Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y3X0

CCDC9, Coiled-coil domain-containing protein 9, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 531 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC9Q9Y3X0 TTC29-205ENST00000504425 1777 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.22■■□□□ 1.31
CCDC9Q9Y3X0 ESPN-205ENST00000461727 1869 ntTSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
CCDC9Q9Y3X0 SHROOM1-202ENST00000378676 2352 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.21■■□□□ 1.31
CCDC9Q9Y3X0 ZNF324B-202ENST00000545523 2368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
CCDC9Q9Y3X0 MYO15B-232ENST00000610510 9195 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.21■■□□□ 1.31
CCDC9Q9Y3X0 TMEFF1-201ENST00000374879 2611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
CCDC9Q9Y3X0 VMA21-202ENST00000370361 693 ntTSL 5 BASIC23.21■■□□□ 1.31
CCDC9Q9Y3X0 OARD1-201ENST00000373154 1129 ntTSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
CCDC9Q9Y3X0 LINC00351-201ENST00000424926 911 ntTSL 3 BASIC23.21■■□□□ 1.31
CCDC9Q9Y3X0 U52111.1-201ENST00000434284 914 ntTSL 3 BASIC23.21■■□□□ 1.31
CCDC9Q9Y3X0 TTC31-205ENST00000442235 958 ntTSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
CCDC9Q9Y3X0 FAM185BP-201ENST00000443595 716 ntBASIC23.21■■□□□ 1.31
CCDC9Q9Y3X0 AC082651.1-201ENST00000478468 832 ntTSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
CCDC9Q9Y3X0 ATG10-207ENST00000513443 978 ntTSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
CCDC9Q9Y3X0 FAM86C2P-203ENST00000528684 1004 ntBASIC23.21■■□□□ 1.31
CCDC9Q9Y3X0 CHMP4A-204ENST00000530996 967 ntTSL 3 BASIC23.21■■□□□ 1.31
CCDC9Q9Y3X0 CD4-210ENST00000541982 1187 ntTSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
CCDC9Q9Y3X0 GCHFR-204ENST00000559445 626 ntTSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
CCDC9Q9Y3X0 LINC00596-201ENST00000559615 937 ntTSL 5 BASIC23.21■■□□□ 1.31
CCDC9Q9Y3X0 AC005330.1-201ENST00000590086 1238 ntTSL 5 BASIC23.21■■□□□ 1.31
CCDC9Q9Y3X0 MDM2-209ENST00000393412 1404 ntTSL 5 BASIC23.21■■□□□ 1.31
CCDC9Q9Y3X0 NAF1-202ENST00000422287 1604 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
CCDC9Q9Y3X0 FAM53C-202ENST00000434981 1686 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
CCDC9Q9Y3X0 ST3GAL4-205ENST00000449406 1669 ntTSL 5 BASIC23.21■■□□□ 1.31
CCDC9Q9Y3X0 METRNL-203ENST00000571814 1900 ntTSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
CCDC9Q9Y3X0 GTF2IRD2-207ENST00000625377 1910 ntTSL 5 BASIC23.21■■□□□ 1.31
CCDC9Q9Y3X0 ESPNP-201ENST00000270691 2015 ntBASIC23.21■■□□□ 1.31
CCDC9Q9Y3X0 LYRM9-203ENST00000460380 2196 ntTSL 2 BASIC23.21■■□□□ 1.31
CCDC9Q9Y3X0 ZNF554-201ENST00000317243 2736 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
CCDC9Q9Y3X0 RIOX2-201ENST00000333396 5347 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
CCDC9Q9Y3X0 CWH43-201ENST00000226432 2472 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
