Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y3X0

CCDC9, Coiled-coil domain-containing protein 9, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 531 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC9Q9Y3X0 AL691447.2-201ENST00000454869 2162 ntTSL 2 BASIC23.17■■□□□ 1.3
CCDC9Q9Y3X0 TNFRSF13B-201ENST00000261652 1357 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
CCDC9Q9Y3X0 ERLIN2-202ENST00000335171 1742 ntTSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
CCDC9Q9Y3X0 NFKBID-210ENST00000606253 1736 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
CCDC9Q9Y3X0 SCARF2-203ENST00000623402 3248 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
CCDC9Q9Y3X0 IGLL5-203ENST00000532223 1335 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
CCDC9Q9Y3X0 HTR1E-201ENST00000305344 2052 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
CCDC9Q9Y3X0 NME3-201ENST00000219302 1069 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
CCDC9Q9Y3X0 ZNF81-201ENST00000334937 610 ntTSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
CCDC9Q9Y3X0 C1orf226-202ENST00000426197 1049 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.17■■□□□ 1.3
CCDC9Q9Y3X0 RBPMS2P1-201ENST00000437762 623 ntBASIC23.17■■□□□ 1.3
CCDC9Q9Y3X0 CRB3P1-201ENST00000449338 276 ntBASIC23.17■■□□□ 1.3
CCDC9Q9Y3X0 AL355140.1-201ENST00000457328 398 ntTSL 5 BASIC23.17■■□□□ 1.3
CCDC9Q9Y3X0 AL512356.2-201ENST00000546955 174 ntBASIC23.17■■□□□ 1.3
CCDC9Q9Y3X0 CCDC85C-204ENST00000555822 930 ntTSL 5 BASIC23.17■■□□□ 1.3
CCDC9Q9Y3X0 AL157871.1-202ENST00000556458 478 ntTSL 5 BASIC23.17■■□□□ 1.3
CCDC9Q9Y3X0 AC027088.1-201ENST00000557966 1117 ntTSL 2 BASIC23.17■■□□□ 1.3
CCDC9Q9Y3X0 AP001059.3-201ENST00000619053 235 ntBASIC23.17■■□□□ 1.3
CCDC9Q9Y3X0 OGFOD2-207ENST00000536150 1956 ntTSL 2 BASIC23.17■■□□□ 1.3
CCDC9Q9Y3X0 BACE2-202ENST00000330333 2993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
CCDC9Q9Y3X0 RAB37-208ENST00000402449 1560 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.17■■□□□ 1.3
CCDC9Q9Y3X0 NHLH2-201ENST00000320238 2512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
CCDC9Q9Y3X0 DUS1L-202ENST00000354321 2151 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
CCDC9Q9Y3X0 ANKMY1-209ENST00000405523 1827 ntTSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
CCDC9Q9Y3X0 RILPL2-201ENST00000280571 6141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
CCDC9Q9Y3X0 ADCY9-201ENST00000294016 7725 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
CCDC9Q9Y3X0 KLC1-217ENST00000554280 2426 ntTSL 5 BASIC23.17■■□□□ 1.3
CCDC9Q9Y3X0 OTOP2-202ENST00000580223 2086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
CCDC9Q9Y3X0 AC005332.7-201ENST00000614046 2005 ntBASIC23.16■■□□□ 1.3
CCDC9Q9Y3X0 CCNL2-201ENST00000400809 2305 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
CCDC9Q9Y3X0 AKIRIN2-201ENST00000257787 1662 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
CCDC9Q9Y3X0 TBX21-201ENST00000177694 2572 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
CCDC9Q9Y3X0 HOXB9-201ENST00000311177 2581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
CCDC9Q9Y3X0 CORO1B-202ENST00000393893 1931 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.16■■□□□ 1.3
CCDC9Q9Y3X0 PDCL3-201ENST00000264254 1337 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
CCDC9Q9Y3X0 TUBA4A-202ENST00000392088 2499 ntTSL 2 BASIC23.16■■□□□ 1.3
CCDC9Q9Y3X0 DNAAF4-202ENST00000348518 1897 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.16■■□□□ 1.3
CCDC9Q9Y3X0 NDUFB8-202ENST00000370320 684 ntTSL 3 BASIC23.16■■□□□ 1.3
CCDC9Q9Y3X0 YDJC-202ENST00000398873 1066 ntTSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
CCDC9Q9Y3X0 AL133467.1-201ENST00000554161 993 ntTSL 2 BASIC23.16■■□□□ 1.3
CCDC9Q9Y3X0 STK25P1-201ENST00000585406 838 ntBASIC23.16■■□□□ 1.3
CCDC9Q9Y3X0 HCG11-201ENST00000411553 5696 ntBASIC23.16■■□□□ 1.3
CCDC9Q9Y3X0 IQCE-204ENST00000404984 2086 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.16■■□□□ 1.3
CCDC9Q9Y3X0 RSAD1-201ENST00000258955 2528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
CCDC9Q9Y3X0 KAT5-203ENST00000377046 2237 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
CCDC9Q9Y3X0 C11orf80-214ENST00000532565 1948 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.16■■□□□ 1.3
CCDC9Q9Y3X0 TLE3-226ENST00000627388 5742 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.15■■□□□ 1.3
CCDC9Q9Y3X0 R3HDML-201ENST00000217043 1377 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
CCDC9Q9Y3X0 ASZ1-201ENST00000284629 1865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
