Protein–RNA interactions for Protein: Q9NVE4

CCDC87, Coiled-coil domain-containing protein 87, humanhuman

Predictions only

Length 849 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC87Q9NVE4 AC024230.1-201ENST00000511431 889 ntTSL 3 BASIC22.04■■□□□ 1.12
CCDC87Q9NVE4 AC004408.1-201ENST00000579256 573 ntTSL 4 BASIC22.04■■□□□ 1.12
CCDC87Q9NVE4 HNRNPH1-250ENST00000630639 123 ntTSL 5 BASIC22.04■■□□□ 1.12
CCDC87Q9NVE4 ESR2-201ENST00000267525 1518 ntTSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
CCDC87Q9NVE4 NKAIN4-202ENST00000370313 1421 ntTSL 3 BASIC22.04■■□□□ 1.12
CCDC87Q9NVE4 BSCL2-210ENST00000421906 1440 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.04■■□□□ 1.12
CCDC87Q9NVE4 AP000974.1-201ENST00000623909 2387 ntBASIC22.04■■□□□ 1.12
CCDC87Q9NVE4 SCYL1-202ENST00000279270 1659 ntTSL 5 BASIC22.04■■□□□ 1.12
CCDC87Q9NVE4 C8orf76-201ENST00000276704 1341 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
CCDC87Q9NVE4 TIMM50-220ENST00000607714 1338 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
CCDC87Q9NVE4 INPP4A-201ENST00000074304 6752 ntTSL 5 BASIC22.04■■□□□ 1.12
CCDC87Q9NVE4 AC046185.3-201ENST00000623228 1824 ntBASIC22.03■■□□□ 1.12
CCDC87Q9NVE4 CDHR5-201ENST00000349570 2318 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
CCDC87Q9NVE4 LIPG-203ENST00000577628 2323 ntTSL 2 BASIC22.03■■□□□ 1.12
CCDC87Q9NVE4 MARVELD3-202ENST00000299952 2214 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.03■■□□□ 1.12
CCDC87Q9NVE4 ZFPL1-201ENST00000294258 1371 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
CCDC87Q9NVE4 TMEM86B-201ENST00000327042 1637 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
CCDC87Q9NVE4 TPRA1-204ENST00000450633 1865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
CCDC87Q9NVE4 AC069544.2-201ENST00000640019 2528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
CCDC87Q9NVE4 LYPD5-203ENST00000594013 1519 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.03■■□□□ 1.12
CCDC87Q9NVE4 GRHPR-201ENST00000318158 1280 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
CCDC87Q9NVE4 AL031587.1-201ENST00000410099 1055 ntTSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
CCDC87Q9NVE4 TTC31-205ENST00000442235 958 ntTSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
CCDC87Q9NVE4 CTDSP1-204ENST00000443891 1109 ntTSL 3 BASIC22.03■■□□□ 1.12
CCDC87Q9NVE4 PARD6G-203ENST00000470488 596 ntTSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
CCDC87Q9NVE4 AC064807.1-203ENST00000520357 575 ntTSL 5 BASIC22.03■■□□□ 1.12
CCDC87Q9NVE4 AC103736.1-203ENST00000524565 872 ntTSL 3 BASIC22.03■■□□□ 1.12
CCDC87Q9NVE4 MRPL52-208ENST00000553711 586 ntTSL 3 BASIC22.03■■□□□ 1.12
CCDC87Q9NVE4 MARVELD3-206ENST00000567566 850 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
CCDC87Q9NVE4 RAB9A-203ENST00000618931 737 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.03■■□□□ 1.12
CCDC87Q9NVE4 CASP9-210ENST00000546424 4463 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.03■■□□□ 1.12
CCDC87Q9NVE4 ZNRF1-202ENST00000335325 4620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
CCDC87Q9NVE4 RNPS1-205ENST00000561718 1806 ntTSL 3 BASIC22.03■■□□□ 1.12
CCDC87Q9NVE4 ANGPTL4-202ENST00000393962 1705 ntTSL 5 BASIC22.03■■□□□ 1.12
CCDC87Q9NVE4 PWP1-202ENST00000541166 1722 ntTSL 2 BASIC22.03■■□□□ 1.12
CCDC87Q9NVE4 TFAP2D-201ENST00000008391 1711 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
CCDC87Q9NVE4 CCDC151-201ENST00000356392 2107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
CCDC87Q9NVE4 MAML1-201ENST00000292599 5723 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
CCDC87Q9NVE4 RGN-202ENST00000352078 1611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
CCDC87Q9NVE4 PRSS53-201ENST00000280606 2181 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
CCDC87Q9NVE4 RNF212-202ENST00000382968 2335 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
CCDC87Q9NVE4 GNAS-AS1-202ENST00000443966 2341 ntTSL 5 BASIC22.02■■□□□ 1.12
CCDC87Q9NVE4 CHRAC1-201ENST00000220913 2488 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
CCDC87Q9NVE4 SNX19-207ENST00000528555 1506 ntTSL 2 BASIC22.02■■□□□ 1.12
CCDC87Q9NVE4 NODAL-201ENST00000287139 1665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
CCDC87Q9NVE4 ATP6V1D-201ENST00000216442 1845 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
CCDC87Q9NVE4 FBXO44-205ENST00000376768 959 ntTSL 2 BASIC22.02■■□□□ 1.12
CCDC87Q9NVE4 PAXIP1-202ENST00000404141 3827 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.02■■□□□ 1.12
CCDC87Q9NVE4 AC104135.1-201ENST00000418001 763 ntTSL 5 BASIC22.02■■□□□ 1.12
