Protein–RNA interactions for Protein: Q9BYB0

SHANK3, SH3 and multiple ankyrin repeat domains protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 1,731 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SHANK3Q9BYB0 AC006974.1-201ENST00000637928 1501 ntTSL 5 BASIC22.43■■□□□ 1.18
SHANK3Q9BYB0 HYAL3-202ENST00000359051 1635 ntTSL 5 BASIC22.43■■□□□ 1.18
SHANK3Q9BYB0 ACP5-212ENST00000592828 1699 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.43■■□□□ 1.18
SHANK3Q9BYB0 LGMN-211ENST00000555699 1728 ntTSL 5 BASIC22.43■■□□□ 1.18
SHANK3Q9BYB0 HBEGF-201ENST00000230990 2386 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
SHANK3Q9BYB0 GPR162-201ENST00000311268 2768 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
SHANK3Q9BYB0 ZNF623-203ENST00000526926 2612 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.43■■□□□ 1.18
SHANK3Q9BYB0 ARRDC2-201ENST00000222250 2503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
SHANK3Q9BYB0 A4GALT-203ENST00000401850 2321 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
SHANK3Q9BYB0 CLDND1-204ENST00000394185 2159 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.43■■□□□ 1.18
SHANK3Q9BYB0 ZBTB8A-201ENST00000316459 1943 ntTSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
SHANK3Q9BYB0 ACVR1B-203ENST00000426655 1782 ntTSL 2 BASIC22.43■■□□□ 1.18
SHANK3Q9BYB0 AC005225.4-201ENST00000557330 545 ntBASIC22.43■■□□□ 1.18
SHANK3Q9BYB0 SERF2-217ENST00000630046 862 ntTSL 5 BASIC22.43■■□□□ 1.18
SHANK3Q9BYB0 RCAN3-211ENST00000630217 658 ntTSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
SHANK3Q9BYB0 CLN3-246ENST00000636228 1224 ntTSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
SHANK3Q9BYB0 NHLH2-201ENST00000320238 2512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
SHANK3Q9BYB0 BANP-202ENST00000355022 2164 ntTSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
SHANK3Q9BYB0 FAM57B-201ENST00000279389 1481 ntTSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
SHANK3Q9BYB0 GRTP1-AS1-201ENST00000419199 867 ntTSL 5 BASIC22.42■■□□□ 1.18
SHANK3Q9BYB0 AC106795.3-201ENST00000511650 547 ntTSL 4 BASIC22.42■■□□□ 1.18
SHANK3Q9BYB0 AC021744.1-201ENST00000518354 453 ntTSL 3 BASIC22.42■■□□□ 1.18
SHANK3Q9BYB0 AC087276.3-201ENST00000526220 787 ntTSL 3 BASIC22.42■■□□□ 1.18
SHANK3Q9BYB0 BATF2-204ENST00000527716 1230 ntTSL 2 BASIC22.42■■□□□ 1.18
SHANK3Q9BYB0 CD7-202ENST00000578509 925 ntTSL 3 BASIC22.42■■□□□ 1.18
SHANK3Q9BYB0 SCP2-202ENST00000371513 2003 ntTSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
SHANK3Q9BYB0 ISOC1-201ENST00000173527 1940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
SHANK3Q9BYB0 SELENOF-208ENST00000616787 1835 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.42■■□□□ 1.18
SHANK3Q9BYB0 NPNT-203ENST00000427316 2481 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.42■■□□□ 1.18
SHANK3Q9BYB0 C9orf64-203ENST00000376344 2443 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
SHANK3Q9BYB0 COL13A1-205ENST00000398978 3093 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC22.42■■□□□ 1.18
SHANK3Q9BYB0 PHOX2B-201ENST00000226382 3030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
SHANK3Q9BYB0 PTBP1-220ENST00000627714 2201 ntTSL 5 BASIC22.41■■□□□ 1.18
SHANK3Q9BYB0 BID-205ENST00000399774 2167 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
SHANK3Q9BYB0 DXO-203ENST00000375356 1533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
SHANK3Q9BYB0 FFAR2-202ENST00000599180 2133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
SHANK3Q9BYB0 CAMKV-204ENST00000466940 1475 ntTSL 2 BASIC22.41■■□□□ 1.18
SHANK3Q9BYB0 NKX2-1-203ENST00000518149 2583 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.41■■□□□ 1.18
SHANK3Q9BYB0 SMAD7-201ENST00000262158 3087 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
SHANK3Q9BYB0 PPP1R7-201ENST00000234038 2386 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
SHANK3Q9BYB0 CTHRC1-201ENST00000330295 1271 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
SHANK3Q9BYB0 CENPM-205ENST00000404067 905 ntTSL 3 BASIC22.41■■□□□ 1.18
SHANK3Q9BYB0 AC073283.1-201ENST00000421759 860 ntTSL 3 BASIC22.41■■□□□ 1.18
SHANK3Q9BYB0 AL592309.1-201ENST00000443127 649 ntBASIC22.41■■□□□ 1.18
SHANK3Q9BYB0 C3orf14-202ENST00000462069 631 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
SHANK3Q9BYB0 OTUB2-202ENST00000553723 708 ntTSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
SHANK3Q9BYB0 AC140878.1-201ENST00000565277 250 ntBASIC22.41■■□□□ 1.18
SHANK3Q9BYB0 CCDC17-209ENST00000528266 2181 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.41■■□□□ 1.18
