Protein–RNA interactions for Protein: Q8N3C7

CLIP4, CAP-Gly domain-containing linker protein 4, humanhuman

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Length 705 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CLIP4Q8N3C7 TFR2-202ENST00000431692 2631 ntTSL 5 BASIC16.2■□□□□ 0.18
CLIP4Q8N3C7 MRPS5-201ENST00000272418 1652 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
CLIP4Q8N3C7 RUVBL1-201ENST00000322623 1761 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
CLIP4Q8N3C7 PPP1R21-206ENST00000449090 3049 ntTSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
CLIP4Q8N3C7 LBX2-AS1-201ENST00000548978 1852 ntTSL 3 BASIC16.2■□□□□ 0.18
CLIP4Q8N3C7 COPS7B-206ENST00000410017 2051 ntTSL 3 BASIC16.2■□□□□ 0.18
CLIP4Q8N3C7 DKFZP434K028-202ENST00000536405 2466 ntTSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
CLIP4Q8N3C7 CARS-203ENST00000397111 2685 ntTSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
CLIP4Q8N3C7 SSPN-201ENST00000242729 2788 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
CLIP4Q8N3C7 NFE2L2-201ENST00000397062 2853 ntTSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
CLIP4Q8N3C7 BCAR1-206ENST00000535626 2894 ntTSL 2 BASIC16.2■□□□□ 0.18
CLIP4Q8N3C7 ZNF764-202ENST00000395091 2970 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC16.2■□□□□ 0.18
CLIP4Q8N3C7 CCDC74A-206ENST00000467992 1347 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
CLIP4Q8N3C7 JMJD6-205ENST00000585429 1330 ntTSL 5 BASIC16.19■□□□□ 0.18
CLIP4Q8N3C7 JMJD7-201ENST00000397299 1416 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
CLIP4Q8N3C7 HYAL1-203ENST00000395143 1522 ntTSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
CLIP4Q8N3C7 KDM8-202ENST00000441782 1612 ntTSL 2 BASIC16.19■□□□□ 0.18
CLIP4Q8N3C7 SSFA2-201ENST00000320370 4965 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
CLIP4Q8N3C7 CLDN7-203ENST00000538261 1923 ntTSL 5 BASIC16.19■□□□□ 0.18
CLIP4Q8N3C7 PCDHA2-201ENST00000378132 2626 ntAPPRIS ALT2 BASIC16.19■□□□□ 0.18
CLIP4Q8N3C7 C1orf115-201ENST00000294889 3413 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
CLIP4Q8N3C7 DDHD1-202ENST00000357758 5603 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
CLIP4Q8N3C7 BBS7-204ENST00000506636 2570 ntTSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
CLIP4Q8N3C7 LCK-201ENST00000333070 2166 ntTSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
CLIP4Q8N3C7 LARP4-210ENST00000522085 1577 ntTSL 2 BASIC16.19■□□□□ 0.18
CLIP4Q8N3C7 RBFADN-201ENST00000562391 1350 ntTSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
CLIP4Q8N3C7 VIPR2-201ENST00000262178 3944 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
CLIP4Q8N3C7 SULT2B1-201ENST00000201586 1295 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
CLIP4Q8N3C7 ROMO1-204ENST00000374078 498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
CLIP4Q8N3C7 C1QC-203ENST00000374640 1163 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
CLIP4Q8N3C7 SUV39H2-204ENST00000378325 1292 ntTSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
CLIP4Q8N3C7 SCO2-202ENST00000395693 992 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
CLIP4Q8N3C7 AL603832.1-201ENST00000421943 449 ntTSL 5 BASIC16.19■□□□□ 0.18
CLIP4Q8N3C7 HAGLR-204ENST00000425005 623 ntTSL 3 BASIC16.19■□□□□ 0.18
CLIP4Q8N3C7 DMKN-212ENST00000443640 842 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.19■□□□□ 0.18
CLIP4Q8N3C7 PON3-205ENST00000451904 1053 ntTSL 3 BASIC16.19■□□□□ 0.18
CLIP4Q8N3C7 ZNF436-AS1-203ENST00000454117 997 ntTSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
CLIP4Q8N3C7 AC073111.4-202ENST00000486297 585 ntTSL 4 BASIC16.19■□□□□ 0.18
CLIP4Q8N3C7 PRKCB-209ENST00000498058 480 ntTSL 3 BASIC16.19■□□□□ 0.18
CLIP4Q8N3C7 C17orf49-208ENST00000552402 760 ntTSL 2 BASIC16.19■□□□□ 0.18
CLIP4Q8N3C7 AC002310.4-201ENST00000568114 377 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.19■□□□□ 0.18
CLIP4Q8N3C7 AC012645.3-201ENST00000568506 470 ntTSL 3 BASIC16.19■□□□□ 0.18
CLIP4Q8N3C7 AC020558.2-201ENST00000582325 795 ntTSL 3 BASIC16.19■□□□□ 0.18
