Protein–RNA interactions for Protein: Q13428

TCOF1, Treacle protein, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 1,488 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TCOF1Q13428 FAM238C-204ENST00000640224 1268 ntTSL 5 BASIC26.04■■□□□ 1.76
TCOF1Q13428 ADARB1-205ENST00000437626 5032 ntTSL 1 (best) BASIC26.04■■□□□ 1.76
TCOF1Q13428 GDF10-201ENST00000580279 2458 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.04■■□□□ 1.76
TCOF1Q13428 KMT2E-207ENST00000476671 2523 ntTSL 1 (best) BASIC26.04■■□□□ 1.76
TCOF1Q13428 CPT2-207ENST00000636867 2643 ntTSL 5 BASIC26.04■■□□□ 1.76
TCOF1Q13428 GULP1-209ENST00000410051 1595 ntTSL 1 (best) BASIC26.04■■□□□ 1.76
TCOF1Q13428 AL138688.1-201ENST00000624851 1594 ntBASIC26.04■■□□□ 1.76
TCOF1Q13428 CSK-201ENST00000220003 2767 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.04■■□□□ 1.76
TCOF1Q13428 CDH24-205ENST00000554034 2759 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.04■■□□□ 1.76
TCOF1Q13428 LGMN-201ENST00000334869 2055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.04■■□□□ 1.76
TCOF1Q13428 NRSN2-AS1-202ENST00000442637 762 ntTSL 3 BASIC26.04■■□□□ 1.76
TCOF1Q13428 AC026191.1-201ENST00000491930 829 ntTSL 3 BASIC26.04■■□□□ 1.76
TCOF1Q13428 RNASEK-207ENST00000552842 595 ntTSL 3 BASIC26.04■■□□□ 1.76
TCOF1Q13428 RNF34-208ENST00000555076 593 ntTSL 3 BASIC26.04■■□□□ 1.76
TCOF1Q13428 AC099522.2-201ENST00000607001 744 ntBASIC26.04■■□□□ 1.76
TCOF1Q13428 GNE-204ENST00000539208 2190 ntTSL 2 BASIC26.04■■□□□ 1.76
TCOF1Q13428 FOXI3-201ENST00000428390 2804 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC26.03■■□□□ 1.76
TCOF1Q13428 CMTM4-201ENST00000330687 3414 ntTSL 1 (best) BASIC26.03■■□□□ 1.76
TCOF1Q13428 HECA-201ENST00000367658 5614 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.03■■□□□ 1.76
TCOF1Q13428 PTPA-201ENST00000337738 2845 ntTSL 2 BASIC26.03■■□□□ 1.76
TCOF1Q13428 DNAJA3-203ENST00000431375 2294 ntTSL 2 BASIC26.03■■□□□ 1.76
TCOF1Q13428 TRAPPC3-203ENST00000373163 951 ntTSL 3 BASIC26.03■■□□□ 1.76
TCOF1Q13428 CLIC1-208ENST00000375784 1254 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.03■■□□□ 1.76
TCOF1Q13428 TSEN15P1-201ENST00000423257 515 ntBASIC26.03■■□□□ 1.76
TCOF1Q13428 PNPO-202ENST00000434554 1196 ntTSL 2 BASIC26.03■■□□□ 1.76
TCOF1Q13428 FAM58CP-201ENST00000435741 640 ntBASIC26.03■■□□□ 1.76
TCOF1Q13428 AC092809.2-202ENST00000436706 790 ntTSL 1 (best) BASIC26.03■■□□□ 1.76
TCOF1Q13428 AL589923.1-201ENST00000441473 316 ntTSL 5 BASIC26.03■■□□□ 1.76
TCOF1Q13428 ITGA9-AS1-209ENST00000450990 562 ntTSL 4 BASIC26.03■■□□□ 1.76
TCOF1Q13428 HELT-204ENST00000515777 841 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC26.03■■□□□ 1.76
TCOF1Q13428 MMP17-203ENST00000535004 719 ntTSL 3 BASIC26.03■■□□□ 1.76
TCOF1Q13428 TMEM220-AS1-206ENST00000583343 876 ntTSL 3 BASIC26.03■■□□□ 1.76
TCOF1Q13428 RAMP2-205ENST00000589683 858 ntTSL 3 BASIC26.03■■□□□ 1.76
TCOF1Q13428 AC010615.2-202ENST00000597444 832 ntTSL 3 BASIC26.03■■□□□ 1.76
