Protein–RNA interactions for Protein: Q12873

CHD3, Chromodomain-helicase-DNA-binding protein 3, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 2,000 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHD3Q12873 AMFR-201ENST00000290649 3600 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.94□□□□□ -0.02
CHD3Q12873 INIP-202ENST00000374236 874 ntTSL 2 BASIC14.93□□□□□ -0.02
CHD3Q12873 RBSN-204ENST00000449050 903 ntTSL 2 BASIC14.93□□□□□ -0.02
CHD3Q12873 SPCS2-207ENST00000530257 612 ntTSL 3 BASIC14.93□□□□□ -0.02
CHD3Q12873 MIR3687-2-201ENST00000577708 61 ntBASIC14.93□□□□□ -0.02
CHD3Q12873 MIR3687-1-201ENST00000614492 61 ntBASIC14.93□□□□□ -0.02
CHD3Q12873 AL356481.3-201ENST00000630523 575 ntTSL 5 BASIC14.93□□□□□ -0.02
CHD3Q12873 PSMD4-201ENST00000368881 1333 ntTSL 5 BASIC14.93□□□□□ -0.02
CHD3Q12873 NOMO2-212ENST00000622306 4252 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.93□□□□□ -0.02
CHD3Q12873 DNAJC28-203ENST00000402202 1480 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.93□□□□□ -0.02
CHD3Q12873 BANP-217ENST00000479780 1551 ntTSL 1 (best) BASIC14.93□□□□□ -0.02
CHD3Q12873 PRICKLE4-204ENST00000458694 1646 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC14.93□□□□□ -0.02
CHD3Q12873 EMB-204ENST00000508934 1617 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.93□□□□□ -0.02
CHD3Q12873 THEG-201ENST00000342640 1877 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC14.93□□□□□ -0.02
CHD3Q12873 RNH1-205ENST00000397615 2014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.93□□□□□ -0.02
CHD3Q12873 LRRD1-201ENST00000343318 2073 ntTSL 1 (best) BASIC14.93□□□□□ -0.02
CHD3Q12873 GNE-204ENST00000539208 2190 ntTSL 2 BASIC14.93□□□□□ -0.02
CHD3Q12873 PCGF6-202ENST00000369847 2230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.93□□□□□ -0.02
CHD3Q12873 USP48-204ENST00000400301 4309 ntTSL 1 (best) BASIC14.93□□□□□ -0.02
CHD3Q12873 ZNF510-203ENST00000375231 5616 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.93□□□□□ -0.02
CHD3Q12873 APCDD1-201ENST00000355285 3809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.93□□□□□ -0.02
CHD3Q12873 ARHGAP22-205ENST00000417912 2352 ntTSL 1 (best) BASIC14.93□□□□□ -0.02
CHD3Q12873 CYP2W1-201ENST00000308919 2304 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.93□□□□□ -0.02
CHD3Q12873 KIZ-211ENST00000619574 1971 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC14.93□□□□□ -0.02
CHD3Q12873 FAM234A-202ENST00000301679 1936 ntTSL 2 BASIC14.93□□□□□ -0.02
CHD3Q12873 TCP11L2-203ENST00000547153 1788 ntTSL 2 BASIC14.93□□□□□ -0.02
CHD3Q12873 PSRC1-204ENST00000369909 1742 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.93□□□□□ -0.02
CHD3Q12873 THNSL2-203ENST00000377254 1560 ntTSL 2 BASIC14.93□□□□□ -0.02
CHD3Q12873 AC105411.1-202ENST00000565050 1476 ntTSL 5 BASIC14.93□□□□□ -0.02
CHD3Q12873 ANAPC11-211ENST00000575195 1361 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.93□□□□□ -0.02
CHD3Q12873 METTL21C-201ENST00000267273 1088 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.93□□□□□ -0.02
CHD3Q12873 LBH-203ENST00000404397 543 ntTSL 4 BASIC14.93□□□□□ -0.02