CCDC9Q9Y3X0 SPAG16-204ENST00000413312 2258 ntTSL 5 BASIC23.2■■□□□ 1.3
CCDC9Q9Y3X0 TMEM175-222ENST00000622959 1967 ntTSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
CCDC9Q9Y3X0 PP7080-201ENST00000342584 1876 ntTSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
CCDC9Q9Y3X0 TMEM145-201ENST00000301204 1768 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC23.2■■□□□ 1.3
CCDC9Q9Y3X0 SERPINE2-206ENST00000447280 1716 ntTSL 2 BASIC23.2■■□□□ 1.3
CCDC9Q9Y3X0 ADGRG2-210ENST00000379878 4803 ntTSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
CCDC9Q9Y3X0 CHST2-201ENST00000309575 4582 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
CCDC9Q9Y3X0 MAP4K1-203ENST00000586296 1363 ntTSL 5 BASIC23.2■■□□□ 1.3
CCDC9Q9Y3X0 CGREF1-206ENST00000405600 1346 ntAPPRIS P2 TSL 4 BASIC23.2■■□□□ 1.3
CCDC9Q9Y3X0 TRIP6-209ENST00000619988 1303 ntTSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
CCDC9Q9Y3X0 CENPM-201ENST00000215980 966 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
CCDC9Q9Y3X0 CD8B-201ENST00000331469 832 ntTSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
CCDC9Q9Y3X0 FAM58DP-201ENST00000428076 619 ntBASIC23.2■■□□□ 1.3
CCDC9Q9Y3X0 DICER1-AS1-202ENST00000439819 810 ntTSL 3 BASIC23.2■■□□□ 1.3
CCDC9Q9Y3X0 AC002310.2-201ENST00000486926 950 ntTSL 2 BASIC23.2■■□□□ 1.3
CCDC9Q9Y3X0 ZNF789-211ENST00000493485 556 ntTSL 4 BASIC23.2■■□□□ 1.3
CCDC9Q9Y3X0 LEPROTL1-204ENST00000518192 847 ntTSL 3 BASIC23.2■■□□□ 1.3
CCDC9Q9Y3X0 NOP2-220ENST00000545915 630 ntTSL 2 BASIC23.2■■□□□ 1.3
CCDC9Q9Y3X0 AC004832.1-201ENST00000610936 1005 ntTSL 5 BASIC23.2■■□□□ 1.3
CCDC9Q9Y3X0 BSG-214ENST00000614867 960 ntTSL 3 BASIC23.2■■□□□ 1.3
CCDC9Q9Y3X0 HFE2-206ENST00000634927 506 ntTSL 4 BASIC23.2■■□□□ 1.3
CCDC9Q9Y3X0 KCNH2-202ENST00000330883 3267 ntTSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
CCDC9Q9Y3X0 TMTC1-203ENST00000539277 2758 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
CCDC9Q9Y3X0 NEU4-202ENST00000391969 2526 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.2■■□□□ 1.3
CCDC9Q9Y3X0 LRRC27-201ENST00000344079 1809 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.19■■□□□ 1.3
CCDC9Q9Y3X0 ZNF787-202ENST00000587279 1657 ntTSL 2 BASIC23.19■■□□□ 1.3
CCDC9Q9Y3X0 PSMD5-203ENST00000373904 1538 ntTSL 2 BASIC23.19■■□□□ 1.3
CCDC9Q9Y3X0 ROBO3-221ENST00000543966 1520 ntTSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
CCDC9Q9Y3X0 CLPP-201ENST00000245816 1155 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
CCDC9Q9Y3X0 SPEM1-201ENST00000323675 982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
CCDC9Q9Y3X0 POP5-202ENST00000357500 801 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
CCDC9Q9Y3X0 CXCL12-206ENST00000395795 404 ntTSL 5 BASIC23.19■■□□□ 1.3
CCDC9Q9Y3X0 AC004865.2-202ENST00000444348 852 ntTSL 3 BASIC23.19■■□□□ 1.3
CCDC9Q9Y3X0 TMEM176B-205ENST00000450753 1006 ntTSL 2 BASIC23.19■■□□□ 1.3
CCDC9Q9Y3X0 GSTO1-207ENST00000539281 1052 ntTSL 5 BASIC23.19■■□□□ 1.3
