Protein–RNA interactions for Protein: Q7Z494

NPHP3, Nephrocystin-3, humanhuman

Predictions only

Length 1,330 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
NPHP3Q7Z494 CMTM3-201ENST00000361909 2159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
NPHP3Q7Z494 SEPT2-208ENST00000407971 3267 ntTSL 5 BASIC23.47■■□□□ 1.35
NPHP3Q7Z494 AC138028.1-201ENST00000333666 2137 ntTSL 2 BASIC23.47■■□□□ 1.35
NPHP3Q7Z494 COX5BP8-201ENST00000416911 349 ntBASIC23.47■■□□□ 1.35
NPHP3Q7Z494 LINC01818-201ENST00000437118 368 ntTSL 2 BASIC23.47■■□□□ 1.35
NPHP3Q7Z494 AC004890.2-204ENST00000481968 304 ntBASIC23.47■■□□□ 1.35
NPHP3Q7Z494 GNG4-205ENST00000484517 684 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.47■■□□□ 1.35
NPHP3Q7Z494 MRPL36-204ENST00000508987 686 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.47■■□□□ 1.35
NPHP3Q7Z494 ERGIC1-212ENST00000523291 586 ntTSL 2 BASIC23.47■■□□□ 1.35
NPHP3Q7Z494 AL662799.1-202ENST00000614205 422 ntBASIC23.47■■□□□ 1.35
NPHP3Q7Z494 RAVER2-201ENST00000294428 4398 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.47■■□□□ 1.35
NPHP3Q7Z494 IL10RB-201ENST00000290200 1963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
NPHP3Q7Z494 CSPG5-201ENST00000264723 4080 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
NPHP3Q7Z494 AMT-250ENST00000637682 1823 ntTSL 5 BASIC23.47■■□□□ 1.35
NPHP3Q7Z494 HS3ST4-201ENST00000331351 3203 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
NPHP3Q7Z494 MTMR12-203ENST00000382142 5187 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
NPHP3Q7Z494 SHROOM1-202ENST00000378676 2352 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.47■■□□□ 1.35
NPHP3Q7Z494 NRXN2-203ENST00000377551 6373 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
NPHP3Q7Z494 SLC23A3-207ENST00000455516 2048 ntTSL 2 BASIC23.47■■□□□ 1.35
NPHP3Q7Z494 TNFAIP2-209ENST00000560869 4683 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.46■■□□□ 1.35
NPHP3Q7Z494 WDR13-201ENST00000218056 2124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
NPHP3Q7Z494 LRRC4B-202ENST00000599957 3019 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.46■■□□□ 1.35
NPHP3Q7Z494 YTHDC2-207ENST00000515883 2629 ntTSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
NPHP3Q7Z494 FAM109B-201ENST00000321753 2335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
NPHP3Q7Z494 CPSF6-203ENST00000456847 1915 ntTSL 5 BASIC23.46■■□□□ 1.35
NPHP3Q7Z494 TUBA4A-201ENST00000248437 2162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
NPHP3Q7Z494 PIN1P1-201ENST00000412108 996 ntBASIC23.46■■□□□ 1.35
NPHP3Q7Z494 CDH23-AS1-201ENST00000428918 378 ntTSL 2 BASIC23.46■■□□□ 1.35
NPHP3Q7Z494 SLC25A30-AS1-201ENST00000506633 701 ntTSL 3 BASIC23.46■■□□□ 1.35
NPHP3Q7Z494 C8orf46-213ENST00000521495 557 ntTSL 4 BASIC23.46■■□□□ 1.35
NPHP3Q7Z494 TPT1-AS1-219ENST00000523506 574 ntTSL 4 BASIC23.46■■□□□ 1.35
NPHP3Q7Z494 DCUN1D5-209ENST00000531543 1030 ntTSL 5 BASIC23.46■■□□□ 1.35
NPHP3Q7Z494 KRT16P2-202ENST00000579062 563 ntTSL 4 BASIC23.46■■□□□ 1.35
NPHP3Q7Z494 NAT16-201ENST00000300303 2935 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC23.46■■□□□ 1.35
NPHP3Q7Z494 SIGLEC10-204ENST00000436984 1776 ntTSL 2 BASIC23.46■■□□□ 1.35
NPHP3Q7Z494 A4GALT-201ENST00000249005 2020 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
NPHP3Q7Z494 AC093677.2-201ENST00000600169 1863 ntBASIC23.46■■□□□ 1.35
NPHP3Q7Z494 CRLF3-201ENST00000324238 2957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
NPHP3Q7Z494 FBXL19-207ENST00000565690 2570 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.46■■□□□ 1.35
NPHP3Q7Z494 NKX2-1-202ENST00000498187 2338 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
NPHP3Q7Z494 SPNS2-201ENST00000329078 3447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
NPHP3Q7Z494 HCLS1-201ENST00000314583 2000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.35
NPHP3Q7Z494 KRT24-201ENST00000264651 1881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
NPHP3Q7Z494 FAM129C-201ENST00000332386 2222 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
NPHP3Q7Z494 BTNL9-202ENST00000376841 1626 ntTSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
NPHP3Q7Z494 FANCA-203ENST00000389302 1641 ntTSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
NPHP3Q7Z494 TCEAL3-201ENST00000243286 1124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
NPHP3Q7Z494 ALKBH6-202ENST00000378875 973 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
