Protein–RNA interactions for Protein: Q13342

SP140, Nuclear body protein SP140, humanhuman

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Length 867 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SP140Q13342 LINC00271-201ENST00000421378 1580 ntTSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.32
SP140Q13342 MRPL23-201ENST00000381514 919 ntTSL 3 BASIC17.08■□□□□ 0.32
SP140Q13342 RCN1P2-201ENST00000398357 915 ntBASIC17.08■□□□□ 0.32
SP140Q13342 TP53TG1-202ENST00000416560 710 ntTSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.32
SP140Q13342 BET1L-206ENST00000486280 665 ntTSL 3 BASIC17.08■□□□□ 0.32
SP140Q13342 AL157871.1-202ENST00000556458 478 ntTSL 5 BASIC17.08■□□□□ 0.32
SP140Q13342 AC003688.1-201ENST00000577138 489 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.08■□□□□ 0.32
SP140Q13342 NBPF14-202ENST00000593495 1082 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.32
SP140Q13342 CCNC-219ENST00000627680 896 ntTSL 5 BASIC17.08■□□□□ 0.32
SP140Q13342 PGM5-202ENST00000396396 3338 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.08■□□□□ 0.32
SP140Q13342 SLC29A2-206ENST00000546034 2509 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.08■□□□□ 0.32
SP140Q13342 OSGIN1-202ENST00000361711 2230 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.08■□□□□ 0.32
SP140Q13342 TFAP2E-201ENST00000373235 2189 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.32
SP140Q13342 FAM9B-202ENST00000362066 2047 ntTSL 2 BASIC17.08■□□□□ 0.32
SP140Q13342 NETO1-201ENST00000327305 3058 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
SP140Q13342 SUSD4-208ENST00000494793 1833 ntTSL 5 BASIC17.07■□□□□ 0.32
SP140Q13342 CLEC18B-206ENST00000620745 1847 ntTSL 5 BASIC17.07■□□□□ 0.32
SP140Q13342 TRIM17-204ENST00000366698 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
SP140Q13342 GLIS1-201ENST00000312233 2812 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC17.07■□□□□ 0.32
SP140Q13342 GLIS1-202ENST00000628545 2807 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.07■□□□□ 0.32
SP140Q13342 CDH6-205ENST00000514738 2569 ntTSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
SP140Q13342 NABP2-201ENST00000267023 1417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
SP140Q13342 UNKL-202ENST00000301712 1431 ntTSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
SP140Q13342 PHRF1-205ENST00000533464 5218 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
SP140Q13342 FAM237A-203ENST00000543490 1376 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.07■□□□□ 0.32
SP140Q13342 C6orf223-203ENST00000442114 3109 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
SP140Q13342 AVPR1B-201ENST00000367126 2237 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
SP140Q13342 C8orf46-215ENST00000522977 1347 ntTSL 2 BASIC17.07■□□□□ 0.32
SP140Q13342 HAS3-205ENST00000569188 2170 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.07■□□□□ 0.32
SP140Q13342 TMEM110-201ENST00000355083 4769 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
SP140Q13342 CXCL12-204ENST00000395793 665 ntTSL 5 BASIC17.07■□□□□ 0.32
SP140Q13342 HDAC11-204ENST00000404040 967 ntTSL 3 BASIC17.07■□□□□ 0.32
SP140Q13342 B4GALT1-AS1-202ENST00000442432 843 ntTSL 2 BASIC17.07■□□□□ 0.32
SP140Q13342 ICAM2-203ENST00000449662 1221 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
SP140Q13342 NT5C2-211ENST00000470299 249 ntTSL 5 BASIC17.07■□□□□ 0.32
SP140Q13342 EIF5A2-203ENST00000474096 570 ntTSL 4 BASIC17.07■□□□□ 0.32
SP140Q13342 LINC02237-202ENST00000521904 477 ntTSL 3 BASIC17.07■□□□□ 0.32
SP140Q13342 RAB6A-207ENST00000541588 758 ntTSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
SP140Q13342 AC099336.1-202ENST00000602961 463 ntBASIC17.07■□□□□ 0.32
SP140Q13342 ARHGEF5-202ENST00000471847 1862 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
SP140Q13342 FIGNL2-202ENST00000618634 4812 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.07■□□□□ 0.32
SP140Q13342 XRCC3-201ENST00000352127 2563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
SP140Q13342 RUVBL1-201ENST00000322623 1761 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
SP140Q13342 POC1A-203ENST00000474012 1760 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.07■□□□□ 0.32
SP140Q13342 TCP11L2-203ENST00000547153 1788 ntTSL 2 BASIC17.07■□□□□ 0.32
SP140Q13342 NODAL-201ENST00000287139 1665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
SP140Q13342 CACNA2D2-201ENST00000266039 5476 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
SP140Q13342 EDA-204ENST00000374553 5272 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.06■□□□□ 0.32