CLIP4Q8N3C7 AL139327.4-201ENST00000612362 153 ntBASIC16.19■□□□□ 0.18
CLIP4Q8N3C7 LINC01714-202ENST00000635451 896 ntTSL 5 BASIC16.19■□□□□ 0.18
CLIP4Q8N3C7 SYNCRIP-202ENST00000369622 3023 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
CLIP4Q8N3C7 KCNA5-201ENST00000252321 2800 ntAPPRIS P1 BASIC16.19■□□□□ 0.18
CLIP4Q8N3C7 MREG-205ENST00000620139 2618 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.19■□□□□ 0.18
CLIP4Q8N3C7 PSMD12-202ENST00000357146 2437 ntTSL 2 BASIC16.19■□□□□ 0.18
CLIP4Q8N3C7 GMDS-AS1-201ENST00000456943 2308 ntTSL 2 BASIC16.19■□□□□ 0.18
CLIP4Q8N3C7 PCDHGC3-205ENST00000617641 2346 ntTSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
CLIP4Q8N3C7 CLDN15-202ENST00000401528 2131 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.19■□□□□ 0.18
CLIP4Q8N3C7 TBL3-205ENST00000568546 6803 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
CLIP4Q8N3C7 LARP4B-211ENST00000612396 8546 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.19■□□□□ 0.18
CLIP4Q8N3C7 POLR2M-206ENST00000494490 1648 ntTSL 5 BASIC16.19■□□□□ 0.18
CLIP4Q8N3C7 VIPR1-217ENST00000543411 2681 ntTSL 2 BASIC16.19■□□□□ 0.18
CLIP4Q8N3C7 MAP3K3-202ENST00000361733 3529 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
CLIP4Q8N3C7 CHAT-201ENST00000337653 2458 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
CLIP4Q8N3C7 YTHDF1-202ENST00000370339 3301 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
CLIP4Q8N3C7 CCDC155-201ENST00000447857 2378 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
CLIP4Q8N3C7 CLEC10A-204ENST00000571664 1442 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
CLIP4Q8N3C7 CREBBP-201ENST00000262367 10803 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
CLIP4Q8N3C7 RTN3-205ENST00000356000 2645 ntTSL 2 BASIC16.18■□□□□ 0.18
CLIP4Q8N3C7 DENND3-201ENST00000262585 5438 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.18■□□□□ 0.18
CLIP4Q8N3C7 CHRNB2-201ENST00000368476 5867 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
CLIP4Q8N3C7 ZNF644-201ENST00000337393 5763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
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CLIP4Q8N3C7 PICALM-204ENST00000526033 3613 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
CLIP4Q8N3C7 SERPINH1-201ENST00000358171 2225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
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CLIP4Q8N3C7 ELOVL2-AS1-202ENST00000456616 903 ntTSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
CLIP4Q8N3C7 BOC-211ENST00000484034 1286 ntTSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
CLIP4Q8N3C7 AC008429.1-203ENST00000518894 548 ntTSL 4 BASIC16.18■□□□□ 0.18
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CLIP4Q8N3C7 IGHV3-41-201ENST00000613121 348 ntBASIC16.18■□□□□ 0.18
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CLIP4Q8N3C7 CALM2-209ENST00000628793 1103 ntTSL 5 BASIC16.18■□□□□ 0.18
CLIP4Q8N3C7 HNRNPU-205ENST00000444376 6827 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
CLIP4Q8N3C7 TMEM57-202ENST00000399766 3294 ntTSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
CLIP4Q8N3C7 CA7-202ENST00000394069 1713 ntTSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
CLIP4Q8N3C7 IKBIP-201ENST00000299157 3189 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
CLIP4Q8N3C7 LSP1-204ENST00000406638 2640 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.18■□□□□ 0.18
CLIP4Q8N3C7 REPS1-208ENST00000450536 4537 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
CLIP4Q8N3C7 GALNT10-203ENST00000425427 4344 ntTSL 2 BASIC16.18■□□□□ 0.18
CLIP4Q8N3C7 KDM5C-202ENST00000375379 5245 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.18■□□□□ 0.18
CLIP4Q8N3C7 EPHX2-204ENST00000518379 1959 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.18■□□□□ 0.18
CLIP4Q8N3C7 PLTP-202ENST00000372420 1530 ntTSL 2 BASIC16.18■□□□□ 0.18
CLIP4Q8N3C7 MAD1L1-202ENST00000399654 2762 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.18■□□□□ 0.18
CLIP4Q8N3C7 AC016396.2-201ENST00000562575 1417 ntBASIC16.18■□□□□ 0.18
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 39 ms