Protein–RNA interactions for Protein: P31274

HOXC9, Homeobox protein Hox-C9, humanhuman

Predictions only

Length 260 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXC9P31274 LMNA-202ENST00000361308 1713 ntTSL 5 BASIC22.77■■□□□ 1.24
HOXC9P31274 PRKAG1-206ENST00000548065 2071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
HOXC9P31274 TSPAN7-202ENST00000378482 1909 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
HOXC9P31274 IL2RG-202ENST00000374188 1432 ntTSL 5 BASIC22.77■■□□□ 1.24
HOXC9P31274 AMHR2-202ENST00000379791 1437 ntTSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
HOXC9P31274 ZNF696-201ENST00000330143 2795 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
HOXC9P31274 MRPL2-201ENST00000230413 899 ntTSL 2 BASIC22.77■■□□□ 1.24
HOXC9P31274 AC005237.2-201ENST00000434368 219 ntBASIC22.77■■□□□ 1.24
HOXC9P31274 OST4-203ENST00000456793 561 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
HOXC9P31274 AC064807.1-203ENST00000520357 575 ntTSL 5 BASIC22.77■■□□□ 1.24
HOXC9P31274 IGLL5-201ENST00000526893 1050 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
HOXC9P31274 IGLL5-202ENST00000531372 882 ntTSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
HOXC9P31274 TMEM235-202ENST00000421688 2490 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.77■■□□□ 1.24
HOXC9P31274 TAF6-211ENST00000453269 2464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
HOXC9P31274 SPERT-201ENST00000310521 1613 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
HOXC9P31274 JPT1-209ENST00000482348 1614 ntTSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
HOXC9P31274 PCGF2-206ENST00000618941 1499 ntTSL 5 BASIC22.77■■□□□ 1.24
HOXC9P31274 ACP5-212ENST00000592828 1699 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.77■■□□□ 1.24
HOXC9P31274 RNF146-201ENST00000309649 2624 ntAPPRIS P3 TSL 4 BASIC22.77■■□□□ 1.23
HOXC9P31274 TAF4-201ENST00000252996 4628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.23
HOXC9P31274 TSNARE1-205ENST00000520166 1742 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.23
HOXC9P31274 MADCAM1-204ENST00000587541 1723 ntTSL 2 BASIC22.77■■□□□ 1.23
HOXC9P31274 UBAC2-203ENST00000403766 1375 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.76■■□□□ 1.23
HOXC9P31274 GAS2L1-210ENST00000621062 2483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
HOXC9P31274 SLC7A9-204ENST00000590341 1752 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
HOXC9P31274 LRRC71-201ENST00000337428 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
HOXC9P31274 TDRKH-202ENST00000368823 2751 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC22.76■■□□□ 1.23
HOXC9P31274 MXRA8-202ENST00000342753 2231 ntTSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
HOXC9P31274 CIB3-201ENST00000269878 711 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
HOXC9P31274 SIVA1-202ENST00000347067 550 ntTSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
HOXC9P31274 AL589923.1-201ENST00000441473 316 ntTSL 5 BASIC22.76■■□□□ 1.23
HOXC9P31274 FAM86GP-201ENST00000448322 971 ntBASIC22.76■■□□□ 1.23
HOXC9P31274 FAM72B-205ENST00000471903 676 ntTSL 5 BASIC22.76■■□□□ 1.23
HOXC9P31274 VASH2-211ENST00000517399 1068 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
HOXC9P31274 AL009183.1-201ENST00000603760 355 ntBASIC22.76■■□□□ 1.23
HOXC9P31274 GRIFIN-202ENST00000614228 461 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.76■■□□□ 1.23
HOXC9P31274 AC090286.1-201ENST00000354432 1489 ntTSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
HOXC9P31274 MPP2-206ENST00000518766 1896 ntTSL 2 BASIC22.76■■□□□ 1.23
HOXC9P31274 PSRC1-201ENST00000369903 1710 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.76■■□□□ 1.23
HOXC9P31274 MFSD2B-202ENST00000406420 1528 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.76■■□□□ 1.23
HOXC9P31274 PUDP-203ENST00000424830 1334 ntTSL 3 BASIC22.76■■□□□ 1.23
HOXC9P31274 AKAP8P1-201ENST00000434743 1349 ntBASIC22.76■■□□□ 1.23
HOXC9P31274 TIMM50-220ENST00000607714 1338 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
HOXC9P31274 SLCO4A1-201ENST00000217159 2776 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
HOXC9P31274 RNF146-203ENST00000368314 2369 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC22.76■■□□□ 1.23
HOXC9P31274 RNFT2-209ENST00000622220 2176 ntTSL 5 BASIC22.76■■□□□ 1.23
HOXC9P31274 EPHX1-206ENST00000614058 1789 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
HOXC9P31274 MBD1-206ENST00000382948 2434 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.76■■□□□ 1.23
HOXC9P31274 MAFF-206ENST00000538320 2458 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC22.75■■□□□ 1.23
