Protein–RNA interactions for Protein: Q7Z494

NPHP3, Nephrocystin-3, humanhuman

Predictions only

Length 1,330 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
NPHP3Q7Z494 ZNF398-202ENST00000475153 2860 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
NPHP3Q7Z494 SLC29A1-202ENST00000371713 2168 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.99■■□□□ 1.27
NPHP3Q7Z494 RNF212-202ENST00000382968 2335 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
NPHP3Q7Z494 GTPBP3-222ENST00000600625 2493 ntTSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
NPHP3Q7Z494 LYSMD4-203ENST00000378904 2122 ntBASIC22.99■■□□□ 1.27
NPHP3Q7Z494 ARPIN-202ENST00000460685 2145 ntTSL 2 BASIC22.99■■□□□ 1.27
NPHP3Q7Z494 RBM26-207ENST00000622611 5230 ntTSL 2 BASIC22.99■■□□□ 1.27
NPHP3Q7Z494 ZNF846-205ENST00000588267 1943 ntTSL 2 BASIC22.99■■□□□ 1.27
NPHP3Q7Z494 KSR1-205ENST00000509603 2731 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.99■■□□□ 1.27
NPHP3Q7Z494 AC138696.1-201ENST00000522452 2897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
NPHP3Q7Z494 NCAPH2-203ENST00000395701 2077 ntTSL 2 BASIC22.99■■□□□ 1.27
NPHP3Q7Z494 AL162586.1-201ENST00000439298 2055 ntTSL 2 BASIC22.99■■□□□ 1.27
NPHP3Q7Z494 SS18L2-201ENST00000011691 781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
NPHP3Q7Z494 C1orf68-201ENST00000368775 949 ntAPPRIS P1 BASIC22.99■■□□□ 1.27
NPHP3Q7Z494 AL512384.1-201ENST00000406683 331 ntBASIC22.99■■□□□ 1.27
NPHP3Q7Z494 AP006294.1-201ENST00000415407 339 ntBASIC22.99■■□□□ 1.27
NPHP3Q7Z494 IQCF3-201ENST00000437810 1270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
NPHP3Q7Z494 DLX2-AS1-201ENST00000448117 950 ntTSL 5 BASIC22.99■■□□□ 1.27
NPHP3Q7Z494 AL158198.1-201ENST00000449143 380 ntTSL 3 BASIC22.99■■□□□ 1.27
NPHP3Q7Z494 DRAP1-208ENST00000532933 751 ntTSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
NPHP3Q7Z494 ARL16-202ENST00000570561 768 ntTSL 2 BASIC22.99■■□□□ 1.27
NPHP3Q7Z494 AL031056.2-201ENST00000637957 1217 ntTSL 5 BASIC22.99■■□□□ 1.27
NPHP3Q7Z494 PRF1-203ENST00000638674 1080 ntTSL 5 BASIC22.99■■□□□ 1.27
NPHP3Q7Z494 TXNRD2-203ENST00000400519 3155 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
NPHP3Q7Z494 KCNC3-203ENST00000477616 3176 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
NPHP3Q7Z494 PTPA-204ENST00000355007 2515 ntTSL 5 BASIC22.99■■□□□ 1.27
NPHP3Q7Z494 AC073957.2-201ENST00000549241 1562 ntTSL 4 BASIC22.99■■□□□ 1.27
NPHP3Q7Z494 GFY-202ENST00000610896 1557 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.99■■□□□ 1.27
NPHP3Q7Z494 BACE2-202ENST00000330333 2993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
NPHP3Q7Z494 ELOA3-201ENST00000330682 1877 ntAPPRIS P1 BASIC22.99■■□□□ 1.27
NPHP3Q7Z494 FIP1L1-203ENST00000358575 2180 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC22.99■■□□□ 1.27
NPHP3Q7Z494 CLDND1-204ENST00000394185 2159 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.99■■□□□ 1.27
NPHP3Q7Z494 LLGL2-209ENST00000578363 1393 ntTSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
