Protein–RNA interactions for Protein: Q9UHB6

LIMA1, LIM domain and actin-binding protein 1, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 759 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMA1Q9UHB6 MBD2-201ENST00000256429 5188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.52■■□□□ 1.84
LIMA1Q9UHB6 S1PR4-201ENST00000246115 1565 ntAPPRIS P1 BASIC26.51■■□□□ 1.83
LIMA1Q9UHB6 TIMM29-201ENST00000270502 1425 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.51■■□□□ 1.83
LIMA1Q9UHB6 BHLHE23-201ENST00000370346 1057 ntAPPRIS P1 BASIC26.51■■□□□ 1.83
LIMA1Q9UHB6 BIN1-206ENST00000352848 2209 ntTSL 1 (best) BASIC26.51■■□□□ 1.83
LIMA1Q9UHB6 KRT72-201ENST00000293745 2015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.51■■□□□ 1.83
LIMA1Q9UHB6 NR2F1-AS1-214ENST00000607831 1963 ntTSL 2 BASIC26.51■■□□□ 1.83
LIMA1Q9UHB6 MEIOB-203ENST00000412554 1884 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.51■■□□□ 1.83
LIMA1Q9UHB6 GATS-205ENST00000436886 2726 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.51■■□□□ 1.83
LIMA1Q9UHB6 PHYH-201ENST00000263038 1577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.5■■□□□ 1.83
LIMA1Q9UHB6 MAPKAP1-207ENST00000394060 1586 ntTSL 1 (best) BASIC26.5■■□□□ 1.83
LIMA1Q9UHB6 UBALD1-202ENST00000587615 799 ntTSL 2 BASIC26.5■■□□□ 1.83
LIMA1Q9UHB6 MBOAT7-205ENST00000431666 2471 ntTSL 1 (best) BASIC26.5■■□□□ 1.83
LIMA1Q9UHB6 CRACR2B-201ENST00000450448 1663 ntTSL 1 (best) BASIC26.5■■□□□ 1.83
LIMA1Q9UHB6 RDH14-201ENST00000381249 1587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.5■■□□□ 1.83
LIMA1Q9UHB6 AC138932.3-201ENST00000567634 1902 ntBASIC26.49■■□□□ 1.83
LIMA1Q9UHB6 RSPH1-201ENST00000291536 1430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.49■■□□□ 1.83
LIMA1Q9UHB6 ITM2C-203ENST00000335005 1889 ntTSL 1 (best) BASIC26.49■■□□□ 1.83
LIMA1Q9UHB6 YWHAH-202ENST00000397492 1879 ntTSL 3 BASIC26.49■■□□□ 1.83
LIMA1Q9UHB6 REEP6-201ENST00000233596 1794 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.49■■□□□ 1.83
LIMA1Q9UHB6 PREB-201ENST00000260643 2166 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.49■■□□□ 1.83
LIMA1Q9UHB6 VAX1-202ENST00000369206 1723 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.49■■□□□ 1.83
LIMA1Q9UHB6 ANKS3-204ENST00000585773 1946 ntTSL 2 BASIC26.49■■□□□ 1.83
LIMA1Q9UHB6 FOXG1-201ENST00000313071 4890 ntAPPRIS P1 BASIC26.48■■□□□ 1.83
LIMA1Q9UHB6 FCRLB-205ENST00000367948 1977 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.48■■□□□ 1.83
LIMA1Q9UHB6 HSPB11-201ENST00000194214 915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.48■■□□□ 1.83
LIMA1Q9UHB6 AC018413.1-201ENST00000581996 1200 ntTSL 2 BASIC26.48■■□□□ 1.83
LIMA1Q9UHB6 AGPS-202ENST00000409888 815 ntTSL 4 BASIC26.47■■□□□ 1.83
LIMA1Q9UHB6 RNF166-209ENST00000567844 633 ntTSL 5 BASIC26.47■■□□□ 1.83
LIMA1Q9UHB6 PBX1-202ENST00000367897 1459 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.47■■□□□ 1.83
LIMA1Q9UHB6 RUNX1-205ENST00000399240 1590 ntTSL 3 BASIC26.46■■□□□ 1.83
LIMA1Q9UHB6 MROH6-210ENST00000533679 1921 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.46■■□□□ 1.83
LIMA1Q9UHB6 CLEC3B-202ENST00000428034 752 ntTSL 2 BASIC26.46■■□□□ 1.83