SHANK3Q9BYB0 TPT1-AS1-215ENST00000522673 1519 ntTSL 5 BASIC22.41■■□□□ 1.18
SHANK3Q9BYB0 ELOA3-201ENST00000330682 1877 ntAPPRIS P1 BASIC22.41■■□□□ 1.18
SHANK3Q9BYB0 SSBP3-216ENST00000610401 3168 ntTSL 5 BASIC22.4■■□□□ 1.18
SHANK3Q9BYB0 FOLH1-204ENST00000356696 2403 ntTSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
SHANK3Q9BYB0 TUBB2B-201ENST00000259818 2020 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
SHANK3Q9BYB0 DOLPP1-203ENST00000406974 2037 ntTSL 2 BASIC22.4■■□□□ 1.18
SHANK3Q9BYB0 TREML5P-201ENST00000421694 576 ntBASIC22.4■■□□□ 1.18
SHANK3Q9BYB0 BSG-214ENST00000614867 960 ntTSL 3 BASIC22.4■■□□□ 1.18
SHANK3Q9BYB0 AHRR-209ENST00000512529 1912 ntTSL 5 BASIC22.4■■□□□ 1.18
SHANK3Q9BYB0 CGB7-202ENST00000596965 1949 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.4■■□□□ 1.18
SHANK3Q9BYB0 NFATC1-206ENST00000542384 2142 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
SHANK3Q9BYB0 TBXAS1-202ENST00000411653 1792 ntTSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
SHANK3Q9BYB0 CXXC5-201ENST00000302517 2658 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
SHANK3Q9BYB0 RFTN1-201ENST00000334133 2982 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
SHANK3Q9BYB0 TSSK3-201ENST00000373534 1368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
SHANK3Q9BYB0 GATA5-201ENST00000252997 2595 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
SHANK3Q9BYB0 TRIP6-209ENST00000619988 1303 ntTSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
SHANK3Q9BYB0 SAMD11-214ENST00000618323 2159 ntTSL 5 BASIC22.4■■□□□ 1.18
SHANK3Q9BYB0 GNAS-203ENST00000306120 1878 ntBASIC22.4■■□□□ 1.18
SHANK3Q9BYB0 MSLN-207ENST00000566549 2418 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
SHANK3Q9BYB0 EGFL7-203ENST00000371699 2125 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.4■■□□□ 1.18
SHANK3Q9BYB0 TSPAN32-207ENST00000451520 1236 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.4■■□□□ 1.18
SHANK3Q9BYB0 POLD4-211ENST00000539074 714 ntTSL 3 BASIC22.4■■□□□ 1.18
SHANK3Q9BYB0 PMF1-BGLAP-204ENST00000567140 655 ntTSL 3 BASIC22.4■■□□□ 1.18
SHANK3Q9BYB0 RN7SL204P-201ENST00000582831 262 ntBASIC22.4■■□□□ 1.18
SHANK3Q9BYB0 AL390754.1-201ENST00000619088 582 ntBASIC22.4■■□□□ 1.18
SHANK3Q9BYB0 HIST1H3D-202ENST00000635200 948 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.4■■□□□ 1.18
SHANK3Q9BYB0 AC084121.4-201ENST00000641598 221 ntBASIC22.4■■□□□ 1.18
SHANK3Q9BYB0 AF228730.8-201ENST00000642140 221 ntBASIC22.4■■□□□ 1.18
SHANK3Q9BYB0 ATRIP-203ENST00000357105 2403 ntTSL 2 BASIC22.39■■□□□ 1.18
SHANK3Q9BYB0 RIN1-201ENST00000311320 2693 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.18
SHANK3Q9BYB0 LAMP1-201ENST00000332556 2699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.18
SHANK3Q9BYB0 MCOLN1-201ENST00000264079 2082 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
SHANK3Q9BYB0 PTH2R-204ENST00000617735 2472 ntTSL 2 BASIC22.39■■□□□ 1.17
SHANK3Q9BYB0 HLA-F-218ENST00000376861 1544 ntAPPRIS ALT2 BASIC22.39■■□□□ 1.17
SHANK3Q9BYB0 RPS27A-201ENST00000272317 1071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
SHANK3Q9BYB0 C10orf35-201ENST00000373279 1065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
SHANK3Q9BYB0 MRPS18AP1-201ENST00000414458 589 ntBASIC22.39■■□□□ 1.17
SHANK3Q9BYB0 AC125807.1-201ENST00000483097 614 ntBASIC22.39■■□□□ 1.17
SHANK3Q9BYB0 FBXO4-206ENST00000509134 1284 ntTSL 5 BASIC22.39■■□□□ 1.17
SHANK3Q9BYB0 SERF1A-207ENST00000512649 846 ntTSL 2 BASIC22.39■■□□□ 1.17
SHANK3Q9BYB0 BAD-207ENST00000544785 525 ntTSL 3 BASIC22.39■■□□□ 1.17
SHANK3Q9BYB0 DUT-210ENST00000559935 569 ntTSL 3 BASIC22.39■■□□□ 1.17
SHANK3Q9BYB0 PNMA6E-201ENST00000445091 2192 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.39■■□□□ 1.17
SHANK3Q9BYB0 PHLDA3-202ENST00000367311 2640 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
SHANK3Q9BYB0 PIGV-201ENST00000078527 2367 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
SHANK3Q9BYB0 LHFPL6-201ENST00000379589 2110 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
SHANK3Q9BYB0 UMOD-205ENST00000570689 2315 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.39■■□□□ 1.17
SHANK3Q9BYB0 LUC7L-202ENST00000337351 2097 ntTSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
SHANK3Q9BYB0 LMTK3-202ENST00000600059 5113 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.39■■□□□ 1.17
SHANK3Q9BYB0 RAB39A-201ENST00000320578 1830 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
SHANK3Q9BYB0 ACP5-203ENST00000433365 1397 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 39 ms