Protein–RNA interactions for Protein: Q12873

CHD3, Chromodomain-helicase-DNA-binding protein 3, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 2,000 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHD3Q12873 AC027601.4-201ENST00000611259 610 ntBASIC15.08■□□□□ 0
CHD3Q12873 ASAH1-255ENST00000637638 699 ntTSL 2 BASIC15.08■□□□□ 0
CHD3Q12873 CXXC5-211ENST00000511048 1892 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.08■□□□□ 0
CHD3Q12873 MCM9-201ENST00000316068 2442 ntTSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
CHD3Q12873 CXorf58-201ENST00000379211 1752 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
CHD3Q12873 SLC9A6-202ENST00000370698 4631 ntTSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
CHD3Q12873 TOM1L2-207ENST00000535933 1748 ntTSL 2 BASIC15.08■□□□□ 0
CHD3Q12873 WDR1-205ENST00000502702 1691 ntTSL 5 BASIC15.08■□□□□ 0
CHD3Q12873 OPRK1-202ENST00000520287 1602 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
CHD3Q12873 SDCBP2-204ENST00000381812 1550 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.08■□□□□ 0
CHD3Q12873 AC006116.8-202ENST00000587620 1550 ntBASIC15.08■□□□□ 0
CHD3Q12873 FAM83H-201ENST00000388913 5654 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.08■□□□□ 0
CHD3Q12873 DPF3-204ENST00000546183 1514 ntTSL 2 BASIC15.08■□□□□ 0
CHD3Q12873 PML-211ENST00000564428 1985 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
CHD3Q12873 AC004832.3-202ENST00000439838 1470 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.08■□□□□ 0
CHD3Q12873 MED29-202ENST00000594368 1471 ntTSL 2 BASIC15.08■□□□□ 0
CHD3Q12873 LINC01105-206ENST00000456327 1434 ntTSL 5 BASIC15.08■□□□□ 0
CHD3Q12873 ZNF259P1-201ENST00000407656 1365 ntBASIC15.07■□□□□ 0
CHD3Q12873 TRIM15-207ENST00000376694 2214 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
CHD3Q12873 PPT2-247ENST00000375143 1754 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.07■□□□□ 0
CHD3Q12873 ZNF211-211ENST00000541801 2629 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC15.07■□□□□ 0
CHD3Q12873 SRPX-202ENST00000432886 1725 ntTSL 2 BASIC15.07■□□□□ 0
CHD3Q12873 CST3-201ENST00000376925 873 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
CHD3Q12873 OTOS-202ENST00000391989 645 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.07■□□□□ 0
CHD3Q12873 RPSAP43-201ENST00000402237 625 ntBASIC15.07■□□□□ 0
CHD3Q12873 AC007967.3-201ENST00000434308 558 ntBASIC15.07■□□□□ 0
CHD3Q12873 COQ7-208ENST00000568985 714 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.07■□□□□ 0
CHD3Q12873 MKNK2-212ENST00000591588 631 ntTSL 2 BASIC15.07■□□□□ 0
CHD3Q12873 IGHV3-41-201ENST00000613121 348 ntBASIC15.07■□□□□ 0
CHD3Q12873 C1QL3-202ENST00000619991 783 ntTSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
CHD3Q12873 SCYL2-201ENST00000360820 5779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
CHD3Q12873 PDZD8-201ENST00000334464 9699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
CHD3Q12873 SLC12A4-201ENST00000316341 4765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
CHD3Q12873 WDR25-202ENST00000402312 1969 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.07■□□□□ 0
CHD3Q12873 FOXE1-201ENST00000375123 3462 ntAPPRIS P1 BASIC15.07■□□□□ 0
CHD3Q12873 CYP2D7-208ENST00000614967 1504 ntTSL 5 BASIC15.07■□□□□ 0
CHD3Q12873 PCDHA8-201ENST00000378123 2616 ntAPPRIS ALT2 BASIC15.07■□□□□ 0
CHD3Q12873 PNCK-203ENST00000370145 1455 ntTSL 2 BASIC15.07■□□□□ 0
CHD3Q12873 SKOR1-202ENST00000380035 3675 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.07■□□□□ 0
CHD3Q12873 GPANK1-202ENST00000375895 1800 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.07■□□□□ 0
CHD3Q12873 TNFAIP2-201ENST00000333007 4175 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
CHD3Q12873 SGSM2-202ENST00000426855 4734 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
CHD3Q12873 GINS4-206ENST00000520710 2022 ntTSL 2 BASIC15.07■□□□□ 0
CHD3Q12873 KCNQ2-207ENST00000370224 3004 ntTSL 5 BASIC15.07■□□□□ 0
CHD3Q12873 CDKN1B-201ENST00000228872 2657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
CHD3Q12873 UQCC3-201ENST00000377953 1947 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
CHD3Q12873 CSK-202ENST00000439220 1900 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.07■□□□□ 0