LIMA1Q9UHB6 DYRK1B-201ENST00000323039 2535 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.46■■□□□ 1.83
LIMA1Q9UHB6 IFNL4-201ENST00000606380 1637 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC26.46■■□□□ 1.83
LIMA1Q9UHB6 FPGS-221ENST00000630236 2160 ntTSL 5 BASIC26.46■■□□□ 1.83
LIMA1Q9UHB6 RPIA-201ENST00000283646 1848 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.45■■□□□ 1.82
LIMA1Q9UHB6 C16orf74-204ENST00000602719 1002 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC26.45■■□□□ 1.82
LIMA1Q9UHB6 CR559946.2-201ENST00000623684 991 ntBASIC26.45■■□□□ 1.82
LIMA1Q9UHB6 OTUD5-203ENST00000396743 2682 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.45■■□□□ 1.82
LIMA1Q9UHB6 AL357033.1-201ENST00000370520 1933 ntTSL 2 BASIC26.45■■□□□ 1.82
LIMA1Q9UHB6 SPIRE1-202ENST00000409402 5665 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.45■■□□□ 1.82
LIMA1Q9UHB6 CAPN10-208ENST00000404753 2570 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.45■■□□□ 1.82
LIMA1Q9UHB6 CHST13-201ENST00000319340 1789 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.44■■□□□ 1.82
LIMA1Q9UHB6 HS3ST6-201ENST00000454677 1273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.44■■□□□ 1.82
LIMA1Q9UHB6 MAP4K3-211ENST00000484274 407 ntTSL 2 BASIC26.44■■□□□ 1.82
LIMA1Q9UHB6 NDEL1-201ENST00000334527 2372 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.44■■□□□ 1.82
LIMA1Q9UHB6 ARMC10-208ENST00000441711 2524 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.44■■□□□ 1.82
LIMA1Q9UHB6 TOMM40-203ENST00000426677 1725 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.44■■□□□ 1.82
LIMA1Q9UHB6 ZNF837-201ENST00000427624 2038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.44■■□□□ 1.82
LIMA1Q9UHB6 TM6SF1-204ENST00000379390 1638 ntTSL 1 (best) BASIC26.43■■□□□ 1.82
LIMA1Q9UHB6 P2RX2-203ENST00000350048 1344 ntTSL 1 (best) BASIC26.43■■□□□ 1.82
LIMA1Q9UHB6 RRP9-201ENST00000232888 1578 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.43■■□□□ 1.82
LIMA1Q9UHB6 PROCA1-201ENST00000301039 1566 ntTSL 1 (best) BASIC26.43■■□□□ 1.82
LIMA1Q9UHB6 BOK-AS1-201ENST00000434306 643 ntTSL 1 (best) BASIC26.43■■□□□ 1.82
LIMA1Q9UHB6 CLTA-207ENST00000470744 1102 ntTSL 2 BASIC26.43■■□□□ 1.82
LIMA1Q9UHB6 TRIM52-AS1-203ENST00000509252 529 ntTSL 3 BASIC26.43■■□□□ 1.82
LIMA1Q9UHB6 SCN1B-201ENST00000262631 1670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.43■■□□□ 1.82
LIMA1Q9UHB6 APBA3-201ENST00000316757 2075 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.43■■□□□ 1.82
LIMA1Q9UHB6 FOXF2-201ENST00000259806 2187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.42■■□□□ 1.82
LIMA1Q9UHB6 WNT5A-AS1-201ENST00000469484 500 ntTSL 3 BASIC26.42■■□□□ 1.82
LIMA1Q9UHB6 PURG-202ENST00000475541 2875 ntAPPRIS P1 BASIC26.42■■□□□ 1.82
LIMA1Q9UHB6 PTPMT1-205ENST00000534775 1611 ntTSL 1 (best) BASIC26.42■■□□□ 1.82
LIMA1Q9UHB6 USP2-204ENST00000525735 1704 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.42■■□□□ 1.82
LIMA1Q9UHB6 TBL2-222ENST00000610724 2165 ntTSL 5 BASIC26.41■■□□□ 1.82
LIMA1Q9UHB6 AGBL5-201ENST00000323064 2382 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.41■■□□□ 1.82
LIMA1Q9UHB6 AL139125.2-201ENST00000623134 1869 ntBASIC26.41■■□□□ 1.82
