Protein–RNA interactions for Protein: P02461

COL3A1, Collagen alpha-1(III) chain, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 1,466 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL3A1P02461 PRRT2-205ENST00000567659 1470 ntTSL 2 BASIC22.8■■□□□ 1.24
COL3A1P02461 KCNJ2-AS1-201ENST00000590966 2442 ntBASIC22.8■■□□□ 1.24
COL3A1P02461 THNSL2-202ENST00000343544 2052 ntTSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
COL3A1P02461 ZDHHC9-202ENST00000371064 2473 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
COL3A1P02461 THAP3-202ENST00000307896 1046 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.79■■□□□ 1.24
COL3A1P02461 MOB1B-202ENST00000396051 1107 ntTSL 2 BASIC22.79■■□□□ 1.24
COL3A1P02461 KRT18P13-201ENST00000400056 1290 ntBASIC22.79■■□□□ 1.24
COL3A1P02461 RPSAP43-201ENST00000402237 625 ntBASIC22.79■■□□□ 1.24
COL3A1P02461 AQP6-205ENST00000618286 829 ntTSL 5 BASIC22.79■■□□□ 1.24
COL3A1P02461 TACSTD2-201ENST00000371225 2351 ntAPPRIS P1 BASIC22.79■■□□□ 1.24
COL3A1P02461 BANP-223ENST00000538234 2372 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
COL3A1P02461 INSIG1-203ENST00000344756 2623 ntTSL 5 BASIC22.79■■□□□ 1.24
COL3A1P02461 AC120498.9-201ENST00000339021 3867 ntBASIC22.79■■□□□ 1.24
COL3A1P02461 HSF2-201ENST00000368455 2549 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
COL3A1P02461 CCDC28B-202ENST00000421922 1415 ntTSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
COL3A1P02461 ALDH2-202ENST00000416293 1572 ntTSL 2 BASIC22.79■■□□□ 1.24
COL3A1P02461 SMARCC2-203ENST00000394023 4271 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
COL3A1P02461 WDR4-201ENST00000330317 1471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
COL3A1P02461 AP005717.1-201ENST00000500705 1899 ntTSL 5 BASIC22.79■■□□□ 1.24
COL3A1P02461 URAHP-203ENST00000517889 1381 ntTSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
COL3A1P02461 AKAP17A-201ENST00000313871 3204 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
COL3A1P02461 NOP14-204ENST00000502735 2723 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.79■■□□□ 1.24
COL3A1P02461 ABHD14B-206ENST00000483233 2056 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
COL3A1P02461 FCN2-201ENST00000291744 1057 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
COL3A1P02461 CCDC107-201ENST00000327351 804 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
COL3A1P02461 TRA2B-202ENST00000342294 288 ntTSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
COL3A1P02461 MMP17-203ENST00000535004 719 ntTSL 3 BASIC22.79■■□□□ 1.24
COL3A1P02461 AC092865.5-201ENST00000545435 363 ntBASIC22.79■■□□□ 1.24
COL3A1P02461 FAM181A-205ENST00000557719 1072 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.79■■□□□ 1.24
COL3A1P02461 GIPC1-213ENST00000591349 1068 ntTSL 2 BASIC22.79■■□□□ 1.24
COL3A1P02461 TBX18-206ENST00000606784 1230 ntTSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
COL3A1P02461 LINC00623-201ENST00000613486 486 ntTSL 5 BASIC22.79■■□□□ 1.24
COL3A1P02461 TRIM8-201ENST00000302424 2831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
COL3A1P02461 ADM5-201ENST00000420022 1718 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
COL3A1P02461 TMED9-201ENST00000332598 1473 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
COL3A1P02461 DOCK9-206ENST00000427887 4176 ntTSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
COL3A1P02461 NCAPH2-203ENST00000395701 2077 ntTSL 2 BASIC22.78■■□□□ 1.24
COL3A1P02461 C11orf95-202ENST00000433688 5716 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.78■■□□□ 1.24
COL3A1P02461 ADCY1-202ENST00000432715 1693 ntTSL 2 BASIC22.78■■□□□ 1.24
COL3A1P02461 PBK-201ENST00000301905 2118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
COL3A1P02461 MSLNL-201ENST00000442466 2109 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.78■■□□□ 1.24
COL3A1P02461 APMAP-201ENST00000217456 2430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
COL3A1P02461 AGAP6-201ENST00000374056 2703 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
COL3A1P02461 NDUFA3-201ENST00000303553 379 ntTSL 2 BASIC22.78■■□□□ 1.24
COL3A1P02461 ROMO1-201ENST00000336695 496 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
COL3A1P02461 PARK7-203ENST00000377491 977 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.78■■□□□ 1.24
COL3A1P02461 AC006042.2-201ENST00000428660 568 ntTSL 4 BASIC22.78■■□□□ 1.24
COL3A1P02461 STRN4-204ENST00000539396 2608 ntTSL 2 BASIC22.78■■□□□ 1.24
COL3A1P02461 HIST4H4-204ENST00000539745 577 ntAPPRIS P1 BASIC22.78■■□□□ 1.24