TCOF1Q13428 PGPEP1-209ENST00000604499 769 ntTSL 5 BASIC26.03■■□□□ 1.76
TCOF1Q13428 LINC01128-210ENST00000609139 455 ntTSL 3 BASIC26.03■■□□□ 1.76
TCOF1Q13428 AC007064.4-201ENST00000637740 555 ntBASIC26.03■■□□□ 1.76
TCOF1Q13428 AC129492.6-201ENST00000611383 1305 ntBASIC26.03■■□□□ 1.76
TCOF1Q13428 MXRA8-202ENST00000342753 2231 ntTSL 1 (best) BASIC26.02■■□□□ 1.76
TCOF1Q13428 CHRM2-201ENST00000320658 1694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.02■■□□□ 1.76
TCOF1Q13428 AC116353.5-201ENST00000638148 1699 ntBASIC26.02■■□□□ 1.76
TCOF1Q13428 CXXC1P1-201ENST00000483225 1897 ntTSL 2 BASIC26.02■■□□□ 1.76
TCOF1Q13428 CHTOP-205ENST00000403433 1923 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.02■■□□□ 1.76
TCOF1Q13428 NRBP1-204ENST00000379863 2174 ntTSL 5 BASIC26.02■■□□□ 1.76
TCOF1Q13428 TRIM15-207ENST00000376694 2214 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.02■■□□□ 1.76
TCOF1Q13428 CAMKMT-204ENST00000407131 652 ntTSL 3 BASIC26.02■■□□□ 1.76
TCOF1Q13428 RNF212-203ENST00000433731 1074 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.02■■□□□ 1.76
TCOF1Q13428 TWIST2-201ENST00000448943 1176 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.02■■□□□ 1.76
TCOF1Q13428 GSTK1-207ENST00000479303 1185 ntTSL 1 (best) BASIC26.02■■□□□ 1.76
TCOF1Q13428 LINC02242-201ENST00000507298 641 ntTSL 5 BASIC26.02■■□□□ 1.76
TCOF1Q13428 AC124067.2-201ENST00000521989 510 ntTSL 2 BASIC26.02■■□□□ 1.76
TCOF1Q13428 RASA4B-201ENST00000306682 2589 ntTSL 1 (best) BASIC26.02■■□□□ 1.76
TCOF1Q13428 SARDH-202ENST00000371867 1326 ntTSL 1 (best) BASIC26.02■■□□□ 1.76
TCOF1Q13428 C2orf27A-205ENST00000624391 1335 ntTSL 1 (best) BASIC26.02■■□□□ 1.76
TCOF1Q13428 LUC7L2-210ENST00000619796 2783 ntTSL 1 (best) BASIC26.02■■□□□ 1.76
TCOF1Q13428 BSCL2-210ENST00000421906 1440 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC26.02■■□□□ 1.76
TCOF1Q13428 HMGA1-205ENST00000447654 2159 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC26.02■■□□□ 1.76
TCOF1Q13428 FPGS-201ENST00000373225 2278 ntTSL 2 BASIC26.01■■□□□ 1.76
TCOF1Q13428 TCIRG1-213ENST00000532635 2457 ntTSL 1 (best) BASIC26.01■■□□□ 1.76
TCOF1Q13428 ZNF696-201ENST00000330143 2795 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.01■■□□□ 1.75
TCOF1Q13428 RAPGEF5-203ENST00000405243 2800 ntTSL 1 (best) BASIC26.01■■□□□ 1.75
TCOF1Q13428 DVL3-201ENST00000313143 5254 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.01■■□□□ 1.75
TCOF1Q13428 R3HDML-201ENST00000217043 1377 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.01■■□□□ 1.75
TCOF1Q13428 CLASRP-201ENST00000221455 2234 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.01■■□□□ 1.75
TCOF1Q13428 CCDC94-201ENST00000262962 1434 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.01■■□□□ 1.75
TCOF1Q13428 ST6GALNAC6-201ENST00000291839 2280 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.01■■□□□ 1.75
TCOF1Q13428 AL139400.1-201ENST00000366220 510 ntBASIC26.01■■□□□ 1.75
