Protein–RNA interactions for Protein: P39880

CUX1, Homeobox protein cut-like 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,505 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CUX1P39880 PCBP4-210ENST00000471622 1784 ntTSL 5 BASIC29.07■■■□□ 2.24
CUX1P39880 CXXC1-212ENST00000589940 2242 ntTSL 1 (best) BASIC29.07■■■□□ 2.24
CUX1P39880 KDM4B-202ENST00000381759 3058 ntTSL 1 (best) BASIC29.07■■■□□ 2.24
CUX1P39880 AC073283.1-201ENST00000421759 860 ntTSL 3 BASIC29.07■■■□□ 2.24
CUX1P39880 ST7-OT4-203ENST00000466018 894 ntTSL 5 BASIC29.07■■■□□ 2.24
CUX1P39880 AC005225.4-201ENST00000557330 545 ntBASIC29.07■■■□□ 2.24
CUX1P39880 ELN-202ENST00000320399 2274 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.07■■■□□ 2.24
CUX1P39880 ISYNA1-202ENST00000457269 1703 ntTSL 2 BASIC29.07■■■□□ 2.24
CUX1P39880 SFN-201ENST00000339276 1320 ntAPPRIS P1 BASIC29.07■■■□□ 2.24
CUX1P39880 TRIP6-209ENST00000619988 1303 ntTSL 1 (best) BASIC29.07■■■□□ 2.24
CUX1P39880 LIN28B-AS1-203ENST00000636682 1797 ntTSL 3 BASIC29.07■■■□□ 2.24
CUX1P39880 AC087457.1-201ENST00000503496 2727 ntTSL 2 BASIC29.07■■■□□ 2.24
CUX1P39880 ATP6V1D-201ENST00000216442 1845 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.06■■■□□ 2.24
CUX1P39880 DBN1-201ENST00000292385 3072 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC29.06■■■□□ 2.24
CUX1P39880 RUNX3-202ENST00000338888 2629 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.06■■■□□ 2.24
CUX1P39880 OCIAD1-213ENST00000508293 1423 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.06■■■□□ 2.24
CUX1P39880 CD8B-201ENST00000331469 832 ntTSL 1 (best) BASIC29.06■■■□□ 2.24
CUX1P39880 METTL26-204ENST00000397665 558 ntTSL 2 BASIC29.06■■■□□ 2.24
CUX1P39880 LINC00351-201ENST00000424926 911 ntTSL 3 BASIC29.06■■■□□ 2.24
CUX1P39880 AC125807.1-201ENST00000483097 614 ntBASIC29.06■■■□□ 2.24
CUX1P39880 RNA5SP421-201ENST00000516864 134 ntBASIC29.06■■■□□ 2.24
CUX1P39880 SMCO4-204ENST00000527149 472 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.06■■■□□ 2.24
CUX1P39880 RBP1-207ENST00000619087 516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.06■■■□□ 2.24
CUX1P39880 GOLGA2-215ENST00000639983 1038 ntTSL 1 (best) BASIC29.06■■■□□ 2.24
CUX1P39880 USP49-202ENST00000373010 2446 ntTSL 5 BASIC29.06■■■□□ 2.24
CUX1P39880 HOXA11-201ENST00000006015 2295 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.06■■■□□ 2.24
CUX1P39880 MYO19-225ENST00000621344 1640 ntTSL 2 BASIC29.06■■■□□ 2.24
CUX1P39880 FAM57B-201ENST00000279389 1481 ntTSL 1 (best) BASIC29.06■■■□□ 2.24
CUX1P39880 PSMD6-210ENST00000492933 1495 ntTSL 1 (best) BASIC29.06■■■□□ 2.24
CUX1P39880 TUBB3P1-201ENST00000405796 1332 ntBASIC29.06■■■□□ 2.24
CUX1P39880 ELL-203ENST00000596124 1852 ntTSL 1 (best) BASIC29.06■■■□□ 2.24
CUX1P39880 OSBPL9-222ENST00000531828 2210 ntTSL 5 BASIC29.06■■■□□ 2.24
