Protein–RNA interactions for Protein: P18858

LIG1, DNA ligase 1, humanhuman

Predictions only

Length 919 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIG1P18858 KRT17P6-201ENST00000453795 1220 ntBASIC19.79■□□□□ 0.76
LIG1P18858 MINOS1P3-201ENST00000457048 203 ntBASIC19.79■□□□□ 0.76
LIG1P18858 FOSL1P1-201ENST00000511041 816 ntBASIC19.79■□□□□ 0.76
LIG1P18858 ANKRD34C-AS1-203ENST00000559225 528 ntTSL 4 BASIC19.79■□□□□ 0.76
LIG1P18858 ZNF688-207ENST00000567855 540 ntTSL 2 BASIC19.79■□□□□ 0.76
LIG1P18858 AC109462.3-201ENST00000573934 613 ntBASIC19.79■□□□□ 0.76
LIG1P18858 AC099336.1-202ENST00000602961 463 ntBASIC19.79■□□□□ 0.76
LIG1P18858 FGD5-201ENST00000285046 5720 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.79■□□□□ 0.76
LIG1P18858 STXBP1-216ENST00000636962 2918 ntTSL 5 BASIC19.79■□□□□ 0.76
LIG1P18858 INPP5B-201ENST00000373021 3934 ntTSL 1 (best) BASIC19.79■□□□□ 0.76
LIG1P18858 SLC39A13-202ENST00000362021 2296 ntTSL 1 (best) BASIC19.79■□□□□ 0.76
LIG1P18858 CHKA-201ENST00000265689 2530 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC19.79■□□□□ 0.76
LIG1P18858 HNRNPUL2-BSCL2-201ENST00000403734 4001 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.79■□□□□ 0.76
LIG1P18858 SUSD4-202ENST00000343846 3480 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.79■□□□□ 0.76
LIG1P18858 LINC01502-201ENST00000445997 2471 ntTSL 2 BASIC19.79■□□□□ 0.76
LIG1P18858 HOXC6-201ENST00000243108 1733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.79■□□□□ 0.76
LIG1P18858 SLC38A6-202ENST00000354886 1730 ntTSL 1 (best) BASIC19.79■□□□□ 0.76
LIG1P18858 AC046158.3-201ENST00000624947 2558 ntBASIC19.79■□□□□ 0.76
LIG1P18858 ANKFY1-202ENST00000570535 6458 ntTSL 1 (best) BASIC19.79■□□□□ 0.76
LIG1P18858 C17orf62-201ENST00000306645 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.79■□□□□ 0.76
LIG1P18858 MIER1-206ENST00000371016 1802 ntTSL 1 (best) BASIC19.79■□□□□ 0.76
LIG1P18858 MYCL-203ENST00000397332 3256 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.78■□□□□ 0.76
LIG1P18858 AL139384.1-201ENST00000612143 3047 ntBASIC19.78■□□□□ 0.76
LIG1P18858 DOLPP1-202ENST00000372546 2177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.78■□□□□ 0.76
LIG1P18858 FAM234A-202ENST00000301679 1936 ntTSL 2 BASIC19.78■□□□□ 0.76
LIG1P18858 PPT2-246ENST00000375137 1945 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.78■□□□□ 0.76
LIG1P18858 RDH13-223ENST00000610356 1931 ntTSL 1 (best) BASIC19.78■□□□□ 0.76
LIG1P18858 HNF1A-212ENST00000544413 2014 ntTSL 1 (best) BASIC19.78■□□□□ 0.76
LIG1P18858 MPIG6B-204ENST00000375809 2396 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.78■□□□□ 0.76
LIG1P18858 TRIM11-201ENST00000284551 2715 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.78■□□□□ 0.76
LIG1P18858 EHD2-202ENST00000538399 1766 ntTSL 2 BASIC19.78■□□□□ 0.76
LIG1P18858 ETV4-205ENST00000545954 1775 ntTSL 2 BASIC19.78■□□□□ 0.76
LIG1P18858 ADGRB2-201ENST00000373655 5400 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC19.78■□□□□ 0.76
