Protein–RNA interactions for Protein: P39060

COL18A1, Collagen alpha-1(XVIII) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,754 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL18A1P39060 LINC01160-201ENST00000441004 768 ntTSL 3 BASIC22.4■■□□□ 1.18
COL18A1P39060 ELFN1-AS1-202ENST00000453348 637 ntTSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
COL18A1P39060 HNRNPA3P5-201ENST00000455201 833 ntBASIC22.4■■□□□ 1.18
COL18A1P39060 ATG10-207ENST00000513443 978 ntTSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
COL18A1P39060 TOMM5-205ENST00000544379 635 ntTSL 2 BASIC22.4■■□□□ 1.18
COL18A1P39060 EIF6-209ENST00000621148 1054 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.4■■□□□ 1.18
COL18A1P39060 SNAP47-202ENST00000366759 2362 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
COL18A1P39060 ZNF446-203ENST00000594369 2238 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
COL18A1P39060 FMR1-204ENST00000370471 4125 ntTSL 5 BASIC22.4■■□□□ 1.18
COL18A1P39060 EDC3-202ENST00000426797 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
COL18A1P39060 NQO2-201ENST00000338130 1515 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.39■■□□□ 1.18
COL18A1P39060 LTA-214ENST00000454783 1507 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.39■■□□□ 1.18
COL18A1P39060 C14orf93-205ENST00000397379 1949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.18
COL18A1P39060 ALDH3A2-225ENST00000630662 1558 ntTSL 5 BASIC22.39■■□□□ 1.18
COL18A1P39060 FN1-208ENST00000426059 2388 ntTSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.18
COL18A1P39060 LINC00963-208ENST00000454968 1403 ntTSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.18
COL18A1P39060 NPM2-203ENST00000397940 1874 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.39■■□□□ 1.17
COL18A1P39060 PSENEN-202ENST00000587708 1661 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
COL18A1P39060 FOS-208ENST00000555686 1496 ntTSL 2 BASIC22.39■■□□□ 1.17
COL18A1P39060 FBLN7-204ENST00000409667 1124 ntTSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
COL18A1P39060 AC092691.1-201ENST00000484092 554 ntTSL 4 BASIC22.39■■□□□ 1.17
COL18A1P39060 ARL6IP1-202ENST00000546206 1107 ntTSL 2 BASIC22.39■■□□□ 1.17
COL18A1P39060 AC087386.1-201ENST00000553658 572 ntTSL 4 BASIC22.39■■□□□ 1.17
COL18A1P39060 AC040162.1-202ENST00000573493 573 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.39■■□□□ 1.17
COL18A1P39060 TRPV3-209ENST00000576742 2766 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
COL18A1P39060 ALDH3A1-206ENST00000457500 1925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
COL18A1P39060 ZNF846-205ENST00000588267 1943 ntTSL 2 BASIC22.39■■□□□ 1.17
COL18A1P39060 T-201ENST00000296946 2436 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.39■■□□□ 1.17
COL18A1P39060 FUT2-201ENST00000391876 1593 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.39■■□□□ 1.17
COL18A1P39060 C17orf62-202ENST00000342572 1849 ntTSL 2 BASIC22.39■■□□□ 1.17
COL18A1P39060 BCL2L12-203ENST00000441864 1371 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
COL18A1P39060 CXXC5-211ENST00000511048 1892 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.39■■□□□ 1.17
COL18A1P39060 GABRD-218ENST00000640949 1684 ntTSL 5 BASIC22.38■■□□□ 1.17
COL18A1P39060 KCTD18-201ENST00000359878 2940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
COL18A1P39060 PSRC1-201ENST00000369903 1710 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.38■■□□□ 1.17
COL18A1P39060 SLC22A17-204ENST00000397267 2455 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC22.38■■□□□ 1.17
COL18A1P39060 CORO1C-204ENST00000541050 2487 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.38■■□□□ 1.17
COL18A1P39060 TCP11-201ENST00000244645 2018 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
COL18A1P39060 FRMD8P1-201ENST00000440433 1524 ntBASIC22.38■■□□□ 1.17
COL18A1P39060 LCE1A-201ENST00000335123 422 ntAPPRIS P1 BASIC22.38■■□□□ 1.17
COL18A1P39060 RAB17-204ENST00000409822 1077 ntTSL 5 BASIC22.38■■□□□ 1.17
COL18A1P39060 PLA2G16-203ENST00000415826 1099 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.38■■□□□ 1.17
COL18A1P39060 CDK2AP2P3-201ENST00000422476 372 ntBASIC22.38■■□□□ 1.17
COL18A1P39060 PRYP6-201ENST00000514804 343 ntBASIC22.38■■□□□ 1.17
COL18A1P39060 PLA2G16-206ENST00000639271 957 ntTSL 5 BASIC22.38■■□□□ 1.17
COL18A1P39060 BACE2-201ENST00000328735 2824 ntTSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
COL18A1P39060 PRKAG1-206ENST00000548065 2071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
COL18A1P39060 LHX8-201ENST00000294638 2373 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
