Protein–RNA interactions for Protein: P27658

COL8A1, Collagen alpha-1(VIII) chain, humanhuman

Predictions only

Length 744 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL8A1P27658 TMPRSS12-201ENST00000398458 1450 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
COL8A1P27658 NKIRAS2-207ENST00000449471 1461 ntTSL 2 BASIC15.06■□□□□ 0
COL8A1P27658 GLCCI1-201ENST00000223145 4743 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
COL8A1P27658 CACNA1A-253ENST00000637927 6847 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.06■□□□□ 0
COL8A1P27658 ZDHHC23-201ENST00000330212 3778 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
COL8A1P27658 CORO1A-216ENST00000570045 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
COL8A1P27658 SENP6-201ENST00000327284 2700 ntTSL 2 BASIC15.06■□□□□ 0
COL8A1P27658 OTUD1-201ENST00000376495 2933 ntAPPRIS P1 BASIC15.06■□□□□ 0
COL8A1P27658 DHX33-201ENST00000225296 5618 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
COL8A1P27658 GJB6-204ENST00000400066 1927 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ 0
COL8A1P27658 CTBP2-202ENST00000334808 2130 ntTSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ 0
COL8A1P27658 LYRM9-203ENST00000460380 2196 ntTSL 2 BASIC15.05■□□□□ 0
COL8A1P27658 PCDHA7-202ENST00000525929 5221 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ 0
COL8A1P27658 SEMA7A-203ENST00000543145 2304 ntTSL 2 BASIC15.05■□□□□ 0
COL8A1P27658 ZADH2-201ENST00000322342 7732 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ 0
COL8A1P27658 ELF3-201ENST00000359651 4994 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ 0
COL8A1P27658 GATAD2A-202ENST00000360315 5671 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.05■□□□□ -0
COL8A1P27658 SZT2-202ENST00000372450 1191 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ -0
COL8A1P27658 ADM2-201ENST00000395737 535 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ -0
COL8A1P27658 ITPR1-AS1-201ENST00000412804 858 ntTSL 2 BASIC15.05■□□□□ -0
COL8A1P27658 LINC00475-203ENST00000417983 703 ntTSL 2 BASIC15.05■□□□□ -0
COL8A1P27658 STK19B-204ENST00000512515 211 ntBASIC15.05■□□□□ -0
COL8A1P27658 AHSA1-202ENST00000535854 1173 ntTSL 2 BASIC15.05■□□□□ -0
COL8A1P27658 GALNT9-208ENST00000541995 1001 ntTSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ -0
COL8A1P27658 AC026150.2-201ENST00000564693 1156 ntBASIC15.05■□□□□ -0
COL8A1P27658 AC009053.3-201ENST00000567148 574 ntTSL 4 BASIC15.05■□□□□ -0
COL8A1P27658 AC109462.3-201ENST00000573934 613 ntBASIC15.05■□□□□ -0
COL8A1P27658 VAT1-205ENST00000587173 1174 ntTSL 2 BASIC15.05■□□□□ -0
COL8A1P27658 TMEM106C-202ENST00000429772 1515 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.05■□□□□ -0
COL8A1P27658 TFAP2A-AS1-201ENST00000420777 1575 ntTSL 5 BASIC15.05■□□□□ -0
COL8A1P27658 RASSF1-202ENST00000357043 1864 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ -0
COL8A1P27658 MYEOV-202ENST00000441339 1996 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.05■□□□□ -0
COL8A1P27658 CBX1-201ENST00000225603 2232 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ -0
COL8A1P27658 AC009133.6-201ENST00000609618 2252 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.05■□□□□ -0
COL8A1P27658 RNF146-203ENST00000368314 2369 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC15.05■□□□□ -0
COL8A1P27658 TMEM109-201ENST00000227525 2413 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ -0
COL8A1P27658 SPATA20-226ENST00000619622 2769 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.05■□□□□ -0
COL8A1P27658 CBFA2T2-201ENST00000342704 2864 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ -0
COL8A1P27658 SNAP91-201ENST00000195649 4434 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.04■□□□□ -0
COL8A1P27658 SNAP91-204ENST00000369694 4449 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.04■□□□□ -0
COL8A1P27658 SMARCC2-201ENST00000267064 4076 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
COL8A1P27658 ANKRD17-211ENST00000639793 3486 ntTSL 5 BASIC15.04■□□□□ -0
COL8A1P27658 SPSB1-201ENST00000328089 3120 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
COL8A1P27658 PLPBP-201ENST00000328195 2558 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
COL8A1P27658 FGD5-201ENST00000285046 5720 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
COL8A1P27658 GCGR-202ENST00000570996 1872 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.04■□□□□ -0
COL8A1P27658 SLC8A3-202ENST00000356921 5250 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
COL8A1P27658 JMJD6-202ENST00000397625 1603 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
