Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y3E7

CHMP3, Charged multivesicular body protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 222 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHMP3Q9Y3E7 AL138828.1-202ENST00000576956 1881 ntTSL 5 BASIC21.84■■□□□ 1.09
CHMP3Q9Y3E7 FAM219B-204ENST00000563119 2721 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
CHMP3Q9Y3E7 SEMA6B-201ENST00000586582 3986 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
CHMP3Q9Y3E7 TM2D1-201ENST00000294613 1250 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
CHMP3Q9Y3E7 KLHL7-201ENST00000322275 969 ntTSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
CHMP3Q9Y3E7 AL355310.2-201ENST00000369843 688 ntTSL 3 BASIC21.84■■□□□ 1.09
CHMP3Q9Y3E7 TM2D1-204ENST00000371180 1248 ntTSL 5 BASIC21.84■■□□□ 1.09
CHMP3Q9Y3E7 TRIM36-203ENST00000379618 693 ntTSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
CHMP3Q9Y3E7 OTOS-202ENST00000391989 645 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.84■■□□□ 1.09
CHMP3Q9Y3E7 TSPY3-202ENST00000440483 414 ntTSL 5 BASIC21.84■■□□□ 1.09
CHMP3Q9Y3E7 RIN1-205ENST00000530056 2122 ntTSL 2 BASIC21.84■■□□□ 1.09
CHMP3Q9Y3E7 TMEM220-203ENST00000578345 559 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.84■■□□□ 1.09
CHMP3Q9Y3E7 TM2D1-212ENST00000606498 969 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.84■■□□□ 1.09
CHMP3Q9Y3E7 SLC26A1-205ENST00000622731 1057 ntTSL 5 BASIC21.84■■□□□ 1.09
CHMP3Q9Y3E7 PSMA6-216ENST00000627895 484 ntTSL 5 BASIC21.84■■□□□ 1.09
CHMP3Q9Y3E7 CRMP1-202ENST00000397890 2911 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
CHMP3Q9Y3E7 ISLR2-210ENST00000565540 2780 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC21.84■■□□□ 1.09
CHMP3Q9Y3E7 HYAL1-204ENST00000395144 2081 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
CHMP3Q9Y3E7 ZNF259P1-201ENST00000407656 1365 ntBASIC21.84■■□□□ 1.09
CHMP3Q9Y3E7 NUDT10-202ENST00000376006 2001 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
CHMP3Q9Y3E7 IFFO1-202ENST00000356896 2680 ntTSL 5 BASIC21.83■■□□□ 1.09
CHMP3Q9Y3E7 LPAR3-201ENST00000370611 1720 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.09
CHMP3Q9Y3E7 FOXP3-201ENST00000376197 1326 ntTSL 2 BASIC21.83■■□□□ 1.09
CHMP3Q9Y3E7 RAB17-201ENST00000264601 1966 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.09
CHMP3Q9Y3E7 ZDHHC4-205ENST00000396713 1552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.09
CHMP3Q9Y3E7 PPP2R2C-209ENST00000515571 1832 ntTSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.09
CHMP3Q9Y3E7 TRAF3IP1-201ENST00000373327 4279 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.09
CHMP3Q9Y3E7 JAKMIP1-202ENST00000409021 2975 ntTSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.09
CHMP3Q9Y3E7 CTSG-201ENST00000216336 886 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.09
CHMP3Q9Y3E7 DHDH-201ENST00000221403 1081 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.09
CHMP3Q9Y3E7 TMEM42-201ENST00000302392 1026 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.09