NPHP3Q7Z494 SEPT8-205ENST00000378701 1817 ntTSL 2 BASIC22.98■■□□□ 1.27
NPHP3Q7Z494 SPHK2-211ENST00000600537 2136 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.98■■□□□ 1.27
NPHP3Q7Z494 MAST2-201ENST00000361297 5738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
NPHP3Q7Z494 SLC27A1-204ENST00000598424 2681 ntTSL 2 BASIC22.98■■□□□ 1.27
NPHP3Q7Z494 HOXA-AS3-205ENST00000524304 2063 ntTSL 2 BASIC22.98■■□□□ 1.27
NPHP3Q7Z494 SCARF2-203ENST00000623402 3248 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
NPHP3Q7Z494 RNF165-205ENST00000588679 2904 ntBASIC22.98■■□□□ 1.27
NPHP3Q7Z494 AP003356.1-202ENST00000517910 2770 ntTSL 2 BASIC22.98■■□□□ 1.27
NPHP3Q7Z494 MGAT5B-201ENST00000301618 4486 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.98■■□□□ 1.27
NPHP3Q7Z494 CCDC28B-202ENST00000421922 1415 ntTSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
NPHP3Q7Z494 WWOX-201ENST00000355860 710 ntTSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
NPHP3Q7Z494 HLA-H-201ENST00000383620 1096 ntBASIC22.98■■□□□ 1.27
NPHP3Q7Z494 DGCR5-201ENST00000399539 862 ntBASIC22.98■■□□□ 1.27
NPHP3Q7Z494 DFFBP1-201ENST00000433250 979 ntBASIC22.98■■□□□ 1.27
NPHP3Q7Z494 TMEM247-204ENST00000434431 680 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.98■■□□□ 1.27
NPHP3Q7Z494 NECAP2-203ENST00000457722 935 ntTSL 2 BASIC22.98■■□□□ 1.27
NPHP3Q7Z494 IFITM2-204ENST00000533141 588 ntAPPRIS ALT2 TSL 4 BASIC22.98■■□□□ 1.27
NPHP3Q7Z494 ZSCAN2-213ENST00000541040 965 ntTSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
NPHP3Q7Z494 AC079336.1-201ENST00000583156 420 ntTSL 3 BASIC22.98■■□□□ 1.27
NPHP3Q7Z494 HEXIM2-206ENST00000591576 1176 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
NPHP3Q7Z494 MIR6805-201ENST00000615055 62 ntBASIC22.98■■□□□ 1.27
NPHP3Q7Z494 P2RY2-201ENST00000311131 2660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
NPHP3Q7Z494 DDTL-201ENST00000215770 1545 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.98■■□□□ 1.27
NPHP3Q7Z494 HMBS-203ENST00000442944 1548 ntTSL 5 BASIC22.98■■□□□ 1.27
NPHP3Q7Z494 TAF4-201ENST00000252996 4628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
NPHP3Q7Z494 CETN4P-206ENST00000642099 2168 ntBASIC22.98■■□□□ 1.27
NPHP3Q7Z494 DISC1-204ENST00000366633 2676 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
NPHP3Q7Z494 DISC1-214ENST00000539444 2658 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
NPHP3Q7Z494 BEND5-201ENST00000371833 1716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
NPHP3Q7Z494 ADM5-201ENST00000420022 1718 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
NPHP3Q7Z494 A4GALT-203ENST00000401850 2321 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
NPHP3Q7Z494 FCRLB-204ENST00000367946 1152 ntTSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
NPHP3Q7Z494 ZFAND2B-203ENST00000409206 1159 ntTSL 2 BASIC22.97■■□□□ 1.27
NPHP3Q7Z494 AC008278.1-201ENST00000431117 568 ntTSL 4 BASIC22.97■■□□□ 1.27
