Protein–RNA interactions for Protein: P39060

COL18A1, Collagen alpha-1(XVIII) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,754 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL18A1P39060 TMEM33-208ENST00000513702 1092 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.43■■□□□ 1.18
COL18A1P39060 AC008738.7-201ENST00000609744 511 ntBASIC22.43■■□□□ 1.18
COL18A1P39060 TEX28P1-201ENST00000613479 1221 ntBASIC22.43■■□□□ 1.18
COL18A1P39060 TEX28P2-201ENST00000617764 1221 ntBASIC22.43■■□□□ 1.18
COL18A1P39060 IGHV3-72-202ENST00000621503 303 ntBASIC22.43■■□□□ 1.18
COL18A1P39060 ABALON-201ENST00000629058 1903 ntBASIC22.43■■□□□ 1.18
COL18A1P39060 RDH8-203ENST00000591589 1715 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
COL18A1P39060 SLC47A2-201ENST00000325411 2258 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
COL18A1P39060 WBP2-219ENST00000626827 1867 ntTSL 5 BASIC22.43■■□□□ 1.18
COL18A1P39060 LYSMD4-202ENST00000344791 2885 ntTSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
COL18A1P39060 MXRA8-202ENST00000342753 2231 ntTSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
COL18A1P39060 PRELID3A-209ENST00000592149 2001 ntTSL 2 BASIC22.43■■□□□ 1.18
COL18A1P39060 ATP6V1C2-204ENST00000635370 1578 ntTSL 5 BASIC22.43■■□□□ 1.18
COL18A1P39060 AFF2-204ENST00000370458 1488 ntTSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
COL18A1P39060 TPM1-205ENST00000357980 1800 ntTSL 2 BASIC22.43■■□□□ 1.18
COL18A1P39060 TACR2-202ENST00000373307 1740 ntTSL 2 BASIC22.43■■□□□ 1.18
COL18A1P39060 LINC00668-205ENST00000581571 1748 ntTSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
COL18A1P39060 LRRD1-201ENST00000343318 2073 ntTSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
COL18A1P39060 MRGPRD-201ENST00000309106 966 ntAPPRIS P1 BASIC22.43■■□□□ 1.18
COL18A1P39060 SHBG-204ENST00000441599 973 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
COL18A1P39060 ZFPL1-207ENST00000526791 384 ntTSL 3 BASIC22.43■■□□□ 1.18
COL18A1P39060 TATDN3-212ENST00000530441 492 ntTSL 3 BASIC22.43■■□□□ 1.18
COL18A1P39060 TPGS2-215ENST00000590842 1239 ntTSL 2 BASIC22.43■■□□□ 1.18
COL18A1P39060 FOLR3-204ENST00000611028 820 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
COL18A1P39060 FKBP10-201ENST00000321562 2662 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
COL18A1P39060 HIRA-201ENST00000263208 4053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
COL18A1P39060 BORCS6-201ENST00000389017 2575 ntAPPRIS P1 BASIC22.42■■□□□ 1.18
COL18A1P39060 ZNF397-201ENST00000261333 1419 ntTSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
COL18A1P39060 KANSL1L-203ENST00000418791 3562 ntTSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
COL18A1P39060 KRT6C-201ENST00000252250 2289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
COL18A1P39060 KRT6B-201ENST00000252252 2282 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
COL18A1P39060 FBXO4-202ENST00000296812 1731 ntTSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
COL18A1P39060 ARPC5-201ENST00000294742 1637 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
COL18A1P39060 SETD7-204ENST00000506866 1602 ntTSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
COL18A1P39060 IDUA-210ENST00000514224 2130 ntTSL 2 BASIC22.42■■□□□ 1.18
COL18A1P39060 HS3ST3A1-201ENST00000284110 2527 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
COL18A1P39060 GCFC2-202ENST00000409857 2516 ntTSL 5 BASIC22.42■■□□□ 1.18
COL18A1P39060 FAM220BP-201ENST00000377689 816 ntBASIC22.42■■□□□ 1.18
COL18A1P39060 AL080243.2-201ENST00000418783 582 ntBASIC22.42■■□□□ 1.18
COL18A1P39060 U91328.1-201ENST00000437528 223 ntBASIC22.42■■□□□ 1.18
COL18A1P39060 LEPROTL1-202ENST00000442880 908 ntTSL 2 BASIC22.42■■□□□ 1.18
COL18A1P39060 LINC00824-206ENST00000523173 920 ntTSL 2 BASIC22.42■■□□□ 1.18
COL18A1P39060 RNASEK-203ENST00000549393 783 ntTSL 3 BASIC22.42■■□□□ 1.18
COL18A1P39060 Z97055.2-201ENST00000563715 859 ntTSL 3 BASIC22.42■■□□□ 1.18
COL18A1P39060 MPI-209ENST00000564003 1195 ntTSL 2 BASIC22.42■■□□□ 1.18
COL18A1P39060 LGI3-202ENST00000424267 3114 ntTSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
COL18A1P39060 CDK11A-205ENST00000378633 2458 ntTSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
COL18A1P39060 MIB2-203ENST00000378712 2890 ntTSL 2 BASIC22.42■■□□□ 1.18
COL18A1P39060 MKRN3-203ENST00000568252 1312 ntTSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
COL18A1P39060 ALMS1P1-202ENST00000450720 1601 ntTSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
