Protein–RNA interactions for Protein: Q01081

U2AF1, Splicing factor U2AF 35 kDa subunit, humanhuman

Known RBP eCLIP

Length 240 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
U2AF1Q01081 SLC11A2-211ENST00000547579 581 ntTSL 523.87■■□□□ 1.413e-6■■■■□ 25.6
U2AF1Q01081 SLC11A2-204ENST00000541174 2470 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.77■□□□□ 0.593e-6■■■■□ 25.6
U2AF1Q01081 PPWD1-206ENST00000508982 838 ntTSL 216.08■□□□□ 0.162e-7■■■■□ 25.6
U2AF1Q01081 SLC11A2-207ENST00000546636 2125 ntTSL 1 (best)14.72□□□□□ -0.053e-6■■■■□ 25.6
U2AF1Q01081 SLC11A2-205ENST00000545993 1937 ntTSL 1 (best) BASIC14.58□□□□□ -0.073e-6■■■■□ 25.6
U2AF1Q01081 PPWD1-207ENST00000510930 2019 ntTSL 214.02□□□□□ -0.162e-7■■■■□ 25.6
U2AF1Q01081 SLC11A2-217ENST00000549110 565 ntTSL 412.88□□□□□ -0.353e-6■■■■□ 25.6
U2AF1Q01081 PPWD1-213ENST00000515447 580 ntTSL 412.81□□□□□ -0.362e-7■■■■□ 25.6
U2AF1Q01081 SLC11A2-209ENST00000547198 2486 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC12.78□□□□□ -0.363e-6■■■■□ 25.6
U2AF1Q01081 SLC11A2-213ENST00000547732 546 ntTSL 412.39□□□□□ -0.433e-6■■■■□ 25.6
U2AF1Q01081 PPWD1-203ENST00000503435 592 ntTSL 412.22□□□□□ -0.452e-7■■■■□ 25.6
U2AF1Q01081 PPWD1-215ENST00000538977 2055 ntTSL 2 BASIC11.56□□□□□ -0.562e-7■■■■□ 25.6
U2AF1Q01081 SLC11A2-212ENST00000547688 2401 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC11.56□□□□□ -0.563e-6■■■■□ 25.6
U2AF1Q01081 SLC11A2-206ENST00000546488 569 ntTSL 411.22□□□□□ -0.613e-6■■■■□ 25.6
U2AF1Q01081 SLC11A2-203ENST00000394904 4156 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC10.85□□□□□ -0.673e-6■■■■□ 25.6
U2AF1Q01081 PPWD1-209ENST00000511908 1981 ntTSL 210.62□□□□□ -0.712e-7■■■■□ 25.6
U2AF1Q01081 SLC11A2-202ENST00000262052 4132 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC10.5□□□□□ -0.733e-6■■■■□ 25.6
U2AF1Q01081 SLC11A2-201ENST00000262051 3986 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC9.19□□□□□ -0.943e-6■■■■□ 25.6
U2AF1Q01081 PPWD1-201ENST00000261308 2166 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC9.15□□□□□ -0.942e-7■■■■□ 25.6
U2AF1Q01081 PPWD1-214ENST00000535264 2195 ntTSL 2 BASIC9.15□□□□□ -0.942e-7■■■■□ 25.6
U2AF1Q01081 SLC11A2-215ENST00000548193 576 ntTSL 37.83□□□□□ -1.163e-6■■■■□ 25.6
U2AF1Q01081 GTPBP2-202ENST00000307126 2933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.321e-8■■■■□ 25.6
U2AF1Q01081 GTPBP2-209ENST00000480263 898 ntTSL 218.86■□□□□ 0.615e-8■■■■□ 25.6
