Protein–RNA interactions for Protein: Q12873

CHD3, Chromodomain-helicase-DNA-binding protein 3, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 2,000 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHD3Q12873 BCS1L-202ENST00000392109 1583 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.78□□□□□ -0.04
CHD3Q12873 BCS1L-204ENST00000392111 1584 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.78□□□□□ -0.04
CHD3Q12873 NEIL1-221ENST00000569035 1797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.78□□□□□ -0.04
CHD3Q12873 ZNF584-209ENST00000599238 2288 ntTSL 1 (best) BASIC14.77□□□□□ -0.04
CHD3Q12873 GCSH-209ENST00000639689 2412 ntTSL 5 BASIC14.77□□□□□ -0.04
CHD3Q12873 PDE4A-201ENST00000293683 2583 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.77□□□□□ -0.04
CHD3Q12873 EVC-201ENST00000264956 6431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.77□□□□□ -0.04
CHD3Q12873 FERMT2-203ENST00000395631 3369 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.77□□□□□ -0.04
CHD3Q12873 ANKRD29-208ENST00000592179 3361 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.77□□□□□ -0.04
CHD3Q12873 SSC5D-201ENST00000389623 4845 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.77□□□□□ -0.04
CHD3Q12873 NADSYN1-201ENST00000319023 2773 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.77□□□□□ -0.04
CHD3Q12873 ZNF81-201ENST00000334937 610 ntTSL 1 (best) BASIC14.77□□□□□ -0.04
CHD3Q12873 SIGLEC8-202ENST00000340550 1293 ntTSL 1 (best) BASIC14.77□□□□□ -0.04
CHD3Q12873 TADA1-201ENST00000367874 2159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.77□□□□□ -0.04
CHD3Q12873 KANK4-204ENST00000371153 4665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.77□□□□□ -0.04
CHD3Q12873 MIB2-202ENST00000378708 3012 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.77□□□□□ -0.04
CHD3Q12873 PLEKHG5-207ENST00000400913 4698 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC14.77□□□□□ -0.04
CHD3Q12873 RPL13P5-203ENST00000421824 845 ntTSL 3 BASIC14.77□□□□□ -0.04
CHD3Q12873 AL390729.1-201ENST00000456651 587 ntTSL 2 BASIC14.77□□□□□ -0.04
CHD3Q12873 TPD52L1-211ENST00000532429 1022 ntTSL 2 BASIC14.77□□□□□ -0.04
CHD3Q12873 AL109827.1-203ENST00000541176 872 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC14.77□□□□□ -0.04
CHD3Q12873 SNX1-208ENST00000559844 1971 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.77□□□□□ -0.04
CHD3Q12873 AC105339.3-201ENST00000560043 636 ntBASIC14.77□□□□□ -0.04
CHD3Q12873 AC006557.2-201ENST00000592985 1240 ntBASIC14.77□□□□□ -0.04
CHD3Q12873 AC239800.4-201ENST00000603712 296 ntBASIC14.77□□□□□ -0.04
CHD3Q12873 AC244153.1-202ENST00000617855 482 ntTSL 3 BASIC14.77□□□□□ -0.04
CHD3Q12873 LRRC23-215ENST00000622489 1061 ntTSL 5 BASIC14.77□□□□□ -0.04
CHD3Q12873 AC073592.4-201ENST00000623827 446 ntBASIC14.77□□□□□ -0.04
CHD3Q12873 AL662799.1-201ENST00000630418 496 ntTSL 5 BASIC14.77□□□□□ -0.04
CHD3Q12873 MEF2A-202ENST00000354410 5824 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.77□□□□□ -0.05
