Protein–RNA interactions for Protein: Q96M19

LINC00477, Putative transmembrane protein encoded by LINC00477, humanhuman

Predictions only

Length 166 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LINC00477Q96M19 SLC35G6-201ENST00000412468 1697 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.14□□□□□ -0.31
LINC00477Q96M19 PROC-201ENST00000234071 1773 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.14□□□□□ -0.31
LINC00477Q96M19 KLHL33-201ENST00000344581 1863 ntTSL 5 BASIC13.14□□□□□ -0.31
LINC00477Q96M19 SPDEF-201ENST00000374037 1895 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.14□□□□□ -0.31
LINC00477Q96M19 ZBTB32-201ENST00000262630 1960 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.14□□□□□ -0.31
LINC00477Q96M19 PITPNA-202ENST00000539476 3612 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC13.14□□□□□ -0.31
LINC00477Q96M19 NFATC4-203ENST00000422617 5491 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.14□□□□□ -0.31
LINC00477Q96M19 EWSR1-206ENST00000397938 2654 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.14□□□□□ -0.31
LINC00477Q96M19 PTK7-202ENST00000230419 4272 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.13□□□□□ -0.31
LINC00477Q96M19 FAM9A-202ENST00000543214 1544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.13□□□□□ -0.31
LINC00477Q96M19 CACNA1G-201ENST00000352832 7848 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.13□□□□□ -0.31
LINC00477Q96M19 AC009041.2-206ENST00000563863 1728 ntTSL 2 BASIC13.13□□□□□ -0.31
LINC00477Q96M19 DAGLB-202ENST00000425398 2044 ntTSL 2 BASIC13.13□□□□□ -0.31
LINC00477Q96M19 SLC7A5-201ENST00000261622 4537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.13□□□□□ -0.31
LINC00477Q96M19 RRM2B-201ENST00000251810 4931 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.13□□□□□ -0.31
LINC00477Q96M19 CTDSP2-201ENST00000398073 4795 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.13□□□□□ -0.31
LINC00477Q96M19 PHKA1-202ENST00000373539 4476 ntTSL 5 BASIC13.13□□□□□ -0.31
LINC00477Q96M19 RRM2-202ENST00000360566 3673 ntTSL 1 (best) BASIC13.13□□□□□ -0.31
LINC00477Q96M19 RNF103-201ENST00000237455 3477 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.13□□□□□ -0.31
LINC00477Q96M19 SEMA3B-204ENST00000433753 2755 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC13.13□□□□□ -0.31
LINC00477Q96M19 MAZ-212ENST00000568282 1593 ntTSL 5 BASIC13.13□□□□□ -0.31
LINC00477Q96M19 TPSD1-201ENST00000211076 1499 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.13□□□□□ -0.31
LINC00477Q96M19 NDUFV1-223ENST00000532303 1493 ntTSL 2 BASIC13.13□□□□□ -0.31
LINC00477Q96M19 CDK2AP2-201ENST00000301488 1378 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.13□□□□□ -0.31
LINC00477Q96M19 MYCLP1-201ENST00000372451 1075 ntBASIC13.13□□□□□ -0.31
LINC00477Q96M19 COMTD1-201ENST00000372538 976 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.13□□□□□ -0.31
LINC00477Q96M19 TFPT-203ENST00000391759 1205 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.13□□□□□ -0.31
LINC00477Q96M19 SPDYE15P-201ENST00000424157 909 ntBASIC13.13□□□□□ -0.31
LINC00477Q96M19 AC073343.2-202ENST00000430844 532 ntTSL 4 BASIC13.13□□□□□ -0.31
LINC00477Q96M19 CNP-204ENST00000472031 1019 ntTSL 2 BASIC13.13□□□□□ -0.31
LINC00477Q96M19 APBB3-216ENST00000511201 1014 ntTSL 5 BASIC13.13□□□□□ -0.31
LINC00477Q96M19 AC012645.3-201ENST00000568506 470 ntTSL 3 BASIC13.13□□□□□ -0.31