NPHP3Q7Z494 CYB5A-203ENST00000397914 619 ntTSL 3 BASIC23.45■■□□□ 1.34
NPHP3Q7Z494 HMGA1P7-201ENST00000406908 502 ntBASIC23.45■■□□□ 1.34
NPHP3Q7Z494 SNX21-206ENST00000462307 1043 ntTSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
NPHP3Q7Z494 RBAKDN-201ENST00000498308 514 ntTSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
NPHP3Q7Z494 EEF1D-207ENST00000524624 1084 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.45■■□□□ 1.34
NPHP3Q7Z494 CHRNA5-203ENST00000559554 1051 ntTSL 3 BASIC23.45■■□□□ 1.34
NPHP3Q7Z494 AL009183.1-201ENST00000603760 355 ntBASIC23.45■■□□□ 1.34
NPHP3Q7Z494 DBI-211ENST00000627093 554 ntTSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
NPHP3Q7Z494 IGFBP3-210ENST00000613132 2412 ntTSL 5 BASIC23.45■■□□□ 1.34
NPHP3Q7Z494 WDR74-206ENST00000529106 1366 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.45■■□□□ 1.34
NPHP3Q7Z494 TMEM8B-204ENST00000439587 2150 ntTSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
NPHP3Q7Z494 LAT-202ENST00000360872 1459 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.45■■□□□ 1.34
NPHP3Q7Z494 MAP4K4-210ENST00000425019 4403 ntTSL 5 BASIC23.45■■□□□ 1.34
NPHP3Q7Z494 BCS1L-212ENST00000439945 1483 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.45■■□□□ 1.34
NPHP3Q7Z494 TRNT1-205ENST00000402675 1935 ntTSL 2 BASIC23.45■■□□□ 1.34
NPHP3Q7Z494 IGDCC4-201ENST00000352385 6508 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
NPHP3Q7Z494 NFATC4-228ENST00000556759 2025 ntTSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
NPHP3Q7Z494 ADCY1-202ENST00000432715 1693 ntTSL 2 BASIC23.45■■□□□ 1.34
NPHP3Q7Z494 PGAP3-206ENST00000579146 2220 ntTSL 2 BASIC23.45■■□□□ 1.34
NPHP3Q7Z494 DISC1-215ENST00000602281 2761 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
NPHP3Q7Z494 UBTD2-201ENST00000393792 3301 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
NPHP3Q7Z494 SFN-201ENST00000339276 1320 ntAPPRIS P1 BASIC23.45■■□□□ 1.34
NPHP3Q7Z494 TIGD6-202ENST00000515406 2429 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
NPHP3Q7Z494 RPS6KB1-203ENST00000406116 1982 ntTSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
NPHP3Q7Z494 TMEM106C-203ENST00000449758 1414 ntTSL 2 BASIC23.44■■□□□ 1.34
NPHP3Q7Z494 CDC42BPB-201ENST00000361246 6758 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
NPHP3Q7Z494 PDE4DIP-214ENST00000479408 2746 ntTSL 5 BASIC23.44■■□□□ 1.34
NPHP3Q7Z494 GATB-209ENST00000512306 1519 ntTSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
NPHP3Q7Z494 USP21-201ENST00000289865 2195 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
NPHP3Q7Z494 ANGPTL4-202ENST00000393962 1705 ntTSL 5 BASIC23.44■■□□□ 1.34
NPHP3Q7Z494 SPNS1-204ENST00000352260 1948 ntTSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
NPHP3Q7Z494 LINC00535-201ENST00000501400 1914 ntTSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
NPHP3Q7Z494 NAA50-208ENST00000497255 789 ntTSL 5 BASIC23.44■■□□□ 1.34
NPHP3Q7Z494 AC106772.1-201ENST00000506629 591 ntTSL 3 BASIC23.44■■□□□ 1.34
NPHP3Q7Z494 LEPROTL1-204ENST00000518192 847 ntTSL 3 BASIC23.44■■□□□ 1.34
NPHP3Q7Z494 BATF2-204ENST00000527716 1230 ntTSL 2 BASIC23.44■■□□□ 1.34
NPHP3Q7Z494 AC008750.1-201ENST00000532473 492 ntTSL 3 BASIC23.44■■□□□ 1.34
NPHP3Q7Z494 CCDC85C-204ENST00000555822 930 ntTSL 5 BASIC23.44■■□□□ 1.34
NPHP3Q7Z494 AL132711.1-201ENST00000557546 722 ntTSL 3 BASIC23.44■■□□□ 1.34
NPHP3Q7Z494 COQ9-214ENST00000567933 882 ntTSL 3 BASIC23.44■■□□□ 1.34
NPHP3Q7Z494 SNHG15-207ENST00000582727 1039 ntTSL 2 BASIC23.44■■□□□ 1.34
NPHP3Q7Z494 AC009118.2-201ENST00000613275 655 ntBASIC23.44■■□□□ 1.34
NPHP3Q7Z494 SIL1-201ENST00000265195 1895 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.44■■□□□ 1.34
NPHP3Q7Z494 MXD3-202ENST00000427908 2269 ntTSL 2 BASIC23.44■■□□□ 1.34
NPHP3Q7Z494 ZZZ3-201ENST00000370798 2468 ntTSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
NPHP3Q7Z494 PDHX-203ENST00000448838 2653 ntTSL 5 BASIC23.44■■□□□ 1.34
NPHP3Q7Z494 TSPAN4-205ENST00000397406 1426 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
NPHP3Q7Z494 OSR2-209ENST00000522510 1528 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.44■■□□□ 1.34
NPHP3Q7Z494 CBLN2-201ENST00000269503 2945 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
NPHP3Q7Z494 PRKAR1B-212ENST00000544935 2494 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.43■■□□□ 1.34
NPHP3Q7Z494 OBSL1-214ENST00000603926 5520 ntTSL 5 BASIC23.43■■□□□ 1.34
NPHP3Q7Z494 MOCS2-202ENST00000396954 1785 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 27.4 ms