Protein–RNA interactions for Protein: Q13286

CLN3, Battenin, humanhuman

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Length 438 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CLN3Q13286 TCEAL3-201ENST00000243286 1124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
CLN3Q13286 LSM1-201ENST00000311351 1147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
CLN3Q13286 POP5-202ENST00000357500 801 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
CLN3Q13286 LRRC37A5P-201ENST00000374304 1103 ntTSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
CLN3Q13286 RAC2-204ENST00000406508 893 ntTSL 5 BASIC16.04■□□□□ 0.16
CLN3Q13286 TREML5P-201ENST00000421694 576 ntBASIC16.04■□□□□ 0.16
CLN3Q13286 SNHG11-207ENST00000434729 1058 ntTSL 4 BASIC16.04■□□□□ 0.16
CLN3Q13286 AC026202.2-201ENST00000439325 672 ntTSL 2 BASIC16.04■□□□□ 0.16
CLN3Q13286 TMEM176B-205ENST00000450753 1006 ntTSL 2 BASIC16.04■□□□□ 0.16
CLN3Q13286 AC002310.2-201ENST00000486926 950 ntTSL 2 BASIC16.04■□□□□ 0.16
CLN3Q13286 AC107918.2-201ENST00000530817 355 ntBASIC16.04■□□□□ 0.16
CLN3Q13286 SLC25A39P2-201ENST00000537614 270 ntBASIC16.04■□□□□ 0.16
CLN3Q13286 FAM177A1-207ENST00000554052 540 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.04■□□□□ 0.16
CLN3Q13286 MOB3A-209ENST00000592280 1071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
CLN3Q13286 LINC02560-201ENST00000596379 459 ntBASIC16.04■□□□□ 0.16
CLN3Q13286 AL390754.1-201ENST00000619088 582 ntBASIC16.04■□□□□ 0.16
CLN3Q13286 AC008761.3-201ENST00000624803 892 ntBASIC16.04■□□□□ 0.16
CLN3Q13286 OPRD1-201ENST00000234961 9345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
CLN3Q13286 MCOLN2-201ENST00000284027 1729 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.04■□□□□ 0.16
CLN3Q13286 RASA4B-201ENST00000306682 2589 ntTSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
CLN3Q13286 BAZ1A-203ENST00000382422 5775 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
CLN3Q13286 GJA3-201ENST00000241125 5211 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.04■□□□□ 0.16
CLN3Q13286 UBE3A-201ENST00000232165 5051 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.04■□□□□ 0.16
CLN3Q13286 LDHD-202ENST00000450168 1966 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
CLN3Q13286 AL139398.1-201ENST00000638795 1529 ntTSL 5 BASIC16.04■□□□□ 0.16
CLN3Q13286 RPS6KA3-201ENST00000379565 7918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
CLN3Q13286 CLASRP-203ENST00000391953 1941 ntTSL 2 BASIC16.04■□□□□ 0.16
CLN3Q13286 AC087457.1-201ENST00000503496 2727 ntTSL 2 BASIC16.03■□□□□ 0.16
CLN3Q13286 GYG1-214ENST00000627418 1831 ntTSL 5 BASIC16.03■□□□□ 0.16
CLN3Q13286 BICRA-201ENST00000396720 5739 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.03■□□□□ 0.16
CLN3Q13286 NAA60-201ENST00000360862 2522 ntTSL 2 BASIC16.03■□□□□ 0.16
CLN3Q13286 ADAMTS9-202ENST00000459780 2871 ntTSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
CLN3Q13286 PWP1-202ENST00000541166 1722 ntTSL 2 BASIC16.03■□□□□ 0.16
CLN3Q13286 WWOX-214ENST00000566780 2482 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
CLN3Q13286 GRM2-204ENST00000442933 2064 ntTSL 5 BASIC16.03■□□□□ 0.16
CLN3Q13286 SSC4D-201ENST00000275560 2801 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
CLN3Q13286 HOXC11-201ENST00000243082 2039 ntTSL 3 BASIC16.03■□□□□ 0.16
CLN3Q13286 KLHL33-202ENST00000636854 2394 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.03■□□□□ 0.16
CLN3Q13286 MUC1-201ENST00000337604 859 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
CLN3Q13286 AC108047.1-201ENST00000457407 404 ntTSL 2 BASIC16.03■□□□□ 0.16
CLN3Q13286 ZNF789-211ENST00000493485 556 ntTSL 4 BASIC16.03■□□□□ 0.16
CLN3Q13286 IGHV3-42-201ENST00000520410 361 ntBASIC16.03■□□□□ 0.16
CLN3Q13286 AC136475.3-203ENST00000525217 617 ntTSL 2 BASIC16.03■□□□□ 0.16
CLN3Q13286 WASHC3-213ENST00000545679 865 ntTSL 2 BASIC16.03■□□□□ 0.16
CLN3Q13286 AC009053.3-201ENST00000567148 574 ntTSL 4 BASIC16.03■□□□□ 0.16
CLN3Q13286 INO80E-210ENST00000567705 880 ntTSL 3 BASIC16.03■□□□□ 0.16
CLN3Q13286 GNAO1-210ENST00000569295 930 ntTSL 2 BASIC16.03■□□□□ 0.16
CLN3Q13286 CD7-202ENST00000578509 925 ntTSL 3 BASIC16.03■□□□□ 0.16
CLN3Q13286 FOSB-211ENST00000592436 1057 ntTSL 5 BASIC16.03■□□□□ 0.16
CLN3Q13286 ZNF550-208ENST00000601415 515 ntTSL 4 BASIC16.03■□□□□ 0.16
CLN3Q13286 HFE2-206ENST00000634927 506 ntTSL 4 BASIC16.03■□□□□ 0.16