LINC00477Q96M19 KAT2A-201ENST00000225916 3109 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.13□□□□□ -0.31
LINC00477Q96M19 MAP4K2-202ENST00000377350 2931 ntTSL 1 (best) BASIC13.13□□□□□ -0.31
LINC00477Q96M19 QSOX1-201ENST00000367600 2519 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.13□□□□□ -0.31
LINC00477Q96M19 IL4I1-204ENST00000595948 2407 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC13.13□□□□□ -0.31
LINC00477Q96M19 KMT5C-212ENST00000630497 2037 ntTSL 1 (best) BASIC13.13□□□□□ -0.31
LINC00477Q96M19 WASHC2C-204ENST00000374362 4623 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.13□□□□□ -0.31
LINC00477Q96M19 TNKS1BP1-201ENST00000358252 5795 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.13□□□□□ -0.31
LINC00477Q96M19 HNF1B-202ENST00000614313 1819 ntTSL 5 BASIC13.13□□□□□ -0.31
LINC00477Q96M19 HNF1B-203ENST00000617272 1820 ntTSL 1 (best) BASIC13.13□□□□□ -0.31
LINC00477Q96M19 SQSTM1-202ENST00000389805 2986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.13□□□□□ -0.31
LINC00477Q96M19 LPAR3-201ENST00000370611 1720 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.13□□□□□ -0.31
LINC00477Q96M19 PLAUR-201ENST00000221264 1610 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.13□□□□□ -0.31
LINC00477Q96M19 CCDC78-201ENST00000293889 1611 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.13□□□□□ -0.31
LINC00477Q96M19 LMNB2-201ENST00000325327 4671 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.13□□□□□ -0.31
LINC00477Q96M19 COL18A1-203ENST00000359759 6586 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.13□□□□□ -0.31
LINC00477Q96M19 DNM2-201ENST00000355667 3541 ntTSL 1 (best) BASIC13.13□□□□□ -0.31
LINC00477Q96M19 FBXO7-201ENST00000266087 2195 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.13□□□□□ -0.31
LINC00477Q96M19 PML-206ENST00000395135 2199 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.13□□□□□ -0.31
LINC00477Q96M19 RUBCNL-203ENST00000378787 2731 ntTSL 2 BASIC13.12□□□□□ -0.31
LINC00477Q96M19 KANSL2-212ENST00000550347 2714 ntTSL 1 (best) BASIC13.12□□□□□ -0.31
LINC00477Q96M19 ITGB1BP1-204ENST00000360635 4859 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.12□□□□□ -0.31
LINC00477Q96M19 BNIP2-213ENST00000612191 2515 ntTSL 1 (best) BASIC13.12□□□□□ -0.31
LINC00477Q96M19 MBOAT1-201ENST00000324607 1794 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.12□□□□□ -0.31
LINC00477Q96M19 DKK1-201ENST00000373970 1790 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.12□□□□□ -0.31
LINC00477Q96M19 POC1A-203ENST00000474012 1760 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC13.12□□□□□ -0.31
LINC00477Q96M19 FBXL22-202ENST00000534939 2443 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC13.12□□□□□ -0.31
LINC00477Q96M19 SCAP-201ENST00000265565 4394 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.12□□□□□ -0.31
LINC00477Q96M19 ARHGAP9-204ENST00000430041 2323 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.12□□□□□ -0.31
LINC00477Q96M19 IRF7-207ENST00000525445 1588 ntTSL 5 BASIC13.12□□□□□ -0.31
LINC00477Q96M19 ASIC2-201ENST00000225823 3443 ntTSL 1 (best) BASIC13.12□□□□□ -0.31
LINC00477Q96M19 ZBTB44-201ENST00000357899 2781 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.12□□□□□ -0.31
LINC00477Q96M19 DPF2-205ENST00000528416 2799 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.12□□□□□ -0.31
LINC00477Q96M19 LRRC29-201ENST00000393992 1468 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.12□□□□□ -0.31
