Protein–RNA interactions for Protein: P31274

HOXC9, Homeobox protein Hox-C9, humanhuman

Predictions only

Length 260 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXC9P31274 EPB41L4B-201ENST00000374557 4006 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
HOXC9P31274 BSG-215ENST00000618006 1329 ntTSL 2 BASIC22.69■■□□□ 1.22
HOXC9P31274 TRIP6-209ENST00000619988 1303 ntTSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
HOXC9P31274 SPEM1-201ENST00000323675 982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
HOXC9P31274 AC067863.1-201ENST00000494933 530 ntBASIC22.69■■□□□ 1.22
HOXC9P31274 AC106897.1-201ENST00000512874 394 ntTSL 2 BASIC22.69■■□□□ 1.22
HOXC9P31274 FGFR1OP2-206ENST00000546072 956 ntTSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
HOXC9P31274 OTUB2-202ENST00000553723 708 ntTSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
HOXC9P31274 AC009053.3-201ENST00000567148 574 ntTSL 4 BASIC22.69■■□□□ 1.22
HOXC9P31274 C19orf33-202ENST00000588605 520 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
HOXC9P31274 FSTL3-202ENST00000588773 746 ntTSL 2 BASIC22.69■■□□□ 1.22
HOXC9P31274 GMFG-207ENST00000598034 1028 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
HOXC9P31274 AC243571.2-201ENST00000615265 628 ntTSL 3 BASIC22.69■■□□□ 1.22
HOXC9P31274 CLN3-246ENST00000636228 1224 ntTSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
HOXC9P31274 PPAN-P2RY11-201ENST00000393796 2385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
HOXC9P31274 CFLAR-208ENST00000423241 2128 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
HOXC9P31274 MEN1-203ENST00000337652 3162 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.69■■□□□ 1.22
HOXC9P31274 FDXR-203ENST00000420580 1705 ntTSL 2 BASIC22.68■■□□□ 1.22
HOXC9P31274 LINC02167-203ENST00000566900 1489 ntTSL 2 BASIC22.68■■□□□ 1.22
HOXC9P31274 CCDC28B-202ENST00000421922 1415 ntTSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
HOXC9P31274 NME1-NME2-202ENST00000393193 1021 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.68■■□□□ 1.22
HOXC9P31274 NDUFAF2-203ENST00000511107 586 ntTSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
HOXC9P31274 AC091053.1-201ENST00000529883 744 ntTSL 3 BASIC22.68■■□□□ 1.22
HOXC9P31274 AL110118.2-203ENST00000557574 554 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC22.68■■□□□ 1.22
HOXC9P31274 MARCH2-206ENST00000601283 747 ntTSL 3 BASIC22.68■■□□□ 1.22
HOXC9P31274 IRF1-211ENST00000613424 821 ntTSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
HOXC9P31274 EPHA10-201ENST00000319637 2050 ntTSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
HOXC9P31274 LINC00671-201ENST00000301683 1958 ntTSL 2 BASIC22.68■■□□□ 1.22
HOXC9P31274 ELF2-207ENST00000510408 1965 ntTSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
HOXC9P31274 C2orf81-202ENST00000612891 1902 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.68■■□□□ 1.22
HOXC9P31274 GRB10-205ENST00000401949 2627 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
HOXC9P31274 ANXA8-203ENST00000583874 1860 ntTSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
HOXC9P31274 CAV2-201ENST00000222693 3301 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
HOXC9P31274 TMEM155-202ENST00000394394 1753 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC22.68■■□□□ 1.22
HOXC9P31274 BDKRB2-201ENST00000539359 1600 ntTSL 2 BASIC22.68■■□□□ 1.22
HOXC9P31274 CCKBR-203ENST00000525462 2138 ntTSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
HOXC9P31274 DNM1-206ENST00000475805 2710 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC22.67■■□□□ 1.22
HOXC9P31274 LONRF1-208ENST00000533751 3043 ntTSL 5 BASIC22.67■■□□□ 1.22
HOXC9P31274 RAX2-201ENST00000555633 2414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
HOXC9P31274 RPL30-202ENST00000396070 440 ntTSL 2 BASIC22.67■■□□□ 1.22
HOXC9P31274 CNN2P2-201ENST00000443536 909 ntBASIC22.67■■□□□ 1.22
HOXC9P31274 CNN2P3-201ENST00000450201 906 ntBASIC22.67■■□□□ 1.22
HOXC9P31274 TMEM161B-AS1-202ENST00000501715 1101 ntTSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
HOXC9P31274 C8orf46-213ENST00000521495 557 ntTSL 4 BASIC22.67■■□□□ 1.22
HOXC9P31274 AC069262.1-201ENST00000539058 672 ntBASIC22.67■■□□□ 1.22
HOXC9P31274 LMO7-AS1-202ENST00000568735 467 ntTSL 3 BASIC22.67■■□□□ 1.22
HOXC9P31274 AC013565.3-202ENST00000570120 460 ntTSL 2 BASIC22.67■■□□□ 1.22
HOXC9P31274 AL136317.3-201ENST00000618497 906 ntBASIC22.67■■□□□ 1.22
HOXC9P31274 CBR3-AS1-216ENST00000624883 564 ntTSL 3 BASIC22.67■■□□□ 1.22