COL3A1P02461 AC124947.2-201ENST00000547118 1133 ntBASIC22.78■■□□□ 1.24
COL3A1P02461 RPL28-209ENST00000560055 670 ntTSL 3 BASIC22.78■■□□□ 1.24
COL3A1P02461 HAS3-205ENST00000569188 2170 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.78■■□□□ 1.24
COL3A1P02461 AC097376.2-204ENST00000609359 627 ntTSL 2 BASIC22.78■■□□□ 1.24
COL3A1P02461 AC006538.3-201ENST00000612495 578 ntBASIC22.78■■□□□ 1.24
COL3A1P02461 ALDH3A2-225ENST00000630662 1558 ntTSL 5 BASIC22.78■■□□□ 1.24
COL3A1P02461 BFSP1-201ENST00000377868 2063 ntTSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
COL3A1P02461 CTD-3080P12.3-203ENST00000514376 1757 ntTSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
COL3A1P02461 GPSM2-201ENST00000264126 3032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
COL3A1P02461 LINC00957-202ENST00000441052 2590 ntTSL 2 BASIC22.77■■□□□ 1.24
COL3A1P02461 PRR29-AS1-202ENST00000580942 2926 ntTSL 2 BASIC22.77■■□□□ 1.24
COL3A1P02461 NR4A1-203ENST00000394824 2639 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.77■■□□□ 1.24
COL3A1P02461 SLC22A20-204ENST00000530038 1673 ntBASIC22.77■■□□□ 1.24
COL3A1P02461 COTL1-203ENST00000564057 1677 ntTSL 5 BASIC22.77■■□□□ 1.24
COL3A1P02461 B4GALT4-216ENST00000483209 2494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
COL3A1P02461 PRRT4-205ENST00000489835 2313 ntTSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
COL3A1P02461 ATAD3A-207ENST00000536055 2332 ntTSL 2 BASIC22.77■■□□□ 1.24
COL3A1P02461 KRT84-201ENST00000257951 2092 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
COL3A1P02461 C14orf93-205ENST00000397379 1949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
COL3A1P02461 PAX7-201ENST00000375375 2260 ntTSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
COL3A1P02461 SFTPC-201ENST00000318561 997 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
COL3A1P02461 AC005281.1-201ENST00000433040 911 ntTSL 5 BASIC22.77■■□□□ 1.24
COL3A1P02461 FAM185BP-201ENST00000443595 716 ntBASIC22.77■■□□□ 1.24
COL3A1P02461 AL365226.1-201ENST00000448363 349 ntTSL 2 BASIC22.77■■□□□ 1.24
COL3A1P02461 EHMT1-216ENST00000493484 1182 ntTSL 3 BASIC22.77■■□□□ 1.24
COL3A1P02461 UBXN1-210ENST00000529640 1110 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.77■■□□□ 1.24
COL3A1P02461 LINC01413-201ENST00000564843 772 ntTSL 3 BASIC22.77■■□□□ 1.24
COL3A1P02461 BANP-227ENST00000626016 2144 ntTSL 2 BASIC22.77■■□□□ 1.24
COL3A1P02461 LHX9-204ENST00000367391 1623 ntTSL 5 BASIC22.77■■□□□ 1.24
COL3A1P02461 JPT1-209ENST00000482348 1614 ntTSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
COL3A1P02461 BAG5-202ENST00000337322 1960 ntTSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
COL3A1P02461 ZSWIM6-201ENST00000252744 5501 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.77■■□□□ 1.24
COL3A1P02461 NOL4L-205ENST00000375678 2042 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.77■■□□□ 1.24
COL3A1P02461 CCDC189-204ENST00000541260 1531 ntTSL 5 BASIC22.77■■□□□ 1.23
COL3A1P02461 CLDN6-201ENST00000328796 1369 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
COL3A1P02461 PPIF-201ENST00000225174 2190 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
COL3A1P02461 AP1S2-201ENST00000329235 2237 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
COL3A1P02461 T-201ENST00000296946 2436 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.76■■□□□ 1.23
COL3A1P02461 AC116021.1-201ENST00000530049 653 ntTSL 3 BASIC22.76■■□□□ 1.23
COL3A1P02461 CPSF1-207ENST00000531727 704 ntTSL 3 BASIC22.76■■□□□ 1.23
COL3A1P02461 BLOC1S1-201ENST00000547076 837 ntTSL 2 BASIC22.76■■□□□ 1.23
COL3A1P02461 CD63-210ENST00000550776 870 ntTSL 5 BASIC22.76■■□□□ 1.23
COL3A1P02461 AC004877.2-201ENST00000623941 599 ntBASIC22.76■■□□□ 1.23
COL3A1P02461 AC244517.11-201ENST00000624192 573 ntTSL 5 BASIC22.76■■□□□ 1.23
COL3A1P02461 U2AF2-201ENST00000308924 1698 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
COL3A1P02461 MRPS30-202ENST00000507110 1678 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
COL3A1P02461 RSPH6A-201ENST00000221538 2456 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
COL3A1P02461 SYT7-201ENST00000263846 4854 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
COL3A1P02461 CLDN15-202ENST00000401528 2131 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.76■■□□□ 1.23
COL3A1P02461 CXorf67-201ENST00000342995 1929 ntAPPRIS P1 BASIC22.76■■□□□ 1.23
COL3A1P02461 RUSC1-209ENST00000471876 1749 ntTSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 58.9 ms