Protein–RNA interactions for Protein: Q70EL1

USP54, Inactive ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 54, humanhuman

Predictions only

Length 1,684 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP54Q70EL1 RNPS1-203ENST00000397086 2069 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
USP54Q70EL1 RUVBL1-201ENST00000322623 1761 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
USP54Q70EL1 PAPD5-203ENST00000561678 2916 ntTSL 5 BASIC22.74■■□□□ 1.23
USP54Q70EL1 CHCHD3-201ENST00000262570 1598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
USP54Q70EL1 CLDN14-204ENST00000399137 1942 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
USP54Q70EL1 STX3-203ENST00000529177 1571 ntTSL 2 BASIC22.74■■□□□ 1.23
USP54Q70EL1 BAG5-202ENST00000337322 1960 ntTSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
USP54Q70EL1 NUDT4P1-201ENST00000322209 1206 ntAPPRIS P1 BASIC22.74■■□□□ 1.23
USP54Q70EL1 LINC01818-201ENST00000437118 368 ntTSL 2 BASIC22.74■■□□□ 1.23
USP54Q70EL1 AC008750.1-201ENST00000532473 492 ntTSL 3 BASIC22.74■■□□□ 1.23
USP54Q70EL1 AC138761.1-201ENST00000584393 385 ntBASIC22.74■■□□□ 1.23
USP54Q70EL1 FN1-208ENST00000426059 2388 ntTSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
USP54Q70EL1 ZNF589-203ENST00000427617 1677 ntTSL 2 BASIC22.74■■□□□ 1.23
USP54Q70EL1 RNF146-203ENST00000368314 2369 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC22.73■■□□□ 1.23
USP54Q70EL1 PCSK5-202ENST00000376767 2845 ntTSL 2 BASIC22.73■■□□□ 1.23
USP54Q70EL1 AC053503.2-201ENST00000420563 1598 ntTSL 2 BASIC22.73■■□□□ 1.23
USP54Q70EL1 SERPINB6-201ENST00000335686 1604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
USP54Q70EL1 TULP2-201ENST00000221399 1754 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
USP54Q70EL1 AC236430.1-201ENST00000402231 743 ntBASIC22.73■■□□□ 1.23
USP54Q70EL1 LINC00398-201ENST00000414407 906 ntTSL 2 BASIC22.73■■□□□ 1.23
USP54Q70EL1 ZNF655-216ENST00000449244 544 ntTSL 4 BASIC22.73■■□□□ 1.23
USP54Q70EL1 SATB1-217ENST00000493952 626 ntTSL 3 BASIC22.73■■□□□ 1.23
USP54Q70EL1 C5orf66-202ENST00000507641 547 ntTSL 3 BASIC22.73■■□□□ 1.23
USP54Q70EL1 ZNF606-202ENST00000546715 636 ntTSL 4 BASIC22.73■■□□□ 1.23
USP54Q70EL1 DUT-210ENST00000559935 569 ntTSL 3 BASIC22.73■■□□□ 1.23
USP54Q70EL1 LMX1B-204ENST00000561065 1300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
USP54Q70EL1 LDOC1-201ENST00000370526 1381 ntAPPRIS P1 BASIC22.73■■□□□ 1.23
USP54Q70EL1 C2orf81-202ENST00000612891 1902 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.73■■□□□ 1.23
USP54Q70EL1 GCFC2-202ENST00000409857 2516 ntTSL 5 BASIC22.73■■□□□ 1.23
USP54Q70EL1 TCP11-201ENST00000244645 2018 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
USP54Q70EL1 TCERG1L-201ENST00000368642 2618 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
USP54Q70EL1 UXT-AS1-201ENST00000590504 1525 ntBASIC22.73■■□□□ 1.23
USP54Q70EL1 APEH-202ENST00000438011 2249 ntTSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
USP54Q70EL1 CPSF3-201ENST00000238112 2345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
USP54Q70EL1 PIGT-257ENST00000640210 1715 ntTSL 5 BASIC22.72■■□□□ 1.23
USP54Q70EL1 TMEM155-202ENST00000394394 1753 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC22.72■■□□□ 1.23
USP54Q70EL1 GABRB2-202ENST00000353437 1963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
USP54Q70EL1 EPHA10-201ENST00000319637 2050 ntTSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
USP54Q70EL1 NKG7-201ENST00000221978 843 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
USP54Q70EL1 CDK2AP2P3-201ENST00000422476 372 ntBASIC22.72■■□□□ 1.23
USP54Q70EL1 TSSK5P-201ENST00000423978 907 ntBASIC22.72■■□□□ 1.23
USP54Q70EL1 AC026202.2-201ENST00000439325 672 ntTSL 2 BASIC22.72■■□□□ 1.23
USP54Q70EL1 STARD13-205ENST00000439831 945 ntTSL 2 BASIC22.72■■□□□ 1.23
USP54Q70EL1 AC004865.2-202ENST00000444348 852 ntTSL 3 BASIC22.72■■□□□ 1.23
USP54Q70EL1 C8orf46-205ENST00000480005 865 ntTSL 2 BASIC22.72■■□□□ 1.23
USP54Q70EL1 TMEM120B-206ENST00000540377 962 ntTSL 3 BASIC22.72■■□□□ 1.23
USP54Q70EL1 IGFLR1-205ENST00000588992 730 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.72■■□□□ 1.23
USP54Q70EL1 NKG7-205ENST00000600427 520 ntTSL 3 BASIC22.72■■□□□ 1.23
USP54Q70EL1 RBP1-207ENST00000619087 516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
USP54Q70EL1 CLN3-246ENST00000636228 1224 ntTSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