CCDC87Q9NVE4 AL121832.1-203ENST00000433121 475 ntTSL 3 BASIC22.02■■□□□ 1.12
CCDC87Q9NVE4 XXYLT1-205ENST00000437101 2149 ntTSL 2 BASIC22.02■■□□□ 1.12
CCDC87Q9NVE4 TMEM205-202ENST00000447337 916 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.02■■□□□ 1.12
CCDC87Q9NVE4 FAM86GP-201ENST00000448322 971 ntBASIC22.02■■□□□ 1.12
CCDC87Q9NVE4 AL451067.1-201ENST00000453111 394 ntTSL 2 BASIC22.02■■□□□ 1.12
CCDC87Q9NVE4 AC087163.2-201ENST00000457299 853 ntBASIC22.02■■□□□ 1.12
CCDC87Q9NVE4 RAD51D-205ENST00000460118 1064 ntTSL 5 BASIC22.02■■□□□ 1.12
CCDC87Q9NVE4 AC069262.1-201ENST00000539058 672 ntBASIC22.02■■□□□ 1.12
CCDC87Q9NVE4 DUT-210ENST00000559935 569 ntTSL 3 BASIC22.02■■□□□ 1.12
CCDC87Q9NVE4 RPL28-209ENST00000560055 670 ntTSL 3 BASIC22.02■■□□□ 1.12
CCDC87Q9NVE4 AC093520.2-201ENST00000561830 333 ntBASIC22.02■■□□□ 1.12
CCDC87Q9NVE4 GPR42-202ENST00000597214 1182 ntAPPRIS P1 BASIC22.02■■□□□ 1.12
CCDC87Q9NVE4 SNHG8-201ENST00000602414 672 ntTSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
CCDC87Q9NVE4 SNHG8-205ENST00000602819 470 ntTSL 2 BASIC22.02■■□□□ 1.12
CCDC87Q9NVE4 LINC00628-201ENST00000628516 1289 ntBASIC22.02■■□□□ 1.12
CCDC87Q9NVE4 AC110491.3-201ENST00000631985 460 ntTSL 2 BASIC22.02■■□□□ 1.12
CCDC87Q9NVE4 PTH2R-204ENST00000617735 2472 ntTSL 2 BASIC22.02■■□□□ 1.12
CCDC87Q9NVE4 SH2B3-201ENST00000341259 5406 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
CCDC87Q9NVE4 LGMN-216ENST00000557434 1797 ntTSL 5 BASIC22.02■■□□□ 1.11
CCDC87Q9NVE4 ANKRD40-201ENST00000285243 4184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.11
CCDC87Q9NVE4 KMT5B-206ENST00000405515 2869 ntTSL 5 BASIC22.01■■□□□ 1.11
CCDC87Q9NVE4 SHISA3-201ENST00000319234 1971 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
CCDC87Q9NVE4 ECE2-201ENST00000324557 1823 ntTSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
CCDC87Q9NVE4 HPCAL1-206ENST00000613496 1547 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.01■■□□□ 1.11
CCDC87Q9NVE4 R3HDML-201ENST00000217043 1377 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
CCDC87Q9NVE4 AL138828.1-202ENST00000576956 1881 ntTSL 5 BASIC22.01■■□□□ 1.11
CCDC87Q9NVE4 TXNRD3-202ENST00000523403 2351 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.01■■□□□ 1.11
CCDC87Q9NVE4 MRPL53-201ENST00000258105 1162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
CCDC87Q9NVE4 RPS27A-201ENST00000272317 1071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
CCDC87Q9NVE4 ITLN1-201ENST00000326245 1183 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
CCDC87Q9NVE4 NQO2-203ENST00000380441 1021 ntTSL 5 BASIC22.01■■□□□ 1.11
CCDC87Q9NVE4 IL32-205ENST00000396890 1067 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
CCDC87Q9NVE4 AL022316.1-201ENST00000428765 572 ntTSL 4 BASIC22.01■■□□□ 1.11
CCDC87Q9NVE4 RANGRF-203ENST00000439238 1140 ntTSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
CCDC87Q9NVE4 SPINK2-203ENST00000506738 763 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.01■■□□□ 1.11
CCDC87Q9NVE4 IL32-223ENST00000534507 1112 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.01■■□□□ 1.11
CCDC87Q9NVE4 IL32-227ENST00000548652 812 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC22.01■■□□□ 1.11
CCDC87Q9NVE4 IL32-233ENST00000552664 731 ntAPPRIS P4 TSL 3 BASIC22.01■■□□□ 1.11
CCDC87Q9NVE4 CIZ1-226ENST00000629610 2855 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.01■■□□□ 1.11
CCDC87Q9NVE4 ADAM15-207ENST00000368413 1901 ntTSL 5 BASIC22.01■■□□□ 1.11
CCDC87Q9NVE4 ITPRIPL1-205ENST00000536814 1947 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.01■■□□□ 1.11
CCDC87Q9NVE4 SCARF2-202ENST00000622235 3232 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
CCDC87Q9NVE4 CDK17-203ENST00000543119 2442 ntTSL 2 BASIC22.01■■□□□ 1.11
CCDC87Q9NVE4 NAT6-205ENST00000443842 1820 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.01■■□□□ 1.11
CCDC87Q9NVE4 DKK3-202ENST00000396505 2650 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
CCDC87Q9NVE4 INVS-203ENST00000374921 1654 ntTSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
CCDC87Q9NVE4 FAM53C-202ENST00000434981 1686 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
CCDC87Q9NVE4 PSMA1-209ENST00000530457 1527 ntTSL 5 BASIC22.01■■□□□ 1.11
CCDC87Q9NVE4 BIRC7-201ENST00000217169 1368 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
CCDC87Q9NVE4 ICAM4-203ENST00000393717 1390 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22■■□□□ 1.11
CCDC87Q9NVE4 KDELC1-201ENST00000376004 2060 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 22.8 ms