Protein–RNA interactions for Protein: Q9UPQ0

LIMCH1, LIM and calponin homology domains-containing protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,083 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMCH1Q9UPQ0 AC004817.3-201ENST00000602957 2129 ntBASIC20.21■□□□□ 0.83
LIMCH1Q9UPQ0 RANBP9-201ENST00000011619 3113 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
LIMCH1Q9UPQ0 CCDC28B-202ENST00000421922 1415 ntTSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
LIMCH1Q9UPQ0 CLUH-201ENST00000435359 5224 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC20.21■□□□□ 0.83
LIMCH1Q9UPQ0 SIGLEC16-201ENST00000599858 1437 ntBASIC20.21■□□□□ 0.83
LIMCH1Q9UPQ0 AC068831.1-204ENST00000501381 1621 ntTSL 2 BASIC20.21■□□□□ 0.83
LIMCH1Q9UPQ0 NAIF1-201ENST00000373078 3399 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
LIMCH1Q9UPQ0 AC007381.1-201ENST00000457668 2005 ntTSL 5 BASIC20.21■□□□□ 0.83
LIMCH1Q9UPQ0 HNF1A-212ENST00000544413 2014 ntTSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
LIMCH1Q9UPQ0 PXMP4-201ENST00000217398 979 ntTSL 2 BASIC20.21■□□□□ 0.83
LIMCH1Q9UPQ0 CCDC107-201ENST00000327351 804 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
LIMCH1Q9UPQ0 RESP18-201ENST00000333527 795 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
LIMCH1Q9UPQ0 CORT-201ENST00000377049 1130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
LIMCH1Q9UPQ0 KRTAP5-6-201ENST00000382160 561 ntAPPRIS P1 BASIC20.21■□□□□ 0.83
LIMCH1Q9UPQ0 COPS8-203ENST00000409334 794 ntTSL 5 BASIC20.21■□□□□ 0.83
LIMCH1Q9UPQ0 NAT6-202ENST00000417393 1163 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
LIMCH1Q9UPQ0 AL596442.1-201ENST00000429305 429 ntTSL 2 BASIC20.21■□□□□ 0.83
LIMCH1Q9UPQ0 AC105935.2-201ENST00000435478 544 ntTSL 4 BASIC20.21■□□□□ 0.83
LIMCH1Q9UPQ0 AC069368.1-202ENST00000437723 750 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.21■□□□□ 0.83
LIMCH1Q9UPQ0 THAP5-204ENST00000438865 868 ntTSL 2 BASIC20.21■□□□□ 0.83
LIMCH1Q9UPQ0 ABCD1P5-201ENST00000445663 754 ntBASIC20.21■□□□□ 0.83
LIMCH1Q9UPQ0 NDUFB9-202ENST00000517367 636 ntTSL 3 BASIC20.21■□□□□ 0.83
LIMCH1Q9UPQ0 HOXB8-203ENST00000576562 743 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC20.21■□□□□ 0.83
LIMCH1Q9UPQ0 GZMM-202ENST00000592501 941 ntTSL 3 BASIC20.21■□□□□ 0.83
LIMCH1Q9UPQ0 CCNC-219ENST00000627680 896 ntTSL 5 BASIC20.21■□□□□ 0.83
LIMCH1Q9UPQ0 AL358472.4-201ENST00000633140 710 ntBASIC20.21■□□□□ 0.83
LIMCH1Q9UPQ0 ADGRB2-202ENST00000373658 5414 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.21■□□□□ 0.83
LIMCH1Q9UPQ0 BNIP2-212ENST00000607373 1851 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
LIMCH1Q9UPQ0 EVPLL-201ENST00000399134 2095 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
LIMCH1Q9UPQ0 ZNF140-210ENST00000544426 2340 ntTSL 2 BASIC20.21■□□□□ 0.83
LIMCH1Q9UPQ0 RBBP7-204ENST00000404022 1904 ntTSL 5 BASIC20.21■□□□□ 0.83
LIMCH1Q9UPQ0 ALDH3A2-225ENST00000630662 1558 ntTSL 5 BASIC20.21■□□□□ 0.83
LIMCH1Q9UPQ0 FAM227A-201ENST00000355830 2417 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC20.21■□□□□ 0.83
