2.11
CUX1P39880 SNRPB-202ENST00000438552 1008 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC28.23■■■□□ 2.11
CUX1P39880 KRT17P7-201ENST00000451704 1104 ntBASIC28.23■■■□□ 2.11
CUX1P39880 CALML4-206ENST00000467889 987 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.23■■■□□ 2.11
CUX1P39880 CSF1R-209ENST00000543093 921 ntTSL 1 (best) BASIC28.23■■■□□ 2.11
CUX1P39880 CHRNA5-203ENST00000559554 1051 ntTSL 3 BASIC28.23■■■□□ 2.11
CUX1P39880 AC073389.2-202ENST00000607450 441 ntTSL 5 BASIC28.23■■■□□ 2.11
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 32.1 ms