CHD3Q12873 AC211486.1-202ENST00000416371 468 ntBASIC14.93□□□□□ -0.02
CHD3Q12873 AC211476.1-201ENST00000503899 468 ntBASIC14.93□□□□□ -0.02
CHD3Q12873 CHMP1A-208ENST00000550102 803 ntTSL 5 BASIC14.93□□□□□ -0.02
CHD3Q12873 AC025162.1-201ENST00000554022 565 ntTSL 4 BASIC14.93□□□□□ -0.02
CHD3Q12873 GRTP1-205ENST00000620217 1073 ntTSL 2 BASIC14.93□□□□□ -0.02
CHD3Q12873 BICRA-204ENST00000614245 5697 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.93□□□□□ -0.02
CHD3Q12873 ZNF48-206ENST00000622647 2695 ntTSL 4 BASIC14.93□□□□□ -0.02
CHD3Q12873 ANKRD23-202ENST00000331001 2455 ntTSL 2 BASIC14.93□□□□□ -0.02
CHD3Q12873 AL645608.8-201ENST00000606034 2086 ntBASIC14.93□□□□□ -0.02
CHD3Q12873 NGFR-202ENST00000504201 1840 ntTSL 2 BASIC14.93□□□□□ -0.02
CHD3Q12873 SLC16A5-203ENST00000538213 1842 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC14.93□□□□□ -0.02
CHD3Q12873 KCNS2-201ENST00000287042 5219 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.92□□□□□ -0.02
CHD3Q12873 LSP1-201ENST00000311604 1699 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC14.92□□□□□ -0.02
CHD3Q12873 RNF2-201ENST00000367509 1677 ntTSL 2 BASIC14.92□□□□□ -0.02
CHD3Q12873 GHRHR-201ENST00000326139 1602 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.92□□□□□ -0.02
CHD3Q12873 COLEC11-206ENST00000403096 1557 ntTSL 1 (best) BASIC14.92□□□□□ -0.02
CHD3Q12873 DNAJA3-202ENST00000355296 2591 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC14.92□□□□□ -0.02
CHD3Q12873 LUC7L-204ENST00000397783 1504 ntTSL 2 BASIC14.92□□□□□ -0.02
CHD3Q12873 SH2D3C-213ENST00000629203 2478 ntTSL 2 BASIC14.92□□□□□ -0.02
CHD3Q12873 CHGA-202ENST00000334654 1474 ntTSL 1 (best) BASIC14.92□□□□□ -0.02
CHD3Q12873 ETNK2-203ENST00000367202 2434 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.92□□□□□ -0.02
CHD3Q12873 AC104109.2-201ENST00000602919 1418 ntBASIC14.92□□□□□ -0.02
CHD3Q12873 C16orf70-208ENST00000569600 1353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.92□□□□□ -0.02
CHD3Q12873 ZDHHC18-202ENST00000374142 5020 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.92□□□□□ -0.02
CHD3Q12873 BPTF-202ENST00000321892 11292 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.92□□□□□ -0.02
CHD3Q12873 AC097374.2-201ENST00000618617 1306 ntBASIC14.92□□□□□ -0.02
CHD3Q12873 SNX27-204ENST00000458013 6403 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC14.92□□□□□ -0.02
CHD3Q12873 LCE1B-201ENST00000360090 1139 ntAPPRIS P1 BASIC14.92□□□□□ -0.02
CHD3Q12873 MTHFSD-203ENST00000543303 1207 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.92□□□□□ -0.02
CHD3Q12873 L2HGDH-206ENST00000555610 804 ntTSL 5 BASIC14.92□□□□□ -0.02
CHD3Q12873 RPS29-206ENST00000557111 488 ntTSL 2 BASIC14.92□□□□□ -0.02
CHD3Q12873 AL110118.2-203ENST00000557574 554 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC14.92□□□□□ -0.02
CHD3Q12873 LINC01413-201ENST00000564843 772 ntTSL 3 BASIC14.92□□□□□ -0.02
CHD3Q12873 DCTPP1-204ENST00000568434 853 ntTSL 2 BASIC14.92□□□□□ -0.02
CHD3Q12873 NKAPP1-205ENST00000585790 367 ntBASIC14.92□□□□□ -0.02