CHD3Q12873 VASN-201ENST00000304735 2806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.77□□□□□ -0.05
CHD3Q12873 FN1-208ENST00000426059 2388 ntTSL 1 (best) BASIC14.77□□□□□ -0.05
CHD3Q12873 CCDC144A-210ENST00000456009 2306 ntTSL 5 BASIC14.77□□□□□ -0.05
CHD3Q12873 VSIG10L2-202ENST00000638636 2304 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.77□□□□□ -0.05
CHD3Q12873 PIP5K1A-207ENST00000441902 2297 ntTSL 2 BASIC14.77□□□□□ -0.05
CHD3Q12873 TMEM198B-203ENST00000482378 2230 ntTSL 1 (best) BASIC14.77□□□□□ -0.05
CHD3Q12873 AC108860.2-201ENST00000562760 2183 ntBASIC14.77□□□□□ -0.05
CHD3Q12873 TRNT1-205ENST00000402675 1935 ntTSL 2 BASIC14.77□□□□□ -0.05
CHD3Q12873 AMT-250ENST00000637682 1823 ntTSL 5 BASIC14.77□□□□□ -0.05
CHD3Q12873 TMEM145-201ENST00000301204 1768 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC14.77□□□□□ -0.05
CHD3Q12873 NPTX1-201ENST00000306773 5122 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.77□□□□□ -0.05
CHD3Q12873 ATP6V0E2-202ENST00000425642 1649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.77□□□□□ -0.05
CHD3Q12873 CELF3-201ENST00000290583 3246 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.77□□□□□ -0.05
CHD3Q12873 SRSF1-201ENST00000258962 1513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.77□□□□□ -0.05
CHD3Q12873 CBSL-202ENST00000617706 2563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.76□□□□□ -0.05
CHD3Q12873 SOD2-201ENST00000337404 991 ntTSL 2 BASIC14.76□□□□□ -0.05
CHD3Q12873 ENSA-206ENST00000361631 725 ntTSL 2 BASIC14.76□□□□□ -0.05
CHD3Q12873 TMEM59-202ENST00000371337 600 ntTSL 2 BASIC14.76□□□□□ -0.05
CHD3Q12873 C6orf226-201ENST00000408925 552 ntAPPRIS P1 BASIC14.76□□□□□ -0.05
CHD3Q12873 CRYGEP-201ENST00000412192 528 ntBASIC14.76□□□□□ -0.05
CHD3Q12873 BPHL-208ENST00000434640 1186 ntTSL 5 BASIC14.76□□□□□ -0.05
CHD3Q12873 NKTR-203ENST00000442970 646 ntTSL 2 BASIC14.76□□□□□ -0.05
CHD3Q12873 COX20P2-201ENST00000452636 358 ntBASIC14.76□□□□□ -0.05
CHD3Q12873 ARTN-206ENST00000472435 402 ntTSL 3 BASIC14.76□□□□□ -0.05
CHD3Q12873 ADA-207ENST00000537820 1128 ntTSL 1 (best) BASIC14.76□□□□□ -0.05
CHD3Q12873 AC074135.2-201ENST00000600896 510 ntTSL 3 BASIC14.76□□□□□ -0.05
CHD3Q12873 MARCH2-206ENST00000601283 747 ntTSL 3 BASIC14.76□□□□□ -0.05
CHD3Q12873 PCDHGC4-204ENST00000618371 812 ntTSL 3 BASIC14.76□□□□□ -0.05
CHD3Q12873 TPR-209ENST00000613151 2478 ntTSL 5 BASIC14.76□□□□□ -0.05
CHD3Q12873 JMJD4-207ENST00000620518 2432 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.76□□□□□ -0.05
CHD3Q12873 PHF12-202ENST00000332830 4759 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.76□□□□□ -0.05
CHD3Q12873 DCP1B-201ENST00000280665 2086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.76□□□□□ -0.05
CHD3Q12873 PKD1P5-201ENST00000532415 10291 ntBASIC14.76□□□□□ -0.05
CHD3Q12873 EXD3-201ENST00000340951 2872 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.76□□□□□ -0.05
CHD3Q12873 CDC25A-201ENST00000302506 3783 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.76□□□□□ -0.05
CHD3Q12873 C17orf62-202ENST00000342572 1849 ntTSL 2 BASIC14.76□□□□□ -0.05