CUX1P39880 FO538757.1-201ENST00000623083 1397 ntBASIC29.06■■■□□ 2.24
CUX1P39880 P3H4-201ENST00000355468 2791 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC29.06■■■□□ 2.24
CUX1P39880 SSBP3-216ENST00000610401 3168 ntTSL 5 BASIC29.06■■■□□ 2.24
CUX1P39880 PGM1-205ENST00000540265 2345 ntTSL 2 BASIC29.05■■■□□ 2.24
CUX1P39880 FLG-AS1-204ENST00000420707 906 ntTSL 5 BASIC29.05■■■□□ 2.24
CUX1P39880 TREML5P-201ENST00000421694 576 ntBASIC29.05■■■□□ 2.24
CUX1P39880 AC019103.1-201ENST00000503095 272 ntTSL 3 BASIC29.05■■■□□ 2.24
CUX1P39880 AL391335.1-201ENST00000504583 535 ntTSL 4 BASIC29.05■■■□□ 2.24
CUX1P39880 CD7-202ENST00000578509 925 ntTSL 3 BASIC29.05■■■□□ 2.24
CUX1P39880 HIST1H3D-202ENST00000635200 948 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC29.05■■■□□ 2.24
CUX1P39880 DUOXA1-202ENST00000430224 1317 ntTSL 1 (best) BASIC29.05■■■□□ 2.24
CUX1P39880 LGMN-211ENST00000555699 1728 ntTSL 5 BASIC29.05■■■□□ 2.24
CUX1P39880 TTC22-201ENST00000371274 2149 ntTSL 2 BASIC29.05■■■□□ 2.24
CUX1P39880 PRPF31-202ENST00000391755 1767 ntTSL 5 BASIC29.05■■■□□ 2.24
CUX1P39880 KCNH1-210ENST00000640044 1818 ntTSL 1 (best) BASIC29.05■■■□□ 2.24
CUX1P39880 CD81-202ENST00000381036 880 ntTSL 3 BASIC29.04■■■□□ 2.24
CUX1P39880 AC107890.1-201ENST00000422478 521 ntBASIC29.04■■■□□ 2.24
CUX1P39880 AC016735.2-201ENST00000438736 569 ntTSL 4 BASIC29.04■■■□□ 2.24
CUX1P39880 LINC01225-203ENST00000563550 1244 ntBASIC29.04■■■□□ 2.24
CUX1P39880 COX20-203ENST00000411948 2631 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.04■■■□□ 2.24
CUX1P39880 SPPL2C-201ENST00000329196 2238 ntAPPRIS P1 BASIC29.04■■■□□ 2.24
CUX1P39880 TREX2-201ENST00000330912 2262 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.04■■■□□ 2.24
CUX1P39880 DTNB-209ENST00000407038 2294 ntTSL 1 (best) BASIC29.04■■■□□ 2.24
CUX1P39880 PIANP-201ENST00000320591 2323 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.04■■■□□ 2.24
CUX1P39880 APOA5-201ENST00000227665 1897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.04■■■□□ 2.24
CUX1P39880 ADCY1-202ENST00000432715 1693 ntTSL 2 BASIC29.04■■■□□ 2.24
CUX1P39880 GABARAPL1-201ENST00000266458 1957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.04■■■□□ 2.24
CUX1P39880 DMRT2-201ENST00000259622 2459 ntTSL 2 BASIC29.04■■■□□ 2.24
CUX1P39880 SMARCD2-203ENST00000448276 2716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.04■■■□□ 2.24
CUX1P39880 MFSD2B-202ENST00000406420 1528 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC29.04■■■□□ 2.24
CUX1P39880 LST1-202ENST00000303757 604 ntTSL 1 (best) BASIC29.04■■■□□ 2.24
CUX1P39880 AC005034.1-201ENST00000426657 489 ntBASIC29.04■■■□□ 2.24
CUX1P39880 PLAC9P1-202ENST00000433290 400 ntTSL 2 BASIC29.04■■■□□ 2.24
CUX1P39880 AC244107.1-201ENST00000442033 332 ntBASIC29.04■■■□□ 2.24
CUX1P39880 CCDC159-201ENST00000458408 1062 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.04■■■□□ 2.24