U2AF1Q01081 GTPBP2-205ENST00000442748 946 ntTSL 318.86■□□□□ 0.615e-8■■■■□ 25.6
U2AF1Q01081 GTPBP2-201ENST00000307114 2830 ntTSL 2 BASIC15.56■□□□□ 0.081e-8■■■■□ 25.6
U2AF1Q01081 GTPBP2-208ENST00000476510 2816 ntTSL 514.58□□□□□ -0.081e-8■■■■□ 25.6
U2AF1Q01081 POLR2H-208ENST00000456318 1802 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC30.53■■■□□ 2.483e-8■■■■□ 25.6
U2AF1Q01081 POLR2H-201ENST00000412877 836 ntTSL 229.47■■■□□ 2.313e-8■■■■□ 25.6
U2AF1Q01081 POLR2H-204ENST00000438240 994 ntTSL 3 BASIC29.07■■■□□ 2.243e-8■■■■□ 25.6
U2AF1Q01081 POLR2H-203ENST00000430783 1159 ntTSL 2 BASIC18.28■□□□□ 0.523e-8■■■■□ 25.6
U2AF1Q01081 POLR2H-207ENST00000455712 823 ntTSL 316.99■□□□□ 0.313e-8■■■■□ 25.6
U2AF1Q01081 POLR2H-202ENST00000429568 878 ntTSL 2 BASIC15.14■□□□□ 0.013e-8■■■■□ 25.6
U2AF1Q01081 POLR2H-205ENST00000443489 807 ntTSL 2 BASIC15.11■□□□□ 0.013e-8■■■■□ 25.6
U2AF1Q01081 POLR2H-206ENST00000452961 791 ntTSL 2 BASIC12.82□□□□□ -0.363e-8■■■■□ 25.6
U2AF1Q01081 DDX46-203ENST00000503946 4078 ntTSL 24.92□□□□□ -1.622e-11■■■■□ 25.6
U2AF1Q01081 STRN3-207ENST00000555358 2208 ntTSL 1 (best)30.56■■■□□ 2.482e-7■■■■□ 25.5
U2AF1Q01081 STRN3-202ENST00000357479 2799 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.47■■□□□ 1.352e-7■■■■□ 25.5
U2AF1Q01081 STRN3-201ENST00000355683 3970 ntTSL 1 (best) BASIC19.73■□□□□ 0.752e-7■■■■□ 25.5
U2AF1Q01081 RBM8A-206ENST00000632555 751 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC19.67■□□□□ 0.741e-8■■■■□ 25.4
U2AF1Q01081 RBM8A-201ENST00000369307 796 ntTSL 1 (best) BASIC19.58■□□□□ 0.721e-8■■■■□ 25.4
U2AF1Q01081 RBM8A-204ENST00000583313 4961 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.161e-8■■■■□ 25.4
U2AF1Q01081 PIP5K1A-209ENST00000454769 540 ntTSL 425.35■■□□□ 1.653e-8■■■■□ 25.4
U2AF1Q01081 SNX27-204ENST00000458013 6403 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.86■■□□□ 1.571e-6■■■■□ 25.4
U2AF1Q01081 SNX27-202ENST00000368841 7070 ntTSL 1 (best)23■■□□□ 1.271e-6■■■■□ 25.4
U2AF1Q01081 PIP5K1A-207ENST00000441902 2297 ntTSL 2 BASIC22.85■■□□□ 1.253e-8■■■■□ 25.4
U2AF1Q01081 SNX27-203ENST00000368843 7197 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.231e-6■■■■□ 25.4
U2AF1Q01081 PIP5K1A-202ENST00000368888 2134 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.05■□□□□ 0.83e-8■■■■□ 25.4
U2AF1Q01081 PIP5K1A-203ENST00000368890 3613 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.173e-8■■■■□ 25.4
