Protein–RNA interactions for Protein: P31249

HOXD3, Homeobox protein Hox-D3, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 432 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXD3P31249 ACSF2-201ENST00000300441 2235 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.47□□□□□ -0.25
HOXD3P31249 TRAF3IP1-201ENST00000373327 4279 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.47□□□□□ -0.25
HOXD3P31249 CCDC92-201ENST00000238156 2787 ntTSL 1 (best) BASIC13.47□□□□□ -0.25
HOXD3P31249 VIPR1-201ENST00000325123 2773 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.47□□□□□ -0.25
HOXD3P31249 SLC35A3-217ENST00000639807 2767 ntTSL 5 BASIC13.47□□□□□ -0.25
HOXD3P31249 ANKRD10-201ENST00000267339 2495 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.47□□□□□ -0.25
HOXD3P31249 PCCA-203ENST00000376286 2481 ntTSL 2 BASIC13.47□□□□□ -0.25
HOXD3P31249 N4BP1-201ENST00000262384 7106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.47□□□□□ -0.25
HOXD3P31249 GPSM2-201ENST00000264126 3032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.47□□□□□ -0.25
HOXD3P31249 BACE2-203ENST00000347667 8764 ntTSL 1 (best) BASIC13.47□□□□□ -0.25
HOXD3P31249 HSPB1-201ENST00000248553 909 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.47□□□□□ -0.25
HOXD3P31249 DPM3-203ENST00000368400 409 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.47□□□□□ -0.25
HOXD3P31249 MYCLP1-201ENST00000372451 1075 ntBASIC13.47□□□□□ -0.25
HOXD3P31249 DCLK1-203ENST00000379892 2101 ntTSL 5 BASIC13.47□□□□□ -0.25
HOXD3P31249 CLDN14-205ENST00000399139 1231 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.47□□□□□ -0.25
HOXD3P31249 UBE2J2-204ENST00000400929 1057 ntTSL 3 BASIC13.47□□□□□ -0.25
HOXD3P31249 CENPM-204ENST00000402420 688 ntTSL 5 BASIC13.47□□□□□ -0.25
HOXD3P31249 COLEC11-207ENST00000404205 1062 ntTSL 1 (best) BASIC13.47□□□□□ -0.25
HOXD3P31249 KLF4P1-201ENST00000412782 1185 ntBASIC13.47□□□□□ -0.25
HOXD3P31249 RPS8P6-201ENST00000426177 609 ntBASIC13.47□□□□□ -0.25
HOXD3P31249 C11orf74-203ENST00000446510 1062 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC13.47□□□□□ -0.25
HOXD3P31249 RAB42-202ENST00000465518 857 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.47□□□□□ -0.25
HOXD3P31249 RNA5SP415-201ENST00000517246 115 ntBASIC13.47□□□□□ -0.25
HOXD3P31249 PGAM5P1-201ENST00000518923 814 ntBASIC13.47□□□□□ -0.25
HOXD3P31249 KIRREL3-AS1-201ENST00000548204 586 ntTSL 3 BASIC13.47□□□□□ -0.25
HOXD3P31249 AC034105.1-201ENST00000563488 319 ntBASIC13.47□□□□□ -0.25
HOXD3P31249 AC145285.3-201ENST00000564603 959 ntBASIC13.47□□□□□ -0.25
HOXD3P31249 DCTPP1-203ENST00000567983 801 ntTSL 5 BASIC13.47□□□□□ -0.25
HOXD3P31249 NKAPP1-205ENST00000585790 367 ntBASIC13.47□□□□□ -0.25
HOXD3P31249 MTDHP4-201ENST00000600287 670 ntBASIC13.47□□□□□ -0.25
HOXD3P31249 Z83851.2-201ENST00000609564 659 ntBASIC13.47□□□□□ -0.25
HOXD3P31249 FKBP10-201ENST00000321562 2662 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.47□□□□□ -0.25
HOXD3P31249 SH3BP4-202ENST00000392011 5194 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.47□□□□□ -0.25
HOXD3P31249 MDFIC-201ENST00000257724 4598 ntTSL 1 (best) BASIC13.47□□□□□ -0.25
HOXD3P31249 P2RY6-204ENST00000393592 1515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.47□□□□□ -0.25
HOXD3P31249 BRPF1-203ENST00000424362 4712 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC13.47□□□□□ -0.25
HOXD3P31249 NKIRAS2-207ENST00000449471 1461 ntTSL 2 BASIC13.47□□□□□ -0.25
HOXD3P31249 ELN-202ENST00000320399 2274 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.47□□□□□ -0.25
HOXD3P31249 LPAR3-201ENST00000370611 1720 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.47□□□□□ -0.25
HOXD3P31249 CCZ1-207ENST00000628813 2218 ntTSL 2 BASIC13.47□□□□□ -0.25
HOXD3P31249 REXO1L11P-201ENST00000620964 1927 ntBASIC13.47□□□□□ -0.25
HOXD3P31249 NPBWR1-201ENST00000331251 2687 ntAPPRIS P1 BASIC13.47□□□□□ -0.25
HOXD3P31249 PTPRJ-202ENST00000440289 3158 ntTSL 1 (best) BASIC13.46□□□□□ -0.25
HOXD3P31249 NOMO3-201ENST00000263012 3911 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.46□□□□□ -0.25
HOXD3P31249 C16orf59-204ENST00000563531 1864 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.46□□□□□ -0.25
HOXD3P31249 FO681492.1-201ENST00000623662 5321 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC13.46□□□□□ -0.25
HOXD3P31249 L1CAM-203ENST00000370055 4655 ntTSL 5 BASIC13.46□□□□□ -0.25