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CHD3Q12873 TTC29-201ENST00000325106 1785 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.76□□□□□ -0.05
CHD3Q12873 ISYNA1-202ENST00000457269 1703 ntTSL 2 BASIC14.76□□□□□ -0.05
CHD3Q12873 ERBB2-205ENST00000578199 2526 ntTSL 1 (best) BASIC14.76□□□□□ -0.05
CHD3Q12873 AC006504.4-201ENST00000592118 1568 ntBASIC14.76□□□□□ -0.05
CHD3Q12873 EML3-201ENST00000278845 3017 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC14.76□□□□□ -0.05
CHD3Q12873 MAP4K4-202ENST00000324219 7526 ntTSL 5 BASIC14.76□□□□□ -0.05
CHD3Q12873 WDFY4-202ENST00000360890 2193 ntTSL 1 (best) BASIC14.76□□□□□ -0.05
CHD3Q12873 BEST2-202ENST00000549706 2183 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.76□□□□□ -0.05
CHD3Q12873 TAB2-209ENST00000637181 4230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.76□□□□□ -0.05
CHD3Q12873 CROCCP2-202ENST00000412962 2773 ntBASIC14.76□□□□□ -0.05
CHD3Q12873 SCP2-202ENST00000371513 2003 ntTSL 1 (best) BASIC14.76□□□□□ -0.05
CHD3Q12873 CIB3-201ENST00000269878 711 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.76□□□□□ -0.05
CHD3Q12873 PFDN6-201ENST00000374606 740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.76□□□□□ -0.05
CHD3Q12873 TREML1-203ENST00000437044 647 ntTSL 1 (best) BASIC14.76□□□□□ -0.05
CHD3Q12873 EHMT1-216ENST00000493484 1182 ntTSL 3 BASIC14.76□□□□□ -0.05
CHD3Q12873 LEKR1-211ENST00000498839 616 ntTSL 3 BASIC14.76□□□□□ -0.05
CHD3Q12873 MRNIP-205ENST00000518235 1244 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC14.76□□□□□ -0.05
CHD3Q12873 IGHV3-52-201ENST00000519770 353 ntBASIC14.76□□□□□ -0.05
CHD3Q12873 TMEM220-203ENST00000578345 559 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC14.76□□□□□ -0.05
CHD3Q12873 AC092364.2-202ENST00000597012 1073 ntBASIC14.76□□□□□ -0.05
CHD3Q12873 NFIB-212ENST00000622520 1274 ntTSL 5 BASIC14.76□□□□□ -0.05
CHD3Q12873 AC073592.5-201ENST00000624854 528 ntBASIC14.76□□□□□ -0.05
CHD3Q12873 C14orf28-201ENST00000325192 2915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.76□□□□□ -0.05
CHD3Q12873 KIAA1586-203ENST00000545356 2883 ntTSL 2 BASIC14.76□□□□□ -0.05
CHD3Q12873 MAPK8IP3-216ENST00000610761 5626 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC14.76□□□□□ -0.05
CHD3Q12873 SBSPON-201ENST00000297354 3801 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.76□□□□□ -0.05
CHD3Q12873 AC125494.1-203ENST00000396799 1622 ntTSL 1 (best) BASIC14.76□□□□□ -0.05
CHD3Q12873 FAM69C-201ENST00000343998 3671 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.76□□□□□ -0.05
CHD3Q12873 AC005498.3-201ENST00000596587 2045 ntTSL 1 (best) BASIC14.76□□□□□ -0.05
CHD3Q12873 LMO4-202ENST00000370544 5405 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.75□□□□□ -0.05
CHD3Q12873 CRB3-203ENST00000598494 1443 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC14.75□□□□□ -0.05
CHD3Q12873 OBSL1-201ENST00000289656 2274 ntTSL 5 BASIC14.75□□□□□ -0.05
CHD3Q12873 PAX7-201ENST00000375375 2260 ntTSL 1 (best) BASIC14.75□□□□□ -0.05
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