HOXC9P31274 SAP30L-201ENST00000297109 6226 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
HOXC9P31274 KMT2E-207ENST00000476671 2523 ntTSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
HOXC9P31274 CCDC92-201ENST00000238156 2787 ntTSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
HOXC9P31274 ZNRF1-202ENST00000335325 4620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
HOXC9P31274 EGFL6-202ENST00000380602 2385 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
HOXC9P31274 STPG3-AS1-201ENST00000612170 1701 ntTSL 2 BASIC22.75■■□□□ 1.23
HOXC9P31274 CENPM-201ENST00000215980 966 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
HOXC9P31274 C16orf92-201ENST00000300575 895 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
HOXC9P31274 STOML1-203ENST00000359750 984 ntTSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
HOXC9P31274 SFT2D1-201ENST00000361731 1079 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
HOXC9P31274 BAX-206ENST00000415969 540 ntTSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
HOXC9P31274 SPCS2P4-201ENST00000436160 681 ntBASIC22.75■■□□□ 1.23
HOXC9P31274 LAMTOR4-206ENST00000473459 720 ntTSL 2 BASIC22.75■■□□□ 1.23
HOXC9P31274 LINC02055-207ENST00000524346 706 ntTSL 3 BASIC22.75■■□□□ 1.23
HOXC9P31274 PMF1-BGLAP-204ENST00000567140 655 ntTSL 3 BASIC22.75■■□□□ 1.23
HOXC9P31274 RAVER1-207ENST00000615032 1952 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.75■■□□□ 1.23
HOXC9P31274 EIF2B5-201ENST00000273783 2655 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
HOXC9P31274 ANKRD6-204ENST00000447838 2968 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
HOXC9P31274 ZBTB16-201ENST00000335953 2523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
HOXC9P31274 CDH24-205ENST00000554034 2759 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
HOXC9P31274 CFAP77-201ENST00000343036 1818 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.75■■□□□ 1.23
HOXC9P31274 HMOX2-217ENST00000619528 1829 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.75■■□□□ 1.23
HOXC9P31274 HIC1-207ENST00000619757 6711 ntTSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
HOXC9P31274 FOXI3-201ENST00000428390 2804 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.75■■□□□ 1.23
HOXC9P31274 SMURF1-202ENST00000361368 5581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
HOXC9P31274 CITED2-201ENST00000367651 2354 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
HOXC9P31274 PRR15-201ENST00000319694 1678 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
HOXC9P31274 LUC7L2-210ENST00000619796 2783 ntTSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
HOXC9P31274 HTRA3-201ENST00000307358 2541 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
HOXC9P31274 USP36-203ENST00000542802 6063 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
HOXC9P31274 CLDN7-201ENST00000360325 1542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
HOXC9P31274 HNRNPFP1-201ENST00000391730 1133 ntBASIC22.74■■□□□ 1.23
HOXC9P31274 SLC25A1P3-201ENST00000395415 828 ntBASIC22.74■■□□□ 1.23
HOXC9P31274 AL035633.1-201ENST00000406139 838 ntBASIC22.74■■□□□ 1.23
HOXC9P31274 GRTP1-AS1-201ENST00000419199 867 ntTSL 5 BASIC22.74■■□□□ 1.23
HOXC9P31274 VPS29-207ENST00000549970 818 ntTSL 3 BASIC22.74■■□□□ 1.23
HOXC9P31274 FAM177A1-207ENST00000554052 540 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.74■■□□□ 1.23
HOXC9P31274 DUX4L27-201ENST00000554796 1261 ntBASIC22.74■■□□□ 1.23
HOXC9P31274 AJ003147.2-201ENST00000576468 629 ntTSL 3 BASIC22.74■■□□□ 1.23
HOXC9P31274 KRT16P2-202ENST00000579062 563 ntTSL 4 BASIC22.74■■□□□ 1.23
HOXC9P31274 INO80C-206ENST00000586489 594 ntTSL 3 BASIC22.74■■□□□ 1.23
HOXC9P31274 AC244153.1-203ENST00000622796 419 ntTSL 2 BASIC22.74■■□□□ 1.23
HOXC9P31274 TFEB-206ENST00000403298 2162 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.74■■□□□ 1.23
HOXC9P31274 ATP6V0E2-202ENST00000425642 1649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
HOXC9P31274 AL445433.2-201ENST00000425113 2544 ntTSL 2 BASIC22.74■■□□□ 1.23
HOXC9P31274 CERS5-203ENST00000422340 2855 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.74■■□□□ 1.23
HOXC9P31274 RBBP7-203ENST00000380087 2333 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
HOXC9P31274 SEMA7A-203ENST00000543145 2304 ntTSL 2 BASIC22.74■■□□□ 1.23
HOXC9P31274 DIDO1-203ENST00000370366 2383 ntTSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
HOXC9P31274 NPM1-201ENST00000296930 1758 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
HOXC9P31274 AC012569.1-201ENST00000591191 1524 ntBASIC22.73■■□□□ 1.23
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 32.7 ms