Protein–RNA interactions for Protein: P49916

LIG3, DNA ligase 3, humanhuman

Predictions only

Length 1,009 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIG3P49916 NME2-205ENST00000512737 826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
LIG3P49916 KAT8-206ENST00000543774 1846 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.13■■□□□ 1.61
LIG3P49916 PTH1R-201ENST00000313049 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
LIG3P49916 CCDC154-201ENST00000389176 2212 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC25.13■■□□□ 1.61
LIG3P49916 HIST2H3C-201ENST00000369158 1656 ntAPPRIS P1 BASIC25.13■■□□□ 1.61
LIG3P49916 HIST2H3A-201ENST00000403683 1656 ntAPPRIS P1 BASIC25.13■■□□□ 1.61
LIG3P49916 THRA-201ENST00000264637 2538 ntTSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
LIG3P49916 DLG3-203ENST00000374360 5905 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
LIG3P49916 TRIM54-201ENST00000296098 2027 ntTSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
LIG3P49916 PTPRF-216ENST00000617451 1129 ntTSL 5 BASIC25.12■■□□□ 1.61
LIG3P49916 BRD4-212ENST00000630599 726 ntTSL 2 BASIC25.12■■□□□ 1.61
LIG3P49916 DYRK2-203ENST00000393555 2209 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
LIG3P49916 ABHD17C-202ENST00000558464 1976 ntTSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
LIG3P49916 PROC-203ENST00000409048 1586 ntTSL 5 BASIC25.11■■□□□ 1.61
LIG3P49916 ANO1-202ENST00000355303 4790 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
LIG3P49916 LCNL1-201ENST00000408973 1839 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.1■■□□□ 1.61
LIG3P49916 TOP2B-204ENST00000435706 5389 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.1■■□□□ 1.61
LIG3P49916 MAP3K8-203ENST00000375322 932 ntTSL 2 BASIC25.1■■□□□ 1.61
LIG3P49916 ZCCHC2-201ENST00000269499 5959 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC25.1■■□□□ 1.61
LIG3P49916 FAH-213ENST00000561421 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.1■■□□□ 1.61
LIG3P49916 ST3GAL5-268ENST00000640982 2465 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.1■■□□□ 1.61
LIG3P49916 RARA-204ENST00000394089 2024 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.1■■□□□ 1.61
LIG3P49916 DHRS13-203ENST00000426464 1569 ntTSL 2 BASIC25.1■■□□□ 1.61
LIG3P49916 C1orf122-201ENST00000373042 973 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.09■■□□□ 1.61
LIG3P49916 TMEM114-202ENST00000568335 899 ntTSL 3 BASIC25.09■■□□□ 1.61
LIG3P49916 TSR3-201ENST00000007390 1243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.09■■□□□ 1.61
LIG3P49916 IRF2BP1-201ENST00000302165 2564 ntAPPRIS P1 BASIC25.09■■□□□ 1.61
LIG3P49916 TCF3-203ENST00000395423 2779 ntTSL 5 BASIC25.09■■□□□ 1.61
LIG3P49916 MEIS2-204ENST00000397620 2295 ntTSL 2 BASIC25.09■■□□□ 1.61
LIG3P49916 ID4-201ENST00000378700 2344 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.61
LIG3P49916 AC068134.2-201ENST00000437095 576 ntTSL 3 BASIC25.08■■□□□ 1.61
LIG3P49916 UNCX-201ENST00000316333 2048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.61
LIG3P49916 APLP1-201ENST00000221891 2495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.61
LIG3P49916 AP2M1-202ENST00000382456 2091 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.6
LIG3P49916 EZH2-206ENST00000478654 2522 ntTSL 5 BASIC25.08■■□□□ 1.6
LIG3P49916 PDS5A-202ENST00000503396 2685 ntTSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
LIG3P49916 BTBD7-205ENST00000554565 2697 ntTSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
LIG3P49916 WDR86-204ENST00000477459 1428 ntTSL 2 BASIC25.07■■□□□ 1.6
LIG3P49916 AGO3-204ENST00000397828 1035 ntTSL 2 BASIC25.07■■□□□ 1.6
LIG3P49916 CAPN10-207ENST00000391984 2644 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
LIG3P49916 MYPOP-201ENST00000322217 1890 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
LIG3P49916 PCYT2-202ENST00000538721 1765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
LIG3P49916 SLC25A23-203ENST00000334510 1424 ntTSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
LIG3P49916 NTN3-201ENST00000293973 1986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
LIG3P49916 AC060814.1-201ENST00000554326 538 ntBASIC25.06■■□□□ 1.6
LIG3P49916 TMEM64-201ENST00000418210 4663 ntTSL 2 BASIC25.06■■□□□ 1.6
LIG3P49916 AZIN2-201ENST00000294517 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
LIG3P49916 IGFBP2-201ENST00000233809 1439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
LIG3P49916 MRPL4-201ENST00000253099 1455 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
