Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y3E7

CHMP3, Charged multivesicular body protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 222 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHMP3Q9Y3E7 LGMN-216ENST00000557434 1797 ntTSL 5 BASIC21.56■■□□□ 1.04
CHMP3Q9Y3E7 MYBPH-202ENST00000621380 1772 ntTSL 5 BASIC21.56■■□□□ 1.04
CHMP3Q9Y3E7 FOXO3-202ENST00000406360 7341 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
CHMP3Q9Y3E7 ARHGAP6-202ENST00000337414 5117 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
CHMP3Q9Y3E7 HSPA4-205ENST00000617074 2358 ntTSL 5 BASIC21.55■■□□□ 1.04
CHMP3Q9Y3E7 ZNF286A-204ENST00000464847 5616 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
CHMP3Q9Y3E7 MED25-202ENST00000538643 1623 ntTSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
CHMP3Q9Y3E7 SH3BP4-202ENST00000392011 5194 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
CHMP3Q9Y3E7 PI4KAP1-204ENST00000612579 1703 ntBASIC21.55■■□□□ 1.04
CHMP3Q9Y3E7 C18orf8-208ENST00000590868 2002 ntTSL 2 BASIC21.55■■□□□ 1.04
CHMP3Q9Y3E7 HIST1H2BL-201ENST00000377401 488 ntAPPRIS P1 BASIC21.55■■□□□ 1.04
CHMP3Q9Y3E7 ZGLP1-201ENST00000403352 1028 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.55■■□□□ 1.04
CHMP3Q9Y3E7 MIR1233-2-201ENST00000408138 82 ntBASIC21.55■■□□□ 1.04
CHMP3Q9Y3E7 MIR1233-1-201ENST00000408722 82 ntBASIC21.55■■□□□ 1.04
CHMP3Q9Y3E7 ACTG1P4-201ENST00000425123 1122 ntBASIC21.55■■□□□ 1.04
CHMP3Q9Y3E7 KRT18P2-201ENST00000447938 1258 ntBASIC21.55■■□□□ 1.04
CHMP3Q9Y3E7 HAGH-208ENST00000566709 1291 ntTSL 5 BASIC21.55■■□□□ 1.04
CHMP3Q9Y3E7 NUTF2-206ENST00000569436 1119 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.55■■□□□ 1.04
CHMP3Q9Y3E7 OAZ1-202ENST00000582888 969 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.55■■□□□ 1.04
CHMP3Q9Y3E7 LINC01635-202ENST00000635097 1023 ntTSL 5 BASIC21.55■■□□□ 1.04
CHMP3Q9Y3E7 GCAT-201ENST00000248924 1497 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
CHMP3Q9Y3E7 GNAI2-204ENST00000440628 1663 ntTSL 5 BASIC21.55■■□□□ 1.04
CHMP3Q9Y3E7 GPBAR1-201ENST00000479077 1869 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.55■■□□□ 1.04
CHMP3Q9Y3E7 GBGT1-203ENST00000372040 1980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
CHMP3Q9Y3E7 APP-202ENST00000348990 3355 ntTSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
CHMP3Q9Y3E7 ILF3-203ENST00000449870 6119 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
CHMP3Q9Y3E7 AC134043.2-201ENST00000624206 2238 ntBASIC21.55■■□□□ 1.04
CHMP3Q9Y3E7 C12orf65-202ENST00000366329 1901 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC21.55■■□□□ 1.04
CHMP3Q9Y3E7 CHTOP-205ENST00000403433 1923 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.55■■□□□ 1.04
CHMP3Q9Y3E7 MFSD11-219ENST00000593181 1922 ntTSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
CHMP3Q9Y3E7 TMEM106C-203ENST00000449758 1414 ntTSL 2 BASIC21.55■■□□□ 1.04
CHMP3Q9Y3E7 MINDY2-202ENST00000450403 4820 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
