Protein–RNA interactions for Protein: P18858

LIG1, DNA ligase 1, humanhuman

Predictions only

Length 919 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIG1P18858 STARD10-220ENST00000545082 1085 ntTSL 3 BASIC27.97■■■□□ 2.07
LIG1P18858 PMS1-205ENST00000409985 1882 ntTSL 2 BASIC27.97■■■□□ 2.07
LIG1P18858 SPIRE2-205ENST00000563972 1823 ntTSL 1 (best) BASIC27.97■■■□□ 2.07
LIG1P18858 LAGE3-201ENST00000357360 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.96■■■□□ 2.07
LIG1P18858 SURF1-201ENST00000371974 1093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.96■■■□□ 2.07
LIG1P18858 SURF1-205ENST00000615505 991 ntTSL 1 (best) BASIC27.96■■■□□ 2.07
LIG1P18858 U2AF1-204ENST00000459639 1675 ntTSL 1 (best) BASIC27.96■■■□□ 2.07
LIG1P18858 U2AF1L5-204ENST00000623375 1675 ntTSL 1 (best) BASIC27.96■■■□□ 2.07
LIG1P18858 ZDHHC16-206ENST00000370854 1798 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC27.96■■■□□ 2.07
LIG1P18858 MBD3-202ENST00000434436 2439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.96■■■□□ 2.07
LIG1P18858 PPAN-202ENST00000393793 1575 ntTSL 5 BASIC27.95■■■□□ 2.07
LIG1P18858 PURG-202ENST00000475541 2875 ntAPPRIS P1 BASIC27.95■■■□□ 2.07
LIG1P18858 GSR-205ENST00000541648 1410 ntTSL 1 (best) BASIC27.95■■■□□ 2.07
LIG1P18858 CLTA-207ENST00000470744 1102 ntTSL 2 BASIC27.95■■■□□ 2.06
LIG1P18858 CASP9-202ENST00000348549 1621 ntTSL 1 (best) BASIC27.95■■■□□ 2.06
LIG1P18858 MAGI2-215ENST00000628980 6212 ntTSL 5 BASIC27.95■■■□□ 2.06
LIG1P18858 ARMC10-208ENST00000441711 2524 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.94■■■□□ 2.06
LIG1P18858 GATS-205ENST00000436886 2726 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.94■■■□□ 2.06
LIG1P18858 RP9-201ENST00000297157 1121 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.94■■■□□ 2.06
LIG1P18858 GRPEL2-204ENST00000513661 546 ntTSL 2 BASIC27.94■■■□□ 2.06
LIG1P18858 ERN1-208ENST00000606895 2068 ntBASIC27.94■■■□□ 2.06
LIG1P18858 PIP5K1C-203ENST00000539785 2289 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.93■■■□□ 2.06
LIG1P18858 RINL-202ENST00000591812 1910 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.93■■■□□ 2.06
LIG1P18858 NSMCE4A-201ENST00000369017 1224 ntTSL 1 (best) BASIC27.93■■■□□ 2.06
LIG1P18858 IGFBPL1-201ENST00000377694 1093 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.93■■■□□ 2.06
LIG1P18858 IL17RE-203ENST00000421412 2158 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.92■■■□□ 2.06
LIG1P18858 CENPV-201ENST00000299736 1165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.92■■■□□ 2.06
LIG1P18858 YRDC-201ENST00000373044 1826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.92■■■□□ 2.06
LIG1P18858 VEGFA-208ENST00000417285 1081 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.91■■■□□ 2.06
LIG1P18858 AC073111.5-206ENST00000642087 859 ntAPPRIS P1 BASIC27.91■■■□□ 2.06
LIG1P18858 ARHGEF35-201ENST00000378115 2431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.91■■■□□ 2.06
LIG1P18858 LDLRAD3-203ENST00000528989 1879 ntTSL 1 (best) BASIC27.91■■■□□ 2.06
LIG1P18858 ECHDC3-201ENST00000379215 1649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.9■■■□□ 2.06
