Protein–RNA interactions for Protein: Q9BQI4

CCDC3, Coiled-coil domain-containing protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 270 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC3Q9BQI4 ZNF419-207ENST00000442920 1857 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.89■□□□□ 0.29
CCDC3Q9BQI4 NSMCE3-201ENST00000332303 4838 ntAPPRIS P1 BASIC16.89■□□□□ 0.29
CCDC3Q9BQI4 USP18-201ENST00000215794 2129 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.89■□□□□ 0.29
CCDC3Q9BQI4 DBI-201ENST00000311521 714 ntTSL 1 (best) BASIC16.89■□□□□ 0.29
CCDC3Q9BQI4 CRADD-201ENST00000332896 1169 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.89■□□□□ 0.29
CCDC3Q9BQI4 HCCS-203ENST00000380763 1000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.89■□□□□ 0.29
CCDC3Q9BQI4 ANKRD54-202ENST00000406423 954 ntTSL 3 BASIC16.89■□□□□ 0.29
CCDC3Q9BQI4 IDH3B-206ENST00000474315 1279 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.89■□□□□ 0.29
CCDC3Q9BQI4 MOK-203ENST00000517966 1230 ntTSL 1 (best) BASIC16.89■□□□□ 0.29
CCDC3Q9BQI4 AL157871.1-202ENST00000556458 478 ntTSL 5 BASIC16.89■□□□□ 0.29
CCDC3Q9BQI4 BLOC1S6-202ENST00000562384 494 ntTSL 4 BASIC16.89■□□□□ 0.29
CCDC3Q9BQI4 AC005829.1-201ENST00000570002 483 ntBASIC16.89■□□□□ 0.29
CCDC3Q9BQI4 AL590235.2-202ENST00000602543 594 ntTSL 5 BASIC16.89■□□□□ 0.29
CCDC3Q9BQI4 AC004790.2-201ENST00000623588 572 ntBASIC16.89■□□□□ 0.29
CCDC3Q9BQI4 EIF4E3-201ENST00000295612 2764 ntTSL 1 (best) BASIC16.89■□□□□ 0.29
CCDC3Q9BQI4 PON1-201ENST00000222381 2568 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.89■□□□□ 0.29
CCDC3Q9BQI4 TLK2-202ENST00000343388 3227 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.89■□□□□ 0.29
CCDC3Q9BQI4 MTCL1-205ENST00000517570 6009 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.89■□□□□ 0.29
CCDC3Q9BQI4 ISY1-201ENST00000273541 1704 ntTSL 1 (best) BASIC16.89■□□□□ 0.29
CCDC3Q9BQI4 ANTXR1-201ENST00000303714 5859 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.89■□□□□ 0.29
CCDC3Q9BQI4 DBNL-213ENST00000452943 1513 ntTSL 2 BASIC16.89■□□□□ 0.29
CCDC3Q9BQI4 FBXO41-204ENST00000520530 3293 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.89■□□□□ 0.29
CCDC3Q9BQI4 RAB17-201ENST00000264601 1966 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.89■□□□□ 0.29
CCDC3Q9BQI4 ZBTB5-201ENST00000307750 4627 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.89■□□□□ 0.29
CCDC3Q9BQI4 PSMD4-201ENST00000368881 1333 ntTSL 5 BASIC16.89■□□□□ 0.29
CCDC3Q9BQI4 LINC02138-201ENST00000378340 1326 ntTSL 2 BASIC16.89■□□□□ 0.29
CCDC3Q9BQI4 GRAP2-202ENST00000407075 1304 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.89■□□□□ 0.29
CCDC3Q9BQI4 CLEC10A-201ENST00000254868 1797 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.89■□□□□ 0.29
CCDC3Q9BQI4 TTC29-201ENST00000325106 1785 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.89■□□□□ 0.29
CCDC3Q9BQI4 TTC29-205ENST00000504425 1777 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.89■□□□□ 0.29
CCDC3Q9BQI4 CLASRP-201ENST00000221455 2234 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.89■□□□□ 0.29
CCDC3Q9BQI4 IFFO1-204ENST00000396840 2677 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.89■□□□□ 0.29
