Protein–RNA interactions for Protein: Q9BYB0

SHANK3, SH3 and multiple ankyrin repeat domains protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 1,731 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SHANK3Q9BYB0 C5orf47-201ENST00000340147 2522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
SHANK3Q9BYB0 HOTTIP-202ENST00000472494 2285 ntTSL 2 BASIC22.22■■□□□ 1.15
SHANK3Q9BYB0 CLPB-212ENST00000543042 2133 ntTSL 2 BASIC22.22■■□□□ 1.15
SHANK3Q9BYB0 RNF146-213ENST00000610153 2070 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC22.22■■□□□ 1.15
SHANK3Q9BYB0 AC069544.2-201ENST00000640019 2528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
SHANK3Q9BYB0 ADAMTS9-202ENST00000459780 2871 ntTSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
SHANK3Q9BYB0 TDRKH-207ENST00000458431 2768 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
SHANK3Q9BYB0 FAM19A4-201ENST00000295569 2292 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
SHANK3Q9BYB0 CCDC107-201ENST00000327351 804 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
SHANK3Q9BYB0 DBNDD2-205ENST00000372717 1207 ntTSL 5 BASIC22.22■■□□□ 1.15
SHANK3Q9BYB0 AC004865.2-202ENST00000444348 852 ntTSL 3 BASIC22.22■■□□□ 1.15
SHANK3Q9BYB0 TERF1P3-201ENST00000505638 1227 ntBASIC22.22■■□□□ 1.15
SHANK3Q9BYB0 AP005018.1-201ENST00000525475 301 ntBASIC22.22■■□□□ 1.15
SHANK3Q9BYB0 GSTO1-207ENST00000539281 1052 ntTSL 5 BASIC22.22■■□□□ 1.15
SHANK3Q9BYB0 RNF24-204ENST00000545616 1128 ntTSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
SHANK3Q9BYB0 C1QTNF1-212ENST00000583904 1129 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC22.22■■□□□ 1.15
SHANK3Q9BYB0 AC141424.1-203ENST00000599026 887 ntTSL 5 BASIC22.22■■□□□ 1.15
SHANK3Q9BYB0 PTTG1IP-204ENST00000445724 2497 ntTSL 2 BASIC22.22■■□□□ 1.15
SHANK3Q9BYB0 TCTN1-229ENST00000614115 1965 ntTSL 5 BASIC22.22■■□□□ 1.15
SHANK3Q9BYB0 SLC25A35-205ENST00000580340 1541 ntTSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
SHANK3Q9BYB0 FAM72C-202ENST00000584486 2297 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
SHANK3Q9BYB0 NRXN1-220ENST00000611589 1857 ntTSL 5 BASIC22.22■■□□□ 1.15
SHANK3Q9BYB0 C8orf58-207ENST00000615223 1848 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.21■■□□□ 1.15
SHANK3Q9BYB0 REPS1-203ENST00000409812 2511 ntTSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
SHANK3Q9BYB0 SPHK2-211ENST00000600537 2136 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.21■■□□□ 1.15
SHANK3Q9BYB0 KRT81-201ENST00000327741 1929 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
SHANK3Q9BYB0 AMACR-202ENST00000382068 862 ntTSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
SHANK3Q9BYB0 TMPRSS11CP-201ENST00000453277 683 ntBASIC22.21■■□□□ 1.15
SHANK3Q9BYB0 SATB1-217ENST00000493952 626 ntTSL 3 BASIC22.21■■□□□ 1.15
SHANK3Q9BYB0 SPDYE22P-201ENST00000582158 798 ntBASIC22.21■■□□□ 1.15
SHANK3Q9BYB0 AC067852.1-201ENST00000585572 594 ntTSL 4 BASIC22.21■■□□□ 1.15
SHANK3Q9BYB0 GATB-209ENST00000512306 1519 ntTSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
SHANK3Q9BYB0 RUVBL1-202ENST00000464873 2126 ntTSL 2 BASIC22.21■■□□□ 1.15
SHANK3Q9BYB0 AC107464.1-203ENST00000468356 2120 ntTSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
SHANK3Q9BYB0 MECP2-205ENST00000453960 1729 ntTSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
SHANK3Q9BYB0 MADCAM1-204ENST00000587541 1723 ntTSL 2 BASIC22.21■■□□□ 1.15
SHANK3Q9BYB0 DYNLL1-201ENST00000242577 720 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
SHANK3Q9BYB0 SPDYE7P-202ENST00000420373 878 ntBASIC22.2■■□□□ 1.14
SHANK3Q9BYB0 BX276092.7-202ENST00000422194 696 ntTSL 3 BASIC22.2■■□□□ 1.14
SHANK3Q9BYB0 SPDYE2-202ENST00000432940 1209 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
SHANK3Q9BYB0 SPDYE2B-201ENST00000436228 1209 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
SHANK3Q9BYB0 SPDYE5-201ENST00000455862 1209 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
SHANK3Q9BYB0 RAB3A-202ENST00000464076 1253 ntTSL 2 BASIC22.2■■□□□ 1.14
SHANK3Q9BYB0 TSC22D3-213ENST00000506081 956 ntTSL 5 BASIC22.2■■□□□ 1.14
SHANK3Q9BYB0 AC097493.3-201ENST00000509725 367 ntBASIC22.2■■□□□ 1.14
SHANK3Q9BYB0 AC008750.1-201ENST00000532473 492 ntTSL 3 BASIC22.2■■□□□ 1.14
SHANK3Q9BYB0 COQ9-214ENST00000567933 882 ntTSL 3 BASIC22.2■■□□□ 1.14
SHANK3Q9BYB0 AC020934.3-201ENST00000639810 348 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.2■■□□□ 1.14
SHANK3Q9BYB0 TMEM179-201ENST00000341595 2513 ntTSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
SHANK3Q9BYB0 ZNF133-211ENST00000538547 2245 ntTSL 2 BASIC22.2■■□□□ 1.14