HOXD3P31249 SYTL3-201ENST00000297239 2292 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC13.46□□□□□ -0.25
HOXD3P31249 DYRK1B-203ENST00000430012 2007 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC13.46□□□□□ -0.25
HOXD3P31249 AL031658.1-201ENST00000449519 2013 ntTSL 2 BASIC13.46□□□□□ -0.25
HOXD3P31249 ARF1-214ENST00000541182 2006 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.46□□□□□ -0.25
HOXD3P31249 HARS-201ENST00000307633 1780 ntTSL 2 BASIC13.46□□□□□ -0.25
HOXD3P31249 EWSR1-202ENST00000332035 1989 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC13.46□□□□□ -0.25
HOXD3P31249 MOSPD3-201ENST00000223054 1053 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.46□□□□□ -0.25
HOXD3P31249 MCL1-201ENST00000307940 1110 ntTSL 1 (best) BASIC13.46□□□□□ -0.25
HOXD3P31249 AC003669.1-201ENST00000334569 611 ntBASIC13.46□□□□□ -0.25
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HOXD3P31249 AC135776.2-201ENST00000567803 714 ntTSL 4 BASIC13.46□□□□□ -0.25
HOXD3P31249 C1QL3-202ENST00000619991 783 ntTSL 1 (best) BASIC13.46□□□□□ -0.25
HOXD3P31249 HMGN3-203ENST00000620514 1010 ntTSL 3 BASIC13.46□□□□□ -0.25
HOXD3P31249 AC055717.3-201ENST00000622967 595 ntBASIC13.46□□□□□ -0.25
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HOXD3P31249 PRSS35-201ENST00000369700 2440 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.46□□□□□ -0.25
HOXD3P31249 ASIC3-201ENST00000297512 1718 ntTSL 1 (best) BASIC13.46□□□□□ -0.25
HOXD3P31249 AP002414.3-201ENST00000589352 1468 ntBASIC13.46□□□□□ -0.25
HOXD3P31249 IFNL4-204ENST00000634967 1493 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.46□□□□□ -0.25
HOXD3P31249 SLC12A9-202ENST00000415287 1912 ntTSL 1 (best) BASIC13.46□□□□□ -0.25
HOXD3P31249 ANKHD1-EIF4EBP3-203ENST00000532219 8246 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.46□□□□□ -0.25
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HOXD3P31249 CTSB-202ENST00000353047 3875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.46□□□□□ -0.26
HOXD3P31249 GATB-213ENST00000515812 1893 ntTSL 5 BASIC13.46□□□□□ -0.26
HOXD3P31249 P2RX5-209ENST00000552276 1642 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.46□□□□□ -0.26
HOXD3P31249 AC079776.2-201ENST00000641154 1609 ntBASIC13.46□□□□□ -0.26
HOXD3P31249 PGR-201ENST00000263463 2496 ntTSL 1 (best) BASIC13.46□□□□□ -0.26
HOXD3P31249 LRRC3-201ENST00000291592 5869 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.46□□□□□ -0.26
HOXD3P31249 BCS1L-202ENST00000392109 1583 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.45□□□□□ -0.26
HOXD3P31249 BCS1L-204ENST00000392111 1584 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.45□□□□□ -0.26
HOXD3P31249 NPR3-203ENST00000415167 1753 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.45□□□□□ -0.26
HOXD3P31249 NKD2-202ENST00000296849 2155 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.45□□□□□ -0.26
HOXD3P31249 TADA3-201ENST00000301964 2355 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.45□□□□□ -0.26
HOXD3P31249 MIB1-201ENST00000261537 9576 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.45□□□□□ -0.26
HOXD3P31249 OLA1-201ENST00000284719 4417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.45□□□□□ -0.26
HOXD3P31249 KDM5C-202ENST00000375379 5245 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.45□□□□□ -0.26
HOXD3P31249 HSP90B1-210ENST00000614327 1338 ntTSL 1 (best) BASIC13.45□□□□□ -0.26
HOXD3P31249 HTD2-201ENST00000461393 1508 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.45□□□□□ -0.26
HOXD3P31249 ASB13-201ENST00000357700 2699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.45□□□□□ -0.26
HOXD3P31249 TM2D1-201ENST00000294613 1250 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.45□□□□□ -0.26
HOXD3P31249 SIGLEC8-202ENST00000340550 1293 ntTSL 1 (best) BASIC13.45□□□□□ -0.26
HOXD3P31249 TM2D1-204ENST00000371180 1248 ntTSL 5 BASIC13.45□□□□□ -0.26
HOXD3P31249 PIGU-202ENST00000374820 1248 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.45□□□□□ -0.26
HOXD3P31249 KLK14-202ENST00000391802 1133 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.45□□□□□ -0.26
HOXD3P31249 C2orf49-202ENST00000410049 854 ntTSL 1 (best) BASIC13.45□□□□□ -0.26
HOXD3P31249 SPDYE21P-201ENST00000413323 827 ntBASIC13.45□□□□□ -0.26
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