LINC00477Q96M19 RPH3AL-222ENST00000618002 2578 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC13.12□□□□□ -0.31
LINC00477Q96M19 COG5-203ENST00000393603 5418 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.12□□□□□ -0.31
LINC00477Q96M19 HIBCH-201ENST00000359678 1939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.12□□□□□ -0.31
LINC00477Q96M19 IL12RB2-202ENST00000371000 2454 ntTSL 2 BASIC13.12□□□□□ -0.31
LINC00477Q96M19 CNTRL-208ENST00000373865 1917 ntTSL 5 BASIC13.12□□□□□ -0.31
LINC00477Q96M19 GHDC-202ENST00000414034 2496 ntTSL 2 BASIC13.12□□□□□ -0.31
LINC00477Q96M19 KCNH1-214ENST00000640566 1365 ntTSL 1 (best) BASIC13.12□□□□□ -0.31
LINC00477Q96M19 PIP5K1C-205ENST00000589578 2933 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.12□□□□□ -0.31
LINC00477Q96M19 CDS1-201ENST00000295887 4461 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.12□□□□□ -0.31
LINC00477Q96M19 NAT6-205ENST00000443842 1820 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC13.12□□□□□ -0.31
LINC00477Q96M19 COPE-201ENST00000262812 1141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.12□□□□□ -0.31
LINC00477Q96M19 FGF8-201ENST00000320185 799 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC13.12□□□□□ -0.31
LINC00477Q96M19 COPE-203ENST00000351079 907 ntTSL 2 BASIC13.12□□□□□ -0.31
LINC00477Q96M19 UFSP1-201ENST00000388761 996 ntAPPRIS P1 BASIC13.12□□□□□ -0.31
LINC00477Q96M19 MALL-203ENST00000427178 1070 ntTSL 1 (best) BASIC13.12□□□□□ -0.31
LINC00477Q96M19 AP001625.2-201ENST00000442605 575 ntTSL 2 BASIC13.12□□□□□ -0.31
LINC00477Q96M19 AL359075.1-203ENST00000462729 1002 ntBASIC13.12□□□□□ -0.31
LINC00477Q96M19 SNX5-210ENST00000481323 562 ntTSL 3 BASIC13.12□□□□□ -0.31
LINC00477Q96M19 YBX1P2-201ENST00000489612 999 ntBASIC13.12□□□□□ -0.31
LINC00477Q96M19 AC093827.2-201ENST00000512654 315 ntBASIC13.12□□□□□ -0.31
LINC00477Q96M19 CDKN2A-213ENST00000579122 666 ntTSL 3 BASIC13.12□□□□□ -0.31
LINC00477Q96M19 MED9-202ENST00000580462 565 ntTSL 1 (best) BASIC13.12□□□□□ -0.31
LINC00477Q96M19 C17orf62-221ENST00000581196 668 ntTSL 4 BASIC13.12□□□□□ -0.31
LINC00477Q96M19 MALAT1-215ENST00000619449 794 ntTSL 3 BASIC13.12□□□□□ -0.31
LINC00477Q96M19 KIAA2026-202ENST00000399933 6988 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.12□□□□□ -0.31
LINC00477Q96M19 DMKN-213ENST00000447113 1611 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.12□□□□□ -0.31
LINC00477Q96M19 PC-208ENST00000529047 1607 ntTSL 3 BASIC13.12□□□□□ -0.31
LINC00477Q96M19 P2RY6-209ENST00000540342 1611 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.12□□□□□ -0.31
LINC00477Q96M19 C3orf58-201ENST00000315691 4346 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.12□□□□□ -0.31
LINC00477Q96M19 ACSF3-202ENST00000378345 1541 ntTSL 1 (best) BASIC13.12□□□□□ -0.31
LINC00477Q96M19 NFE2L3-201ENST00000056233 3686 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.12□□□□□ -0.31
LINC00477Q96M19 NEK3-206ENST00000611833 2345 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.12□□□□□ -0.31
LINC00477Q96M19 STXBP2-201ENST00000221283 1876 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.12□□□□□ -0.31
LINC00477Q96M19 PRKCD-201ENST00000330452 2680 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.12□□□□□ -0.31
LINC00477Q96M19 CREB3L1-206ENST00000621158 2687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.12□□□□□ -0.31
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 37.5 ms