Protein–RNA interactions for Protein: P49916

LIG3, DNA ligase 3, humanhuman

Predictions only

Length 1,009 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIG3P49916 RNF216P1-205ENST00000406089 807 ntTSL 5 BASIC18.45■□□□□ 0.54
LIG3P49916 COPS8-203ENST00000409334 794 ntTSL 5 BASIC18.45■□□□□ 0.54
LIG3P49916 UPK3BP1-201ENST00000428678 509 ntBASIC18.45■□□□□ 0.54
LIG3P49916 MYD88-206ENST00000443433 914 ntTSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
LIG3P49916 REPIN1-210ENST00000482680 1029 ntTSL 2 BASIC18.45■□□□□ 0.54
LIG3P49916 ABCD4-228ENST00000557588 763 ntTSL 3 BASIC18.45■□□□□ 0.54
LIG3P49916 AC140504.1-202ENST00000568222 652 ntTSL 5 BASIC18.45■□□□□ 0.54
LIG3P49916 FXYD7-203ENST00000586063 456 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC18.45■□□□□ 0.54
LIG3P49916 NBPF14-202ENST00000593495 1082 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
LIG3P49916 ITGB2-AS1-202ENST00000441379 2282 ntTSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
LIG3P49916 TLE2-204ENST00000455444 2253 ntTSL 5 BASIC18.45■□□□□ 0.54
LIG3P49916 LAT-204ENST00000395461 1448 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
LIG3P49916 PIP4K2C-202ENST00000422156 1558 ntTSL 2 BASIC18.45■□□□□ 0.54
LIG3P49916 KIF16B-203ENST00000408042 4640 ntTSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
LIG3P49916 CTSL-203ENST00000343150 2177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
LIG3P49916 DNM3-203ENST00000367733 2322 ntTSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
LIG3P49916 UMOD-205ENST00000570689 2315 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC18.45■□□□□ 0.54
LIG3P49916 METTL21A-203ENST00000411432 4805 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.45■□□□□ 0.54
LIG3P49916 PACS2-202ENST00000430725 2944 ntTSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
LIG3P49916 PMS1-212ENST00000432292 3234 ntTSL 2 BASIC18.45■□□□□ 0.54
LIG3P49916 CDC42EP3-201ENST00000295324 5700 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
LIG3P49916 AKIRIN1-201ENST00000372984 1330 ntTSL 2 BASIC18.45■□□□□ 0.54
LIG3P49916 CAPN15-201ENST00000219611 4744 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
LIG3P49916 WDR18-202ENST00000585809 1608 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
LIG3P49916 SARS2-201ENST00000221431 2057 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
LIG3P49916 SERINC2-205ENST00000536384 2062 ntTSL 2 BASIC18.45■□□□□ 0.54
LIG3P49916 DARS-201ENST00000264161 2361 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
LIG3P49916 GLS2-217ENST00000623608 2518 ntTSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
LIG3P49916 AC092850.2-201ENST00000623821 2697 ntBASIC18.45■□□□□ 0.54
LIG3P49916 PPP1R21-202ENST00000294952 3142 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
LIG3P49916 NID1-202ENST00000366595 5412 ntTSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
LIG3P49916 HRASLS5-206ENST00000540857 3032 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
LIG3P49916 GDF5-202ENST00000374372 2572 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
LIG3P49916 COQ6-201ENST00000334571 2118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
LIG3P49916 LRRC58-201ENST00000295628 7903 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
LIG3P49916 ZFYVE21-202ENST00000311141 1383 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
LIG3P49916 WIZ-201ENST00000263381 5695 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC18.44■□□□□ 0.54
LIG3P49916 GALNT10-203ENST00000425427 4344 ntTSL 2 BASIC18.44■□□□□ 0.54
LIG3P49916 DKFZP434K028-202ENST00000536405 2466 ntTSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
LIG3P49916 MAP4K3-201ENST00000263881 4362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
LIG3P49916 RGL3-201ENST00000380456 2542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
LIG3P49916 CORO6-212ENST00000584969 1416 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.44■□□□□ 0.54
LIG3P49916 CATIP-AS1-202ENST00000441749 480 ntTSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
LIG3P49916 AC116353.4-201ENST00000507279 576 ntTSL 4 BASIC18.44■□□□□ 0.54
LIG3P49916 ARHGEF28-214ENST00000545377 6351 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC18.44■□□□□ 0.54
LIG3P49916 AC027682.5-201ENST00000567122 530 ntTSL 3 BASIC18.44■□□□□ 0.54
LIG3P49916 AC132938.3-201ENST00000579095 357 ntTSL 2 BASIC18.44■□□□□ 0.54
LIG3P49916 AC005906.2-206ENST00000638180 1029 ntTSL 5 BASIC18.44■□□□□ 0.54
LIG3P49916 NECTIN3-206ENST00000485303 3664 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
