Protein–RNA interactions for Protein: Q01955

COL4A3, Collagen alpha-3(IV) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,670 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL4A3Q01955 AC244153.1-203ENST00000622796 419 ntTSL 2 BASIC17.65■□□□□ 0.42
COL4A3Q01955 DYRK1B-203ENST00000430012 2007 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.65■□□□□ 0.42
COL4A3Q01955 FOXP4-205ENST00000409208 3341 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.65■□□□□ 0.42
COL4A3Q01955 EVA1C-202ENST00000382699 1668 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.65■□□□□ 0.42
COL4A3Q01955 PAAF1-205ENST00000535604 1695 ntTSL 5 BASIC17.65■□□□□ 0.42
COL4A3Q01955 FAM90A1-201ENST00000307435 2342 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.65■□□□□ 0.42
COL4A3Q01955 TDRKH-207ENST00000458431 2768 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.65■□□□□ 0.42
COL4A3Q01955 PLTP-202ENST00000372420 1530 ntTSL 2 BASIC17.65■□□□□ 0.42
COL4A3Q01955 NPR3-204ENST00000434067 2715 ntTSL 5 BASIC17.65■□□□□ 0.42
COL4A3Q01955 LUC7L-202ENST00000337351 2097 ntTSL 1 (best) BASIC17.65■□□□□ 0.42
COL4A3Q01955 IGSF11-209ENST00000491903 1487 ntTSL 2 BASIC17.65■□□□□ 0.42
COL4A3Q01955 NAT6-205ENST00000443842 1820 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.64■□□□□ 0.42
COL4A3Q01955 HIST1H3D-201ENST00000356476 411 ntAPPRIS P1 BASIC17.64■□□□□ 0.42
COL4A3Q01955 TRAPPC3-203ENST00000373163 951 ntTSL 3 BASIC17.64■□□□□ 0.42
COL4A3Q01955 SLC25A1P3-201ENST00000395415 828 ntBASIC17.64■□□□□ 0.42
COL4A3Q01955 AL031587.1-201ENST00000410099 1055 ntTSL 1 (best) BASIC17.64■□□□□ 0.42
COL4A3Q01955 AL355306.1-201ENST00000415580 579 ntBASIC17.64■□□□□ 0.42
COL4A3Q01955 YAE1D1-202ENST00000432096 968 ntTSL 2 BASIC17.64■□□□□ 0.42
COL4A3Q01955 GSTK1-207ENST00000479303 1185 ntTSL 1 (best) BASIC17.64■□□□□ 0.42
COL4A3Q01955 VPS29-207ENST00000549970 818 ntTSL 3 BASIC17.64■□□□□ 0.42
COL4A3Q01955 AC243571.2-201ENST00000615265 628 ntTSL 3 BASIC17.64■□□□□ 0.42
COL4A3Q01955 ZNF445-205ENST00000617032 1291 ntTSL 5 BASIC17.64■□□□□ 0.42
COL4A3Q01955 LINC00623-204ENST00000617702 746 ntTSL 5 BASIC17.64■□□□□ 0.42
COL4A3Q01955 CU104787.1-201ENST00000624155 288 ntTSL 1 (best) BASIC17.64■□□□□ 0.42
COL4A3Q01955 FCGRT-201ENST00000221466 1798 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.64■□□□□ 0.42
COL4A3Q01955 PGRMC1-202ENST00000535419 1762 ntTSL 2 BASIC17.64■□□□□ 0.42
COL4A3Q01955 ISYNA1-202ENST00000457269 1703 ntTSL 2 BASIC17.64■□□□□ 0.42
COL4A3Q01955 C12orf40-202ENST00000405531 1656 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.64■□□□□ 0.41
COL4A3Q01955 UVSSA-209ENST00000512728 1668 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.64■□□□□ 0.41
COL4A3Q01955 CD248-201ENST00000311330 2558 ntAPPRIS P1 BASIC17.64■□□□□ 0.41
COL4A3Q01955 BAIAP2-204ENST00000428708 2095 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.64■□□□□ 0.41
COL4A3Q01955 HEXB-207ENST00000511181 2021 ntTSL 1 (best) BASIC17.64■□□□□ 0.41
COL4A3Q01955 YIPF2-204ENST00000586748 1550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.64■□□□□ 0.41