COL18A1P39060 LHX9-204ENST00000367391 1623 ntTSL 5 BASIC22.38■■□□□ 1.17
COL18A1P39060 TMEM147-AS1-203ENST00000589137 1627 ntTSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
COL18A1P39060 LLGL2-209ENST00000578363 1393 ntTSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
COL18A1P39060 FAM53B-AS1-202ENST00000448422 1491 ntTSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
COL18A1P39060 FBXL15-201ENST00000224862 2362 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
COL18A1P39060 SEMA3B-209ENST00000456560 2221 ntTSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
COL18A1P39060 NPM2-202ENST00000381530 925 ntTSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
COL18A1P39060 HLA-V-201ENST00000429037 534 ntBASIC22.38■■□□□ 1.17
COL18A1P39060 AL512638.1-201ENST00000457493 794 ntBASIC22.38■■□□□ 1.17
COL18A1P39060 AC084125.2-203ENST00000532766 821 ntTSL 3 BASIC22.38■■□□□ 1.17
COL18A1P39060 API5-211ENST00000534695 560 ntTSL 5 BASIC22.38■■□□□ 1.17
COL18A1P39060 SLC8B1-206ENST00000549069 1058 ntTSL 2 BASIC22.38■■□□□ 1.17
COL18A1P39060 AL132711.1-201ENST00000557546 722 ntTSL 3 BASIC22.38■■□□□ 1.17
COL18A1P39060 SECTM1-202ENST00000580437 1030 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.38■■□□□ 1.17
COL18A1P39060 ALDH3B1-203ENST00000612297 1231 ntTSL 3 BASIC22.38■■□□□ 1.17
COL18A1P39060 ESR2-206ENST00000553796 1634 ntTSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
COL18A1P39060 PPA2-201ENST00000341695 1684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
COL18A1P39060 ANKRD20A5P-207ENST00000581935 2089 ntTSL 2 BASIC22.37■■□□□ 1.17
COL18A1P39060 MSLNL-201ENST00000442466 2109 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.37■■□□□ 1.17
COL18A1P39060 BCL2L12-202ENST00000246785 1431 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
COL18A1P39060 AC012317.2-201ENST00000623305 2251 ntBASIC22.37■■□□□ 1.17
COL18A1P39060 OCIAD1-202ENST00000381473 1594 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
COL18A1P39060 C16orf45-201ENST00000300006 2404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
COL18A1P39060 HEBP2-202ENST00000448741 661 ntTSL 5 BASIC22.37■■□□□ 1.17
COL18A1P39060 AC008378.1-201ENST00000521251 496 ntTSL 5 BASIC22.37■■□□□ 1.17
COL18A1P39060 AC008764.1-201ENST00000409035 2567 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.37■■□□□ 1.17
COL18A1P39060 AL354751.1-201ENST00000412768 1863 ntBASIC22.37■■□□□ 1.17
COL18A1P39060 VPS13B-201ENST00000355155 2822 ntTSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
COL18A1P39060 CYP2W1-202ENST00000340150 2361 ntTSL 2 BASIC22.37■■□□□ 1.17
COL18A1P39060 CU639417.3-201ENST00000624240 1404 ntBASIC22.37■■□□□ 1.17
COL18A1P39060 OGG1-206ENST00000349503 1950 ntTSL 5 BASIC22.37■■□□□ 1.17
COL18A1P39060 ETV3L-201ENST00000454449 1976 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.37■■□□□ 1.17
COL18A1P39060 UBE2I-203ENST00000397514 2976 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
COL18A1P39060 ZBTB16-201ENST00000335953 2523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
COL18A1P39060 AC116353.5-201ENST00000638148 1699 ntBASIC22.36■■□□□ 1.17
COL18A1P39060 ARMC10-209ENST00000454559 2347 ntTSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
COL18A1P39060 AC137894.1-201ENST00000526431 547 ntTSL 2 BASIC22.36■■□□□ 1.17
COL18A1P39060 PRR29-204ENST00000577953 565 ntTSL 4 BASIC22.36■■□□□ 1.17
COL18A1P39060 VAT1-205ENST00000587173 1174 ntTSL 2 BASIC22.36■■□□□ 1.17
COL18A1P39060 TSPAN4-208ENST00000409531 1339 ntTSL 5 BASIC22.36■■□□□ 1.17
COL18A1P39060 CRTAC1-203ENST00000370597 2890 ntTSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
COL18A1P39060 TEKT2-201ENST00000207457 1509 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
COL18A1P39060 AC119396.1-201ENST00000576789 1558 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.36■■□□□ 1.17
COL18A1P39060 FAM171A2-201ENST00000293443 3160 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
COL18A1P39060 HOTAIR-201ENST00000424518 2421 ntTSL 5 BASIC22.36■■□□□ 1.17
COL18A1P39060 BSG-202ENST00000346916 1605 ntTSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
COL18A1P39060 BSG-203ENST00000353555 1616 ntTSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
COL18A1P39060 CEP78-201ENST00000277082 2542 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.36■■□□□ 1.17
COL18A1P39060 HS6ST2-203ENST00000406696 1818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
COL18A1P39060 LINC01116-202ENST00000339037 838 ntTSL 3 BASIC22.35■■□□□ 1.17
COL18A1P39060 SNHG17-203ENST00000417578 880 ntTSL 2 BASIC22.35■■□□□ 1.17
COL18A1P39060 AL357497.1-201ENST00000436249 666 ntTSL 3 BASIC22.35■■□□□ 1.17
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 55.8 ms