LIG1P18858 CXXC1-201ENST00000285106 2936 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.78■□□□□ 0.76
LIG1P18858 FAM153A-203ENST00000440605 1966 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.78■□□□□ 0.76
LIG1P18858 BHLHE41-201ENST00000242728 3837 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.78■□□□□ 0.76
LIG1P18858 INS-201ENST00000250971 503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.78■□□□□ 0.76
LIG1P18858 SWI5-201ENST00000320188 980 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.78■□□□□ 0.76
LIG1P18858 DBNDD2-202ENST00000360981 1078 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.78■□□□□ 0.76
LIG1P18858 NT5E-202ENST00000369646 974 ntTSL 1 (best) BASIC19.78■□□□□ 0.76
LIG1P18858 C1QC-201ENST00000374637 1089 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC19.78■□□□□ 0.76
LIG1P18858 GNB1L-203ENST00000405009 1076 ntTSL 1 (best) BASIC19.78■□□□□ 0.76
LIG1P18858 AC007220.1-201ENST00000572466 1055 ntTSL 3 BASIC19.78■□□□□ 0.76
LIG1P18858 AC005944.1-201ENST00000592758 564 ntTSL 3 BASIC19.78■□□□□ 0.76
LIG1P18858 SPINK2-205ENST00000616980 677 ntTSL 5 BASIC19.78■□□□□ 0.76
LIG1P18858 DHRS4L2-211ENST00000621761 1049 ntTSL 5 BASIC19.78■□□□□ 0.76
LIG1P18858 APOLD1-202ENST00000356591 4646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.78■□□□□ 0.76
LIG1P18858 AC099684.1-202ENST00000425277 1747 ntTSL 1 (best) BASIC19.78■□□□□ 0.76
LIG1P18858 CSF3-206ENST00000577675 1360 ntTSL 1 (best) BASIC19.78■□□□□ 0.76
LIG1P18858 B4GALNT4-201ENST00000329962 3444 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.78■□□□□ 0.76
LIG1P18858 GPAT3-208ENST00000611707 2633 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.78■□□□□ 0.76
LIG1P18858 CLDN4-201ENST00000340958 1831 ntAPPRIS P1 BASIC19.78■□□□□ 0.76
LIG1P18858 ZMYM3-203ENST00000373981 1841 ntTSL 1 (best) BASIC19.78■□□□□ 0.76
LIG1P18858 TSSK2-201ENST00000399635 1816 ntAPPRIS P1 BASIC19.78■□□□□ 0.76
LIG1P18858 SENP1-204ENST00000549518 2260 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.78■□□□□ 0.76
LIG1P18858 TLE2-201ENST00000262953 2705 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.78■□□□□ 0.76
LIG1P18858 LINC02199-201ENST00000506655 2702 ntBASIC19.78■□□□□ 0.76
LIG1P18858 MINDY2-202ENST00000450403 4820 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.78■□□□□ 0.76
LIG1P18858 MAP4K4-205ENST00000350878 7640 ntTSL 1 (best) BASIC19.78■□□□□ 0.76
LIG1P18858 VPS54-201ENST00000272322 3463 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC19.78■□□□□ 0.76
LIG1P18858 AC026412.1-202ENST00000512335 2231 ntTSL 1 (best) BASIC19.78■□□□□ 0.76
LIG1P18858 PDE1C-201ENST00000321453 2898 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC19.77■□□□□ 0.76
LIG1P18858 SLC1A6-208ENST00000598504 2987 ntTSL 1 (best) BASIC19.77■□□□□ 0.76
LIG1P18858 SLC3A2-203ENST00000377890 2161 ntTSL 1 (best) BASIC19.77■□□□□ 0.76
LIG1P18858 HPDL-201ENST00000334815 1629 ntAPPRIS P1 BASIC19.77■□□□□ 0.76
LIG1P18858 ADM5-201ENST00000420022 1718 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.77■□□□□ 0.76