NPHP3Q7Z494 LINC01160-201ENST00000441004 768 ntTSL 3 BASIC22.97■■□□□ 1.27
NPHP3Q7Z494 ZFAND2B-212ENST00000444522 1199 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.97■■□□□ 1.27
NPHP3Q7Z494 GS1-24F4.2-201ENST00000500823 1110 ntTSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
NPHP3Q7Z494 CLNS1A-210ENST00000528364 953 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.97■■□□□ 1.27
NPHP3Q7Z494 AC106886.1-201ENST00000568660 600 ntBASIC22.97■■□□□ 1.27
NPHP3Q7Z494 LINC00473-203ENST00000581850 929 ntTSL 3 BASIC22.97■■□□□ 1.27
NPHP3Q7Z494 TRAPPC6A-204ENST00000588062 695 ntTSL 2 BASIC22.97■■□□□ 1.27
NPHP3Q7Z494 CLDN7-201ENST00000360325 1542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
NPHP3Q7Z494 TMEM155-202ENST00000394394 1753 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC22.97■■□□□ 1.27
NPHP3Q7Z494 LRCH3-207ENST00000441090 2034 ntTSL 2 BASIC22.97■■□□□ 1.27
NPHP3Q7Z494 CIZ1-226ENST00000629610 2855 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.97■■□□□ 1.27
NPHP3Q7Z494 PODN-203ENST00000395871 2744 ntTSL 5 BASIC22.97■■□□□ 1.27
NPHP3Q7Z494 TRAF3-203ENST00000392745 2459 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
NPHP3Q7Z494 LTBP3-217ENST00000530785 2461 ntTSL 2 BASIC22.97■■□□□ 1.27
NPHP3Q7Z494 PLA2G4C-222ENST00000599921 1984 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
NPHP3Q7Z494 MARK2-208ENST00000508192 2924 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.96■■□□□ 1.27
NPHP3Q7Z494 HOXA10-202ENST00000396344 1570 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
NPHP3Q7Z494 SKOR2-202ENST00000425639 3899 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.96■■□□□ 1.27
NPHP3Q7Z494 PLEKHB2-204ENST00000409158 2277 ntTSL 2 BASIC22.96■■□□□ 1.27
NPHP3Q7Z494 HLA-DQB1-201ENST00000374943 1656 ntBASIC22.96■■□□□ 1.27
NPHP3Q7Z494 TXNRD3-202ENST00000523403 2351 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.96■■□□□ 1.27
NPHP3Q7Z494 AP000974.1-201ENST00000623909 2387 ntBASIC22.96■■□□□ 1.27
NPHP3Q7Z494 TMEM8A-204ENST00000431232 3691 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
NPHP3Q7Z494 ACTN4-202ENST00000390009 2102 ntTSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
NPHP3Q7Z494 PLD3-207ENST00000409735 2140 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
NPHP3Q7Z494 FOXO1B-201ENST00000504678 1527 ntBASIC22.96■■□□□ 1.27
NPHP3Q7Z494 BHMT2-205ENST00000521567 1537 ntTSL 2 BASIC22.96■■□□□ 1.27
NPHP3Q7Z494 ADPGK-201ENST00000311669 2557 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.96■■□□□ 1.27
NPHP3Q7Z494 GNAS-AS1-202ENST00000443966 2341 ntTSL 5 BASIC22.96■■□□□ 1.27
NPHP3Q7Z494 FNBP1-201ENST00000355681 1977 ntTSL 2 BASIC22.96■■□□□ 1.27
NPHP3Q7Z494 NDUFA2-201ENST00000252102 804 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
NPHP3Q7Z494 MRPL28-202ENST00000389675 865 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.96■■□□□ 1.27
NPHP3Q7Z494 AL353705.2-201ENST00000428243 662 ntBASIC22.96■■□□□ 1.27
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 50.1 ms