COL4A3Q01955 MAFF-206ENST00000538320 2458 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC17.64■□□□□ 0.41
COL4A3Q01955 JMJD6-205ENST00000585429 1330 ntTSL 5 BASIC17.64■□□□□ 0.41
COL4A3Q01955 NOX4-201ENST00000263317 2388 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.64■□□□□ 0.41
COL4A3Q01955 S100A14-204ENST00000368702 1218 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.64■□□□□ 0.41
COL4A3Q01955 HLA-DMA-201ENST00000374843 1123 ntAPPRIS P1 BASIC17.64■□□□□ 0.41
COL4A3Q01955 BAD-202ENST00000394531 631 ntTSL 3 BASIC17.64■□□□□ 0.41
COL4A3Q01955 AC104135.1-201ENST00000418001 763 ntTSL 5 BASIC17.64■□□□□ 0.41
COL4A3Q01955 FAM58DP-201ENST00000428076 619 ntBASIC17.64■□□□□ 0.41
COL4A3Q01955 AL645941.2-201ENST00000429234 612 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.64■□□□□ 0.41
COL4A3Q01955 GPS2P2-201ENST00000430745 888 ntBASIC17.64■□□□□ 0.41
COL4A3Q01955 S100A14-206ENST00000476873 1025 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.64■□□□□ 0.41
COL4A3Q01955 AC106795.3-201ENST00000511650 547 ntTSL 4 BASIC17.64■□□□□ 0.41
COL4A3Q01955 LINC02387-201ENST00000541749 868 ntTSL 1 (best) BASIC17.64■□□□□ 0.41
COL4A3Q01955 MARVELD3-206ENST00000567566 850 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.64■□□□□ 0.41
COL4A3Q01955 LRRC20-205ENST00000395010 2959 ntTSL 3 BASIC17.64■□□□□ 0.41
COL4A3Q01955 GBGT1-208ENST00000540636 1934 ntTSL 2 BASIC17.64■□□□□ 0.41
COL4A3Q01955 SRSF1-201ENST00000258962 1513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.63■□□□□ 0.41
COL4A3Q01955 ICA1-206ENST00000402384 2458 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC17.63■□□□□ 0.41
COL4A3Q01955 POLR3E-209ENST00000564209 2464 ntTSL 2 BASIC17.63■□□□□ 0.41
COL4A3Q01955 GAS2L1-210ENST00000621062 2483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.63■□□□□ 0.41
COL4A3Q01955 PKD1L2-209ENST00000531391 1488 ntTSL 1 (best) BASIC17.63■□□□□ 0.41
COL4A3Q01955 KRT8-216ENST00000552551 2126 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.63■□□□□ 0.41
COL4A3Q01955 MFGE8-202ENST00000268151 1752 ntTSL 1 (best) BASIC17.63■□□□□ 0.41
COL4A3Q01955 AMHR2-202ENST00000379791 1437 ntTSL 1 (best) BASIC17.63■□□□□ 0.41
COL4A3Q01955 PIGV-201ENST00000078527 2367 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.63■□□□□ 0.41
COL4A3Q01955 AC099684.1-202ENST00000425277 1747 ntTSL 1 (best) BASIC17.63■□□□□ 0.41
COL4A3Q01955 AC005865.2-201ENST00000505276 2303 ntTSL 2 BASIC17.63■□□□□ 0.41
COL4A3Q01955 CLDN6-201ENST00000328796 1369 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.63■□□□□ 0.41
COL4A3Q01955 EMX2-203ENST00000553456 2897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.63■□□□□ 0.41
COL4A3Q01955 ACTB-201ENST00000331789 1917 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.63■□□□□ 0.41
COL4A3Q01955 LUC7L2-210ENST00000619796 2783 ntTSL 1 (best) BASIC17.63■□□□□ 0.41
COL4A3Q01955 TH-205ENST00000381175 1898 ntTSL 1 (best) BASIC17.63■□□□□ 0.41
COL4A3Q01955 TMEM98-206ENST00000579849 4434 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.63■□□□□ 0.41
COL4A3Q01955 KRT8-217ENST00000619952 2437 ntTSL 2 BASIC17.63■□□□□ 0.41
