Protein–RNA interactions for Protein: P02461

COL3A1, Collagen alpha-1(III) chain, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 1,466 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL3A1P02461 RGN-203ENST00000397180 2257 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.47■■□□□ 1.19
COL3A1P02461 TRIP10-201ENST00000313244 2153 ntTSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
COL3A1P02461 LETM1P2-201ENST00000597330 2178 ntBASIC22.47■■□□□ 1.19
COL3A1P02461 MPP1-202ENST00000369534 2042 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
COL3A1P02461 AES-201ENST00000221561 1884 ntTSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
COL3A1P02461 CASP9-210ENST00000546424 4463 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.47■■□□□ 1.19
COL3A1P02461 APLNR-203ENST00000611099 1789 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
COL3A1P02461 NISCH-201ENST00000345716 5238 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
COL3A1P02461 LGMN-211ENST00000555699 1728 ntTSL 5 BASIC22.47■■□□□ 1.19
COL3A1P02461 CRTC1-201ENST00000321949 2501 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
COL3A1P02461 TMEM86B-201ENST00000327042 1637 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
COL3A1P02461 NR2C1-219ENST00000622476 1561 ntTSL 5 BASIC22.47■■□□□ 1.19
COL3A1P02461 ZBTB16-202ENST00000392996 2287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
COL3A1P02461 MAP4K4-210ENST00000425019 4403 ntTSL 5 BASIC22.47■■□□□ 1.19
COL3A1P02461 TBX6-203ENST00000553607 2162 ntTSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
COL3A1P02461 CBFA2T2-201ENST00000342704 2864 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
COL3A1P02461 BIRC7-201ENST00000217169 1368 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
COL3A1P02461 TRAPPC1-201ENST00000303731 811 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
COL3A1P02461 NRN1L-201ENST00000339176 710 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
COL3A1P02461 FCN1-201ENST00000371806 1286 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
COL3A1P02461 HSD17B8-203ENST00000374662 990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
COL3A1P02461 AC254562.1-201ENST00000417586 456 ntBASIC22.47■■□□□ 1.19
COL3A1P02461 AL162231.1-204ENST00000423809 477 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC22.47■■□□□ 1.19
COL3A1P02461 AC092183.1-201ENST00000469884 875 ntBASIC22.47■■□□□ 1.19
COL3A1P02461 AP000344.2-201ENST00000512987 629 ntBASIC22.47■■□□□ 1.19
COL3A1P02461 AC069503.2-201ENST00000546333 576 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.47■■□□□ 1.19
COL3A1P02461 LRFN3-201ENST00000246529 2513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
COL3A1P02461 PDPK2P-201ENST00000382326 2387 ntTSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
COL3A1P02461 HPN-202ENST00000392226 1783 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
COL3A1P02461 C12orf40-202ENST00000405531 1656 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
COL3A1P02461 ASB16-AS1-201ENST00000585457 2213 ntTSL 2 BASIC22.46■■□□□ 1.19
COL3A1P02461 AC011473.4-202ENST00000250366 1602 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC22.46■■□□□ 1.19
COL3A1P02461 TTLL12-201ENST00000216129 3385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
COL3A1P02461 COMMD5-202ENST00000402718 1305 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
COL3A1P02461 IGSF8-205ENST00000614243 2191 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
COL3A1P02461 NUPR2-201ENST00000329309 603 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
COL3A1P02461 TMEM44-201ENST00000330115 1278 ntTSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
COL3A1P02461 NKIRAS1-204ENST00000416026 795 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC22.46■■□□□ 1.19
COL3A1P02461 AKIRIN1-203ENST00000446189 1243 ntTSL 2 BASIC22.46■■□□□ 1.19
COL3A1P02461 PP7080-203ENST00000510604 859 ntTSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
COL3A1P02461 AC105202.1-202ENST00000522060 834 ntTSL 3 BASIC22.46■■□□□ 1.19
COL3A1P02461 CPZ-203ENST00000382480 2538 ntTSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
COL3A1P02461 PRMT2-203ENST00000355680 2688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.19
COL3A1P02461 ACTN3-203ENST00000513398 2939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
COL3A1P02461 NTNG1-203ENST00000370066 1443 ntTSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
COL3A1P02461 NKAIN4-202ENST00000370313 1421 ntTSL 3 BASIC22.45■■□□□ 1.18
COL3A1P02461 ICAM4-203ENST00000393717 1390 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.45■■□□□ 1.18