CHMP3Q9Y3E7 PMS2P1-201ENST00000431037 1228 ntBASIC21.83■■□□□ 1.09
CHMP3Q9Y3E7 IGHV3-22-201ENST00000520721 359 ntBASIC21.83■■□□□ 1.09
CHMP3Q9Y3E7 L2HGDH-205ENST00000555423 841 ntTSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.09
CHMP3Q9Y3E7 AC127496.4-201ENST00000571591 549 ntTSL 4 BASIC21.83■■□□□ 1.09
CHMP3Q9Y3E7 AC055811.1-201ENST00000584203 1231 ntTSL 5 BASIC21.83■■□□□ 1.09
CHMP3Q9Y3E7 LUC7L-204ENST00000397783 1504 ntTSL 2 BASIC21.83■■□□□ 1.09
CHMP3Q9Y3E7 CLDN15-208ENST00000611078 1509 ntTSL 5 BASIC21.83■■□□□ 1.09
CHMP3Q9Y3E7 AC105001.2-201ENST00000554914 1753 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.83■■□□□ 1.09
CHMP3Q9Y3E7 IMP3-201ENST00000314852 2028 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.83■■□□□ 1.09
CHMP3Q9Y3E7 AC012317.2-201ENST00000623305 2251 ntBASIC21.83■■□□□ 1.09
CHMP3Q9Y3E7 EDA-204ENST00000374553 5272 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.08
CHMP3Q9Y3E7 TSKS-201ENST00000246801 1883 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.08
CHMP3Q9Y3E7 FOXP3-206ENST00000557224 1371 ntTSL 2 BASIC21.83■■□□□ 1.08
CHMP3Q9Y3E7 SREK1-216ENST00000612404 2128 ntTSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.08
CHMP3Q9Y3E7 PIGV-201ENST00000078527 2367 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.08
CHMP3Q9Y3E7 HPS3-202ENST00000460120 2745 ntTSL 2 BASIC21.83■■□□□ 1.08
CHMP3Q9Y3E7 MBD1-206ENST00000382948 2434 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.82■■□□□ 1.08
CHMP3Q9Y3E7 SLC27A2-202ENST00000380902 2181 ntTSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
CHMP3Q9Y3E7 FIP1L1-207ENST00000507922 1335 ntTSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
CHMP3Q9Y3E7 SYNGAP1-202ENST00000418600 5828 ntTSL 5 BASIC21.82■■□□□ 1.08
CHMP3Q9Y3E7 SREBF2-201ENST00000361204 5240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
CHMP3Q9Y3E7 ACTRT2-201ENST00000378404 1421 ntAPPRIS P1 BASIC21.82■■□□□ 1.08
CHMP3Q9Y3E7 ALG3-201ENST00000397676 1528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
CHMP3Q9Y3E7 CLASRP-201ENST00000221455 2234 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
CHMP3Q9Y3E7 RAI2-201ENST00000331511 2317 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.82■■□□□ 1.08
CHMP3Q9Y3E7 SLBP-202ENST00000429429 1623 ntTSL 2 BASIC21.82■■□□□ 1.08
CHMP3Q9Y3E7 TBPL1-208ENST00000613034 1625 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.82■■□□□ 1.08
CHMP3Q9Y3E7 SIGLEC30P-201ENST00000455569 941 ntBASIC21.82■■□□□ 1.08
CHMP3Q9Y3E7 RNA5SP415-201ENST00000517246 115 ntBASIC21.82■■□□□ 1.08
CHMP3Q9Y3E7 AL049869.3-201ENST00000554918 558 ntTSL 3 BASIC21.82■■□□□ 1.08
CHMP3Q9Y3E7 RPS29-206ENST00000557111 488 ntTSL 2 BASIC21.82■■□□□ 1.08
CHMP3Q9Y3E7 STK25P1-201ENST00000585406 838 ntBASIC21.82■■□□□ 1.08
CHMP3Q9Y3E7 AC117500.6-201ENST00000624871 588 ntBASIC21.82■■□□□ 1.08
CHMP3Q9Y3E7 AC105411.1-202ENST00000565050 1476 ntTSL 5 BASIC21.82■■□□□ 1.08
CHMP3Q9Y3E7 EDA-203ENST00000374552 5278 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
CHMP3Q9Y3E7 CEACAM21-203ENST00000407170 1691 ntTSL 2 BASIC21.82■■□□□ 1.08