CHD3Q12873 RPS15-207ENST00000591032 550 ntTSL 3 BASIC14.92□□□□□ -0.02
CHD3Q12873 TVP23A-210ENST00000612195 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.92□□□□□ -0.02
CHD3Q12873 MTHFSD-220ENST00000634347 1207 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.92□□□□□ -0.02
CHD3Q12873 PHKA1-204ENST00000373545 6173 ntTSL 5 BASIC14.92□□□□□ -0.02
CHD3Q12873 ADGRA2-201ENST00000315215 6270 ntTSL 1 (best) BASIC14.92□□□□□ -0.02
CHD3Q12873 LBX1-AS1-201ENST00000430651 2553 ntTSL 2 BASIC14.92□□□□□ -0.02
CHD3Q12873 DLK1-202ENST00000341267 4722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.92□□□□□ -0.02
CHD3Q12873 GAL3ST4-201ENST00000360039 2537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.92□□□□□ -0.02
CHD3Q12873 PITPNM2-209ENST00000546049 1793 ntTSL 5 BASIC14.92□□□□□ -0.02
CHD3Q12873 CEP83-AS1-201ENST00000623122 2482 ntBASIC14.92□□□□□ -0.02
CHD3Q12873 GGA1-203ENST00000343632 3159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.92□□□□□ -0.02
CHD3Q12873 ICA1-201ENST00000265577 2309 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC14.92□□□□□ -0.02
CHD3Q12873 GRAMD1B-214ENST00000635736 2814 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.92□□□□□ -0.02
CHD3Q12873 ASIC2-201ENST00000225823 3443 ntTSL 1 (best) BASIC14.92□□□□□ -0.02
CHD3Q12873 PRORSD1P-202ENST00000563365 2154 ntBASIC14.92□□□□□ -0.02
CHD3Q12873 MARK1-202ENST00000366918 5169 ntTSL 1 (best) BASIC14.92□□□□□ -0.02
CHD3Q12873 TNRC18P3-201ENST00000441896 2691 ntBASIC14.92□□□□□ -0.02
CHD3Q12873 BAGE2-202ENST00000474011 1482 ntTSL 2 BASIC14.92□□□□□ -0.02
CHD3Q12873 NEU1-206ENST00000375631 2045 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.92□□□□□ -0.02
CHD3Q12873 STAMBPL1-203ENST00000371926 2532 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.92□□□□□ -0.02
CHD3Q12873 SSC5D-202ENST00000587166 3017 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.92□□□□□ -0.02
CHD3Q12873 TRA2A-212ENST00000621813 1931 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC14.92□□□□□ -0.02
CHD3Q12873 ELOA3-201ENST00000330682 1877 ntAPPRIS P1 BASIC14.92□□□□□ -0.02
CHD3Q12873 C16orf59-204ENST00000563531 1864 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.92□□□□□ -0.02
CHD3Q12873 C1orf159-205ENST00000421241 1841 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC14.92□□□□□ -0.02
CHD3Q12873 SMN1-201ENST00000351205 900 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.92□□□□□ -0.02
CHD3Q12873 SMN2-201ENST00000380741 900 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC14.92□□□□□ -0.02
CHD3Q12873 RPS9-203ENST00000391752 772 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.92□□□□□ -0.02
CHD3Q12873 MIR503HG-203ENST00000441492 649 ntTSL 1 (best) BASIC14.92□□□□□ -0.02
CHD3Q12873 KRT18P3-201ENST00000451602 1288 ntBASIC14.92□□□□□ -0.02
CHD3Q12873 GMDS-AS1-205ENST00000529893 900 ntTSL 5 BASIC14.92□□□□□ -0.02
CHD3Q12873 LYRM1-209ENST00000568663 857 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC14.92□□□□□ -0.02
CHD3Q12873 ARMC7-203ENST00000581078 1002 ntTSL 2 BASIC14.92□□□□□ -0.02
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