COL18A1P39060 SHTN1-203ENST00000392901 2190 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.41■■□□□ 1.18
COL18A1P39060 BEST2-202ENST00000549706 2183 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.41■■□□□ 1.18
COL18A1P39060 NEIL1-221ENST00000569035 1797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
COL18A1P39060 TAPBP-238ENST00000475304 1686 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.41■■□□□ 1.18
COL18A1P39060 PPAN-P2RY11-201ENST00000393796 2385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
COL18A1P39060 LYPLAL1-201ENST00000366927 1819 ntTSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
COL18A1P39060 SUPT20H-203ENST00000360252 2843 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
COL18A1P39060 TOMM5-201ENST00000321301 751 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
COL18A1P39060 UGP2-202ENST00000394417 2136 ntTSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
COL18A1P39060 GNG4-205ENST00000484517 684 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.41■■□□□ 1.18
COL18A1P39060 AC138466.1-201ENST00000535242 391 ntTSL 3 BASIC22.41■■□□□ 1.18
COL18A1P39060 AL031717.1-201ENST00000569670 565 ntTSL 4 BASIC22.41■■□□□ 1.18
COL18A1P39060 ARMC7-205ENST00000584947 445 ntTSL 3 BASIC22.41■■□□□ 1.18
COL18A1P39060 AC243964.2-202ENST00000591312 752 ntTSL 2 BASIC22.41■■□□□ 1.18
COL18A1P39060 AC018529.1-201ENST00000613063 361 ntBASIC22.41■■□□□ 1.18
COL18A1P39060 GPER1-207ENST00000619052 571 ntTSL 2 BASIC22.41■■□□□ 1.18
COL18A1P39060 AL358472.5-202ENST00000641448 1267 ntBASIC22.41■■□□□ 1.18
COL18A1P39060 ULK3-220ENST00000569437 2611 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
COL18A1P39060 STARD3NL-204ENST00000434197 1341 ntTSL 5 BASIC22.41■■□□□ 1.18
COL18A1P39060 SELENBP1-204ENST00000426705 1928 ntTSL 2 BASIC22.41■■□□□ 1.18
COL18A1P39060 NPEPL1-204ENST00000525967 1917 ntTSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
COL18A1P39060 LIN54-209ENST00000510557 2257 ntTSL 2 BASIC22.41■■□□□ 1.18
COL18A1P39060 CPEB2-207ENST00000507071 2103 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
COL18A1P39060 MRFAP1-205ENST00000617365 2112 ntTSL 5 BASIC22.41■■□□□ 1.18
COL18A1P39060 RDH12-201ENST00000267502 1833 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.41■■□□□ 1.18
COL18A1P39060 RGS20-201ENST00000276500 1664 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
COL18A1P39060 GSTO2-203ENST00000450629 1391 ntTSL 5 BASIC22.41■■□□□ 1.18
COL18A1P39060 GFY-202ENST00000610896 1557 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.4■■□□□ 1.18
COL18A1P39060 NDUFA3-204ENST00000391764 267 ntTSL 3 BASIC22.4■■□□□ 1.18
COL18A1P39060 REEP4-207ENST00000523293 913 ntTSL 3 BASIC22.4■■□□□ 1.18
COL18A1P39060 MUTYH-237ENST00000531105 501 ntTSL 5 BASIC22.4■■□□□ 1.18
COL18A1P39060 WASH4P-201ENST00000564273 1246 ntBASIC22.4■■□□□ 1.18
COL18A1P39060 MYMX-202ENST00000576476 682 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.4■■□□□ 1.18
COL18A1P39060 AC138474.1-201ENST00000586630 523 ntTSL 3 BASIC22.4■■□□□ 1.18
COL18A1P39060 AL132655.2-201ENST00000596276 594 ntBASIC22.4■■□□□ 1.18
COL18A1P39060 B4GALNT2-201ENST00000300404 1906 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
COL18A1P39060 SLX1B-SULT1A4-201ENST00000344620 2424 ntTSL 2 BASIC22.4■■□□□ 1.18
COL18A1P39060 GABRB2-202ENST00000353437 1963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
COL18A1P39060 PPARD-202ENST00000337400 2041 ntTSL 5 BASIC22.4■■□□□ 1.18
COL18A1P39060 EGFL6-201ENST00000361306 2398 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
COL18A1P39060 TINF2-201ENST00000267415 1852 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
COL18A1P39060 ANKDD1B-204ENST00000601380 2569 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.4■■□□□ 1.18
COL18A1P39060 HYAL1-204ENST00000395144 2081 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
COL18A1P39060 SDHA-204ENST00000504309 2067 ntTSL 5 BASIC22.4■■□□□ 1.18
COL18A1P39060 AP005329.2-201ENST00000580139 1771 ntTSL 2 BASIC22.4■■□□□ 1.18
COL18A1P39060 ABTB1-201ENST00000232744 1965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
COL18A1P39060 SPNS2-201ENST00000329078 3447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
COL18A1P39060 PQLC2L-201ENST00000312275 1201 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
COL18A1P39060 HNRNPA3P1-201ENST00000401429 1139 ntBASIC22.4■■□□□ 1.18
COL18A1P39060 NME2P1-201ENST00000426182 414 ntBASIC22.4■■□□□ 1.18
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 109.8 ms