Protein–RNA interactions for Protein: P31274

HOXC9, Homeobox protein Hox-C9, humanhuman

Predictions only

Length 260 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXC9P31274 RAD51D-201ENST00000335858 1353 ntTSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
HOXC9P31274 CD72-204ENST00000396757 2035 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.58■■□□□ 1.2
HOXC9P31274 TAPBP-238ENST00000475304 1686 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.58■■□□□ 1.2
HOXC9P31274 RBPJ-204ENST00000348160 1752 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.2
HOXC9P31274 RBM24-202ENST00000379052 2703 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.2
HOXC9P31274 HNRNPH3-202ENST00000354695 1332 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
HOXC9P31274 FAM214B-203ENST00000378561 5771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
HOXC9P31274 AC016396.2-201ENST00000562575 1417 ntBASIC22.57■■□□□ 1.2
HOXC9P31274 EI24-201ENST00000278903 2455 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
HOXC9P31274 FIBIN-201ENST00000318627 1938 ntAPPRIS P1 BASIC22.57■■□□□ 1.2
HOXC9P31274 TMEM235-201ENST00000374946 2409 ntTSL 5 BASIC22.57■■□□□ 1.2
HOXC9P31274 CDK13-202ENST00000340829 5066 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
HOXC9P31274 RNA5SP421-201ENST00000516864 134 ntBASIC22.57■■□□□ 1.2
HOXC9P31274 GATD1-206ENST00000526325 756 ntTSL 5 BASIC22.57■■□□□ 1.2
HOXC9P31274 ZNF576-206ENST00000533118 867 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.57■■□□□ 1.2
HOXC9P31274 AC087641.1-201ENST00000557561 1021 ntBASIC22.57■■□□□ 1.2
HOXC9P31274 AC090241.2-202ENST00000602333 633 ntTSL 3 BASIC22.57■■□□□ 1.2
HOXC9P31274 CDC42EP4-209ENST00000630622 240 ntTSL 5 BASIC22.57■■□□□ 1.2
HOXC9P31274 FOS-208ENST00000555686 1496 ntTSL 2 BASIC22.57■■□□□ 1.2
HOXC9P31274 AC053503.2-201ENST00000420563 1598 ntTSL 2 BASIC22.57■■□□□ 1.2
HOXC9P31274 ACOXL-205ENST00000439055 2373 ntTSL 2 BASIC22.57■■□□□ 1.2
HOXC9P31274 C12orf65-202ENST00000366329 1901 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.57■■□□□ 1.2
HOXC9P31274 MAPK9-203ENST00000393360 4326 ntTSL 5 BASIC22.56■■□□□ 1.2
HOXC9P31274 HIBADH-201ENST00000265395 1990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
HOXC9P31274 PYCR2-201ENST00000343818 1689 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
HOXC9P31274 AC116353.5-201ENST00000638148 1699 ntBASIC22.56■■□□□ 1.2
HOXC9P31274 AL390961.4-201ENST00000623958 2535 ntBASIC22.56■■□□□ 1.2
HOXC9P31274 RNF183-203ENST00000441031 1366 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
HOXC9P31274 TM2D3-207ENST00000559107 1353 ntTSL 3 BASIC22.56■■□□□ 1.2
HOXC9P31274 GGA1-203ENST00000343632 3159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
HOXC9P31274 DCLK1-203ENST00000379892 2101 ntTSL 5 BASIC22.56■■□□□ 1.2
HOXC9P31274 WNT7B-203ENST00000410058 714 ntTSL 3 BASIC22.56■■□□□ 1.2
HOXC9P31274 AC107890.1-201ENST00000422478 521 ntBASIC22.56■■□□□ 1.2
HOXC9P31274 AC125807.1-201ENST00000483097 614 ntBASIC22.56■■□□□ 1.2
HOXC9P31274 TMEM33-208ENST00000513702 1092 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.56■■□□□ 1.2
HOXC9P31274 RNASEK-203ENST00000549393 783 ntTSL 3 BASIC22.56■■□□□ 1.2
HOXC9P31274 AC133550.1-201ENST00000563565 295 ntTSL 3 BASIC22.56■■□□□ 1.2
HOXC9P31274 RPL13-214ENST00000567815 712 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.56■■□□□ 1.2
HOXC9P31274 AP000842.3-202ENST00000569238 1080 ntBASIC22.56■■□□□ 1.2
HOXC9P31274 MPDU1-223ENST00000582151 728 ntBASIC22.56■■□□□ 1.2
HOXC9P31274 AC008267.7-201ENST00000624570 1194 ntBASIC22.56■■□□□ 1.2
HOXC9P31274 LRCH4-201ENST00000310300 2552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
HOXC9P31274 ZNF302-206ENST00000505242 2849 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
HOXC9P31274 AC004951.4-201ENST00000454572 2076 ntTSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
HOXC9P31274 KCNH2-203ENST00000430723 2648 ntTSL 5 BASIC22.56■■□□□ 1.2
HOXC9P31274 FGFBP3-201ENST00000311575 2545 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
HOXC9P31274 SH2B3-201ENST00000341259 5406 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
HOXC9P31274 LINC00461-203ENST00000504246 2300 ntTSL 2 BASIC22.56■■□□□ 1.2
HOXC9P31274 DMKN-201ENST00000339686 1927 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