LIG1P18858 PDK1-202ENST00000392571 1515 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.9■■■□□ 2.06
LIG1P18858 TMEM185A-208ENST00000611119 2662 ntTSL 2 BASIC27.9■■■□□ 2.06
LIG1P18858 ARL6IP4-211ENST00000454885 1318 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.9■■■□□ 2.06
LIG1P18858 MBOAT7-205ENST00000431666 2471 ntTSL 1 (best) BASIC27.9■■■□□ 2.06
LIG1P18858 HOXA4-204ENST00000610970 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.89■■■□□ 2.06
LIG1P18858 ZC3H14-202ENST00000302216 2560 ntTSL 1 (best) BASIC27.89■■■□□ 2.05
LIG1P18858 AC093323.1-202ENST00000635031 2045 ntBASIC27.89■■■□□ 2.05
LIG1P18858 RNF166-201ENST00000312838 1883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.88■■■□□ 2.05
LIG1P18858 PORCN-202ENST00000355961 1848 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.88■■■□□ 2.05
LIG1P18858 RPS2-210ENST00000530225 765 ntTSL 2 BASIC27.87■■■□□ 2.05
LIG1P18858 FBXL20-203ENST00000577399 1620 ntTSL 5 BASIC27.87■■■□□ 2.05
LIG1P18858 P2RX4-203ENST00000359949 1836 ntTSL 5 BASIC27.87■■■□□ 2.05
LIG1P18858 EGR4-201ENST00000436467 2377 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.87■■■□□ 2.05
LIG1P18858 PEX26-202ENST00000399744 1672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.87■■■□□ 2.05
LIG1P18858 ARMC10-204ENST00000425331 2443 ntTSL 2 BASIC27.86■■■□□ 2.05
LIG1P18858 PDIA6-201ENST00000272227 2338 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.86■■■□□ 2.05
LIG1P18858 VSTM2L-202ENST00000373461 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.86■■■□□ 2.05
LIG1P18858 U2AF1-201ENST00000291552 962 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.85■■■□□ 2.05
LIG1P18858 AC008813.1-201ENST00000536597 885 ntBASIC27.85■■■□□ 2.05
LIG1P18858 U2AF1L5-202ENST00000619610 813 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.85■■■□□ 2.05
LIG1P18858 R3HDM4-208ENST00000626716 138 ntTSL 5 BASIC27.85■■■□□ 2.05
LIG1P18858 C9orf50-201ENST00000372478 1620 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC27.85■■■□□ 2.05
LIG1P18858 RUNX2-211ENST00000625924 1458 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.84■■■□□ 2.05
LIG1P18858 LINC01896-206ENST00000575722 1256 ntTSL 2 BASIC27.84■■■□□ 2.05
LIG1P18858 ZNF821-201ENST00000313565 1874 ntTSL 1 (best) BASIC27.84■■■□□ 2.05
LIG1P18858 NRG1-210ENST00000520407 1955 ntTSL 1 (best) BASIC27.84■■■□□ 2.05
LIG1P18858 MAZ-203ENST00000545521 2333 ntTSL 1 (best) BASIC27.84■■■□□ 2.05
LIG1P18858 SNAI3-AS1-204ENST00000567997 2048 ntBASIC27.84■■■□□ 2.05
LIG1P18858 PDPK1-204ENST00000441549 1729 ntTSL 1 (best) BASIC27.84■■■□□ 2.05
LIG1P18858 RPUSD1-201ENST00000007264 2050 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.83■■■□□ 2.05
LIG1P18858 TMEM221-201ENST00000341130 1930 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.83■■■□□ 2.05
LIG1P18858 AC010501.1-201ENST00000606270 1962 ntBASIC27.83■■■□□ 2.05
LIG1P18858 CRNDE-206ENST00000559432 587 ntTSL 3 BASIC27.83■■■□□ 2.05
LIG1P18858 SPATA33-209ENST00000579310 1490 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.83■■■□□ 2.04