COL8A1P27658 ALDH3A2-225ENST00000630662 1558 ntTSL 5 BASIC15.04■□□□□ -0
COL8A1P27658 NDUFV1-216ENST00000529927 1503 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
COL8A1P27658 TSPAN4-205ENST00000397406 1426 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
COL8A1P27658 CLDN6-201ENST00000328796 1369 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
COL8A1P27658 NR1H3-204ENST00000407404 1330 ntTSL 5 BASIC15.04■□□□□ -0
COL8A1P27658 ATP6V0B-201ENST00000236067 944 ntTSL 2 BASIC15.04■□□□□ -0
COL8A1P27658 SNCG-201ENST00000348795 684 ntTSL 2 BASIC15.04■□□□□ -0
COL8A1P27658 BLZF1-202ENST00000367807 1295 ntTSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
COL8A1P27658 SLC22A18-206ENST00000449793 1225 ntTSL 5 BASIC15.04■□□□□ -0
COL8A1P27658 GPR53P-205ENST00000457298 1084 ntBASIC15.04■□□□□ -0
COL8A1P27658 LINC00595-207ENST00000476909 792 ntTSL 2 BASIC15.04■□□□□ -0
COL8A1P27658 ATP6V0B-211ENST00000498664 825 ntTSL 2 BASIC15.04■□□□□ -0
COL8A1P27658 CPLX2-206ENST00000512824 518 ntTSL 4 BASIC15.04■□□□□ -0
COL8A1P27658 AC069120.2-201ENST00000524091 540 ntBASIC15.04■□□□□ -0
COL8A1P27658 COQ6-210ENST00000554920 649 ntTSL 3 BASIC15.04■□□□□ -0
COL8A1P27658 AC090607.3-202ENST00000558971 383 ntTSL 3 BASIC15.04■□□□□ -0
COL8A1P27658 AC138474.1-201ENST00000586630 523 ntTSL 3 BASIC15.04■□□□□ -0
COL8A1P27658 MTX1-207ENST00000609421 1085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
COL8A1P27658 SBK3-202ENST00000612221 1270 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.04■□□□□ -0
COL8A1P27658 LRRC23-215ENST00000622489 1061 ntTSL 5 BASIC15.04■□□□□ -0
COL8A1P27658 DBI-211ENST00000627093 554 ntTSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
COL8A1P27658 LRRC58-201ENST00000295628 7903 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
COL8A1P27658 ADGRB2-201ENST00000373655 5400 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
COL8A1P27658 IPMK-201ENST00000373935 6133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
COL8A1P27658 CNOT11-201ENST00000289382 2599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
COL8A1P27658 NKX2-1-203ENST00000518149 2583 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.04■□□□□ -0
COL8A1P27658 SNX4-201ENST00000251775 2513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
COL8A1P27658 AGTR1-201ENST00000349243 2356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
COL8A1P27658 COBL-202ENST00000395540 2332 ntTSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
COL8A1P27658 ATIC-205ENST00000435675 2275 ntTSL 2 BASIC15.04■□□□□ -0
COL8A1P27658 INAVA-202ENST00000413687 2197 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC15.04■□□□□ -0
COL8A1P27658 PTOV1-AS1-201ENST00000596521 2155 ntTSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
COL8A1P27658 F11R-202ENST00000368026 4835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
COL8A1P27658 TRAM1L1-201ENST00000310754 2023 ntAPPRIS P1 BASIC15.04■□□□□ -0
COL8A1P27658 SLC16A3-221ENST00000617373 2048 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.04■□□□□ -0
COL8A1P27658 SLC16A3-222ENST00000619321 2015 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.04■□□□□ -0
COL8A1P27658 PRKCSH-209ENST00000589838 1898 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
COL8A1P27658 NF2-203ENST00000353887 1845 ntTSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
COL8A1P27658 TMEM145-201ENST00000301204 1768 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC15.03■□□□□ -0
COL8A1P27658 MTERF2-202ENST00000392830 1763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
COL8A1P27658 HOXC6-202ENST00000394331 2943 ntTSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
COL8A1P27658 MINDY2-202ENST00000450403 4820 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
COL8A1P27658 CPNE7-201ENST00000268720 2657 ntTSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
COL8A1P27658 SEPT6-202ENST00000354228 1576 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
COL8A1P27658 GPAT2P1-202ENST00000471661 1569 ntTSL 2 BASIC15.03■□□□□ -0
COL8A1P27658 AL139398.1-201ENST00000638795 1529 ntTSL 5 BASIC15.03■□□□□ -0
COL8A1P27658 AOC3-204ENST00000591562 2522 ntTSL 2 BASIC15.03■□□□□ -0
COL8A1P27658 FBXL3-201ENST00000355619 3503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
COL8A1P27658 PTPDC1-202ENST00000375360 4517 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
COL8A1P27658 CIDEB-202ENST00000336557 2409 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.03■□□□□ -0
COL8A1P27658 LGI3-201ENST00000306317 3272 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
COL8A1P27658 CREB3L3-204ENST00000602147 1382 ntTSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 38.8 ms