U2AF1Q01081 PIP5K1A-204ENST00000409426 3737 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.03■□□□□ 0.163e-8■■■■□ 25.4
U2AF1Q01081 PIP5K1A-201ENST00000349792 3767 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best)13.52□□□□□ -0.253e-8■■■■□ 25.4
U2AF1Q01081 SNX27-201ENST00000368838 1308 ntTSL 1 (best) BASIC11.48□□□□□ -0.571e-6■■■■□ 25.4
U2AF1Q01081 PIP5K1A-211ENST00000461816 449 ntTSL 58.49□□□□□ -1.053e-8■■■■□ 25.4
U2AF1Q01081 PIP5K1A-208ENST00000447555 373 ntTSL 1 (best)8.49□□□□□ -1.053e-8■■■■□ 25.4
U2AF1Q01081 PIP5K1A-205ENST00000418435 353 ntTSL 56.47□□□□□ -1.373e-8■■■■□ 25.4
U2AF1Q01081 PIP5K1A-213ENST00000468772 710 ntTSL 26.44□□□□□ -1.383e-8■■■■□ 25.4
U2AF1Q01081 SDR39U1-221ENST00000556707 1196 ntTSL 232.88■■■□□ 2.856e-10■■■■□ 25.3
U2AF1Q01081 SDR39U1-216ENST00000556175 775 ntTSL 328.86■■■□□ 2.216e-10■■■■□ 25.3
U2AF1Q01081 SDR39U1-208ENST00000554698 1364 ntTSL 1 (best) BASIC28.67■■■□□ 2.186e-10■■■■□ 25.3
U2AF1Q01081 SDR39U1-204ENST00000553343 681 ntTSL 227.34■■□□□ 1.976e-10■■■■□ 25.3
U2AF1Q01081 SDR39U1-210ENST00000555225 769 ntTSL 325.18■■□□□ 1.626e-10■■■■□ 25.3
U2AF1Q01081 SDR39U1-202ENST00000538105 1041 ntTSL 2 BASIC24.49■■□□□ 1.516e-10■■■■□ 25.3
U2AF1Q01081 SDR39U1-219ENST00000556523 735 ntTSL 323.56■■□□□ 1.366e-10■■■■□ 25.3
U2AF1Q01081 SDR39U1-217ENST00000556249 556 ntTSL 321.01■□□□□ 0.956e-10■■■■□ 25.3
U2AF1Q01081 BRWD1-208ENST00000445245 1682 ntTSL 1 (best)5.35□□□□□ -1.552e-6■■■■□ 25.3
U2AF1Q01081 BRWD1-207ENST00000430093 1656 ntTSL 1 (best)5.35□□□□□ -1.552e-6■■■■□ 25.3
U2AF1Q01081 BRWD1-211ENST00000455867 1644 ntTSL 1 (best)5.3□□□□□ -1.562e-6■■■■□ 25.3
U2AF1Q01081 BRWD1-209ENST00000445668 1593 ntTSL 1 (best)4.69□□□□□ -1.662e-6■■■■□ 25.3
U2AF1Q01081 BRWD1-205ENST00000412604 1756 ntTSL 1 (best)4.5□□□□□ -1.692e-6■■■■□ 25.3
U2AF1Q01081 PHIP-201ENST00000275034 10460 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.18□□□□□ -0.781e-7■■■■□ 25.3
U2AF1Q01081 AC069277.1-202ENST00000414438 761 ntTSL 3 BASIC19.17■□□□□ 0.662e-6■■■■□ 25.1
U2AF1Q01081 AC069277.1-201ENST00000433639 1083 ntTSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.192e-6■■■■□ 25.1
U2AF1Q01081 AC069277.1-203ENST00000414603 517 ntTSL 313.06□□□□□ -0.322e-6■■■■□ 25.1
U2AF1Q01081 AC069277.1-204ENST00000342990 246 ntTSL 310.22□□□□□ -0.772e-6■■■■□ 25.1
U2AF1Q01081 ANAPC4-201ENST00000315368 2685 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.79■■□□□ 1.882e-6■■■■□ 25.1
U2AF1Q01081 ANAPC4-210ENST00000510092 2599 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.1■□□□□ 0.012e-6■■■■□ 25.1