COL4A3Q01955 C16orf92-201ENST00000300575 895 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.63■□□□□ 0.41
COL4A3Q01955 CGB3-201ENST00000357383 877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.63■□□□□ 0.41
COL4A3Q01955 CGB2-201ENST00000359342 627 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.63■□□□□ 0.41
COL4A3Q01955 FAM221A-202ENST00000409192 888 ntTSL 1 (best) BASIC17.63■□□□□ 0.41
COL4A3Q01955 AC015922.1-201ENST00000421102 1152 ntBASIC17.63■□□□□ 0.41
COL4A3Q01955 KRT18P32-201ENST00000424695 1287 ntBASIC17.63■□□□□ 0.41
COL4A3Q01955 AL022068.1-202ENST00000432171 794 ntTSL 3 BASIC17.63■□□□□ 0.41
COL4A3Q01955 CTBP1-AS2-204ENST00000514984 533 ntTSL 4 BASIC17.63■□□□□ 0.41
COL4A3Q01955 AQP6-203ENST00000551733 849 ntTSL 3 BASIC17.63■□□□□ 0.41
COL4A3Q01955 AC015712.4-202ENST00000558641 1007 ntTSL 4 BASIC17.63■□□□□ 0.41
COL4A3Q01955 AL359644.1-202ENST00000637541 571 ntTSL 3 BASIC17.63■□□□□ 0.41
COL4A3Q01955 RAB39A-201ENST00000320578 1830 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.63■□□□□ 0.41
COL4A3Q01955 HBEGF-201ENST00000230990 2386 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.63■□□□□ 0.41
COL4A3Q01955 SHISA5-220ENST00000619810 2385 ntTSL 2 BASIC17.63■□□□□ 0.41
COL4A3Q01955 KCNMA1-283ENST00000640523 5425 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.63■□□□□ 0.41
COL4A3Q01955 GRB10-205ENST00000401949 2627 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.63■□□□□ 0.41
COL4A3Q01955 CHPF-203ENST00000535926 2634 ntTSL 2 BASIC17.63■□□□□ 0.41
COL4A3Q01955 MOCS2-202ENST00000396954 1785 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.63■□□□□ 0.41
COL4A3Q01955 SEPT8-208ENST00000378721 1723 ntTSL 5 BASIC17.63■□□□□ 0.41
COL4A3Q01955 NTRK1-201ENST00000358660 2492 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.63■□□□□ 0.41
COL4A3Q01955 NKAIN4-202ENST00000370313 1421 ntTSL 3 BASIC17.63■□□□□ 0.41
COL4A3Q01955 SNTG2-202ENST00000407292 1436 ntTSL 1 (best) BASIC17.63■□□□□ 0.41
COL4A3Q01955 CASP16P-202ENST00000575497 2161 ntTSL 2 BASIC17.63■□□□□ 0.41
COL4A3Q01955 UMOD-202ENST00000396134 2408 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.63■□□□□ 0.41
COL4A3Q01955 TSKS-201ENST00000246801 1883 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.62■□□□□ 0.41
COL4A3Q01955 RUVBL1-202ENST00000464873 2126 ntTSL 2 BASIC17.62■□□□□ 0.41
COL4A3Q01955 ANKS3-230ENST00000614075 2387 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.62■□□□□ 0.41
COL4A3Q01955 ABCG4-206ENST00000622721 2553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.62■□□□□ 0.41
COL4A3Q01955 SUSD4-208ENST00000494793 1833 ntTSL 5 BASIC17.62■□□□□ 0.41
COL4A3Q01955 AC006974.1-201ENST00000637928 1501 ntTSL 5 BASIC17.62■□□□□ 0.41
COL4A3Q01955 GRHPR-201ENST00000318158 1280 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.62■□□□□ 0.41
COL4A3Q01955 LY6G6C-201ENST00000375819 992 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.62■□□□□ 0.41
COL4A3Q01955 TSSC4-202ENST00000380992 992 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.62■□□□□ 0.41
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 40.5 ms