CHMP3Q9Y3E7 SPSB4-201ENST00000310546 2908 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
CHMP3Q9Y3E7 TNFSF13-205ENST00000396545 1593 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
CHMP3Q9Y3E7 DDX31-201ENST00000310532 2408 ntTSL 2 BASIC21.54■■□□□ 1.04
CHMP3Q9Y3E7 MAP3K6-201ENST00000357582 4136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
CHMP3Q9Y3E7 DAG1-201ENST00000308775 5522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
CHMP3Q9Y3E7 ROMO1-201ENST00000336695 496 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
CHMP3Q9Y3E7 YIF1B-203ENST00000339413 1225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
CHMP3Q9Y3E7 C2orf49-202ENST00000410049 854 ntTSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
CHMP3Q9Y3E7 VN2R19P-201ENST00000442399 1052 ntBASIC21.54■■□□□ 1.04
CHMP3Q9Y3E7 TUBB3-205ENST00000554336 903 ntTSL 3 BASIC21.54■■□□□ 1.04
CHMP3Q9Y3E7 AC040169.1-201ENST00000565382 521 ntBASIC21.54■■□□□ 1.04
CHMP3Q9Y3E7 AC018845.2-201ENST00000568326 409 ntBASIC21.54■■□□□ 1.04
CHMP3Q9Y3E7 AL121832.1-201ENST00000615180 677 ntTSL 3 BASIC21.54■■□□□ 1.04
CHMP3Q9Y3E7 AC139530.3-201ENST00000620344 690 ntBASIC21.54■■□□□ 1.04
CHMP3Q9Y3E7 AL662799.1-201ENST00000630418 496 ntTSL 5 BASIC21.54■■□□□ 1.04
CHMP3Q9Y3E7 FO681492.1-201ENST00000623662 5321 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC21.54■■□□□ 1.04
CHMP3Q9Y3E7 CACNA1B-203ENST00000371355 9647 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.54■■□□□ 1.04
CHMP3Q9Y3E7 HNRNPD-201ENST00000313899 3033 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
CHMP3Q9Y3E7 AC005833.1-201ENST00000280684 4237 ntAPPRIS P1 BASIC21.54■■□□□ 1.04
CHMP3Q9Y3E7 OPA3-202ENST00000323060 2250 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
CHMP3Q9Y3E7 MZT1-201ENST00000377818 2299 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
CHMP3Q9Y3E7 SCOC-208ENST00000510586 2193 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.54■■□□□ 1.04
CHMP3Q9Y3E7 NOMO1-208ENST00000620755 3921 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
CHMP3Q9Y3E7 CNST-202ENST00000366512 2422 ntTSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
CHMP3Q9Y3E7 ETV4-205ENST00000545954 1775 ntTSL 2 BASIC21.53■■□□□ 1.04
CHMP3Q9Y3E7 CEP120-201ENST00000306467 4900 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.53■■□□□ 1.04
CHMP3Q9Y3E7 FAM135A-209ENST00000505769 4806 ntTSL 5 BASIC21.53■■□□□ 1.04
CHMP3Q9Y3E7 AHRR-209ENST00000512529 1912 ntTSL 5 BASIC21.53■■□□□ 1.04
CHMP3Q9Y3E7 KMT5A-201ENST00000330479 3069 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
CHMP3Q9Y3E7 FHL1-205ENST00000370690 2441 ntTSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
CHMP3Q9Y3E7 AP002414.1-201ENST00000391405 1147 ntBASIC21.53■■□□□ 1.04
CHMP3Q9Y3E7 C6orf226-201ENST00000408925 552 ntAPPRIS P1 BASIC21.53■■□□□ 1.04
CHMP3Q9Y3E7 SCRN1-203ENST00000409570 535 ntTSL 4 BASIC21.53■■□□□ 1.04
CHMP3Q9Y3E7 COPS7B-207ENST00000410024 1103 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.53■■□□□ 1.04