U2AF1Q01081 ANAPC4-211ENST00000515848 2089 ntTSL 25.67□□□□□ -1.52e-6■■■■□ 25.1
U2AF1Q01081 ANAPC4-203ENST00000504256 3807 ntTSL 1 (best)3.12□□□□□ -1.912e-6■■■■□ 25.1
U2AF1Q01081 MED25-214ENST00000622402 642 ntTSL 5 BASIC33.4■■■□□ 2.942e-12■■■■□ 25.1
U2AF1Q01081 MED25-210ENST00000612854 801 ntTSL 5 BASIC33.4■■■□□ 2.942e-12■■■■□ 25.1
U2AF1Q01081 MED25-213ENST00000620467 1293 ntTSL 1 (best) BASIC33.4■■■□□ 2.942e-12■■■■□ 25.1
U2AF1Q01081 MED25-211ENST00000617849 1548 ntTSL 1 (best) BASIC30.44■■■□□ 2.462e-12■■■■□ 25.1
U2AF1Q01081 MED25-201ENST00000312865 2332 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.52■■□□□ 1.682e-12■■■■□ 25.1
U2AF1Q01081 MED25-212ENST00000618715 1467 ntTSL 5 BASIC24.8■■□□□ 1.562e-12■■■■□ 25.1
U2AF1Q01081 MED25-202ENST00000538643 1623 ntTSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.282e-12■■■■□ 25.1
U2AF1Q01081 MED25-207ENST00000595185 760 ntTSL 1 (best)19.86■□□□□ 0.772e-12■■■■□ 25.1
U2AF1Q01081 MED25-209ENST00000612791 881 ntTSL 5 BASIC14.73□□□□□ -0.052e-12■■■■□ 25.1
U2AF1Q01081 PLOD2-201ENST00000282903 3732 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.4■□□□□ 0.384e-8■■■■□ 25.1
U2AF1Q01081 PLOD2-202ENST00000360060 3665 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.334e-8■■■■□ 25.1
U2AF1Q01081 PLOD2-209ENST00000494950 2908 ntTSL 2 BASIC15.68■□□□□ 0.14e-8■■■■□ 25.1
U2AF1Q01081 TNFRSF10B-205ENST00000519910 546 ntTSL 418.3■□□□□ 0.522e-7■■■■□ 25
U2AF1Q01081 GOPC-203ENST00000535237 4460 ntTSL 1 (best) BASIC18.86■□□□□ 0.617e-7■■■■□ 25
U2AF1Q01081 GOPC-201ENST00000052569 4590 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.65■□□□□ 0.587e-7■■■■□ 25
U2AF1Q01081 GOPC-202ENST00000368498 4450 ntTSL 1 (best) BASIC16.94■□□□□ 0.37e-7■■■■□ 25
U2AF1Q01081 THUMPD3-AS1-213ENST00000520629 415 ntTSL 321.18■□□□□ 0.986e-23■■■■□ 25
U2AF1Q01081 THUMPD3-AS1-206ENST00000489616 583 ntTSL 221.12■□□□□ 0.976e-23■■■■□ 25
U2AF1Q01081 THUMPD3-AS1-212ENST00000520447 1809 ntTSL 5 BASIC19.33■□□□□ 0.696e-23■■■■□ 25
U2AF1Q01081 THUMPD3-AS1-202ENST00000468186 3253 ntTSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.426e-23■■■■□ 25
U2AF1Q01081 THUMPD3-AS1-205ENST00000481221 683 ntTSL 3 BASIC11.17□□□□□ -0.626e-23■■■■□ 25
U2AF1Q01081 THUMPD3-AS1-210ENST00000519043 1115 ntTSL 3 BASIC6.82□□□□□ -1.326e-23■■■■□ 25
U2AF1Q01081 THUMPD3-AS1-217ENST00000522221 979 ntTSL 26.62□□□□□ -1.356e-23■■■■□ 25
Retrieved 100 of 10,096 protein–RNA pairs in 326.9 ms