Protein–RNA interactions for Protein: Q9BQI4

CCDC3, Coiled-coil domain-containing protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 270 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC3Q9BQI4 AZU1-202ENST00000592205 1713 ntTSL 2 BASIC17.07■□□□□ 0.32
CCDC3Q9BQI4 ADM-208ENST00000534464 1640 ntTSL 2 BASIC17.07■□□□□ 0.32
CCDC3Q9BQI4 FLJ13224-201ENST00000313737 1514 ntBASIC17.07■□□□□ 0.32
CCDC3Q9BQI4 HS3ST3A1-201ENST00000284110 2527 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
CCDC3Q9BQI4 FCER2-202ENST00000360067 1482 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.07■□□□□ 0.32
CCDC3Q9BQI4 ARHGAP11A-208ENST00000567348 2422 ntTSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
CCDC3Q9BQI4 CITED2-201ENST00000367651 2354 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
CCDC3Q9BQI4 CLUH-201ENST00000435359 5224 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC17.07■□□□□ 0.32
CCDC3Q9BQI4 BEX3-201ENST00000361298 921 ntTSL 2 BASIC17.07■□□□□ 0.32
CCDC3Q9BQI4 DUSP12-201ENST00000367943 1270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
CCDC3Q9BQI4 TRIM36-203ENST00000379618 693 ntTSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
CCDC3Q9BQI4 GPX1P2-201ENST00000429271 606 ntBASIC17.07■□□□□ 0.32
CCDC3Q9BQI4 FAM172A-207ENST00000509739 1031 ntTSL 2 BASIC17.07■□□□□ 0.32
CCDC3Q9BQI4 TPD52L1-211ENST00000532429 1022 ntTSL 2 BASIC17.07■□□□□ 0.32
CCDC3Q9BQI4 LDLRAD2-203ENST00000543870 1180 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
CCDC3Q9BQI4 LZTS2-202ENST00000370223 2883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
CCDC3Q9BQI4 SHISA3-201ENST00000319234 1971 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
CCDC3Q9BQI4 BRPF1-201ENST00000383829 4736 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
CCDC3Q9BQI4 GPC2-201ENST00000292377 2532 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
CCDC3Q9BQI4 SIRPAP1-201ENST00000448467 1770 ntBASIC17.07■□□□□ 0.32
CCDC3Q9BQI4 MAFF-206ENST00000538320 2458 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC17.07■□□□□ 0.32
CCDC3Q9BQI4 GTPBP3-222ENST00000600625 2493 ntTSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
CCDC3Q9BQI4 PTCH1-201ENST00000331920 8057 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.07■□□□□ 0.32
CCDC3Q9BQI4 CD40-202ENST00000372285 1729 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
CCDC3Q9BQI4 BMS1P4-202ENST00000584747 1716 ntTSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
CCDC3Q9BQI4 AEBP2-201ENST00000266508 3620 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
CCDC3Q9BQI4 STMN4-202ENST00000350889 2288 ntTSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
CCDC3Q9BQI4 DSCR9-201ENST00000454482 1644 ntTSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
CCDC3Q9BQI4 PRICKLE4-204ENST00000458694 1646 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC17.07■□□□□ 0.32
CCDC3Q9BQI4 COL8A2-202ENST00000397799 4670 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.06■□□□□ 0.32
CCDC3Q9BQI4 LBHD1-210ENST00000532208 1508 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC17.06■□□□□ 0.32