LIG3P49916 TSPYL5-201ENST00000322128 4491 ntAPPRIS P1 BASIC18.44■□□□□ 0.54
LIG3P49916 ATP6AP2-224ENST00000637327 1929 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.44■□□□□ 0.54
LIG3P49916 HOXB3-205ENST00000470495 4208 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
LIG3P49916 CENPT-215ENST00000564817 1638 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.44■□□□□ 0.54
LIG3P49916 TMEM229B-201ENST00000357461 4068 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.44■□□□□ 0.54
LIG3P49916 LHFPL6-201ENST00000379589 2110 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
LIG3P49916 ENDOV-225ENST00000522751 1475 ntTSL 5 BASIC18.44■□□□□ 0.54
LIG3P49916 BBS5-201ENST00000295240 3475 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
LIG3P49916 NTMT1-203ENST00000372483 1315 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
LIG3P49916 TLE2-217ENST00000590536 2344 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
LIG3P49916 SATB1-201ENST00000338745 7810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
LIG3P49916 VIPR1-217ENST00000543411 2681 ntTSL 2 BASIC18.44■□□□□ 0.54
LIG3P49916 AL499627.1-201ENST00000569373 2188 ntBASIC18.44■□□□□ 0.54
LIG3P49916 SLC2A14-214ENST00000542505 1650 ntTSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
LIG3P49916 AL163051.1-201ENST00000569214 1512 ntBASIC18.44■□□□□ 0.54
LIG3P49916 CHD1L-203ENST00000369259 2358 ntTSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
LIG3P49916 SYBU-209ENST00000446070 2919 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
LIG3P49916 P2RY6-201ENST00000349767 1700 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.43■□□□□ 0.54
LIG3P49916 ETV4-211ENST00000591713 1727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
LIG3P49916 ZNF114-206ENST00000600687 1742 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.43■□□□□ 0.54
LIG3P49916 IL4I1-204ENST00000595948 2407 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
LIG3P49916 AGFG1-201ENST00000310078 8668 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
LIG3P49916 LMF1-201ENST00000262301 2621 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.43■□□□□ 0.54
LIG3P49916 CLEC18C-201ENST00000314151 1934 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
LIG3P49916 RBM6-210ENST00000442092 2260 ntTSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
LIG3P49916 CLEC18A-208ENST00000568461 1934 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
LIG3P49916 SLC2A6-201ENST00000371897 2301 ntTSL 2 BASIC18.43■□□□□ 0.54
LIG3P49916 PRRT4-205ENST00000489835 2313 ntTSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
LIG3P49916 TMPRSS13-203ENST00000524993 1950 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
LIG3P49916 THNSL2-205ENST00000449349 1616 ntTSL 5 BASIC18.43■□□□□ 0.54
LIG3P49916 TLCD2-201ENST00000330676 5971 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.43■□□□□ 0.54
LIG3P49916 PICALM-204ENST00000526033 3613 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
LIG3P49916 PHACTR3-204ENST00000371015 2728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
LIG3P49916 GUCA1B-201ENST00000230361 1113 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
LIG3P49916 RPA2-201ENST00000313433 1237 ntTSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
LIG3P49916 AL645929.1-201ENST00000420084 975 ntBASIC18.43■□□□□ 0.54
LIG3P49916 PVRIG2P-201ENST00000435460 978 ntBASIC18.43■□□□□ 0.54
LIG3P49916 NT5C2-211ENST00000470299 249 ntTSL 5 BASIC18.43■□□□□ 0.54
LIG3P49916 AC009065.1-201ENST00000564055 1225 ntBASIC18.43■□□□□ 0.54
LIG3P49916 CLDN7-204ENST00000571881 735 ntTSL 3 BASIC18.43■□□□□ 0.54
LIG3P49916 NDUFV2-AS1-203ENST00000608008 779 ntBASIC18.43■□□□□ 0.54
LIG3P49916 SPEG-225ENST00000617028 815 ntTSL 5 BASIC18.43■□□□□ 0.54
LIG3P49916 TBC1D9B-220ENST00000630103 303 ntTSL 5 BASIC18.43■□□□□ 0.54
LIG3P49916 SPINK2-207ENST00000631082 392 ntTSL 5 BASIC18.43■□□□□ 0.54
LIG3P49916 AC064853.5-201ENST00000641976 258 ntAPPRIS P1 BASIC18.43■□□□□ 0.54
LIG3P49916 BIN1-208ENST00000376113 1832 ntTSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
LIG3P49916 PBK-203ENST00000522944 1499 ntTSL 2 BASIC18.43■□□□□ 0.54
LIG3P49916 ZFC3H1-211ENST00000552037 1484 ntTSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
LIG3P49916 MAP3K8-207ENST00000542547 2782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
LIG3P49916 APEH-202ENST00000438011 2249 ntTSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
LIG3P49916 LMBR1L-204ENST00000547382 2235 ntTSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 33.3 ms