HOXC9P31274 RAB34-224ENST00000636513 888 ntTSL 5 BASIC22.67■■□□□ 1.22
HOXC9P31274 AC084121.4-201ENST00000641598 221 ntBASIC22.67■■□□□ 1.22
HOXC9P31274 AF228730.8-201ENST00000642140 221 ntBASIC22.67■■□□□ 1.22
HOXC9P31274 NEIL1-221ENST00000569035 1797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
HOXC9P31274 DNAJA3-203ENST00000431375 2294 ntTSL 2 BASIC22.67■■□□□ 1.22
HOXC9P31274 KLK6-202ENST00000376851 1708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
HOXC9P31274 ASB13-201ENST00000357700 2699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
HOXC9P31274 AL162586.1-201ENST00000439298 2055 ntTSL 2 BASIC22.67■■□□□ 1.22
HOXC9P31274 GCH1-207ENST00000622544 2923 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
HOXC9P31274 GABRB2-202ENST00000353437 1963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
HOXC9P31274 MANBAL-204ENST00000397151 1503 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.67■■□□□ 1.22
HOXC9P31274 MANBAL-205ENST00000397152 1539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
HOXC9P31274 AL109955.1-201ENST00000417346 1540 ntTSL 2 BASIC22.67■■□□□ 1.22
HOXC9P31274 MAT2A-202ENST00000409017 1927 ntTSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
HOXC9P31274 CAMKV-204ENST00000466940 1475 ntTSL 2 BASIC22.66■■□□□ 1.22
HOXC9P31274 TRPV4-208ENST00000544971 2295 ntTSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
HOXC9P31274 CDK13-207ENST00000613626 3099 ntTSL 5 BASIC22.66■■□□□ 1.22
HOXC9P31274 HECTD2-203ENST00000371681 2175 ntTSL 2 BASIC22.66■■□□□ 1.22
HOXC9P31274 HMGA1-205ENST00000447654 2159 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
HOXC9P31274 PITPNM2-209ENST00000546049 1793 ntTSL 5 BASIC22.66■■□□□ 1.22
HOXC9P31274 SNX1-213ENST00000561026 1374 ntTSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
HOXC9P31274 CORO1A-208ENST00000565497 1348 ntTSL 5 BASIC22.66■■□□□ 1.22
HOXC9P31274 NUPR2-201ENST00000329309 603 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
HOXC9P31274 CXCL1-201ENST00000395761 1097 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
HOXC9P31274 RBPMS2P1-201ENST00000437762 623 ntBASIC22.66■■□□□ 1.22
HOXC9P31274 WASHC3-213ENST00000545679 865 ntTSL 2 BASIC22.66■■□□□ 1.22
HOXC9P31274 HCFC1R1-203ENST00000572355 610 ntTSL 3 BASIC22.66■■□□□ 1.22
HOXC9P31274 OSR2-209ENST00000522510 1528 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.66■■□□□ 1.22
HOXC9P31274 HS6ST2-203ENST00000406696 1818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
HOXC9P31274 BORCS8-203ENST00000477565 1489 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
HOXC9P31274 DLGAP4-204ENST00000373913 5056 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
HOXC9P31274 CSAD-209ENST00000453446 1774 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
HOXC9P31274 TUFM-201ENST00000313511 2071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
HOXC9P31274 AP003071.5-201ENST00000641568 2695 ntAPPRIS P1 BASIC22.65■■□□□ 1.22
HOXC9P31274 LILRA6-201ENST00000245621 1395 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.65■■□□□ 1.22
HOXC9P31274 ACP5-203ENST00000433365 1397 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
HOXC9P31274 WDR45-240ENST00000635003 1376 ntTSL 3 BASIC22.65■■□□□ 1.22
HOXC9P31274 TNFAIP1-202ENST00000544907 1656 ntTSL 2 BASIC22.65■■□□□ 1.22
HOXC9P31274 NF1-211ENST00000487476 2265 ntTSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
HOXC9P31274 AFDN-202ENST00000351017 5823 ntTSL 5 BASIC22.65■■□□□ 1.22
HOXC9P31274 TRIM15-207ENST00000376694 2214 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
HOXC9P31274 BEST2-202ENST00000549706 2183 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.65■■□□□ 1.22
HOXC9P31274 TCAP-201ENST00000309889 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
HOXC9P31274 PTMS-202ENST00000389462 773 ntTSL 2 BASIC22.65■■□□□ 1.22
HOXC9P31274 CXCL12-206ENST00000395795 404 ntTSL 5 BASIC22.65■■□□□ 1.22
HOXC9P31274 HCG4-201ENST00000418983 998 ntBASIC22.65■■□□□ 1.22
HOXC9P31274 AL022316.1-201ENST00000428765 572 ntTSL 4 BASIC22.65■■□□□ 1.22
HOXC9P31274 PEX5L-206ENST00000465751 2147 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.65■■□□□ 1.22
HOXC9P31274 AP006333.1-201ENST00000543817 575 ntTSL 4 BASIC22.65■■□□□ 1.22
HOXC9P31274 AQP6-203ENST00000551733 849 ntTSL 3 BASIC22.65■■□□□ 1.22
HOXC9P31274 IGFLR1-205ENST00000588992 730 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.65■■□□□ 1.22
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 29.6 ms