CCDC3Q9BQI4 AL139130.1-201ENST00000451362 5586 ntTSL 1 (best) BASIC16.89■□□□□ 0.29
CCDC3Q9BQI4 LARGE2-206ENST00000529052 2459 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.89■□□□□ 0.29
CCDC3Q9BQI4 PUF60-201ENST00000313352 1804 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.89■□□□□ 0.29
CCDC3Q9BQI4 FNDC8-201ENST00000158009 1388 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.89■□□□□ 0.29
CCDC3Q9BQI4 CACTIN-201ENST00000221899 2797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.89■□□□□ 0.29
CCDC3Q9BQI4 TMEM155-201ENST00000337677 2313 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.88■□□□□ 0.29
CCDC3Q9BQI4 CDC25A-201ENST00000302506 3783 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.88■□□□□ 0.29
CCDC3Q9BQI4 TRIM60-203ENST00000508504 1674 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.88■□□□□ 0.29
CCDC3Q9BQI4 MTSS1L-204ENST00000616026 2241 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.88■□□□□ 0.29
CCDC3Q9BQI4 TTC19-201ENST00000261647 3002 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.88■□□□□ 0.29
CCDC3Q9BQI4 SMOC1-201ENST00000361956 2040 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.88■□□□□ 0.29
CCDC3Q9BQI4 TBC1D10C-203ENST00000526387 1520 ntTSL 2 BASIC16.88■□□□□ 0.29
CCDC3Q9BQI4 FGFBP2-201ENST00000259989 1168 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.88■□□□□ 0.29
CCDC3Q9BQI4 YIF1B-203ENST00000339413 1225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.88■□□□□ 0.29
CCDC3Q9BQI4 PNRC2-202ENST00000374468 814 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.88■□□□□ 0.29
CCDC3Q9BQI4 TIMM17B-202ENST00000396779 1099 ntTSL 5 BASIC16.88■□□□□ 0.29
CCDC3Q9BQI4 PRSS29P-201ENST00000440800 595 ntBASIC16.88■□□□□ 0.29
CCDC3Q9BQI4 MCF2L-AS1-201ENST00000446789 712 ntTSL 3 BASIC16.88■□□□□ 0.29
CCDC3Q9BQI4 EHMT1-216ENST00000493484 1182 ntTSL 3 BASIC16.88■□□□□ 0.29
CCDC3Q9BQI4 MAL2-202ENST00000531508 892 ntTSL 3 BASIC16.88■□□□□ 0.29
CCDC3Q9BQI4 AC018845.2-201ENST00000568326 409 ntBASIC16.88■□□□□ 0.29
CCDC3Q9BQI4 ZEB1-AS1-209ENST00000607455 559 ntTSL 4 BASIC16.88■□□□□ 0.29
CCDC3Q9BQI4 Z94160.2-201ENST00000609322 910 ntTSL 1 (best) BASIC16.88■□□□□ 0.29
CCDC3Q9BQI4 AC092865.6-201ENST00000642101 219 ntBASIC16.88■□□□□ 0.29
CCDC3Q9BQI4 KIF1BP-204ENST00000626493 2337 ntTSL 5 BASIC16.88■□□□□ 0.29
CCDC3Q9BQI4 DTX3-204ENST00000548804 2067 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.88■□□□□ 0.29
CCDC3Q9BQI4 CLPB-212ENST00000543042 2133 ntTSL 2 BASIC16.88■□□□□ 0.29
CCDC3Q9BQI4 NKIRAS1-207ENST00000437230 1898 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.88■□□□□ 0.29
CCDC3Q9BQI4 CLDND1-204ENST00000394185 2159 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.88■□□□□ 0.29
CCDC3Q9BQI4 RELL2-201ENST00000297164 2520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.88■□□□□ 0.29
CCDC3Q9BQI4 SERPINB6-208ENST00000616722 2047 ntTSL 2 BASIC16.87■□□□□ 0.29
CCDC3Q9BQI4 INHA-201ENST00000243786 1468 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.87■□□□□ 0.29
CCDC3Q9BQI4 HADHB-208ENST00000537713 2142 ntTSL 2 BASIC16.87■□□□□ 0.29
CCDC3Q9BQI4 RNF32-201ENST00000311822 1842 ntTSL 1 (best) BASIC16.87■□□□□ 0.29
