Protein–RNA interactions for Protein: Q9BY43

CHMP4A, Charged multivesicular body protein 4a, humanhuman

Predictions only

Length 222 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHMP4AQ9BY43 IER2-202ENST00000587885 1291 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.31■■□□□ 1.16
CHMP4AQ9BY43 SDCCAG3P1-201ENST00000589292 1150 ntBASIC22.31■■□□□ 1.16
CHMP4AQ9BY43 MSANTD1-201ENST00000438480 2922 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.31■■□□□ 1.16
CHMP4AQ9BY43 PRR36-202ENST00000618550 4456 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.31■■□□□ 1.16
CHMP4AQ9BY43 DOC2B-203ENST00000613549 6048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
CHMP4AQ9BY43 RIMS4-201ENST00000372851 5203 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
CHMP4AQ9BY43 AC004817.3-201ENST00000602957 2129 ntBASIC22.31■■□□□ 1.16
CHMP4AQ9BY43 ISYNA1-202ENST00000457269 1703 ntTSL 2 BASIC22.31■■□□□ 1.16
CHMP4AQ9BY43 TNFRSF14-AS1-205ENST00000449660 1629 ntTSL 2 BASIC22.31■■□□□ 1.16
CHMP4AQ9BY43 DOK7-201ENST00000340083 2562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
CHMP4AQ9BY43 DOK7-203ENST00000507039 2551 ntTSL 2 BASIC22.31■■□□□ 1.16
CHMP4AQ9BY43 AC118553.2-203ENST00000639037 2590 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC22.31■■□□□ 1.16
CHMP4AQ9BY43 ARFIP2-203ENST00000423813 1430 ntTSL 2 BASIC22.31■■□□□ 1.16
CHMP4AQ9BY43 PDCL3-201ENST00000264254 1337 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
CHMP4AQ9BY43 NEIL1-221ENST00000569035 1797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
CHMP4AQ9BY43 MOAP1-201ENST00000298894 2441 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
CHMP4AQ9BY43 CXXC1-212ENST00000589940 2242 ntTSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
CHMP4AQ9BY43 EIF2B5-201ENST00000273783 2655 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
CHMP4AQ9BY43 PIGF-201ENST00000281382 1372 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
CHMP4AQ9BY43 HMGN1-204ENST00000380749 1383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
CHMP4AQ9BY43 SYT3-206ENST00000600079 2463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
CHMP4AQ9BY43 PIH1D1-201ENST00000262265 1192 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
CHMP4AQ9BY43 RMDN1-202ENST00000430676 1106 ntTSL 2 BASIC22.3■■□□□ 1.16
CHMP4AQ9BY43 AC068389.2-201ENST00000529518 430 ntTSL 2 BASIC22.3■■□□□ 1.16
CHMP4AQ9BY43 AL356488.2-201ENST00000602755 427 ntBASIC22.3■■□□□ 1.16
CHMP4AQ9BY43 ABBA01031661.1-201ENST00000634362 1253 ntBASIC22.3■■□□□ 1.16
CHMP4AQ9BY43 NPR3-204ENST00000434067 2715 ntTSL 5 BASIC22.3■■□□□ 1.16
CHMP4AQ9BY43 FDXR-203ENST00000420580 1705 ntTSL 2 BASIC22.3■■□□□ 1.16
CHMP4AQ9BY43 TYRO3-201ENST00000263798 8207 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
CHMP4AQ9BY43 C6orf106-202ENST00000374023 4418 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
CHMP4AQ9BY43 UQCRC1-201ENST00000203407 1985 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
CHMP4AQ9BY43 GPER1-204ENST00000401670 1542 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.3■■□□□ 1.16
CHMP4AQ9BY43 TRABD-201ENST00000303434 2329 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
CHMP4AQ9BY43 LCORL-201ENST00000326877 5604 ntTSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
CHMP4AQ9BY43 ABHD11-205ENST00000437775 1447 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
CHMP4AQ9BY43 ITGB5-201ENST00000296181 4372 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
CHMP4AQ9BY43 ULK3-220ENST00000569437 2611 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
CHMP4AQ9BY43 BEST2-202ENST00000549706 2183 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.29■■□□□ 1.16
CHMP4AQ9BY43 GPN3-202ENST00000537466 1491 ntTSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
CHMP4AQ9BY43 EWSR1-202ENST00000332035 1989 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.29■■□□□ 1.16
CHMP4AQ9BY43 GNAS-203ENST00000306120 1878 ntBASIC22.29■■□□□ 1.16
CHMP4AQ9BY43 EXTL3-201ENST00000220562 6483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
CHMP4AQ9BY43 ITM2B-201ENST00000378549 805 ntTSL 5 BASIC22.29■■□□□ 1.16
CHMP4AQ9BY43 ODF3B-204ENST00000405135 917 ntTSL 5 BASIC22.29■■□□□ 1.16
CHMP4AQ9BY43 MCFD2-205ENST00000409218 648 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.29■■□□□ 1.16
CHMP4AQ9BY43 IGHV3-22-201ENST00000520721 359 ntBASIC22.29■■□□□ 1.16
CHMP4AQ9BY43 CHMP1A-208ENST00000550102 803 ntTSL 5 BASIC22.29■■□□□ 1.16
CHMP4AQ9BY43 AC145285.3-201ENST00000564603 959 ntBASIC22.29■■□□□ 1.16
CHMP4AQ9BY43 TK1-204ENST00000590430 683 ntTSL 3 BASIC22.29■■□□□ 1.16
