Protein–RNA interactions for Protein: Q9NVE4

CCDC87, Coiled-coil domain-containing protein 87, humanhuman

Predictions only

Length 849 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC87Q9NVE4 AC091167.2-201ENST00000579581 588 ntBASIC21.56■■□□□ 1.04
CCDC87Q9NVE4 AC027307.3-201ENST00000594262 1100 ntBASIC21.56■■□□□ 1.04
CCDC87Q9NVE4 WT1-AS_2.1-201ENST00000613208 137 ntBASIC21.56■■□□□ 1.04
CCDC87Q9NVE4 FBXL15-201ENST00000224862 2362 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
CCDC87Q9NVE4 CAMKV-217ENST00000620470 1485 ntTSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
CCDC87Q9NVE4 TMEM155-202ENST00000394394 1753 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC21.56■■□□□ 1.04
CCDC87Q9NVE4 LGMN-201ENST00000334869 2055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
CCDC87Q9NVE4 RAVER2-201ENST00000294428 4398 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.55■■□□□ 1.04
CCDC87Q9NVE4 BCL2L11-201ENST00000308659 1522 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.55■■□□□ 1.04
CCDC87Q9NVE4 TSPAN7-202ENST00000378482 1909 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
CCDC87Q9NVE4 SENP6-202ENST00000370010 4644 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
CCDC87Q9NVE4 CD72-204ENST00000396757 2035 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.55■■□□□ 1.04
CCDC87Q9NVE4 NBL1-212ENST00000621723 2133 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.55■■□□□ 1.04
CCDC87Q9NVE4 MMD2-202ENST00000404774 2415 ntTSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
CCDC87Q9NVE4 NRN1L-201ENST00000339176 710 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
CCDC87Q9NVE4 RPUSD3-204ENST00000424438 1005 ntTSL 2 BASIC21.55■■□□□ 1.04
CCDC87Q9NVE4 HEBP2-202ENST00000448741 661 ntTSL 5 BASIC21.55■■□□□ 1.04
CCDC87Q9NVE4 CRB3P1-201ENST00000449338 276 ntBASIC21.55■■□□□ 1.04
CCDC87Q9NVE4 AL807752.3-201ENST00000456356 748 ntTSL 2 BASIC21.55■■□□□ 1.04
CCDC87Q9NVE4 CR383656.12-201ENST00000549567 513 ntBASIC21.55■■□□□ 1.04
CCDC87Q9NVE4 RIC8B-209ENST00000549643 571 ntTSL 4 BASIC21.55■■□□□ 1.04
CCDC87Q9NVE4 COQ6-210ENST00000554920 649 ntTSL 3 BASIC21.55■■□□□ 1.04
CCDC87Q9NVE4 AC090607.3-202ENST00000558971 383 ntTSL 3 BASIC21.55■■□□□ 1.04
CCDC87Q9NVE4 MIR3909-201ENST00000579518 119 ntBASIC21.55■■□□□ 1.04
CCDC87Q9NVE4 SECTM1-202ENST00000580437 1030 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.55■■□□□ 1.04
CCDC87Q9NVE4 MZF1-202ENST00000594108 1110 ntTSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
CCDC87Q9NVE4 PDLIM3-213ENST00000629667 1016 ntTSL 5 BASIC21.55■■□□□ 1.04
CCDC87Q9NVE4 ULK2-201ENST00000361658 3908 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
CCDC87Q9NVE4 TOP3BP1-201ENST00000420768 1380 ntBASIC21.55■■□□□ 1.04
CCDC87Q9NVE4 AC053503.2-201ENST00000420563 1598 ntTSL 2 BASIC21.55■■□□□ 1.04
CCDC87Q9NVE4 RNF34-201ENST00000361234 2066 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
CCDC87Q9NVE4 AL355312.1-201ENST00000407115 2176 ntBASIC21.55■■□□□ 1.04
CCDC87Q9NVE4 EDN3-204ENST00000371028 2397 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC21.55■■□□□ 1.04
CCDC87Q9NVE4 SHISA5-220ENST00000619810 2385 ntTSL 2 BASIC21.55■■□□□ 1.04
CCDC87Q9NVE4 EMX2-203ENST00000553456 2897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
CCDC87Q9NVE4 DDIT4L-201ENST00000273990 2604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
CCDC87Q9NVE4 TEAD2-204ENST00000593945 2141 ntTSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
CCDC87Q9NVE4 CPSF6-203ENST00000456847 1915 ntTSL 5 BASIC21.55■■□□□ 1.04
CCDC87Q9NVE4 PDGFA-201ENST00000354513 1308 ntTSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
CCDC87Q9NVE4 ZNF598-204ENST00000563630 3371 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
CCDC87Q9NVE4 SLC44A3-201ENST00000271227 2388 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
CCDC87Q9NVE4 AL162586.1-201ENST00000439298 2055 ntTSL 2 BASIC21.54■■□□□ 1.04
CCDC87Q9NVE4 SNHG18-201ENST00000508179 1799 ntTSL 2 BASIC21.54■■□□□ 1.04
CCDC87Q9NVE4 GBA2-201ENST00000378088 1672 ntTSL 2 BASIC21.54■■□□□ 1.04
CCDC87Q9NVE4 DNM1-211ENST00000627061 2724 ntTSL 5 BASIC21.54■■□□□ 1.04
CCDC87Q9NVE4 SLX1B-SULT1A4-201ENST00000344620 2424 ntTSL 2 BASIC21.54■■□□□ 1.04
CCDC87Q9NVE4 SOST-201ENST00000301691 2300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
CCDC87Q9NVE4 CD1B-201ENST00000368168 1395 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
CCDC87Q9NVE4 KIF22-201ENST00000160827 2113 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
