Protein–RNA interactions for Protein: Q7Z494

NPHP3, Nephrocystin-3, humanhuman

Predictions only

Length 1,330 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
NPHP3Q7Z494 PSTPIP1-201ENST00000379595 1840 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.25■■□□□ 1.31
NPHP3Q7Z494 CDK18-217ENST00000506784 2143 ntTSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
NPHP3Q7Z494 SIL1-202ENST00000394817 1923 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
NPHP3Q7Z494 MORC4-201ENST00000255495 2940 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
NPHP3Q7Z494 SET-201ENST00000322030 2915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
NPHP3Q7Z494 MIOX-202ENST00000395732 1658 ntTSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
NPHP3Q7Z494 CTD-2194D22.4-201ENST00000514569 1635 ntTSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
NPHP3Q7Z494 COMT-209ENST00000449653 1035 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
NPHP3Q7Z494 FLYWCH2-203ENST00000572006 754 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.24■■□□□ 1.31
NPHP3Q7Z494 ACAP1-208ENST00000574499 412 ntTSL 2 BASIC23.24■■□□□ 1.31
NPHP3Q7Z494 MIR3909-201ENST00000579518 119 ntBASIC23.24■■□□□ 1.31
NPHP3Q7Z494 AC104581.1-203ENST00000640240 353 ntTSL 2 BASIC23.24■■□□□ 1.31
NPHP3Q7Z494 PRPF31-202ENST00000391755 1767 ntTSL 5 BASIC23.24■■□□□ 1.31
NPHP3Q7Z494 SBK1-201ENST00000341901 4992 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
NPHP3Q7Z494 HOXA11-201ENST00000006015 2295 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
NPHP3Q7Z494 PNLDC1-207ENST00000610273 1940 ntTSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
NPHP3Q7Z494 HIC1-201ENST00000322941 3053 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.24■■□□□ 1.31
NPHP3Q7Z494 ZNF394-203ENST00000426306 2017 ntTSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
NPHP3Q7Z494 ACP5-203ENST00000433365 1397 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
NPHP3Q7Z494 F10-202ENST00000375559 1517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
NPHP3Q7Z494 GGT2-202ENST00000405188 1845 ntTSL 5 BASIC23.23■■□□□ 1.31
NPHP3Q7Z494 LINC01657-201ENST00000457217 1809 ntTSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
NPHP3Q7Z494 RPAP3-203ENST00000432584 2133 ntTSL 2 BASIC23.23■■□□□ 1.31
NPHP3Q7Z494 MON1B-202ENST00000439557 1759 ntTSL 2 BASIC23.23■■□□□ 1.31
NPHP3Q7Z494 ASB12-201ENST00000362002 1289 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.23■■□□□ 1.31
NPHP3Q7Z494 MORN4-202ENST00000370635 419 ntTSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
NPHP3Q7Z494 TTLL9-205ENST00000375938 2623 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC23.23■■□□□ 1.31
NPHP3Q7Z494 RNU1-129P-201ENST00000384064 167 ntBASIC23.23■■□□□ 1.31
NPHP3Q7Z494 TMEM91-205ENST00000436170 864 ntTSL 5 BASIC23.23■■□□□ 1.31
NPHP3Q7Z494 AL357497.1-201ENST00000436249 666 ntTSL 3 BASIC23.23■■□□□ 1.31
NPHP3Q7Z494 TMPRSS11CP-201ENST00000453277 683 ntBASIC23.23■■□□□ 1.31
NPHP3Q7Z494 GPR53P-205ENST00000457298 1084 ntBASIC23.23■■□□□ 1.31
NPHP3Q7Z494 RGN-204ENST00000457380 2041 ntTSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
NPHP3Q7Z494 AL606760.1-201ENST00000458151 1181 ntTSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
NPHP3Q7Z494 FAM86DP-207ENST00000497543 2152 ntTSL 2 BASIC23.23■■□□□ 1.31
NPHP3Q7Z494 AP003068.1-201ENST00000528887 544 ntTSL 4 BASIC23.23■■□□□ 1.31
NPHP3Q7Z494 AL031717.1-201ENST00000569670 565 ntTSL 4 BASIC23.23■■□□□ 1.31
NPHP3Q7Z494 U1.21-201ENST00000580816 167 ntBASIC23.23■■□□□ 1.31
NPHP3Q7Z494 AURKB-214ENST00000585124 1227 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
NPHP3Q7Z494 DMWD-201ENST00000270223 3305 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
NPHP3Q7Z494 SLC38A10-201ENST00000288439 2708 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
NPHP3Q7Z494 PRKAR1B-204ENST00000406797 2553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
NPHP3Q7Z494 SCYL1-202ENST00000279270 1659 ntTSL 5 BASIC23.23■■□□□ 1.31
NPHP3Q7Z494 TRPM2-208ENST00000621064 1669 ntTSL 5 BASIC23.23■■□□□ 1.31
NPHP3Q7Z494 TPT1-AS1-215ENST00000522673 1519 ntTSL 5 BASIC23.23■■□□□ 1.31
NPHP3Q7Z494 PHYHD1-202ENST00000353176 1374 ntTSL 5 BASIC23.23■■□□□ 1.31
NPHP3Q7Z494 GSTO2-203ENST00000450629 1391 ntTSL 5 BASIC23.23■■□□□ 1.31
NPHP3Q7Z494 USP3-AS1-201ENST00000558831 1784 ntTSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
NPHP3Q7Z494 CEP78-202ENST00000376597 2618 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