LIMCH1Q9UPQ0 PANK4-201ENST00000378466 2677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.82
LIMCH1Q9UPQ0 DDX19B-204ENST00000451014 1608 ntTSL 2 BASIC20.2■□□□□ 0.82
LIMCH1Q9UPQ0 AC068944.1-201ENST00000514855 1604 ntTSL 2 BASIC20.2■□□□□ 0.82
LIMCH1Q9UPQ0 GLS2-216ENST00000610413 2296 ntTSL 5 BASIC20.2■□□□□ 0.82
LIMCH1Q9UPQ0 KIFC2-201ENST00000301332 3646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.82
LIMCH1Q9UPQ0 PCDHA7-202ENST00000525929 5221 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.82
LIMCH1Q9UPQ0 SWSAP1-201ENST00000312423 1684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.82
LIMCH1Q9UPQ0 NRG1-216ENST00000523079 2359 ntTSL 2 BASIC20.2■□□□□ 0.82
LIMCH1Q9UPQ0 DPH6-AS1-201ENST00000501169 1477 ntTSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.82
LIMCH1Q9UPQ0 EDN3-202ENST00000337938 2636 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.82
LIMCH1Q9UPQ0 FAM222B-211ENST00000582266 2613 ntTSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.82
LIMCH1Q9UPQ0 AL132857.2-201ENST00000634305 1737 ntTSL 5 BASIC20.2■□□□□ 0.82
LIMCH1Q9UPQ0 BOLA2B-201ENST00000305321 1012 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.82
LIMCH1Q9UPQ0 MRPL43-203ENST00000318364 1010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.82
LIMCH1Q9UPQ0 BOLA2-201ENST00000330978 1012 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.82
LIMCH1Q9UPQ0 MRPL43-204ENST00000342071 894 ntTSL 5 BASIC20.2■□□□□ 0.82
LIMCH1Q9UPQ0 SELENOF-203ENST00000401030 727 ntTSL 2 BASIC20.2■□□□□ 0.82
LIMCH1Q9UPQ0 TMEM213-202ENST00000413208 480 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC20.2■□□□□ 0.82
LIMCH1Q9UPQ0 ISOC2-202ENST00000425675 998 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.82
LIMCH1Q9UPQ0 LAMTOR4-205ENST00000468582 621 ntTSL 2 BASIC20.2■□□□□ 0.82
LIMCH1Q9UPQ0 AP002807.1-202ENST00000526897 791 ntTSL 2 BASIC20.2■□□□□ 0.82
LIMCH1Q9UPQ0 MIR5100-201ENST00000579544 119 ntBASIC20.2■□□□□ 0.82
LIMCH1Q9UPQ0 AL732314.6-201ENST00000627721 484 ntTSL 4 BASIC20.2■□□□□ 0.82
LIMCH1Q9UPQ0 HOXB6-203ENST00000484302 1960 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.2■□□□□ 0.82
LIMCH1Q9UPQ0 PTPN21-208ENST00000556564 6166 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.82
LIMCH1Q9UPQ0 LCAT-201ENST00000264005 1507 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.82
LIMCH1Q9UPQ0 TRAK1-209ENST00000487159 5536 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.2■□□□□ 0.82
LIMCH1Q9UPQ0 MPP1-202ENST00000369534 2042 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.82
LIMCH1Q9UPQ0 FAM208A-209ENST00000493960 5600 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC20.2■□□□□ 0.82
LIMCH1Q9UPQ0 CLN6-202ENST00000538696 1343 ntTSL 2 BASIC20.2■□□□□ 0.82
LIMCH1Q9UPQ0 KDSR-202ENST00000406396 5447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.82
LIMCH1Q9UPQ0 PARP9-204ENST00000471785 3040 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.2■□□□□ 0.82
LIMCH1Q9UPQ0 AC138969.1-205ENST00000381497 1552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.82