CCDC3Q9BQI4 COL4A3BP-203ENST00000380494 5651 ntTSL 2 BASIC17.06■□□□□ 0.32
CCDC3Q9BQI4 PTPRU-202ENST00000373779 5579 ntTSL 1 (best) BASIC17.06■□□□□ 0.32
CCDC3Q9BQI4 SQOR-201ENST00000260324 2003 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.06■□□□□ 0.32
CCDC3Q9BQI4 HNRNPK-202ENST00000360384 2038 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.06■□□□□ 0.32
CCDC3Q9BQI4 SLC23A3-203ENST00000409878 2010 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.06■□□□□ 0.32
CCDC3Q9BQI4 HEXB-207ENST00000511181 2021 ntTSL 1 (best) BASIC17.06■□□□□ 0.32
CCDC3Q9BQI4 NABP2-201ENST00000267023 1417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.06■□□□□ 0.32
CCDC3Q9BQI4 SLC22A11-202ENST00000377581 1975 ntTSL 5 BASIC17.06■□□□□ 0.32
CCDC3Q9BQI4 PSMC3IP-204ENST00000587209 1381 ntTSL 1 (best) BASIC17.06■□□□□ 0.32
CCDC3Q9BQI4 SLC1A4-201ENST00000234256 4561 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.06■□□□□ 0.32
CCDC3Q9BQI4 PTP4A1-201ENST00000370651 5088 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.06■□□□□ 0.32
CCDC3Q9BQI4 DHRS7-212ENST00000611054 1321 ntTSL 5 BASIC17.06■□□□□ 0.32
CCDC3Q9BQI4 C8orf58-207ENST00000615223 1848 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.06■□□□□ 0.32
CCDC3Q9BQI4 C2CD2L-205ENST00000528586 2320 ntTSL 2 BASIC17.06■□□□□ 0.32
CCDC3Q9BQI4 PF4-201ENST00000296029 604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.06■□□□□ 0.32
CCDC3Q9BQI4 PSMA7-201ENST00000370858 925 ntTSL 2 BASIC17.06■□□□□ 0.32
CCDC3Q9BQI4 SZT2-202ENST00000372450 1191 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.06■□□□□ 0.32
CCDC3Q9BQI4 OARD1-201ENST00000373154 1129 ntTSL 1 (best) BASIC17.06■□□□□ 0.32
CCDC3Q9BQI4 YBX2P1-201ENST00000394192 760 ntBASIC17.06■□□□□ 0.32
CCDC3Q9BQI4 RPSAP43-201ENST00000402237 625 ntBASIC17.06■□□□□ 0.32
CCDC3Q9BQI4 CHMP3-203ENST00000409225 1099 ntTSL 2 BASIC17.06■□□□□ 0.32
CCDC3Q9BQI4 GNB2-205ENST00000419828 1285 ntTSL 5 BASIC17.06■□□□□ 0.32
CCDC3Q9BQI4 DNAJB3-201ENST00000446806 729 ntBASIC17.06■□□□□ 0.32
CCDC3Q9BQI4 AL121820.2-201ENST00000556301 279 ntTSL 2 BASIC17.06■□□□□ 0.32
CCDC3Q9BQI4 ETFA-208ENST00000559602 792 ntTSL 3 BASIC17.06■□□□□ 0.32
CCDC3Q9BQI4 MIR22HG-204ENST00000571595 767 ntTSL 5 BASIC17.06■□□□□ 0.32
CCDC3Q9BQI4 MIR3687-2-201ENST00000577708 61 ntBASIC17.06■□□□□ 0.32
CCDC3Q9BQI4 TMEM220-203ENST00000578345 559 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.06■□□□□ 0.32
CCDC3Q9BQI4 AL139424.1-201ENST00000607572 797 ntBASIC17.06■□□□□ 0.32
CCDC3Q9BQI4 MIR3687-1-201ENST00000614492 61 ntBASIC17.06■□□□□ 0.32
CCDC3Q9BQI4 ADORA1-209ENST00000640524 653 ntTSL 5 BASIC17.06■□□□□ 0.32
CCDC3Q9BQI4 PPRC1-201ENST00000278070 5330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.06■□□□□ 0.32
CCDC3Q9BQI4 AP000997.3-201ENST00000623333 2250 ntBASIC17.06■□□□□ 0.32
CCDC3Q9BQI4 ATP6V0E2-203ENST00000456496 2722 ntTSL 1 (best) BASIC17.06■□□□□ 0.32
CCDC3Q9BQI4 ATP6V0E2-213ENST00000615196 2727 ntTSL 1 (best) BASIC17.06■□□□□ 0.32
CCDC3Q9BQI4 ENC1-207ENST00000618628 5657 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.06■□□□□ 0.32