CHMP3Q9Y3E7 AL121672.1-201ENST00000439423 1181 ntTSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
CHMP3Q9Y3E7 LINC00237-202ENST00000455890 1220 ntTSL 2 BASIC21.53■■□□□ 1.04
CHMP3Q9Y3E7 TRAF3IP2-AS1-208ENST00000525151 609 ntTSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
CHMP3Q9Y3E7 PAX9-204ENST00000554201 1289 ntTSL 2 BASIC21.53■■□□□ 1.04
CHMP3Q9Y3E7 LRRC28-210ENST00000558879 581 ntTSL 4 BASIC21.53■■□□□ 1.04
CHMP3Q9Y3E7 AC010327.4-202ENST00000591484 748 ntBASIC21.53■■□□□ 1.04
CHMP3Q9Y3E7 ZNF133-212ENST00000622607 2660 ntAPPRIS ALT2 TSL 4 BASIC21.53■■□□□ 1.04
CHMP3Q9Y3E7 ZNF416-201ENST00000196489 2561 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
CHMP3Q9Y3E7 LINC01097-201ENST00000627163 2122 ntTSL 2 BASIC21.53■■□□□ 1.04
CHMP3Q9Y3E7 AC009779.2-201ENST00000552576 1443 ntTSL 4 BASIC21.53■■□□□ 1.04
CHMP3Q9Y3E7 C21orf58-203ENST00000397680 2624 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.53■■□□□ 1.04
CHMP3Q9Y3E7 AC133963.1-201ENST00000504166 1679 ntBASIC21.53■■□□□ 1.04
CHMP3Q9Y3E7 POLR3D-201ENST00000306433 1931 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
CHMP3Q9Y3E7 PPT2-246ENST00000375137 1945 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
CHMP3Q9Y3E7 AL590787.1-201ENST00000568856 1315 ntBASIC21.53■■□□□ 1.04
CHMP3Q9Y3E7 MFSD14A-201ENST00000370152 2777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
CHMP3Q9Y3E7 XKR8-201ENST00000373884 2692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
CHMP3Q9Y3E7 DGKI-203ENST00000446122 4070 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.52■■□□□ 1.04
CHMP3Q9Y3E7 RNH1-204ENST00000397614 1864 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.52■■□□□ 1.04
CHMP3Q9Y3E7 MRPL20P1-201ENST00000400819 433 ntBASIC21.52■■□□□ 1.04
CHMP3Q9Y3E7 BARX1-AS1-202ENST00000454594 307 ntTSL 3 BASIC21.52■■□□□ 1.04
CHMP3Q9Y3E7 NECTIN3-AS1-204ENST00000476301 568 ntTSL 4 BASIC21.52■■□□□ 1.04
CHMP3Q9Y3E7 AC135050.2-203ENST00000529564 725 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC21.52■■□□□ 1.04
CHMP3Q9Y3E7 SLC25A3P1-206ENST00000569142 925 ntTSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
CHMP3Q9Y3E7 AC008403.2-204ENST00000600650 1006 ntTSL 3 BASIC21.52■■□□□ 1.04
CHMP3Q9Y3E7 LINC01168-201ENST00000461291 5254 ntTSL 2 BASIC21.52■■□□□ 1.04
CHMP3Q9Y3E7 TCF4-201ENST00000354452 3482 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.52■■□□□ 1.04
CHMP3Q9Y3E7 AHSA2-202ENST00000394457 6574 ntTSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
CHMP3Q9Y3E7 HS3ST2-201ENST00000261374 2314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
CHMP3Q9Y3E7 RUNDC3B-203ENST00000394654 2064 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC21.52■■□□□ 1.04
CHMP3Q9Y3E7 KCNE3-201ENST00000310128 3143 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
CHMP3Q9Y3E7 CAP2-202ENST00000378990 1812 ntTSL 2 BASIC21.52■■□□□ 1.04
CHMP3Q9Y3E7 SUSD4-208ENST00000494793 1833 ntTSL 5 BASIC21.52■■□□□ 1.04
CHMP3Q9Y3E7 OSBPL9-222ENST00000531828 2210 ntTSL 5 BASIC21.52■■□□□ 1.04
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 88 ms