CLN3Q13286 TM2D2-201ENST00000397070 1631 ntTSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
CLN3Q13286 DCAF8-218ENST00000610139 1607 ntTSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
CLN3Q13286 SEMA7A-203ENST00000543145 2304 ntTSL 2 BASIC16.03■□□□□ 0.16
CLN3Q13286 KLHDC3-201ENST00000244670 1903 ntTSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
CLN3Q13286 ACSL6-205ENST00000379246 2622 ntTSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
CLN3Q13286 DDX51-202ENST00000397333 4718 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
CLN3Q13286 SOD2-215ENST00000546087 2558 ntTSL 2 BASIC16.03■□□□□ 0.16
CLN3Q13286 RABL2A-204ENST00000393167 2179 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
CLN3Q13286 SLC16A5-203ENST00000538213 1842 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.03■□□□□ 0.16
CLN3Q13286 AMT-250ENST00000637682 1823 ntTSL 5 BASIC16.03■□□□□ 0.16
CLN3Q13286 NPM2-209ENST00000521157 1484 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.03■□□□□ 0.16
CLN3Q13286 VAV1-204ENST00000596764 2775 ntTSL 2 BASIC16.03■□□□□ 0.16
CLN3Q13286 EIPR1-201ENST00000382125 1766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
CLN3Q13286 RAD23A-201ENST00000316856 1736 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
CLN3Q13286 EVX1-202ENST00000496902 2955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
CLN3Q13286 KCNQ2-213ENST00000626839 9213 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
CLN3Q13286 NEFHP1-201ENST00000412845 2629 ntBASIC16.02■□□□□ 0.16
CLN3Q13286 ADCY3-201ENST00000260600 5050 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
CLN3Q13286 PPP2R2C-206ENST00000507294 1667 ntTSL 2 BASIC16.02■□□□□ 0.16
CLN3Q13286 PALM3-201ENST00000340790 2262 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.02■□□□□ 0.16
CLN3Q13286 CYR61-201ENST00000451137 2290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
CLN3Q13286 ZNF302-214ENST00000613363 2893 ntAPPRIS ALT2 TSL 4 BASIC16.02■□□□□ 0.16
CLN3Q13286 TMEM179-201ENST00000341595 2513 ntTSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
CLN3Q13286 GABBR1-204ENST00000377016 4299 ntTSL 5 BASIC16.02■□□□□ 0.16
CLN3Q13286 RNH1-201ENST00000354420 1894 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.02■□□□□ 0.16
CLN3Q13286 ELL-203ENST00000596124 1852 ntTSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
CLN3Q13286 AC008677.1-201ENST00000519230 1561 ntBASIC16.02■□□□□ 0.16
CLN3Q13286 PIP5KL1-201ENST00000300432 1104 ntTSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
CLN3Q13286 POP7-201ENST00000303151 927 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
CLN3Q13286 CD8B-201ENST00000331469 832 ntTSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
CLN3Q13286 TMEM191A-202ENST00000419950 663 ntTSL 3 BASIC16.02■□□□□ 0.16
CLN3Q13286 BX276092.7-202ENST00000422194 696 ntTSL 3 BASIC16.02■□□□□ 0.16
CLN3Q13286 PLAC9P1-202ENST00000433290 400 ntTSL 2 BASIC16.02■□□□□ 0.16
CLN3Q13286 U52111.1-201ENST00000434284 914 ntTSL 3 BASIC16.02■□□□□ 0.16
CLN3Q13286 TSC22D3-213ENST00000506081 956 ntTSL 5 BASIC16.02■□□□□ 0.16
CLN3Q13286 ZNF576-206ENST00000533118 867 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.02■□□□□ 0.16
CLN3Q13286 AC026150.2-201ENST00000564693 1156 ntBASIC16.02■□□□□ 0.16
CLN3Q13286 MIR4515-201ENST00000584082 81 ntBASIC16.02■□□□□ 0.16
CLN3Q13286 RAB34-224ENST00000636513 888 ntTSL 5 BASIC16.02■□□□□ 0.16
CLN3Q13286 KCNH1-210ENST00000640044 1818 ntTSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
CLN3Q13286 EIF2AK3-201ENST00000303236 4646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
CLN3Q13286 HIPK1-207ENST00000369561 3777 ntTSL 5 BASIC16.02■□□□□ 0.15
CLN3Q13286 NDUFV1-216ENST00000529927 1503 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.15
CLN3Q13286 HPCAL1-206ENST00000613496 1547 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.02■□□□□ 0.15
CLN3Q13286 EFS-201ENST00000216733 3118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.15
CLN3Q13286 MZT1-201ENST00000377818 2299 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.15
CLN3Q13286 MAN1B1-207ENST00000535144 2296 ntTSL 2 BASIC16.02■□□□□ 0.15
CLN3Q13286 FAM72C-202ENST00000584486 2297 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.15
CLN3Q13286 CACNA1A-225ENST00000636389 8137 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.02■□□□□ 0.15
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