CHMP4AQ9BY43 BABAM1-206ENST00000595632 966 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.29■■□□□ 1.16
CHMP4AQ9BY43 AL353135.1-201ENST00000606729 504 ntBASIC22.29■■□□□ 1.16
CHMP4AQ9BY43 AC120114.3-201ENST00000611923 658 ntBASIC22.29■■□□□ 1.16
CHMP4AQ9BY43 LRCH2-201ENST00000317135 4929 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
CHMP4AQ9BY43 LHX8-201ENST00000294638 2373 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
CHMP4AQ9BY43 EVX2-201ENST00000308618 4203 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.29■■□□□ 1.16
CHMP4AQ9BY43 RAI2-203ENST00000415486 2037 ntTSL 2 BASIC22.29■■□□□ 1.16
CHMP4AQ9BY43 NODAL-201ENST00000287139 1665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
CHMP4AQ9BY43 NCAN-201ENST00000252575 6387 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
CHMP4AQ9BY43 ELP5-214ENST00000574993 2209 ntTSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
CHMP4AQ9BY43 ZCCHC23-201ENST00000500526 1951 ntTSL 2 BASIC22.29■■□□□ 1.16
CHMP4AQ9BY43 GABBR1-204ENST00000377016 4299 ntTSL 5 BASIC22.28■■□□□ 1.16
CHMP4AQ9BY43 NPRL2-201ENST00000232501 1700 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
CHMP4AQ9BY43 HLA-DQB1-204ENST00000399084 1734 ntAPPRIS P1 BASIC22.28■■□□□ 1.16
CHMP4AQ9BY43 ELOA3-201ENST00000330682 1877 ntAPPRIS P1 BASIC22.28■■□□□ 1.16
CHMP4AQ9BY43 TBX2-201ENST00000240328 3339 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
CHMP4AQ9BY43 SNN-201ENST00000329565 3312 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
CHMP4AQ9BY43 RTL8B-201ENST00000391440 2026 ntAPPRIS P1 BASIC22.28■■□□□ 1.16
CHMP4AQ9BY43 ZNF259P1-201ENST00000407656 1365 ntBASIC22.28■■□□□ 1.16
CHMP4AQ9BY43 AC243591.1-201ENST00000452967 1364 ntBASIC22.28■■□□□ 1.16
CHMP4AQ9BY43 BICRA-201ENST00000396720 5739 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.28■■□□□ 1.16
CHMP4AQ9BY43 PIR-202ENST00000380421 1539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
CHMP4AQ9BY43 CORO1C-204ENST00000541050 2487 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.28■■□□□ 1.16
CHMP4AQ9BY43 TCEAL3-201ENST00000243286 1124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
CHMP4AQ9BY43 METTL26-201ENST00000301686 794 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.28■■□□□ 1.16
CHMP4AQ9BY43 ZNF81-201ENST00000334937 610 ntTSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
CHMP4AQ9BY43 NFKBIB-202ENST00000392079 991 ntTSL 5 BASIC22.28■■□□□ 1.16
CHMP4AQ9BY43 AC073621.1-201ENST00000392730 636 ntBASIC22.28■■□□□ 1.16
CHMP4AQ9BY43 METTL26-205ENST00000397666 726 ntTSL 2 BASIC22.28■■□□□ 1.16
CHMP4AQ9BY43 LINC00982-205ENST00000420957 435 ntBASIC22.28■■□□□ 1.16
CHMP4AQ9BY43 SLC4A1APP2-201ENST00000424054 1259 ntBASIC22.28■■□□□ 1.16
CHMP4AQ9BY43 PRSS21-202ENST00000450020 1106 ntTSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
CHMP4AQ9BY43 CMPK1-205ENST00000471289 816 ntTSL 2 BASIC22.28■■□□□ 1.16
CHMP4AQ9BY43 BAX-213ENST00000539787 458 ntTSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
CHMP4AQ9BY43 MIEN1-205ENST00000577810 806 ntTSL 3 BASIC22.28■■□□□ 1.16
CHMP4AQ9BY43 CAND2-206ENST00000626378 333 ntTSL 5 BASIC22.28■■□□□ 1.16
CHMP4AQ9BY43 FOXI3-201ENST00000428390 2804 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.28■■□□□ 1.16
CHMP4AQ9BY43 NLE1-201ENST00000360831 1726 ntTSL 5 BASIC22.28■■□□□ 1.16
CHMP4AQ9BY43 PODN-203ENST00000395871 2744 ntTSL 5 BASIC22.28■■□□□ 1.16
CHMP4AQ9BY43 KBTBD2-201ENST00000304056 3745 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
CHMP4AQ9BY43 ALDH5A1-202ENST00000357578 5248 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
CHMP4AQ9BY43 ZNF274-203ENST00000424679 2539 ntTSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
CHMP4AQ9BY43 FAM111A-204ENST00000528737 6189 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.27■■□□□ 1.16
CHMP4AQ9BY43 GBA2-201ENST00000378088 1672 ntTSL 2 BASIC22.27■■□□□ 1.16
CHMP4AQ9BY43 SNX1-208ENST00000559844 1971 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
CHMP4AQ9BY43 ARHGEF18-201ENST00000319670 5212 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
CHMP4AQ9BY43 TCEAL2-201ENST00000329035 1080 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.27■■□□□ 1.16
CHMP4AQ9BY43 PP7080-201ENST00000342584 1876 ntTSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
CHMP4AQ9BY43 AL022342.1-201ENST00000400363 863 ntBASIC22.27■■□□□ 1.16
CHMP4AQ9BY43 PDE6D-202ENST00000409772 672 ntTSL 3 BASIC22.27■■□□□ 1.16
CHMP4AQ9BY43 TRH-202ENST00000507066 1580 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.27■■□□□ 1.16
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 12.2 ms