CCDC3Q9BQI4 LONRF1-208ENST00000533751 3043 ntTSL 5 BASIC17.06■□□□□ 0.32
CCDC3Q9BQI4 FAM46A-201ENST00000320172 5609 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.06■□□□□ 0.32
CCDC3Q9BQI4 GAB3-203ENST00000424127 2028 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.06■□□□□ 0.32
CCDC3Q9BQI4 ADAD1-203ENST00000388725 1918 ntTSL 2 BASIC17.06■□□□□ 0.32
CCDC3Q9BQI4 AC002310.2-202ENST00000492040 1488 ntTSL 1 (best) BASIC17.05■□□□□ 0.32
CCDC3Q9BQI4 VMAC-201ENST00000339485 2254 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.05■□□□□ 0.32
CCDC3Q9BQI4 WAPL-202ENST00000298767 6333 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.05■□□□□ 0.32
CCDC3Q9BQI4 NEO1-202ENST00000339362 7342 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC17.05■□□□□ 0.32
CCDC3Q9BQI4 PRR14-202ENST00000300835 2198 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.05■□□□□ 0.32
CCDC3Q9BQI4 DCST1-204ENST00000423025 2199 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.05■□□□□ 0.32
CCDC3Q9BQI4 BICD2-201ENST00000356884 6427 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.05■□□□□ 0.32
CCDC3Q9BQI4 NDUFS7-210ENST00000539480 1743 ntTSL 2 BASIC17.05■□□□□ 0.32
CCDC3Q9BQI4 IL15-201ENST00000296545 2472 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.05■□□□□ 0.32
CCDC3Q9BQI4 TAF6-211ENST00000453269 2464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.05■□□□□ 0.32
CCDC3Q9BQI4 SPIRE2-201ENST00000378247 3235 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.05■□□□□ 0.32
CCDC3Q9BQI4 AC120049.1-201ENST00000592638 2065 ntTSL 1 (best) BASIC17.05■□□□□ 0.32
CCDC3Q9BQI4 HIC1-202ENST00000399849 3156 ntTSL 1 (best) BASIC17.05■□□□□ 0.32
CCDC3Q9BQI4 TCTEX1D1-201ENST00000282670 2001 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.05■□□□□ 0.32
CCDC3Q9BQI4 ELOF1-201ENST00000252445 1019 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.05■□□□□ 0.32
CCDC3Q9BQI4 TMEM59-202ENST00000371337 600 ntTSL 2 BASIC17.05■□□□□ 0.32
CCDC3Q9BQI4 GYG2P1-204ENST00000382966 639 ntTSL 3 BASIC17.05■□□□□ 0.32
CCDC3Q9BQI4 AC073621.1-201ENST00000392730 636 ntBASIC17.05■□□□□ 0.32
CCDC3Q9BQI4 ZGLP1-201ENST00000403352 1028 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.05■□□□□ 0.32
CCDC3Q9BQI4 AL020989.1-201ENST00000422979 469 ntBASIC17.05■□□□□ 0.32
CCDC3Q9BQI4 SLC4A1APP2-201ENST00000424054 1259 ntBASIC17.05■□□□□ 0.32
CCDC3Q9BQI4 BPHL-208ENST00000434640 1186 ntTSL 5 BASIC17.05■□□□□ 0.32
CCDC3Q9BQI4 KNCN-203ENST00000481882 1037 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.05■□□□□ 0.32
CCDC3Q9BQI4 AC136632.2-201ENST00000512891 861 ntBASIC17.05■□□□□ 0.32
CCDC3Q9BQI4 BAX-213ENST00000539787 458 ntTSL 1 (best) BASIC17.05■□□□□ 0.32
CCDC3Q9BQI4 AP005019.1-201ENST00000545254 664 ntTSL 3 BASIC17.05■□□□□ 0.32
CCDC3Q9BQI4 AC004801.5-202ENST00000546804 530 ntTSL 4 BASIC17.05■□□□□ 0.32
CCDC3Q9BQI4 AC025259.3-201ENST00000564531 542 ntTSL 3 BASIC17.05■□□□□ 0.32
CCDC3Q9BQI4 RGP1-201ENST00000378078 7018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.05■□□□□ 0.32
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 55.3 ms