TCOF1Q13428 WLS-203ENST00000370971 700 ntTSL 1 (best) BASIC26.01■■□□□ 1.75
TCOF1Q13428 DCLK1-203ENST00000379892 2101 ntTSL 5 BASIC26.01■■□□□ 1.75
TCOF1Q13428 NDUFA4L2-201ENST00000393825 1186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.01■■□□□ 1.75
TCOF1Q13428 AKIRIN1-203ENST00000446189 1243 ntTSL 2 BASIC26.01■■□□□ 1.75
TCOF1Q13428 SLC25A36-204ENST00000453248 1040 ntTSL 2 BASIC26.01■■□□□ 1.75
TCOF1Q13428 AC074386.1-202ENST00000463561 864 ntBASIC26.01■■□□□ 1.75
TCOF1Q13428 TPT1-AS1-215ENST00000522673 1519 ntTSL 5 BASIC26.01■■□□□ 1.75
TCOF1Q13428 RIMS4-202ENST00000541604 1036 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.01■■□□□ 1.75
TCOF1Q13428 FAM181A-205ENST00000557719 1072 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.01■■□□□ 1.75
TCOF1Q13428 MARVELD3-206ENST00000567566 850 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.01■■□□□ 1.75
TCOF1Q13428 AC016168.1-201ENST00000591422 722 ntTSL 3 BASIC26.01■■□□□ 1.75
TCOF1Q13428 ARFRP1-212ENST00000618838 1623 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26■■□□□ 1.75
TCOF1Q13428 ESR2-201ENST00000267525 1518 ntTSL 1 (best) BASIC26■■□□□ 1.75
TCOF1Q13428 EIF4E3-201ENST00000295612 2764 ntTSL 1 (best) BASIC26■■□□□ 1.75
TCOF1Q13428 STX10-201ENST00000242770 1099 ntTSL 1 (best) BASIC26■■□□□ 1.75
TCOF1Q13428 TRAPPC1-201ENST00000303731 811 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26■■□□□ 1.75
TCOF1Q13428 ARRB2-203ENST00000381488 1236 ntTSL 2 BASIC26■■□□□ 1.75
TCOF1Q13428 SLC22A18-206ENST00000449793 1225 ntTSL 5 BASIC26■■□□□ 1.75
TCOF1Q13428 CCDC74BP1-201ENST00000508880 1123 ntBASIC26■■□□□ 1.75
TCOF1Q13428 THTPA-204ENST00000554970 569 ntTSL 4 BASIC26■■□□□ 1.75
TCOF1Q13428 THTPA-206ENST00000556015 535 ntTSL 3 BASIC26■■□□□ 1.75
TCOF1Q13428 RAB3D-202ENST00000589655 924 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26■■□□□ 1.75
TCOF1Q13428 CYP2W1-202ENST00000340150 2361 ntTSL 2 BASIC26■■□□□ 1.75
TCOF1Q13428 KRT86-202ENST00000423955 2217 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26■■□□□ 1.75
TCOF1Q13428 SLCO3A1-201ENST00000318445 5115 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26■■□□□ 1.75
TCOF1Q13428 TSPAN7-202ENST00000378482 1909 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26■■□□□ 1.75
TCOF1Q13428 ADRA1A-206ENST00000380586 2304 ntTSL 1 (best) BASIC26■■□□□ 1.75
TCOF1Q13428 AC105339.1-201ENST00000440089 1362 ntTSL 1 (best) BASIC25.99■■□□□ 1.75
TCOF1Q13428 GCDH-201ENST00000222214 1956 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.99■■□□□ 1.75
TCOF1Q13428 LRRC71-201ENST00000337428 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.99■■□□□ 1.75
TCOF1Q13428 GPX7-201ENST00000361314 1228 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.99■■□□□ 1.75
TCOF1Q13428 C1orf226-202ENST00000426197 1049 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC25.99■■□□□ 1.75
TCOF1Q13428 LINC02558-202ENST00000436395 298 ntTSL 5 BASIC25.99■■□□□ 1.75
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