CCDC9Q9Y3X0 BAD-207ENST00000544785 525 ntTSL 3 BASIC23.19■■□□□ 1.3
CCDC9Q9Y3X0 TSFM-210ENST00000550559 897 ntTSL 5 BASIC23.19■■□□□ 1.3
CCDC9Q9Y3X0 AC027307.3-201ENST00000594262 1100 ntBASIC23.19■■□□□ 1.3
CCDC9Q9Y3X0 AC019129.2-201ENST00000609837 1235 ntBASIC23.19■■□□□ 1.3
CCDC9Q9Y3X0 MAGIX-204ENST00000614074 778 ntTSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
CCDC9Q9Y3X0 TUBA3FP-202ENST00000422086 1974 ntTSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
CCDC9Q9Y3X0 CETN1-201ENST00000327228 1758 ntAPPRIS P1 BASIC23.19■■□□□ 1.3
CCDC9Q9Y3X0 SGCE-206ENST00000445866 1666 ntTSL 5 BASIC23.19■■□□□ 1.3
CCDC9Q9Y3X0 GHRHR-205ENST00000409904 1613 ntTSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
CCDC9Q9Y3X0 ANXA8L1-201ENST00000584982 2174 ntTSL 2 BASIC23.18■■□□□ 1.3
CCDC9Q9Y3X0 PRKAR2A-201ENST00000265563 6471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
CCDC9Q9Y3X0 ESR2-201ENST00000267525 1518 ntTSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
CCDC9Q9Y3X0 MYO9A-214ENST00000566885 5111 ntTSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
CCDC9Q9Y3X0 LDHD-201ENST00000300051 2067 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
CCDC9Q9Y3X0 CRB3-203ENST00000598494 1443 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.18■■□□□ 1.3
CCDC9Q9Y3X0 OLFM1-205ENST00000371796 2492 ntTSL 2 BASIC23.18■■□□□ 1.3
CCDC9Q9Y3X0 PDZD3-203ENST00000525131 1882 ntTSL 2 BASIC23.18■■□□□ 1.3
CCDC9Q9Y3X0 ZNF524-201ENST00000301073 1102 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
CCDC9Q9Y3X0 RPL30-202ENST00000396070 440 ntTSL 2 BASIC23.18■■□□□ 1.3
CCDC9Q9Y3X0 FALEC-201ENST00000416894 566 ntTSL 3 BASIC23.18■■□□□ 1.3
CCDC9Q9Y3X0 NAGK-205ENST00000443938 1221 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.18■■□□□ 1.3
CCDC9Q9Y3X0 TSC22D3-213ENST00000506081 956 ntTSL 5 BASIC23.18■■□□□ 1.3
CCDC9Q9Y3X0 AC079140.1-201ENST00000508039 487 ntBASIC23.18■■□□□ 1.3
CCDC9Q9Y3X0 TRAPPC6A-202ENST00000585934 758 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
CCDC9Q9Y3X0 MIR6752-201ENST00000618442 71 ntBASIC23.18■■□□□ 1.3
CCDC9Q9Y3X0 HIST1H2AK-201ENST00000618958 393 ntAPPRIS P1 BASIC23.18■■□□□ 1.3
CCDC9Q9Y3X0 AL358472.5-202ENST00000641448 1267 ntBASIC23.18■■□□□ 1.3
CCDC9Q9Y3X0 MAN1A1-201ENST00000368468 5014 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.18■■□□□ 1.3
CCDC9Q9Y3X0 ZNF331-214ENST00000511154 2120 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
CCDC9Q9Y3X0 CHRNA10-201ENST00000250699 1945 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
CCDC9Q9Y3X0 SOCS2-201ENST00000340600 2761 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
CCDC9Q9Y3X0 FBP1-201ENST00000375326 1462 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
CCDC9Q9Y3X0 AC002310.2-202ENST00000492040 1488 ntTSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
CCDC9Q9Y3X0 SAMD11-216ENST00000620200 1874 ntTSL 5 BASIC23.17■■□□□ 1.3
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 31.2 ms