LIG3P49916 MAP4K3-211ENST00000484274 407 ntTSL 2 BASIC25.05■■□□□ 1.6
LIG3P49916 MED25-210ENST00000612854 801 ntTSL 5 BASIC25.05■■□□□ 1.6
LIG3P49916 MED25-213ENST00000620467 1293 ntTSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
LIG3P49916 MED25-214ENST00000622402 642 ntTSL 5 BASIC25.05■■□□□ 1.6
LIG3P49916 UBE2J2-202ENST00000349431 1733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
LIG3P49916 PPP1R26-201ENST00000356818 4932 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
LIG3P49916 DGAT2-201ENST00000228027 2453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
LIG3P49916 SOWAHD-201ENST00000343905 1552 ntAPPRIS P1 BASIC25.05■■□□□ 1.6
LIG3P49916 AC018358.1-201ENST00000631079 1402 ntBASIC25.04■■□□□ 1.6
LIG3P49916 PMS1-220ENST00000618056 1468 ntTSL 5 BASIC25.04■■□□□ 1.6
LIG3P49916 ARPC2-202ENST00000315717 1505 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
LIG3P49916 TBX2-AS1-202ENST00000589814 539 ntTSL 3 BASIC25.04■■□□□ 1.6
LIG3P49916 TARSL2-207ENST00000615656 2356 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.04■■□□□ 1.6
LIG3P49916 TXNRD2-205ENST00000400525 1874 ntTSL 5 BASIC25.04■■□□□ 1.6
LIG3P49916 PITX1-201ENST00000265340 2406 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
LIG3P49916 JAG2-202ENST00000347004 5720 ntTSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
LIG3P49916 AKT1-203ENST00000407796 2710 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
LIG3P49916 AC010907.1-201ENST00000441632 807 ntTSL 3 BASIC25.03■■□□□ 1.6
LIG3P49916 TSEN34-204ENST00000429671 1912 ntTSL 2 BASIC25.03■■□□□ 1.6
LIG3P49916 RNF126P1-201ENST00000567452 1320 ntBASIC25.03■■□□□ 1.6
LIG3P49916 AGBL5-201ENST00000323064 2382 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
LIG3P49916 THRA-209ENST00000584985 2421 ntTSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
LIG3P49916 RABL6-202ENST00000357466 1820 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
LIG3P49916 SPIRE2-205ENST00000563972 1823 ntTSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
LIG3P49916 SV2B-203ENST00000545111 2099 ntTSL 2 BASIC25.02■■□□□ 1.6
LIG3P49916 TTC39C-209ENST00000584250 1048 ntTSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
LIG3P49916 KCNG2-201ENST00000316249 1401 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
LIG3P49916 CBLN2-209ENST00000585159 2406 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
LIG3P49916 CTBP2-211ENST00000494626 2014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
LIG3P49916 P3H3-201ENST00000290510 2632 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
LIG3P49916 IL17RE-203ENST00000421412 2158 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
LIG3P49916 AC126177.7-201ENST00000547904 679 ntBASIC25.01■■□□□ 1.59
LIG3P49916 RAX2-202ENST00000555978 2145 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
LIG3P49916 CTSZ-201ENST00000217131 1495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
LIG3P49916 TBX1-201ENST00000329705 1465 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
LIG3P49916 TRIM28-202ENST00000341753 2709 ntTSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
LIG3P49916 FAM120AOS-202ENST00000423591 1800 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
LIG3P49916 PCOLCE2-201ENST00000295992 2021 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
LIG3P49916 BSPRY-201ENST00000374183 2339 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
LIG3P49916 RPRML-201ENST00000322329 1093 ntAPPRIS P1 BASIC25■■□□□ 1.59
LIG3P49916 RARRES2P2-201ENST00000394842 485 ntBASIC25■■□□□ 1.59
LIG3P49916 IZUMO4-202ENST00000395301 1021 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
LIG3P49916 GRAMD1A-201ENST00000317991 2695 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
LIG3P49916 GPR137-202ENST00000377702 1478 ntTSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
LIG3P49916 C16orf72-201ENST00000327827 5953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
LIG3P49916 CCDC61-204ENST00000595358 1817 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC25■■□□□ 1.59
LIG3P49916 GFOD1-204ENST00000603223 2388 ntTSL 2 BASIC25■■□□□ 1.59
LIG3P49916 SYNDIG1-201ENST00000376862 2522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.99■■□□□ 1.59
LIG3P49916 SETBP1-202ENST00000426838 1785 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.99■■□□□ 1.59
LIG3P49916 GATA4-209ENST00000622443 1982 ntTSL 5 BASIC24.99■■□□□ 1.59
LIG3P49916 YBX2-201ENST00000007699 1590 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.99■■□□□ 1.59
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 44.9 ms