HOXC9P31274 GJB6-204ENST00000400066 1927 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
HOXC9P31274 CHTOP-205ENST00000403433 1923 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.55■■□□□ 1.2
HOXC9P31274 SPSB2-203ENST00000519357 1496 ntTSL 2 BASIC22.55■■□□□ 1.2
HOXC9P31274 NRBP1-204ENST00000379863 2174 ntTSL 5 BASIC22.55■■□□□ 1.2
HOXC9P31274 FO538757.1-201ENST00000623083 1397 ntBASIC22.55■■□□□ 1.2
HOXC9P31274 PTPA-204ENST00000355007 2515 ntTSL 5 BASIC22.55■■□□□ 1.2
HOXC9P31274 CMPK2-201ENST00000256722 2884 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
HOXC9P31274 RGS3-206ENST00000374136 2092 ntTSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
HOXC9P31274 PENK-201ENST00000314922 1199 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
HOXC9P31274 MIR346-201ENST00000362234 95 ntBASIC22.55■■□□□ 1.2
HOXC9P31274 CACNB2-206ENST00000377328 1233 ntTSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
HOXC9P31274 MIR661-201ENST00000384842 89 ntBASIC22.55■■□□□ 1.2
HOXC9P31274 CENPM-205ENST00000404067 905 ntTSL 3 BASIC22.55■■□□□ 1.2
HOXC9P31274 PMS2P4-201ENST00000412466 1052 ntBASIC22.55■■□□□ 1.2
HOXC9P31274 LINC01812-201ENST00000457448 725 ntTSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
HOXC9P31274 CFL1-212ENST00000531413 636 ntTSL 3 BASIC22.55■■□□□ 1.2
HOXC9P31274 AL583722.3-202ENST00000554954 486 ntTSL 4 BASIC22.55■■□□□ 1.2
HOXC9P31274 AC104985.1-201ENST00000587528 507 ntTSL 3 BASIC22.55■■□□□ 1.2
HOXC9P31274 AC247036.6-201ENST00000632950 410 ntAPPRIS P1 BASIC22.55■■□□□ 1.2
HOXC9P31274 AC104581.1-203ENST00000640240 353 ntTSL 2 BASIC22.55■■□□□ 1.2
HOXC9P31274 SERPINB6-201ENST00000335686 1604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
HOXC9P31274 GCDH-201ENST00000222214 1956 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
HOXC9P31274 ZCCHC23-201ENST00000500526 1951 ntTSL 2 BASIC22.55■■□□□ 1.2
HOXC9P31274 GGT5-201ENST00000263112 2334 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
HOXC9P31274 TRABD-201ENST00000303434 2329 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
HOXC9P31274 GNAS-203ENST00000306120 1878 ntBASIC22.55■■□□□ 1.2
HOXC9P31274 FRMD8P1-201ENST00000440433 1524 ntBASIC22.55■■□□□ 1.2
HOXC9P31274 SLC35E1-208ENST00000595753 5099 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
HOXC9P31274 TMPRSS5-207ENST00000540540 2001 ntTSL 2 BASIC22.55■■□□□ 1.2
HOXC9P31274 AC016027.1-202ENST00000607927 1699 ntBASIC22.55■■□□□ 1.2
HOXC9P31274 BFSP1-201ENST00000377868 2063 ntTSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
HOXC9P31274 HS3ST2-201ENST00000261374 2314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
HOXC9P31274 AC131009.4-201ENST00000624048 1740 ntBASIC22.54■■□□□ 1.2
HOXC9P31274 ECEL1-201ENST00000304546 2865 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
HOXC9P31274 TH-205ENST00000381175 1898 ntTSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
HOXC9P31274 SLC39A4-201ENST00000276833 2297 ntTSL 2 BASIC22.54■■□□□ 1.2
HOXC9P31274 RUVBL1-201ENST00000322623 1761 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
HOXC9P31274 MRPL43-201ENST00000299179 747 ntTSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
HOXC9P31274 TMEM270-201ENST00000320531 854 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
HOXC9P31274 CD81-202ENST00000381036 880 ntTSL 3 BASIC22.54■■□□□ 1.2
HOXC9P31274 TREML5P-201ENST00000421694 576 ntBASIC22.54■■□□□ 1.2
HOXC9P31274 AC026202.2-201ENST00000439325 672 ntTSL 2 BASIC22.54■■□□□ 1.2
HOXC9P31274 LINC02242-201ENST00000507298 641 ntTSL 5 BASIC22.54■■□□□ 1.2
HOXC9P31274 AC055854.1-201ENST00000523627 570 ntTSL 4 BASIC22.54■■□□□ 1.2
HOXC9P31274 LINC01089-211ENST00000543334 1282 ntTSL 4 BASIC22.54■■□□□ 1.2
HOXC9P31274 AC140878.1-201ENST00000565277 250 ntBASIC22.54■■□□□ 1.2
HOXC9P31274 NAA60-208ENST00000570819 833 ntTSL 2 BASIC22.54■■□□□ 1.2
HOXC9P31274 ZNF667-AS1-204ENST00000588158 921 ntTSL 3 BASIC22.54■■□□□ 1.2
HOXC9P31274 AC027307.2-201ENST00000591252 911 ntBASIC22.54■■□□□ 1.2
HOXC9P31274 RCAN3-211ENST00000630217 658 ntTSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
HOXC9P31274 AC020934.3-201ENST00000639810 348 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.54■■□□□ 1.2
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 58.7 ms