LIG1P18858 NAP1L4-222ENST00000620138 2479 ntTSL 2 BASIC19.77■□□□□ 0.76
LIG1P18858 FAM129B-201ENST00000373312 3957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.77■□□□□ 0.76
LIG1P18858 SUV39H1-202ENST00000376687 2871 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.77■□□□□ 0.76
LIG1P18858 PFN1-201ENST00000225655 1291 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.77■□□□□ 0.76
LIG1P18858 NUDT6-201ENST00000304430 1169 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.77■□□□□ 0.76
LIG1P18858 ANKRD37-201ENST00000335174 1141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.77■□□□□ 0.76
LIG1P18858 FAM239B-201ENST00000381106 1099 ntTSL 2 BASIC19.77■□□□□ 0.76
LIG1P18858 ITM2C-204ENST00000409704 1106 ntTSL 5 BASIC19.77■□□□□ 0.76
LIG1P18858 AC007967.3-201ENST00000434308 558 ntBASIC19.77■□□□□ 0.76
LIG1P18858 SKP2-204ENST00000508514 821 ntTSL 3 BASIC19.77■□□□□ 0.76
LIG1P18858 AC125616.1-201ENST00000540369 1015 ntTSL 3 BASIC19.77■□□□□ 0.76
LIG1P18858 AC012645.3-201ENST00000568506 470 ntTSL 3 BASIC19.77■□□□□ 0.76
LIG1P18858 AC004130.1-202ENST00000603156 666 ntTSL 2 BASIC19.77■□□□□ 0.76
LIG1P18858 AP000547.2-201ENST00000609641 661 ntTSL 5 BASIC19.77■□□□□ 0.76
LIG1P18858 HSP90B1-211ENST00000640977 1127 ntTSL 5 BASIC19.77■□□□□ 0.76
LIG1P18858 GAS7-213ENST00000580865 2417 ntTSL 1 (best) BASIC19.77■□□□□ 0.76
LIG1P18858 XRCC3-209ENST00000554913 2539 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.77■□□□□ 0.76
LIG1P18858 PHRF1-202ENST00000413872 5224 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.77■□□□□ 0.76
LIG1P18858 TCP11L2-203ENST00000547153 1788 ntTSL 2 BASIC19.77■□□□□ 0.76
LIG1P18858 NOTCH2NL-201ENST00000362074 1874 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.77■□□□□ 0.76
LIG1P18858 EEFSEC-202ENST00000483457 1859 ntTSL 5 BASIC19.77■□□□□ 0.76
LIG1P18858 LINC00323-202ENST00000441268 2095 ntTSL 2 BASIC19.77■□□□□ 0.75
LIG1P18858 DPY19L3-206ENST00000587077 2456 ntTSL 1 (best) BASIC19.77■□□□□ 0.75
LIG1P18858 YIF1B-204ENST00000392124 1404 ntTSL 1 (best) BASIC19.76■□□□□ 0.75
LIG1P18858 NSUN5P1-202ENST00000421140 1535 ntBASIC19.76■□□□□ 0.75
LIG1P18858 NSUN5P2-203ENST00000457352 1529 ntBASIC19.76■□□□□ 0.75
LIG1P18858 MAGEA4-206ENST00000393921 1727 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.76■□□□□ 0.75
LIG1P18858 OSGEP-201ENST00000206542 2002 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.76■□□□□ 0.75
LIG1P18858 ARHGEF16-202ENST00000378373 2211 ntTSL 1 (best) BASIC19.76■□□□□ 0.75
LIG1P18858 SH2B1-203ENST00000359285 3033 ntTSL 1 (best) BASIC19.76■□□□□ 0.75
LIG1P18858 TXNDC11-201ENST00000283033 3140 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC19.76■□□□□ 0.75
LIG1P18858 AC008741.2-201ENST00000612792 3115 ntBASIC19.76■□□□□ 0.75
LIG1P18858 SBSPON-201ENST00000297354 3801 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.76■□□□□ 0.75
LIG1P18858 RECK-201ENST00000377966 4888 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.76■□□□□ 0.75
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 30.6 ms