Protein–RNA interactions for Protein: P28360

MSX1, Homeobox protein MSX-1, humanhuman

Predictions only

Length 303 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
MSX1P28360 AGAP6-201ENST00000374056 2703 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
MSX1P28360 DMAP1-201ENST00000315913 1552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
MSX1P28360 WHAMMP3-203ENST00000621139 4494 ntTSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
MSX1P28360 CPEB2-204ENST00000382401 5509 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
MSX1P28360 FGFR4-202ENST00000393637 2418 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
MSX1P28360 GCSH-209ENST00000639689 2412 ntTSL 5 BASIC15.75■□□□□ 0.11
MSX1P28360 RGS3-211ENST00000462403 2155 ntTSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
MSX1P28360 GABRB3-202ENST00000311550 5781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
MSX1P28360 PDE8B-201ENST00000264917 5956 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
MSX1P28360 KCTD2-201ENST00000322444 3635 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
MSX1P28360 DUSP12-201ENST00000367943 1270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
MSX1P28360 TSTD1-203ENST00000368024 457 ntTSL 2 BASIC15.75■□□□□ 0.11
MSX1P28360 LINC00982-205ENST00000420957 435 ntBASIC15.75■□□□□ 0.11
MSX1P28360 LAGE3P1-201ENST00000425356 484 ntBASIC15.75■□□□□ 0.11
MSX1P28360 FAM172A-207ENST00000509739 1031 ntTSL 2 BASIC15.75■□□□□ 0.11
MSX1P28360 OR7E14P-202ENST00000530490 1290 ntBASIC15.75■□□□□ 0.11
MSX1P28360 AC009061.1-201ENST00000567261 475 ntTSL 3 BASIC15.75■□□□□ 0.11
MSX1P28360 RNF151-202ENST00000569210 853 ntTSL 2 BASIC15.75■□□□□ 0.11
MSX1P28360 PNMT-203ENST00000581428 677 ntTSL 2 BASIC15.75■□□□□ 0.11
MSX1P28360 FAM71E1-202ENST00000595790 1225 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
MSX1P28360 AC140113.2-201ENST00000604370 208 ntBASIC15.75■□□□□ 0.11
MSX1P28360 CHRD-202ENST00000348986 3155 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.75■□□□□ 0.11
MSX1P28360 ADRA1A-206ENST00000380586 2304 ntTSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
MSX1P28360 NSMAF-202ENST00000427130 3371 ntTSL 2 BASIC15.75■□□□□ 0.11
MSX1P28360 REEP4-202ENST00000334530 1476 ntTSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
MSX1P28360 OTUD5-204ENST00000428668 1493 ntTSL 2 BASIC15.75■□□□□ 0.11
MSX1P28360 TMEM37-201ENST00000306406 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
MSX1P28360 B3GNT9-201ENST00000449549 2917 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
MSX1P28360 ARHGEF5-202ENST00000471847 1862 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
MSX1P28360 CBX6-202ENST00000407418 6122 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
MSX1P28360 TNFRSF14-AS1-205ENST00000449660 1629 ntTSL 2 BASIC15.75■□□□□ 0.11
MSX1P28360 ADSL-202ENST00000342312 1808 ntTSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
MSX1P28360 LYPLAL1-201ENST00000366927 1819 ntTSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
MSX1P28360 AC005498.3-201ENST00000596587 2045 ntTSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
MSX1P28360 NEK10-202ENST00000341435 2638 ntTSL 2 BASIC15.75■□□□□ 0.11
MSX1P28360 TRIM8-201ENST00000302424 2831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
MSX1P28360 ARHGEF19-201ENST00000270747 3029 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
MSX1P28360 ZSCAN18-201ENST00000240727 2779 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
MSX1P28360 RAB4B-EGLN2-201ENST00000594136 2554 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.75■□□□□ 0.11
MSX1P28360 AC011270.2-201ENST00000624293 2550 ntBASIC15.75■□□□□ 0.11
MSX1P28360 FST-202ENST00000396947 2538 ntTSL 5 BASIC15.74■□□□□ 0.11
MSX1P28360 SPNS1-202ENST00000323081 2102 ntTSL 2 BASIC15.74■□□□□ 0.11
MSX1P28360 AC004817.3-201ENST00000602957 2129 ntBASIC15.74■□□□□ 0.11
MSX1P28360 CBFA2T2-201ENST00000342704 2864 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
MSX1P28360 AC093525.9-201ENST00000624961 1746 ntBASIC15.74■□□□□ 0.11
MSX1P28360 HPCAL1-206ENST00000613496 1547 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.74■□□□□ 0.11
MSX1P28360 HNRNPDL-210ENST00000630827 1318 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.74■□□□□ 0.11
MSX1P28360 GCGR-201ENST00000400723 2051 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