CCDC3Q9BQI4 GPER1-204ENST00000401670 1542 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.87■□□□□ 0.29
CCDC3Q9BQI4 ORAI2-205ENST00000478730 5531 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.87■□□□□ 0.29
CCDC3Q9BQI4 TMEM206-201ENST00000261455 2475 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.87■□□□□ 0.29
CCDC3Q9BQI4 FXYD6-204ENST00000526014 2171 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.87■□□□□ 0.29
CCDC3Q9BQI4 THNSL2-203ENST00000377254 1560 ntTSL 2 BASIC16.87■□□□□ 0.29
CCDC3Q9BQI4 TBC1D1-203ENST00000402522 1567 ntTSL 2 BASIC16.87■□□□□ 0.29
CCDC3Q9BQI4 IL18BP-214ENST00000620017 1566 ntTSL 5 BASIC16.87■□□□□ 0.29
CCDC3Q9BQI4 YWHAZ-203ENST00000395951 964 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.87■□□□□ 0.29
CCDC3Q9BQI4 AL135791.1-201ENST00000429214 826 ntTSL 5 BASIC16.87■□□□□ 0.29
CCDC3Q9BQI4 AC007364.1-201ENST00000449714 1022 ntTSL 2 BASIC16.87■□□□□ 0.29
CCDC3Q9BQI4 HCG4B-203ENST00000450128 991 ntBASIC16.87■□□□□ 0.29
CCDC3Q9BQI4 AC099669.1-201ENST00000457331 456 ntTSL 3 BASIC16.87■□□□□ 0.29
CCDC3Q9BQI4 MRVI1-AS1-203ENST00000529979 784 ntTSL 3 BASIC16.87■□□□□ 0.29
CCDC3Q9BQI4 AL390334.1-205ENST00000555797 411 ntTSL 3 BASIC16.87■□□□□ 0.29
CCDC3Q9BQI4 TNFRSF13B-203ENST00000579315 600 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC16.87■□□□□ 0.29
CCDC3Q9BQI4 OAZ1-202ENST00000582888 969 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.87■□□□□ 0.29
CCDC3Q9BQI4 AP002449.1-201ENST00000588211 474 ntTSL 2 BASIC16.87■□□□□ 0.29
CCDC3Q9BQI4 CROCCP3-203ENST00000589964 255 ntTSL 3 BASIC16.87■□□□□ 0.29
CCDC3Q9BQI4 MCCC2-209ENST00000629193 1128 ntTSL 1 (best) BASIC16.87■□□□□ 0.29
CCDC3Q9BQI4 CNIH3-201ENST00000272133 2558 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.87■□□□□ 0.29
CCDC3Q9BQI4 EVX2-201ENST00000308618 4203 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.87■□□□□ 0.29
CCDC3Q9BQI4 GHRHR-201ENST00000326139 1602 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.87■□□□□ 0.29
CCDC3Q9BQI4 DNAJA3-203ENST00000431375 2294 ntTSL 2 BASIC16.87■□□□□ 0.29
CCDC3Q9BQI4 P2RX5-209ENST00000552276 1642 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.87■□□□□ 0.29
CCDC3Q9BQI4 AC097637.2-201ENST00000624096 1997 ntBASIC16.87■□□□□ 0.29
CCDC3Q9BQI4 ETV2-204ENST00000403402 1335 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.87■□□□□ 0.29
CCDC3Q9BQI4 BICD1-205ENST00000550207 1328 ntTSL 3 BASIC16.87■□□□□ 0.29
CCDC3Q9BQI4 AC013275.1-201ENST00000413602 2019 ntTSL 1 (best) BASIC16.87■□□□□ 0.29
CCDC3Q9BQI4 RSPO4-201ENST00000217260 2707 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.87■□□□□ 0.29
CCDC3Q9BQI4 MTDH-201ENST00000336273 6177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.87■□□□□ 0.29
CCDC3Q9BQI4 ISPD-201ENST00000399310 1709 ntTSL 1 (best) BASIC16.87■□□□□ 0.29
CCDC3Q9BQI4 TOM1L2-207ENST00000535933 1748 ntTSL 2 BASIC16.87■□□□□ 0.29
CCDC3Q9BQI4 ARSA-201ENST00000216124 2050 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.87■□□□□ 0.29
CCDC3Q9BQI4 KANK3-201ENST00000330915 2787 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.87■□□□□ 0.29
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 52.6 ms