Protein–RNA interactions for Protein: P31274

HOXC9, Homeobox protein Hox-C9, humanhuman

Predictions only

Length 260 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXC9P31274 IDUA-210ENST00000514224 2130 ntTSL 2 BASIC23.06■■□□□ 1.28
HOXC9P31274 RTL8B-201ENST00000391440 2026 ntAPPRIS P1 BASIC23.06■■□□□ 1.28
HOXC9P31274 TBKBP1-204ENST00000622396 2010 ntTSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
HOXC9P31274 CLDN6-201ENST00000328796 1369 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
HOXC9P31274 TPSAB1-202ENST00000461509 1357 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
HOXC9P31274 GOLGA6L17P-202ENST00000614358 1398 ntBASIC23.06■■□□□ 1.28
HOXC9P31274 SLC6A7-203ENST00000524041 2431 ntTSL 5 BASIC23.06■■□□□ 1.28
HOXC9P31274 ADH5P3-201ENST00000433842 1137 ntBASIC23.06■■□□□ 1.28
HOXC9P31274 AL513480.1-201ENST00000451731 511 ntBASIC23.06■■□□□ 1.28
HOXC9P31274 AC010503.2-201ENST00000599292 296 ntTSL 3 BASIC23.06■■□□□ 1.28
HOXC9P31274 ORC5-208ENST00000626700 344 ntTSL 3 BASIC23.06■■□□□ 1.28
HOXC9P31274 PGLYRP1-201ENST00000008938 720 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
HOXC9P31274 ZNF133-211ENST00000538547 2245 ntTSL 2 BASIC23.06■■□□□ 1.28
HOXC9P31274 PDE6B-202ENST00000429163 2120 ntTSL 2 BASIC23.06■■□□□ 1.28
HOXC9P31274 HBEGF-201ENST00000230990 2386 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
HOXC9P31274 EMX2-203ENST00000553456 2897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
HOXC9P31274 CDK1-204ENST00000448257 1948 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
HOXC9P31274 RPRD1A-209ENST00000590898 1945 ntTSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
HOXC9P31274 GPS1-201ENST00000306823 1842 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
HOXC9P31274 PTGER3-201ENST00000306666 2333 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
HOXC9P31274 FOXP1-210ENST00000484350 1996 ntTSL 2 BASIC23.05■■□□□ 1.28
HOXC9P31274 LRRC4B-201ENST00000389201 2958 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.05■■□□□ 1.28
HOXC9P31274 KRT15-203ENST00000393976 2394 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.05■■□□□ 1.28
HOXC9P31274 DSCR9-201ENST00000454482 1644 ntTSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
HOXC9P31274 PLCB2-204ENST00000557821 4517 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
HOXC9P31274 GRHPR-201ENST00000318158 1280 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
HOXC9P31274 EIF6-202ENST00000374443 1017 ntTSL 5 BASIC23.05■■□□□ 1.28
HOXC9P31274 PRUNE2-202ENST00000376713 1069 ntTSL 5 BASIC23.05■■□□□ 1.28
HOXC9P31274 FALEC-201ENST00000416894 566 ntTSL 3 BASIC23.05■■□□□ 1.28
HOXC9P31274 AF131215.3-201ENST00000532453 639 ntTSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
HOXC9P31274 TMEM263-206ENST00000550344 925 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.05■■□□□ 1.28
HOXC9P31274 MRPL52-208ENST00000553711 586 ntTSL 3 BASIC23.05■■□□□ 1.28
HOXC9P31274 RNF34-208ENST00000555076 593 ntTSL 3 BASIC23.05■■□□□ 1.28
HOXC9P31274 AC005606.1-201ENST00000567515 504 ntTSL 5 BASIC23.05■■□□□ 1.28
HOXC9P31274 STX10-204ENST00000587230 1136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
HOXC9P31274 REXO1L3P-201ENST00000622202 1288 ntBASIC23.05■■□□□ 1.28
HOXC9P31274 C9orf64-203ENST00000376344 2443 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
HOXC9P31274 TRPC1-203ENST00000476941 3061 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
HOXC9P31274 POLR1D-220ENST00000637071 1943 ntTSL 5 BASIC23.05■■□□□ 1.28
HOXC9P31274 UVSSA-209ENST00000512728 1668 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
HOXC9P31274 BCR-202ENST00000359540 4708 ntTSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
HOXC9P31274 SERHL2-203ENST00000340239 1315 ntTSL 5 BASIC23.05■■□□□ 1.28
HOXC9P31274 SEPT8-208ENST00000378721 1723 ntTSL 5 BASIC23.05■■□□□ 1.28
HOXC9P31274 SDK1-201ENST00000389531 7606 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.05■■□□□ 1.28
HOXC9P31274 NTRK1-206ENST00000524377 2432 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
HOXC9P31274 PPT2-246ENST00000375137 1945 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
HOXC9P31274 PRRT2-212ENST00000636619 2065 ntTSL 5 BASIC23.04■■□□□ 1.28
HOXC9P31274 DIP2A-203ENST00000435722 2760 ntTSL 2 BASIC23.04■■□□□ 1.28
HOXC9P31274 TDRKH-207ENST00000458431 2768 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