COL3A1P02461 UBAC2-203ENST00000403766 1375 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.45■■□□□ 1.18
COL3A1P02461 GOLGA6L17P-202ENST00000614358 1398 ntBASIC22.45■■□□□ 1.18
COL3A1P02461 NPTXR-201ENST00000333039 5784 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
COL3A1P02461 NKIRAS1-206ENST00000425478 2014 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
COL3A1P02461 CREB3L1-206ENST00000621158 2687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
COL3A1P02461 CMIP-209ENST00000566513 2288 ntTSL 5 BASIC22.45■■□□□ 1.18
COL3A1P02461 CHMP3-203ENST00000409225 1099 ntTSL 2 BASIC22.45■■□□□ 1.18
COL3A1P02461 ACTG1P14-201ENST00000446382 1122 ntBASIC22.45■■□□□ 1.18
COL3A1P02461 KRT8P48-201ENST00000515599 1220 ntBASIC22.45■■□□□ 1.18
COL3A1P02461 AL135744.1-201ENST00000565098 629 ntBASIC22.45■■□□□ 1.18
COL3A1P02461 CIRBP-204ENST00000585630 870 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC22.45■■□□□ 1.18
COL3A1P02461 LINC00623-204ENST00000617702 746 ntTSL 5 BASIC22.45■■□□□ 1.18
COL3A1P02461 SLC25A35-205ENST00000580340 1541 ntTSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
COL3A1P02461 SELENOF-201ENST00000331835 1781 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
COL3A1P02461 RHBG-204ENST00000537040 1789 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
COL3A1P02461 GPSM3-206ENST00000375040 1476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
COL3A1P02461 ATG2A-203ENST00000421419 1481 ntTSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
COL3A1P02461 KLHL22-201ENST00000328879 2616 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
COL3A1P02461 TES-201ENST00000358204 2782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
COL3A1P02461 NDUFB2-AS1-201ENST00000465466 1648 ntTSL 2 BASIC22.44■■□□□ 1.18
COL3A1P02461 NDUFV1-201ENST00000322776 1596 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
COL3A1P02461 FAM24B-201ENST00000368896 704 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.44■■□□□ 1.18
COL3A1P02461 PRUNE2-202ENST00000376713 1069 ntTSL 5 BASIC22.44■■□□□ 1.18
COL3A1P02461 AL135791.1-201ENST00000429214 826 ntTSL 5 BASIC22.44■■□□□ 1.18
COL3A1P02461 CEND1P1-201ENST00000451006 455 ntBASIC22.44■■□□□ 1.18
COL3A1P02461 LEKR1-211ENST00000498839 616 ntTSL 3 BASIC22.44■■□□□ 1.18
COL3A1P02461 AC093520.2-201ENST00000561830 333 ntBASIC22.44■■□□□ 1.18
COL3A1P02461 CHRNA7-207ENST00000635884 1975 ntTSL 5 BASIC22.44■■□□□ 1.18
COL3A1P02461 EVI5L-202ENST00000538904 2418 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
COL3A1P02461 TNK2-AS1-201ENST00000458180 2096 ntTSL 2 BASIC22.44■■□□□ 1.18
COL3A1P02461 ATP6V1C2-204ENST00000635370 1578 ntTSL 5 BASIC22.43■■□□□ 1.18
COL3A1P02461 PRRG3-205ENST00000538575 1303 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.43■■□□□ 1.18
COL3A1P02461 RABEP2-202ENST00000358201 2821 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
COL3A1P02461 LRRC42-201ENST00000319223 1727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
COL3A1P02461 SUMO1-201ENST00000392244 831 ntTSL 2 BASIC22.43■■□□□ 1.18
COL3A1P02461 SUMO1-209ENST00000409712 761 ntTSL 2 BASIC22.43■■□□□ 1.18
COL3A1P02461 GSTO1-207ENST00000539281 1052 ntTSL 5 BASIC22.43■■□□□ 1.18
COL3A1P02461 FLYWCH2-203ENST00000572006 754 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.43■■□□□ 1.18
COL3A1P02461 TNFRSF13B-206ENST00000583789 859 ntTSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
COL3A1P02461 UBE3D-208ENST00000626828 114 ntTSL 5 BASIC22.43■■□□□ 1.18
COL3A1P02461 MB21D2-201ENST00000392452 3368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
COL3A1P02461 CAMKV-204ENST00000466940 1475 ntTSL 2 BASIC22.43■■□□□ 1.18
COL3A1P02461 LINC02167-203ENST00000566900 1489 ntTSL 2 BASIC22.43■■□□□ 1.18
COL3A1P02461 TRAF4-201ENST00000262395 2923 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
COL3A1P02461 KCNE3-201ENST00000310128 3143 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
COL3A1P02461 TGFBRAP1-202ENST00000393359 5979 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
COL3A1P02461 ARPC5-201ENST00000294742 1637 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
COL3A1P02461 THAP8-201ENST00000292894 1825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
COL3A1P02461 SLC25A43-201ENST00000217909 2783 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
COL3A1P02461 RANBP3-201ENST00000034275 1762 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
COL3A1P02461 NCOA6-207ENST00000616167 3271 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.43■■□□□ 1.18
COL3A1P02461 WDR45-234ENST00000634838 1545 ntTSL 5 BASIC22.43■■□□□ 1.18
COL3A1P02461 RHD-207ENST00000454452 1303 ntTSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 51.3 ms