CHMP3Q9Y3E7 SLC9A6-208ENST00000636206 4711 ntTSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
CHMP3Q9Y3E7 LY6E-207ENST00000520466 1419 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC21.81■■□□□ 1.08
CHMP3Q9Y3E7 FERMT2-204ENST00000399304 2082 ntTSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
CHMP3Q9Y3E7 DNAJA3-203ENST00000431375 2294 ntTSL 2 BASIC21.81■■□□□ 1.08
CHMP3Q9Y3E7 TJP1-212ENST00000614355 6977 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.81■■□□□ 1.08
CHMP3Q9Y3E7 DYRK1B-203ENST00000430012 2007 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.81■■□□□ 1.08
CHMP3Q9Y3E7 PIH1D1-201ENST00000262265 1192 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
CHMP3Q9Y3E7 ZAR1L-201ENST00000345108 1103 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
CHMP3Q9Y3E7 DUSP12-201ENST00000367943 1270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
CHMP3Q9Y3E7 AC134772.1-202ENST00000435578 549 ntTSL 4 BASIC21.81■■□□□ 1.08
CHMP3Q9Y3E7 PRYP5-201ENST00000451909 266 ntBASIC21.81■■□□□ 1.08
CHMP3Q9Y3E7 KRT18P58-201ENST00000527480 1120 ntBASIC21.81■■□□□ 1.08
CHMP3Q9Y3E7 AC068389.2-201ENST00000529518 430 ntTSL 2 BASIC21.81■■□□□ 1.08
CHMP3Q9Y3E7 GRAMD2B-218ENST00000542322 2977 ntTSL 2 BASIC21.81■■□□□ 1.08
CHMP3Q9Y3E7 AC006557.2-201ENST00000592985 1240 ntBASIC21.81■■□□□ 1.08
CHMP3Q9Y3E7 MIR1199-201ENST00000621445 119 ntBASIC21.81■■□□□ 1.08
CHMP3Q9Y3E7 IQSEC2-210ENST00000639161 936 ntTSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
CHMP3Q9Y3E7 ADCY6-202ENST00000357869 5748 ntTSL 2 BASIC21.81■■□□□ 1.08
CHMP3Q9Y3E7 NAP1L5-201ENST00000323061 2321 ntAPPRIS P1 BASIC21.81■■□□□ 1.08
CHMP3Q9Y3E7 HAUS8-201ENST00000253669 1568 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
CHMP3Q9Y3E7 COQ9-201ENST00000262507 1677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
CHMP3Q9Y3E7 UVSSA-209ENST00000512728 1668 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
CHMP3Q9Y3E7 FXYD6-204ENST00000526014 2171 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
CHMP3Q9Y3E7 LETM1P2-201ENST00000597330 2178 ntBASIC21.81■■□□□ 1.08
CHMP3Q9Y3E7 FIGNL2-202ENST00000618634 4812 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.81■■□□□ 1.08
CHMP3Q9Y3E7 DIAPH1-201ENST00000253811 5789 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.8■■□□□ 1.08
CHMP3Q9Y3E7 DIAPH1-202ENST00000389054 5795 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC21.8■■□□□ 1.08
CHMP3Q9Y3E7 DIAPH1-204ENST00000398557 5789 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.8■■□□□ 1.08
CHMP3Q9Y3E7 LRRC25-201ENST00000339007 2415 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
CHMP3Q9Y3E7 SLX1B-SULT1A4-201ENST00000344620 2424 ntTSL 2 BASIC21.8■■□□□ 1.08
CHMP3Q9Y3E7 VAV2-203ENST00000406606 4691 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
CHMP3Q9Y3E7 RETREG1-201ENST00000306320 3268 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
CHMP3Q9Y3E7 KIZ-211ENST00000619574 1971 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.8■■□□□ 1.08
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 79.9 ms