CCDC9Q9Y3X0 ADORA2A-215ENST00000618076 2630 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
CCDC9Q9Y3X0 ISLR2-204ENST00000453268 2812 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
CCDC9Q9Y3X0 WAS-201ENST00000376701 1849 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
CCDC9Q9Y3X0 CD40-207ENST00000620709 1522 ntTSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
CCDC9Q9Y3X0 RABEPK-206ENST00000628863 1537 ntTSL 5 BASIC23.15■■□□□ 1.3
CCDC9Q9Y3X0 AC026202.2-201ENST00000439325 672 ntTSL 2 BASIC23.15■■□□□ 1.3
CCDC9Q9Y3X0 AC022494.1-201ENST00000466044 728 ntBASIC23.15■■□□□ 1.3
CCDC9Q9Y3X0 AP000275.2-202ENST00000553001 929 ntTSL 5 BASIC23.15■■□□□ 1.3
CCDC9Q9Y3X0 AC140878.1-201ENST00000565277 250 ntBASIC23.15■■□□□ 1.3
CCDC9Q9Y3X0 AC010619.1-201ENST00000599536 675 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.15■■□□□ 1.3
CCDC9Q9Y3X0 UBE2E3-205ENST00000602475 602 ntTSL 3 BASIC23.15■■□□□ 1.3
CCDC9Q9Y3X0 AC099522.2-201ENST00000607001 744 ntBASIC23.15■■□□□ 1.3
CCDC9Q9Y3X0 ACTL9-202ENST00000612068 1252 ntBASIC23.15■■□□□ 1.3
CCDC9Q9Y3X0 DISC1-202ENST00000317586 2636 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
CCDC9Q9Y3X0 SHF-201ENST00000290894 2500 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.15■■□□□ 1.3
CCDC9Q9Y3X0 FAM213B-204ENST00000419916 2749 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
CCDC9Q9Y3X0 FIGNL2-201ENST00000564840 4693 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.15■■□□□ 1.3
CCDC9Q9Y3X0 NDUFB2-AS1-201ENST00000465466 1648 ntTSL 2 BASIC23.15■■□□□ 1.3
CCDC9Q9Y3X0 TRMT2A-203ENST00000404751 2498 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.15■■□□□ 1.3
CCDC9Q9Y3X0 FFAR3-201ENST00000327809 1796 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.3
CCDC9Q9Y3X0 PCGF6-201ENST00000337211 1950 ntTSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.3
CCDC9Q9Y3X0 FIP1L1-202ENST00000337488 2198 ntTSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.3
CCDC9Q9Y3X0 KIF25-201ENST00000351261 1326 ntTSL 5 BASIC23.14■■□□□ 1.3
CCDC9Q9Y3X0 PDGFA-201ENST00000354513 1308 ntTSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.3
CCDC9Q9Y3X0 FBLN7-202ENST00000331203 2301 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.3
CCDC9Q9Y3X0 TRAPPC12-202ENST00000382110 2483 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC23.14■■□□□ 1.29
CCDC9Q9Y3X0 AC138430.1-201ENST00000586064 5409 ntTSL 2 BASIC23.14■■□□□ 1.29
CCDC9Q9Y3X0 C12orf40-202ENST00000405531 1656 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
CCDC9Q9Y3X0 PIP5KL1-201ENST00000300432 1104 ntTSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
CCDC9Q9Y3X0 YIF1B-201ENST00000329420 964 ntTSL 3 BASIC23.14■■□□□ 1.29
CCDC9Q9Y3X0 C1orf43-203ENST00000368516 872 ntTSL 2 BASIC23.14■■□□□ 1.29
CCDC9Q9Y3X0 WRB-204ENST00000398753 699 ntTSL 3 BASIC23.14■■□□□ 1.29
CCDC9Q9Y3X0 LINC01972-201ENST00000422271 553 ntTSL 3 BASIC23.14■■□□□ 1.29
CCDC9Q9Y3X0 AC091133.2-201ENST00000505903 428 ntTSL 3 BASIC23.14■■□□□ 1.29
CCDC9Q9Y3X0 AC040963.1-202ENST00000589729 644 ntTSL 5 BASIC23.14■■□□□ 1.29
CCDC9Q9Y3X0 MTX1-207ENST00000609421 1085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
CCDC9Q9Y3X0 PC-208ENST00000529047 1607 ntTSL 3 BASIC23.14■■□□□ 1.29
CCDC9Q9Y3X0 DMRT2-205ENST00000382255 2367 ntTSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
CCDC9Q9Y3X0 ANKS1A-201ENST00000360359 6347 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
CCDC9Q9Y3X0 AC020763.4-201ENST00000623414 4170 ntBASIC23.14■■□□□ 1.29
CCDC9Q9Y3X0 CGREF1-205ENST00000404694 1376 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.14■■□□□ 1.29
CCDC9Q9Y3X0 ACHE-205ENST00000419336 1906 ntTSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
CCDC9Q9Y3X0 SIRT6-214ENST00000601488 1361 ntTSL 3 BASIC23.14■■□□□ 1.29
CCDC9Q9Y3X0 FDXR-203ENST00000420580 1705 ntTSL 2 BASIC23.13■■□□□ 1.29
CCDC9Q9Y3X0 VAV1-210ENST00000602142 2620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
CCDC9Q9Y3X0 SMPD3-203ENST00000563226 2093 ntTSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
CCDC9Q9Y3X0 ELP5-201ENST00000354429 1304 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.13■■□□□ 1.29
CCDC9Q9Y3X0 ZBTB4-201ENST00000311403 5956 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
CCDC9Q9Y3X0 PPP1R7-202ENST00000272983 1954 ntTSL 2 BASIC23.13■■□□□ 1.29
CCDC9Q9Y3X0 BACE2-201ENST00000328735 2824 ntTSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
CCDC9Q9Y3X0 AL513327.2-201ENST00000432703 490 ntTSL 2 BASIC23.13■■□□□ 1.29
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 41.4 ms