LIMCH1Q9UPQ0 RGS19-202ENST00000395042 1593 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.82
LIMCH1Q9UPQ0 TMEM138-201ENST00000278826 1848 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.82
LIMCH1Q9UPQ0 RAPGEFL1-209ENST00000544503 2079 ntTSL 2 BASIC20.2■□□□□ 0.82
LIMCH1Q9UPQ0 DKC1-201ENST00000369550 2577 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.82
LIMCH1Q9UPQ0 AC010478.1-202ENST00000559112 2367 ntTSL 2 BASIC20.2■□□□□ 0.82
LIMCH1Q9UPQ0 TRIL-201ENST00000539664 4935 ntAPPRIS P1 BASIC20.2■□□□□ 0.82
LIMCH1Q9UPQ0 COQ7-201ENST00000321998 2657 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.82
LIMCH1Q9UPQ0 PPP3CA-201ENST00000323055 4519 ntTSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
LIMCH1Q9UPQ0 CROCC2-201ENST00000443866 5382 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.19■□□□□ 0.82
LIMCH1Q9UPQ0 TTC24-202ENST00000368237 1969 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.19■□□□□ 0.82
LIMCH1Q9UPQ0 RDH13-202ENST00000396247 1987 ntTSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
LIMCH1Q9UPQ0 AC097637.2-201ENST00000624096 1997 ntBASIC20.19■□□□□ 0.82
LIMCH1Q9UPQ0 TMED3-203ENST00000536821 2265 ntTSL 2 BASIC20.19■□□□□ 0.82
LIMCH1Q9UPQ0 IDH3G-201ENST00000217901 1485 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
LIMCH1Q9UPQ0 LSP1-202ENST00000381775 2016 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.19■□□□□ 0.82
LIMCH1Q9UPQ0 SUSD2-201ENST00000358321 3404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
LIMCH1Q9UPQ0 C17orf62-201ENST00000306645 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
LIMCH1Q9UPQ0 PKLR-201ENST00000342741 2083 ntTSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
LIMCH1Q9UPQ0 CLDN15-208ENST00000611078 1509 ntTSL 5 BASIC20.19■□□□□ 0.82
LIMCH1Q9UPQ0 RECK-201ENST00000377966 4888 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
LIMCH1Q9UPQ0 ZBTB5-201ENST00000307750 4627 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
LIMCH1Q9UPQ0 HS6ST2-203ENST00000406696 1818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
LIMCH1Q9UPQ0 STRA8-201ENST00000275764 993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
LIMCH1Q9UPQ0 PRMT2-201ENST00000291705 1011 ntTSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
LIMCH1Q9UPQ0 AL645728.1-201ENST00000366221 2101 ntBASIC20.19■□□□□ 0.82
LIMCH1Q9UPQ0 ITM2C-204ENST00000409704 1106 ntTSL 5 BASIC20.19■□□□□ 0.82
LIMCH1Q9UPQ0 MAGI2-AS3-203ENST00000424477 520 ntTSL 4 BASIC20.19■□□□□ 0.82
LIMCH1Q9UPQ0 SLFNL1-205ENST00000439569 2117 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC20.19■□□□□ 0.82
LIMCH1Q9UPQ0 AC078883.2-201ENST00000441212 558 ntTSL 3 BASIC20.19■□□□□ 0.82
LIMCH1Q9UPQ0 COX5A-202ENST00000562233 441 ntTSL 3 BASIC20.19■□□□□ 0.82
LIMCH1Q9UPQ0 AC099336.1-202ENST00000602961 463 ntBASIC20.19■□□□□ 0.82
LIMCH1Q9UPQ0 AC069148.1-201ENST00000608741 768 ntBASIC20.19■□□□□ 0.82
LIMCH1Q9UPQ0 AC073592.4-201ENST00000623827 446 ntBASIC20.19■□□□□ 0.82
LIMCH1Q9UPQ0 TUBB8P12-201ENST00000308911 1335 ntBASIC20.19■□□□□ 0.82
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 35 ms