CCDC87Q9NVE4 NME3-201ENST00000219302 1069 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
CCDC87Q9NVE4 THOC7-201ENST00000295899 990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
CCDC87Q9NVE4 ITGA9-AS1-201ENST00000366441 895 ntTSL 3 BASIC21.54■■□□□ 1.04
CCDC87Q9NVE4 COLEC11-205ENST00000402922 1134 ntTSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
CCDC87Q9NVE4 FLG-AS1-204ENST00000420707 906 ntTSL 5 BASIC21.54■■□□□ 1.04
CCDC87Q9NVE4 AC092580.3-201ENST00000430932 139 ntBASIC21.54■■□□□ 1.04
CCDC87Q9NVE4 TTC28-AS1-213ENST00000434221 972 ntTSL 3 BASIC21.54■■□□□ 1.04
CCDC87Q9NVE4 SS18L2-202ENST00000447630 1047 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.54■■□□□ 1.04
CCDC87Q9NVE4 AC107464.1-203ENST00000468356 2120 ntTSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
CCDC87Q9NVE4 MTFR1L-218ENST00000526894 733 ntTSL 4 BASIC21.54■■□□□ 1.04
CCDC87Q9NVE4 TMSB15B-204ENST00000540220 665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
CCDC87Q9NVE4 AL133467.1-201ENST00000554161 993 ntTSL 2 BASIC21.54■■□□□ 1.04
CCDC87Q9NVE4 TMSB15B-205ENST00000563257 590 ntTSL 4 BASIC21.54■■□□□ 1.04
CCDC87Q9NVE4 FLYWCH2-203ENST00000572006 754 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.54■■□□□ 1.04
CCDC87Q9NVE4 AL359881.2-201ENST00000602973 570 ntBASIC21.54■■□□□ 1.04
CCDC87Q9NVE4 AC104581.1-203ENST00000640240 353 ntTSL 2 BASIC21.54■■□□□ 1.04
CCDC87Q9NVE4 TCF25-225ENST00000614813 2047 ntTSL 5 BASIC21.54■■□□□ 1.04
CCDC87Q9NVE4 CLDN7-203ENST00000538261 1923 ntTSL 5 BASIC21.54■■□□□ 1.04
CCDC87Q9NVE4 CAPN1-201ENST00000279247 3007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
CCDC87Q9NVE4 UAP1-204ENST00000367926 2294 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
CCDC87Q9NVE4 NF1-211ENST00000487476 2265 ntTSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
CCDC87Q9NVE4 RNF165-205ENST00000588679 2904 ntBASIC21.54■■□□□ 1.04
CCDC87Q9NVE4 F10-202ENST00000375559 1517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
CCDC87Q9NVE4 RNPEPL1-201ENST00000270357 5658 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
CCDC87Q9NVE4 NCAPH2-203ENST00000395701 2077 ntTSL 2 BASIC21.54■■□□□ 1.04
CCDC87Q9NVE4 AC004951.4-201ENST00000454572 2076 ntTSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
CCDC87Q9NVE4 C16orf45-201ENST00000300006 2404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
CCDC87Q9NVE4 AGFG2-201ENST00000300176 4796 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
CCDC87Q9NVE4 AC133963.1-201ENST00000504166 1679 ntBASIC21.53■■□□□ 1.04
CCDC87Q9NVE4 DUS3L-201ENST00000309061 2113 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
CCDC87Q9NVE4 MTSS1L-201ENST00000338779 4992 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
CCDC87Q9NVE4 TEX19-201ENST00000333437 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
CCDC87Q9NVE4 HS6ST2-203ENST00000406696 1818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
CCDC87Q9NVE4 DUS3L-202ENST00000320699 1355 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
CCDC87Q9NVE4 C11orf71-201ENST00000325636 652 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
CCDC87Q9NVE4 CDH23-AS1-201ENST00000428918 378 ntTSL 2 BASIC21.53■■□□□ 1.04
CCDC87Q9NVE4 FGFR1OP2-206ENST00000546072 956 ntTSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
CCDC87Q9NVE4 AC092070.4-201ENST00000599803 507 ntTSL 5 BASIC21.53■■□□□ 1.04
CCDC87Q9NVE4 CDC42EP4-209ENST00000630622 240 ntTSL 5 BASIC21.53■■□□□ 1.04
CCDC87Q9NVE4 ATP6V0E2-202ENST00000425642 1649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
CCDC87Q9NVE4 NDOR1-203ENST00000427047 2315 ntTSL 2 BASIC21.53■■□□□ 1.04
CCDC87Q9NVE4 BORCS6-201ENST00000389017 2575 ntAPPRIS P1 BASIC21.53■■□□□ 1.04
CCDC87Q9NVE4 CPEB2-207ENST00000507071 2103 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
CCDC87Q9NVE4 NEIL1-221ENST00000569035 1797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
CCDC87Q9NVE4 NAPA-AS1-201ENST00000593284 1753 ntTSL 2 BASIC21.53■■□□□ 1.04
CCDC87Q9NVE4 EGFL6-201ENST00000361306 2398 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
CCDC87Q9NVE4 KRT15-203ENST00000393976 2394 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.53■■□□□ 1.04
CCDC87Q9NVE4 ZFP1-208ENST00000568079 1426 ntTSL 2 BASIC21.53■■□□□ 1.04
CCDC87Q9NVE4 CHEK1-202ENST00000427383 1670 ntTSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
CCDC87Q9NVE4 CYP2D6-204ENST00000389970 1714 ntTSL 5 BASIC21.52■■□□□ 1.04
CCDC87Q9NVE4 PTPRE-201ENST00000254667 5331 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 36.4 ms