NPHP3Q7Z494 SMURF1-202ENST00000361368 5581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
NPHP3Q7Z494 AL353732.1-201ENST00000569618 1459 ntBASIC23.22■■□□□ 1.31
NPHP3Q7Z494 SMOC2-206ENST00000535039 1875 ntTSL 5 BASIC23.22■■□□□ 1.31
NPHP3Q7Z494 SLC27A3-204ENST00000368661 2410 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
NPHP3Q7Z494 PDLIM3-212ENST00000620787 2352 ntTSL 4 BASIC23.22■■□□□ 1.31
NPHP3Q7Z494 TEX12-201ENST00000280358 1147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
NPHP3Q7Z494 CTHRC1-201ENST00000330295 1271 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
NPHP3Q7Z494 DBNDD2-205ENST00000372717 1207 ntTSL 5 BASIC23.22■■□□□ 1.31
NPHP3Q7Z494 HCG4-201ENST00000418983 998 ntBASIC23.22■■□□□ 1.31
NPHP3Q7Z494 AC020915.1-202ENST00000427361 922 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.22■■□□□ 1.31
NPHP3Q7Z494 H2AFV-207ENST00000446531 1041 ntTSL 2 BASIC23.22■■□□□ 1.31
NPHP3Q7Z494 RAB7A-204ENST00000483906 533 ntTSL 3 BASIC23.22■■□□□ 1.31
NPHP3Q7Z494 MTRF1LP2-201ENST00000506027 1122 ntBASIC23.22■■□□□ 1.31
NPHP3Q7Z494 RNASEK-203ENST00000549393 783 ntTSL 3 BASIC23.22■■□□□ 1.31
NPHP3Q7Z494 AC026471.2-201ENST00000569782 655 ntTSL 2 BASIC23.22■■□□□ 1.31
NPHP3Q7Z494 AL031055.1-201ENST00000606362 631 ntBASIC23.22■■□□□ 1.31
NPHP3Q7Z494 CCL4L2-214ENST00000617416 1258 ntTSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
NPHP3Q7Z494 FAM92A-219ENST00000620645 1014 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.22■■□□□ 1.31
NPHP3Q7Z494 KLHL23-201ENST00000272797 2087 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.22■■□□□ 1.31
NPHP3Q7Z494 ARPP19-201ENST00000249822 5301 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
NPHP3Q7Z494 HNRNPK-202ENST00000360384 2038 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
NPHP3Q7Z494 REXO1L9P-201ENST00000604264 2108 ntBASIC23.22■■□□□ 1.31
NPHP3Q7Z494 PRDM8-202ENST00000415738 3124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
NPHP3Q7Z494 SARDH-202ENST00000371867 1326 ntTSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
NPHP3Q7Z494 CLN8-205ENST00000520991 1305 ntTSL 5 BASIC23.21■■□□□ 1.31
NPHP3Q7Z494 RNPS1-205ENST00000561718 1806 ntTSL 3 BASIC23.21■■□□□ 1.31
NPHP3Q7Z494 GRAMD4P3-201ENST00000621665 1669 ntBASIC23.21■■□□□ 1.31
NPHP3Q7Z494 SLC9A6-202ENST00000370698 4631 ntTSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
NPHP3Q7Z494 FKBP2-201ENST00000309366 657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
NPHP3Q7Z494 ANAPC11-201ENST00000344877 918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
NPHP3Q7Z494 CCDC151-201ENST00000356392 2107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
NPHP3Q7Z494 MRPL9-202ENST00000368830 1296 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
NPHP3Q7Z494 AHSA2-208ENST00000489653 1197 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.21■■□□□ 1.31
NPHP3Q7Z494 SMIM15-AS1-201ENST00000506902 796 ntTSL 3 BASIC23.21■■□□□ 1.31
NPHP3Q7Z494 IGHV3-71-201ENST00000523324 359 ntBASIC23.21■■□□□ 1.31
NPHP3Q7Z494 ANAPC11-213ENST00000577747 672 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.21■■□□□ 1.31
NPHP3Q7Z494 IFI27-210ENST00000616764 716 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC23.21■■□□□ 1.31
NPHP3Q7Z494 IFI27-213ENST00000620066 719 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
NPHP3Q7Z494 BCRP3-202ENST00000621462 1021 ntTSL 3 BASIC23.21■■□□□ 1.31
NPHP3Q7Z494 AC009041.2-204ENST00000568394 3343 ntTSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
NPHP3Q7Z494 FOXC1-201ENST00000380874 3926 ntAPPRIS P1 BASIC23.21■■□□□ 1.31
NPHP3Q7Z494 PDE9A-209ENST00000398227 1606 ntTSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
NPHP3Q7Z494 LMNA-202ENST00000361308 1713 ntTSL 5 BASIC23.21■■□□□ 1.31
NPHP3Q7Z494 CCDC43-201ENST00000315286 2082 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
NPHP3Q7Z494 LYSMD4-210ENST00000545021 2431 ntTSL 4 BASIC23.21■■□□□ 1.31
NPHP3Q7Z494 FHL2-201ENST00000322142 1462 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
NPHP3Q7Z494 DBN1-201ENST00000292385 3072 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
NPHP3Q7Z494 RAB5C-201ENST00000346213 1671 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.31
NPHP3Q7Z494 CXXC5-201ENST00000302517 2658 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
NPHP3Q7Z494 APOA5-201ENST00000227665 1897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
NPHP3Q7Z494 DOCK9-206ENST00000427887 4176 ntTSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 100 ms