SP140Q13342 SNX2-213ENST00000514949 2119 ntTSL 2 BASIC17.06■□□□□ 0.32
SP140Q13342 B4GALT2-202ENST00000356836 2629 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.06■□□□□ 0.32
SP140Q13342 C9orf43-202ENST00000374165 2049 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.06■□□□□ 0.32
SP140Q13342 APBB1-207ENST00000529519 1442 ntTSL 5 BASIC17.06■□□□□ 0.32
SP140Q13342 TRNT1-205ENST00000402675 1935 ntTSL 2 BASIC17.06■□□□□ 0.32
SP140Q13342 GOLGA6L2-204ENST00000567107 3030 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC17.06■□□□□ 0.32
SP140Q13342 VPS37A-201ENST00000324849 4906 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.06■□□□□ 0.32
SP140Q13342 TSPAN17-201ENST00000298564 2810 ntTSL 2 BASIC17.06■□□□□ 0.32
SP140Q13342 WAC-202ENST00000347934 2839 ntTSL 5 BASIC17.06■□□□□ 0.32
SP140Q13342 CACNG7-201ENST00000222212 1016 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.06■□□□□ 0.32
SP140Q13342 PAFAH1B3-201ENST00000262890 1003 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.06■□□□□ 0.32
SP140Q13342 PRMT2-201ENST00000291705 1011 ntTSL 1 (best) BASIC17.06■□□□□ 0.32
SP140Q13342 PSCA-201ENST00000301258 1020 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.06■□□□□ 0.32
SP140Q13342 INSL3-202ENST00000379695 899 ntTSL 1 (best) BASIC17.06■□□□□ 0.32
SP140Q13342 KLF4P1-201ENST00000412782 1185 ntBASIC17.06■□□□□ 0.32
SP140Q13342 TMEM213-202ENST00000413208 480 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC17.06■□□□□ 0.32
SP140Q13342 AL096828.1-201ENST00000423020 542 ntTSL 4 BASIC17.06■□□□□ 0.32
SP140Q13342 IFT27-205ENST00000433985 1095 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.06■□□□□ 0.32
SP140Q13342 THAP5-204ENST00000438865 868 ntTSL 2 BASIC17.06■□□□□ 0.32
SP140Q13342 SRP19-202ENST00000445150 833 ntTSL 2 BASIC17.06■□□□□ 0.32
SP140Q13342 AP000344.1-201ENST00000454268 641 ntTSL 5 BASIC17.06■□□□□ 0.32
SP140Q13342 AP000344.1-202ENST00000457193 586 ntTSL 4 BASIC17.06■□□□□ 0.32
SP140Q13342 COX5A-204ENST00000567270 579 ntTSL 3 BASIC17.06■□□□□ 0.32
SP140Q13342 SRSF1-209ENST00000585096 568 ntTSL 4 BASIC17.06■□□□□ 0.32
SP140Q13342 SH2D3C-203ENST00000373277 2750 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.06■□□□□ 0.32
SP140Q13342 ARNTL-205ENST00000403510 2745 ntTSL 2 BASIC17.06■□□□□ 0.32
SP140Q13342 CPT2-208ENST00000636891 2746 ntTSL 5 BASIC17.06■□□□□ 0.32
SP140Q13342 FAM111A-204ENST00000528737 6189 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.06■□□□□ 0.32
SP140Q13342 PTPA-206ENST00000358994 2664 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.06■□□□□ 0.32
SP140Q13342 CAP2-208ENST00000611958 2686 ntTSL 2 BASIC17.06■□□□□ 0.32
SP140Q13342 AC108860.2-201ENST00000562760 2183 ntBASIC17.06■□□□□ 0.32
SP140Q13342 AC116353.5-201ENST00000638148 1699 ntBASIC17.06■□□□□ 0.32
SP140Q13342 ZSWIM8-213ENST00000603114 5919 ntTSL 5 BASIC17.06■□□□□ 0.32
SP140Q13342 TEAD2-204ENST00000593945 2141 ntTSL 1 (best) BASIC17.06■□□□□ 0.32
SP140Q13342 AC125494.1-203ENST00000396799 1622 ntTSL 1 (best) BASIC17.06■□□□□ 0.32
SP140Q13342 MAFK-201ENST00000343242 3368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.06■□□□□ 0.32
SP140Q13342 AC009336.1-201ENST00000608941 1553 ntBASIC17.06■□□□□ 0.32
SP140Q13342 ADAD1-203ENST00000388725 1918 ntTSL 2 BASIC17.06■□□□□ 0.32
SP140Q13342 EIF3B-201ENST00000360876 3055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.05■□□□□ 0.32
SP140Q13342 FARP1-242ENST00000627049 5103 ntTSL 5 BASIC17.05■□□□□ 0.32
SP140Q13342 AMZ2-203ENST00000392720 1378 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.05■□□□□ 0.32
SP140Q13342 IRF5-210ENST00000477535 1374 ntTSL 1 (best) BASIC17.05■□□□□ 0.32
SP140Q13342 BANP-227ENST00000626016 2144 ntTSL 2 BASIC17.05■□□□□ 0.32
SP140Q13342 KDM6A-213ENST00000611820 5924 ntTSL 1 (best) BASIC17.05■□□□□ 0.32
SP140Q13342 CTSB-202ENST00000353047 3875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.05■□□□□ 0.32
SP140Q13342 TUBB2B-201ENST00000259818 2020 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.05■□□□□ 0.32
SP140Q13342 TCEAL3-201ENST00000243286 1124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.05■□□□□ 0.32
SP140Q13342 AC051649.1-201ENST00000509204 330 ntTSL 3 BASIC17.05■□□□□ 0.32
SP140Q13342 STK19B-204ENST00000512515 211 ntBASIC17.05■□□□□ 0.32
SP140Q13342 COX5A-202ENST00000562233 441 ntTSL 3 BASIC17.05■□□□□ 0.32
SP140Q13342 AC002985.2-201ENST00000601106 957 ntTSL 4 BASIC17.05■□□□□ 0.32
SP140Q13342 TMEM114-203ENST00000620492 945 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.05■□□□□ 0.32
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