SHANK3Q9BYB0 AL353732.1-201ENST00000569618 1459 ntBASIC22.2■■□□□ 1.14
SHANK3Q9BYB0 P2RY6-212ENST00000618468 2431 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.2■■□□□ 1.14
SHANK3Q9BYB0 RAB5C-201ENST00000346213 1671 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
SHANK3Q9BYB0 HYAL3-205ENST00000450982 1402 ntTSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
SHANK3Q9BYB0 NCAPH2-203ENST00000395701 2077 ntTSL 2 BASIC22.2■■□□□ 1.14
SHANK3Q9BYB0 SEMA6C-209ENST00000613223 1950 ntTSL 5 BASIC22.2■■□□□ 1.14
SHANK3Q9BYB0 AC012569.1-201ENST00000591191 1524 ntBASIC22.2■■□□□ 1.14
SHANK3Q9BYB0 MRNIP-201ENST00000292586 1238 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
SHANK3Q9BYB0 RPL21-203ENST00000319826 806 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.2■■□□□ 1.14
SHANK3Q9BYB0 TMEM44-201ENST00000330115 1278 ntTSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
SHANK3Q9BYB0 ALKBH6-202ENST00000378875 973 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
SHANK3Q9BYB0 LINC00659-201ENST00000412500 540 ntTSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
SHANK3Q9BYB0 BASP1P1-201ENST00000430708 665 ntBASIC22.2■■□□□ 1.14
SHANK3Q9BYB0 AC108047.1-201ENST00000457407 404 ntTSL 2 BASIC22.2■■□□□ 1.14
SHANK3Q9BYB0 SNX21-206ENST00000462307 1043 ntTSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
SHANK3Q9BYB0 AGGF1-204ENST00000506806 1142 ntTSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
SHANK3Q9BYB0 DCTD-213ENST00000510370 794 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.2■■□□□ 1.14
SHANK3Q9BYB0 GLI4-207ENST00000521682 1082 ntTSL 3 BASIC22.2■■□□□ 1.14
SHANK3Q9BYB0 LINC02055-207ENST00000524346 706 ntTSL 3 BASIC22.2■■□□□ 1.14
SHANK3Q9BYB0 KRT8P23-201ENST00000560090 1207 ntBASIC22.2■■□□□ 1.14
SHANK3Q9BYB0 LAT-202ENST00000360872 1459 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.2■■□□□ 1.14
SHANK3Q9BYB0 RGMB-207ENST00000513185 2052 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.2■■□□□ 1.14
SHANK3Q9BYB0 TSPAN4-205ENST00000397406 1426 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
SHANK3Q9BYB0 AC100757.3-201ENST00000622361 1406 ntBASIC22.19■■□□□ 1.14
SHANK3Q9BYB0 TBKBP1-204ENST00000622396 2010 ntTSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
SHANK3Q9BYB0 SCAI-202ENST00000373549 1968 ntTSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
SHANK3Q9BYB0 FAM60A-203ENST00000454658 1555 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.19■■□□□ 1.14
SHANK3Q9BYB0 AC098818.2-201ENST00000564925 2320 ntBASIC22.19■■□□□ 1.14
SHANK3Q9BYB0 TSNARE1-205ENST00000520166 1742 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
SHANK3Q9BYB0 PTRH1-204ENST00000419060 2692 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.19■■□□□ 1.14
SHANK3Q9BYB0 HS3ST4-201ENST00000331351 3203 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
SHANK3Q9BYB0 TTLL10-203ENST00000379290 2283 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
SHANK3Q9BYB0 FHL2-201ENST00000322142 1462 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
SHANK3Q9BYB0 LINC02167-203ENST00000566900 1489 ntTSL 2 BASIC22.19■■□□□ 1.14
SHANK3Q9BYB0 RNH1-205ENST00000397615 2014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
SHANK3Q9BYB0 JTB-201ENST00000271843 1287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
SHANK3Q9BYB0 SYNGR1-205ENST00000406293 564 ntTSL 2 BASIC22.19■■□□□ 1.14
SHANK3Q9BYB0 MIR210HG-203ENST00000533920 816 ntTSL 2 BASIC22.19■■□□□ 1.14
SHANK3Q9BYB0 PPHLN1-221ENST00000552761 1095 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
SHANK3Q9BYB0 KRT16P2-202ENST00000579062 563 ntTSL 4 BASIC22.19■■□□□ 1.14
SHANK3Q9BYB0 MATN3-202ENST00000421259 1443 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
SHANK3Q9BYB0 ARSA-204ENST00000395621 1918 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.19■■□□□ 1.14
SHANK3Q9BYB0 SPIRE1-202ENST00000409402 5665 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
SHANK3Q9BYB0 KMT5B-206ENST00000405515 2869 ntTSL 5 BASIC22.18■■□□□ 1.14
SHANK3Q9BYB0 LRRC1-202ENST00000370888 3180 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
SHANK3Q9BYB0 ARPIN-202ENST00000460685 2145 ntTSL 2 BASIC22.18■■□□□ 1.14
SHANK3Q9BYB0 EPHX1-206ENST00000614058 1789 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
SHANK3Q9BYB0 PENK-201ENST00000314922 1199 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
SHANK3Q9BYB0 LCE3E-201ENST00000368789 611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
SHANK3Q9BYB0 HCG4-201ENST00000418983 998 ntBASIC22.18■■□□□ 1.14
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 31.9 ms