LIG1P18858 G6PC3-201ENST00000269097 1533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.82■■■□□ 2.04
LIG1P18858 LACTBL1-202ENST00000618559 1500 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.82■■■□□ 2.04
LIG1P18858 DCAF15-201ENST00000254337 2278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.82■■■□□ 2.04
LIG1P18858 VEGFA-202ENST00000324450 954 ntTSL 1 (best) BASIC27.82■■■□□ 2.04
LIG1P18858 VEGFA-203ENST00000372055 1286 ntTSL 1 (best) BASIC27.82■■■□□ 2.04
LIG1P18858 VEGFA-213ENST00000482630 1146 ntTSL 1 (best) BASIC27.82■■■□□ 2.04
LIG1P18858 UBA52-204ENST00000595158 743 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC27.82■■■□□ 2.04
LIG1P18858 VEGFA-227ENST00000615393 984 ntTSL 1 (best) BASIC27.82■■■□□ 2.04
LIG1P18858 VEGFA-228ENST00000617771 1116 ntTSL 1 (best) BASIC27.82■■■□□ 2.04
LIG1P18858 COPZ2-210ENST00000621465 895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.82■■■□□ 2.04
LIG1P18858 VEGFA-229ENST00000621747 1116 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.82■■■□□ 2.04
LIG1P18858 VEGFA-230ENST00000640482 1065 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.82■■■□□ 2.04
LIG1P18858 VEGFA-232ENST00000640653 1170 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.82■■■□□ 2.04
LIG1P18858 SOWAHD-201ENST00000343905 1552 ntAPPRIS P1 BASIC27.82■■■□□ 2.04
LIG1P18858 CAMK1D-203ENST00000615792 1725 ntTSL 5 BASIC27.81■■■□□ 2.04
LIG1P18858 FAM118A-205ENST00000441876 1776 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.81■■■□□ 2.04
LIG1P18858 PPP1R3F-205ENST00000495799 1537 ntTSL 1 (best) BASIC27.81■■■□□ 2.04
LIG1P18858 CPLX1-203ENST00000505203 2011 ntTSL 2 BASIC27.8■■■□□ 2.04
LIG1P18858 USP25-203ENST00000351097 2158 ntTSL 1 (best) BASIC27.8■■■□□ 2.04
LIG1P18858 FAM168B-201ENST00000389915 944 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC27.8■■■□□ 2.04
LIG1P18858 RINL-208ENST00000598904 1846 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC27.8■■■□□ 2.04
LIG1P18858 PICALM-202ENST00000393346 2340 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.8■■■□□ 2.04
LIG1P18858 AMH-201ENST00000221496 1821 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.79■■■□□ 2.04
LIG1P18858 FKBP1A-204ENST00000400137 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.79■■■□□ 2.04
LIG1P18858 S1PR4-201ENST00000246115 1565 ntAPPRIS P1 BASIC27.79■■■□□ 2.04
LIG1P18858 ARPC2-202ENST00000315717 1505 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.79■■■□□ 2.04
LIG1P18858 TBX1-201ENST00000329705 1465 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.79■■■□□ 2.04
LIG1P18858 BCL7B-202ENST00000411832 1458 ntTSL 2 BASIC27.79■■■□□ 2.04
LIG1P18858 PDF-201ENST00000288022 1158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.79■■■□□ 2.04
LIG1P18858 AC010907.1-201ENST00000441632 807 ntTSL 3 BASIC27.79■■■□□ 2.04
LIG1P18858 GNPTAB-201ENST00000299314 5701 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.79■■■□□ 2.04
LIG1P18858 KCNG1-201ENST00000371571 2211 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.79■■■□□ 2.04
LIG1P18858 KAZN-207ENST00000503743 1475 ntTSL 1 (best) BASIC27.78■■■□□ 2.04
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 21.6 ms