HOXC9P31274 OSBPL9-222ENST00000531828 2210 ntTSL 5 BASIC23.04■■□□□ 1.28
HOXC9P31274 EVA1C-202ENST00000382699 1668 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
HOXC9P31274 SHISA5-220ENST00000619810 2385 ntTSL 2 BASIC23.04■■□□□ 1.28
HOXC9P31274 PNMT-202ENST00000394246 821 ntTSL 2 BASIC23.04■■□□□ 1.28
HOXC9P31274 NRSN2-AS1-202ENST00000442637 762 ntTSL 3 BASIC23.04■■□□□ 1.28
HOXC9P31274 AZIN1-AS1-212ENST00000520538 476 ntTSL 3 BASIC23.04■■□□□ 1.28
HOXC9P31274 LINC01485-205ENST00000523617 586 ntTSL 2 BASIC23.04■■□□□ 1.28
HOXC9P31274 OR10S1-201ENST00000531945 1121 ntAPPRIS P2 BASIC23.04■■□□□ 1.28
HOXC9P31274 RPL28-209ENST00000560055 670 ntTSL 3 BASIC23.04■■□□□ 1.28
HOXC9P31274 AC022145.2-201ENST00000598203 171 ntBASIC23.04■■□□□ 1.28
HOXC9P31274 TMIGD2-203ENST00000600114 489 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
HOXC9P31274 AC106028.4-201ENST00000614509 607 ntBASIC23.04■■□□□ 1.28
HOXC9P31274 LINC01451-201ENST00000623792 534 ntBASIC23.04■■□□□ 1.28
HOXC9P31274 OR10S1-202ENST00000641123 1121 ntAPPRIS ALT2 BASIC23.04■■□□□ 1.28
HOXC9P31274 UAP1-204ENST00000367926 2294 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
HOXC9P31274 ZDHHC4-205ENST00000396713 1552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
HOXC9P31274 LINC00304-203ENST00000565008 1864 ntBASIC23.04■■□□□ 1.28
HOXC9P31274 AP1AR-202ENST00000309703 2337 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
HOXC9P31274 UMOD-205ENST00000570689 2315 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC23.04■■□□□ 1.28
HOXC9P31274 AL121761.2-201ENST00000598007 1648 ntBASIC23.04■■□□□ 1.28
HOXC9P31274 NOP9-202ENST00000396802 1942 ntTSL 5 BASIC23.04■■□□□ 1.28
HOXC9P31274 ABALON-201ENST00000629058 1903 ntBASIC23.04■■□□□ 1.28
HOXC9P31274 ZNF446-203ENST00000594369 2238 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
HOXC9P31274 NKX2-1-203ENST00000518149 2583 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.03■■□□□ 1.28
HOXC9P31274 CALM3-201ENST00000291295 2289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
HOXC9P31274 BICD1-207ENST00000551848 1962 ntBASIC23.03■■□□□ 1.28
HOXC9P31274 PAAF1-205ENST00000535604 1695 ntTSL 5 BASIC23.03■■□□□ 1.28
HOXC9P31274 ESR2-201ENST00000267525 1518 ntTSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
HOXC9P31274 NLE1-201ENST00000360831 1726 ntTSL 5 BASIC23.03■■□□□ 1.28
HOXC9P31274 WDR74-204ENST00000525239 1736 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.03■■□□□ 1.28
HOXC9P31274 CTRB2-201ENST00000303037 901 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
HOXC9P31274 C6orf99-202ENST00000367073 769 ntTSL 5 BASIC23.03■■□□□ 1.28
HOXC9P31274 LINC01640-201ENST00000452505 550 ntTSL 4 BASIC23.03■■□□□ 1.28
HOXC9P31274 NDUFS7-216ENST00000546283 1060 ntTSL 2 BASIC23.03■■□□□ 1.28
HOXC9P31274 ZNF445-205ENST00000617032 1291 ntTSL 5 BASIC23.03■■□□□ 1.28
HOXC9P31274 FAM238C-204ENST00000640224 1268 ntTSL 5 BASIC23.03■■□□□ 1.28
HOXC9P31274 KRT79-201ENST00000330553 2068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
HOXC9P31274 CASP9-210ENST00000546424 4463 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.03■■□□□ 1.28
HOXC9P31274 CBWD1-201ENST00000314367 1771 ntTSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
HOXC9P31274 DPAGT1-203ENST00000409993 3274 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.03■■□□□ 1.28
HOXC9P31274 LINC00574-201ENST00000420557 2318 ntTSL 2 BASIC23.03■■□□□ 1.28
HOXC9P31274 ELOA3-201ENST00000330682 1877 ntAPPRIS P1 BASIC23.02■■□□□ 1.28
HOXC9P31274 AL590648.2-201ENST00000427949 2225 ntTSL 2 BASIC23.02■■□□□ 1.28
HOXC9P31274 R3HDML-201ENST00000217043 1377 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
HOXC9P31274 BSCL2-210ENST00000421906 1440 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC23.02■■□□□ 1.28
HOXC9P31274 PGP-201ENST00000333503 2727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
HOXC9P31274 NDUFA11-201ENST00000308961 539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
HOXC9P31274 FAM24B-201ENST00000368896 704 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.02■■□□□ 1.28
HOXC9P31274 AC107918.2-201ENST00000530817 355 ntBASIC23.02■■□□□ 1.28
HOXC9P31274 AC027243.1-201ENST00000559539 758 ntTSL 3 BASIC23.02■■□□□ 1.28
HOXC9P31274 AC004835.2-201ENST00000603762 682 ntBASIC23.02■■□□□ 1.28
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 144.4 ms