CUX1P39880 LINC01089-211ENST00000543334 1282 ntTSL 4 BASIC29.04■■■□□ 2.24
CUX1P39880 DUSP6-204ENST00000547291 1074 ntTSL 2 BASIC29.04■■■□□ 2.24
CUX1P39880 AC140878.1-201ENST00000565277 250 ntBASIC29.04■■■□□ 2.24
CUX1P39880 GGT2-202ENST00000405188 1845 ntTSL 5 BASIC29.04■■■□□ 2.24
CUX1P39880 ILF3-217ENST00000589998 2622 ntTSL 2 BASIC29.04■■■□□ 2.24
CUX1P39880 CORO1A-208ENST00000565497 1348 ntTSL 5 BASIC29.04■■■□□ 2.24
CUX1P39880 HIRA-201ENST00000263208 4053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.03■■■□□ 2.24
CUX1P39880 MARVELD3-202ENST00000299952 2214 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC29.03■■■□□ 2.24
CUX1P39880 SCYL1-202ENST00000279270 1659 ntTSL 5 BASIC29.03■■■□□ 2.24
CUX1P39880 TMEM106C-203ENST00000449758 1414 ntTSL 2 BASIC29.03■■■□□ 2.24
CUX1P39880 STK4-201ENST00000372801 2038 ntTSL 2 BASIC29.03■■■□□ 2.24
CUX1P39880 BCS1L-212ENST00000439945 1483 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.03■■■□□ 2.24
CUX1P39880 SUSD4-208ENST00000494793 1833 ntTSL 5 BASIC29.03■■■□□ 2.24
CUX1P39880 IQSEC2-204ENST00000485377 835 ntTSL 1 (best) BASIC29.03■■■□□ 2.24
CUX1P39880 RPS3A-212ENST00000514682 985 ntTSL 5 BASIC29.03■■■□□ 2.24
CUX1P39880 FAM177A1-207ENST00000554052 540 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC29.03■■■□□ 2.24
CUX1P39880 AL583722.3-202ENST00000554954 486 ntTSL 4 BASIC29.03■■■□□ 2.24
CUX1P39880 AC104985.1-201ENST00000587528 507 ntTSL 3 BASIC29.03■■■□□ 2.24
CUX1P39880 SH3BP1-201ENST00000357436 2852 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.03■■■□□ 2.24
CUX1P39880 PLEKHB2-204ENST00000409158 2277 ntTSL 2 BASIC29.03■■■□□ 2.24
CUX1P39880 UMOD-203ENST00000396138 2399 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.03■■■□□ 2.24
CUX1P39880 MTERF2-201ENST00000240050 1790 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.02■■■□□ 2.24
CUX1P39880 SCHIP1-205ENST00000482804 1799 ntTSL 5 BASIC29.02■■■□□ 2.24
CUX1P39880 TSKS-201ENST00000246801 1883 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.02■■■□□ 2.24
CUX1P39880 PLTP-202ENST00000372420 1530 ntTSL 2 BASIC29.02■■■□□ 2.24
CUX1P39880 GGT2-201ENST00000401924 2366 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.02■■■□□ 2.24
CUX1P39880 MIR943-201ENST00000401286 94 ntBASIC29.02■■■□□ 2.24
CUX1P39880 FAM207CP-201ENST00000443486 507 ntBASIC29.02■■■□□ 2.24
CUX1P39880 TSPAN32-207ENST00000451520 1236 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC29.02■■■□□ 2.24
CUX1P39880 PMF1-BGLAP-204ENST00000567140 655 ntTSL 3 BASIC29.02■■■□□ 2.24
CUX1P39880 PGPEP1-209ENST00000604499 769 ntTSL 5 BASIC29.02■■■□□ 2.24
CUX1P39880 PRR5-201ENST00000006251 1767 ntTSL 2 BASIC29.02■■■□□ 2.24
CUX1P39880 PLA2G2F-201ENST00000375102 2723 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.02■■■□□ 2.24
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 59.8 ms