MSX1P28360 C1orf159-204ENST00000379339 2429 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.74■□□□□ 0.11
MSX1P28360 MIEF2-204ENST00000395706 2441 ntTSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
MSX1P28360 MYH14-210ENST00000601313 6896 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
MSX1P28360 CDH6-205ENST00000514738 2569 ntTSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
MSX1P28360 MOSPD3-201ENST00000223054 1053 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.74■□□□□ 0.11
MSX1P28360 ZNF81-201ENST00000334937 610 ntTSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
MSX1P28360 DNAH14-205ENST00000366850 1103 ntTSL 5 BASIC15.74■□□□□ 0.11
MSX1P28360 LBH-204ENST00000406087 559 ntTSL 4 BASIC15.74■□□□□ 0.11
MSX1P28360 AP001058.1-201ENST00000423967 463 ntTSL 2 BASIC15.74■□□□□ 0.11
MSX1P28360 AC098831.1-202ENST00000438821 336 ntBASIC15.74■□□□□ 0.11
MSX1P28360 CR559946.1-201ENST00000453835 531 ntTSL 4 BASIC15.74■□□□□ 0.11
MSX1P28360 AC092910.1-201ENST00000482027 1129 ntBASIC15.74■□□□□ 0.11
MSX1P28360 H2AFJ-203ENST00000544848 644 ntAPPRIS P1 BASIC15.74■□□□□ 0.11
MSX1P28360 AC034105.1-201ENST00000563488 319 ntBASIC15.74■□□□□ 0.11
MSX1P28360 ARMC7-203ENST00000581078 1002 ntTSL 2 BASIC15.74■□□□□ 0.11
MSX1P28360 AC006557.2-201ENST00000592985 1240 ntBASIC15.74■□□□□ 0.11
MSX1P28360 AC025062.2-201ENST00000605477 670 ntBASIC15.74■□□□□ 0.11
MSX1P28360 SLC26A1-205ENST00000622731 1057 ntTSL 5 BASIC15.74■□□□□ 0.11
MSX1P28360 AC107918.4-202ENST00000641623 219 ntBASIC15.74■□□□□ 0.11
MSX1P28360 AKT1S1-207ENST00000391835 3075 ntTSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
MSX1P28360 LTB4R2-202ENST00000528054 3092 ntBASIC15.74■□□□□ 0.11
MSX1P28360 PCDHA13-202ENST00000409494 4884 ntTSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
MSX1P28360 MED25-202ENST00000538643 1623 ntTSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
MSX1P28360 AZIN2-203ENST00000373441 1443 ntTSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
MSX1P28360 TBXAS1-202ENST00000411653 1792 ntTSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
MSX1P28360 TMC6-203ENST00000392467 2833 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
MSX1P28360 SLC47A2-202ENST00000350657 2285 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
MSX1P28360 WDR45-206ENST00000376368 1381 ntTSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
MSX1P28360 OSGIN1-202ENST00000361711 2230 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.74■□□□□ 0.11
MSX1P28360 TVP23C-204ENST00000438826 1852 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
MSX1P28360 OLA1-201ENST00000284719 4417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
MSX1P28360 ZNF200-202ENST00000396870 2373 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
MSX1P28360 FZD4-201ENST00000531380 7383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
MSX1P28360 GNAI2-204ENST00000440628 1663 ntTSL 5 BASIC15.73■□□□□ 0.11
MSX1P28360 RNF128-201ENST00000255499 2817 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
MSX1P28360 EIF2AK4-201ENST00000263791 5499 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.73■□□□□ 0.11
MSX1P28360 CD99P1-204ENST00000435581 2788 ntTSL 2 BASIC15.73■□□□□ 0.11
MSX1P28360 TEAD4-201ENST00000358409 1637 ntTSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
MSX1P28360 LGMN-216ENST00000557434 1797 ntTSL 5 BASIC15.73■□□□□ 0.11
MSX1P28360 DPY30-201ENST00000295066 631 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
MSX1P28360 DPY30-202ENST00000342166 708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
MSX1P28360 OPN1LW-201ENST00000369951 1261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
MSX1P28360 GYG2P1-204ENST00000382966 639 ntTSL 3 BASIC15.73■□□□□ 0.11
MSX1P28360 CHMP3-203ENST00000409225 1099 ntTSL 2 BASIC15.73■□□□□ 0.11
MSX1P28360 SNHG11-204ENST00000420006 720 ntTSL 3 BASIC15.73■□□□□ 0.11
MSX1P28360 SNHG11-206ENST00000432153 1181 ntTSL 3 BASIC15.73■□□□□ 0.11
MSX1P28360 SPCS2-202ENST00000526361 772 ntTSL 2 BASIC15.73■□□□□ 0.11
MSX1P28360 AC007193.2-201ENST00000596807 472 ntTSL 3 BASIC15.73■□□□□ 0.11
MSX1P28360 AL356488.2-201ENST00000602755 427 ntBASIC15.73■□□□□ 0.11
MSX1P28360 AL353135.1-201ENST00000606729 504 ntBASIC15.73■□□□□ 0.11
MSX1P28360 AL139424.1-201ENST00000607572 797 ntBASIC15.73■□□□□ 0.11
MSX1P28360 Z83851.2-201ENST00000609564 659 ntBASIC15.73■□□□□ 0.11
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 53.4 ms