CHD3Q12873 HSPB1-201ENST00000248553 909 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
CHD3Q12873 HBA2-201ENST00000251595 605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
CHD3Q12873 YBX2P1-201ENST00000394192 760 ntBASIC15.07■□□□□ 0
CHD3Q12873 CLDN14-205ENST00000399139 1231 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
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CHD3Q12873 MYL6-209ENST00000548293 753 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.07■□□□□ 0
CHD3Q12873 AP005233.2-201ENST00000561588 372 ntTSL 3 BASIC15.07■□□□□ 0
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CHD3Q12873 ECSIT-207ENST00000588998 818 ntTSL 3 BASIC15.07■□□□□ 0
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CHD3Q12873 GATB-213ENST00000515812 1893 ntTSL 5 BASIC15.07■□□□□ 0
CHD3Q12873 WBP2-219ENST00000626827 1867 ntTSL 5 BASIC15.07■□□□□ 0
CHD3Q12873 RBM17-201ENST00000379888 2755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
CHD3Q12873 UBXN6-202ENST00000394765 1809 ntTSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
CHD3Q12873 ETFBKMT-202ENST00000395763 2055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
CHD3Q12873 FERMT2-204ENST00000399304 2082 ntTSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
CHD3Q12873 AQP5-201ENST00000293599 1450 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
CHD3Q12873 AC011270.2-201ENST00000624293 2550 ntBASIC15.06■□□□□ 0
CHD3Q12873 KSR1-201ENST00000268763 2806 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.06■□□□□ 0
CHD3Q12873 MOAP1-201ENST00000298894 2441 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
CHD3Q12873 HNRNPDL-210ENST00000630827 1318 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.06■□□□□ 0
CHD3Q12873 TBXA2R-204ENST00000589966 1814 ntTSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
CHD3Q12873 ZNF517-201ENST00000359971 2335 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC15.06■□□□□ 0
CHD3Q12873 AMIGO2-202ENST00000429635 3058 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
CHD3Q12873 LINC01705-201ENST00000438158 562 ntTSL 2 BASIC15.06■□□□□ 0
CHD3Q12873 URGCP-206ENST00000446958 365 ntTSL 2 BASIC15.06■□□□□ 0
CHD3Q12873 SCARNA2-201ENST00000458748 420 ntBASIC15.06■□□□□ 0
CHD3Q12873 CTDNEP1-207ENST00000572043 857 ntTSL 3 BASIC15.06■□□□□ 0
CHD3Q12873 PRKN-208ENST00000610470 531 ntTSL 2 BASIC15.06■□□□□ 0
CHD3Q12873 PRKN-209ENST00000612485 225 ntTSL 5 BASIC15.06■□□□□ 0
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CHD3Q12873 ANKMY2-206ENST00000628652 1270 ntTSL 5 BASIC15.06■□□□□ 0
CHD3Q12873 TRIM50-201ENST00000333149 2047 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
CHD3Q12873 ZNF397-204ENST00000585800 2046 ntTSL 5 BASIC15.06■□□□□ 0
CHD3Q12873 PRRT2-216ENST00000637403 2033 ntTSL 5 BASIC15.06■□□□□ 0
CHD3Q12873 HDAC10-202ENST00000349505 1950 ntTSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
CHD3Q12873 C16orf45-201ENST00000300006 2404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
CHD3Q12873 RABL2A-204ENST00000393167 2179 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
CHD3Q12873 AC090206.1-201ENST00000615734 1678 ntTSL 5 BASIC15.06■□□□□ 0
CHD3Q12873 MYZAP-201ENST00000267853 2361 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
CHD3Q12873 GFY-201ENST00000576655 1876 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.06■□□□□ 0
CHD3Q12873 TRMT6-201ENST00000203001 2327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
CHD3Q12873 AC005329.3-201ENST00000626781 1366 ntTSL 5 BASIC15.06■□□□□ 0
CHD3Q12873 INPP5A-203ENST00000368594 2967 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
CHD3Q12873 GGT2-202ENST00000405188 1845 ntTSL 5 BASIC15.06■□□□□ 0
CHD3Q12873 C11orf80-203ENST00000525449 1821 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
CHD3Q12873 UQCC3-202ENST00000531323 2288 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.06■□□□□ 0
CHD3Q12873 DMAP1-201ENST00000315913 1552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
CHD3Q12873 MFGE8-202ENST00000268151 1752 ntTSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
CHD3Q12873 NSUN5P2-201ENST00000388955 1789 ntTSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
CHD3Q12873 MARK2-207ENST00000502399 2885 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.06■□□□□ 0
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