LIMA1Q9UHB6 PDF-201ENST00000288022 1158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.41■■□□□ 1.82
LIMA1Q9UHB6 PRDM13-202ENST00000369215 2429 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.41■■□□□ 1.82
LIMA1Q9UHB6 ARMC10-204ENST00000425331 2443 ntTSL 2 BASIC26.41■■□□□ 1.82
LIMA1Q9UHB6 TMEM104-205ENST00000582773 1740 ntTSL 2 BASIC26.41■■□□□ 1.82
LIMA1Q9UHB6 AC078883.1-202ENST00000450443 1397 ntTSL 3 BASIC26.41■■□□□ 1.82
LIMA1Q9UHB6 C1QTNF5-202ENST00000528368 1356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.41■■□□□ 1.82
LIMA1Q9UHB6 ZFAND2B-206ENST00000409336 944 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.4■■□□□ 1.82
LIMA1Q9UHB6 MTMR1-214ENST00000542156 1227 ntTSL 1 (best) BASIC26.4■■□□□ 1.82
LIMA1Q9UHB6 ZFAND2B-221ENST00000621130 1070 ntTSL 5 BASIC26.4■■□□□ 1.82
LIMA1Q9UHB6 D2HGDH-203ENST00000403782 2208 ntTSL 2 BASIC26.4■■□□□ 1.82
LIMA1Q9UHB6 PCYT2-204ENST00000570388 1474 ntTSL 2 BASIC26.4■■□□□ 1.82
LIMA1Q9UHB6 FAM124A-204ENST00000615498 2383 ntTSL 1 (best) BASIC26.4■■□□□ 1.82
LIMA1Q9UHB6 C15orf59-201ENST00000379822 1342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.39■■□□□ 1.82
LIMA1Q9UHB6 SH2B1-205ENST00000538342 1532 ntTSL 2 BASIC26.39■■□□□ 1.82
LIMA1Q9UHB6 TNIP2-206ENST00000510267 2006 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.39■■□□□ 1.82
LIMA1Q9UHB6 PREB-202ENST00000406567 1910 ntTSL 5 BASIC26.39■■□□□ 1.81
LIMA1Q9UHB6 ITGB3-202ENST00000571680 1668 ntTSL 1 (best) BASIC26.38■■□□□ 1.81
LIMA1Q9UHB6 DYRK2-203ENST00000393555 2209 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.38■■□□□ 1.81
LIMA1Q9UHB6 KCTD15-206ENST00000588881 1211 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.38■■□□□ 1.81
LIMA1Q9UHB6 LINC01342-201ENST00000416774 1620 ntTSL 1 (best) BASIC26.38■■□□□ 1.81
LIMA1Q9UHB6 NHLRC4-201ENST00000424439 2097 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC26.37■■□□□ 1.81
LIMA1Q9UHB6 EPCAM-201ENST00000263735 1724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.37■■□□□ 1.81
LIMA1Q9UHB6 C4orf19-202ENST00000381980 1943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.36■■□□□ 1.81
LIMA1Q9UHB6 HSD17B1-201ENST00000225929 1265 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.36■■□□□ 1.81
LIMA1Q9UHB6 ATOH7-201ENST00000373673 1480 ntAPPRIS P1 BASIC26.36■■□□□ 1.81
LIMA1Q9UHB6 MFSD5-201ENST00000329548 1760 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.35■■□□□ 1.81
LIMA1Q9UHB6 TST-202ENST00000403892 1797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.35■■□□□ 1.81
LIMA1Q9UHB6 RIMKLB-205ENST00000535829 2236 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.35■■□□□ 1.81
LIMA1Q9UHB6 GAL3ST2-201ENST00000192314 1370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.35■■□□□ 1.81
LIMA1Q9UHB6 SNCB-201ENST00000310112 1383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.35■■□□□ 1.81
LIMA1Q9UHB6 SLC30A3-201ENST00000233535 2260 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.35■■□□□ 1.81
LIMA1Q9UHB6 FAM57A-202ENST00000308278 2412 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.35■■□□□ 1.81
LIMA1Q9UHB6 LSM7-201ENST00000252622 529 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.35■■□□□ 1.81
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 77.7 ms