USP54Q70EL1 HGFAC-201ENST00000382774 2159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
USP54Q70EL1 CLN3-229ENST00000567963 1452 ntTSL 5 BASIC22.72■■□□□ 1.23
USP54Q70EL1 ATP6V1C2-204ENST00000635370 1578 ntTSL 5 BASIC22.72■■□□□ 1.23
USP54Q70EL1 GABARAPL1-201ENST00000266458 1957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
USP54Q70EL1 LINC00896-202ENST00000609602 2128 ntBASIC22.72■■□□□ 1.23
USP54Q70EL1 TPM2-201ENST00000329305 1018 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC22.71■■□□□ 1.23
USP54Q70EL1 CD8B-201ENST00000331469 832 ntTSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
USP54Q70EL1 MIR346-201ENST00000362234 95 ntBASIC22.71■■□□□ 1.23
USP54Q70EL1 C1orf43-203ENST00000368516 872 ntTSL 2 BASIC22.71■■□□□ 1.23
USP54Q70EL1 DBNDD2-205ENST00000372717 1207 ntTSL 5 BASIC22.71■■□□□ 1.23
USP54Q70EL1 HNRNPFP1-201ENST00000391730 1133 ntBASIC22.71■■□□□ 1.23
USP54Q70EL1 AC007405.3-202ENST00000426475 660 ntTSL 3 BASIC22.71■■□□□ 1.23
USP54Q70EL1 UCHL1-204ENST00000503431 917 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.71■■□□□ 1.23
USP54Q70EL1 AGGF1-204ENST00000506806 1142 ntTSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
USP54Q70EL1 GSTO1-207ENST00000539281 1052 ntTSL 5 BASIC22.71■■□□□ 1.23
USP54Q70EL1 C8orf76-201ENST00000276704 1341 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
USP54Q70EL1 KLK6-202ENST00000376851 1708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
USP54Q70EL1 GBGT1-203ENST00000372040 1980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
USP54Q70EL1 IMP3-201ENST00000314852 2028 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.71■■□□□ 1.23
USP54Q70EL1 CYHR1-204ENST00000438911 2020 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.71■■□□□ 1.23
USP54Q70EL1 RGS3-206ENST00000374136 2092 ntTSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
USP54Q70EL1 PCDHB14-202ENST00000624896 2367 ntTSL 2 BASIC22.71■■□□□ 1.23
USP54Q70EL1 PPM1B-201ENST00000282412 2606 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
USP54Q70EL1 NTRK1-201ENST00000358660 2492 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.71■■□□□ 1.23
USP54Q70EL1 WDR25-202ENST00000402312 1969 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.71■■□□□ 1.23
USP54Q70EL1 LINC00905-202ENST00000588117 1768 ntTSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
USP54Q70EL1 AC003002.1-202ENST00000596755 1743 ntAPPRIS P1 BASIC22.71■■□□□ 1.23
USP54Q70EL1 F10-202ENST00000375559 1517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
USP54Q70EL1 MRGPRD-201ENST00000309106 966 ntAPPRIS P1 BASIC22.71■■□□□ 1.23
USP54Q70EL1 MTFR1L-218ENST00000526894 733 ntTSL 4 BASIC22.71■■□□□ 1.23
USP54Q70EL1 SLC25A39P2-201ENST00000537614 270 ntBASIC22.71■■□□□ 1.23
USP54Q70EL1 BANF1P1-201ENST00000553684 263 ntBASIC22.71■■□□□ 1.23
USP54Q70EL1 AL133467.1-201ENST00000554161 993 ntTSL 2 BASIC22.71■■□□□ 1.23
USP54Q70EL1 MIR4745-201ENST00000577608 62 ntBASIC22.71■■□□□ 1.23
USP54Q70EL1 HIST1H3D-202ENST00000635200 948 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.71■■□□□ 1.23
USP54Q70EL1 KMT5B-206ENST00000405515 2869 ntTSL 5 BASIC22.71■■□□□ 1.23
USP54Q70EL1 EOMES-202ENST00000449599 2829 ntTSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
USP54Q70EL1 RTKN2-203ENST00000395260 2076 ntTSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
USP54Q70EL1 SLC25A48-201ENST00000274513 1880 ntTSL 2 BASIC22.7■■□□□ 1.22
USP54Q70EL1 AC119396.1-201ENST00000576789 1558 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.7■■□□□ 1.22
USP54Q70EL1 SHKBP1-201ENST00000291842 2363 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
USP54Q70EL1 PCID2-203ENST00000375457 2372 ntTSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
USP54Q70EL1 SAMD11-212ENST00000617307 2314 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.7■■□□□ 1.22
USP54Q70EL1 CD82-201ENST00000227155 2289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
USP54Q70EL1 AC073283.1-201ENST00000421759 860 ntTSL 3 BASIC22.7■■□□□ 1.22
USP54Q70EL1 SNX21-206ENST00000462307 1043 ntTSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
USP54Q70EL1 AC004890.2-204ENST00000481968 304 ntBASIC22.7■■□□□ 1.22
USP54Q70EL1 GJB6-204ENST00000400066 1927 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
USP54Q70EL1 GATB-213ENST00000515812 1893 ntTSL 5 BASIC22.7■■□□□ 1.22
USP54Q70EL1 SPIRE1-202ENST00000409402 5665 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 43.2 ms