Protein–RNA interactions for Protein: Q8NEL0

CCDC54, Coiled-coil domain-containing protein 54, humanhuman

Predictions only

Length 328 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC54Q8NEL0 RCN2-203ENST00000394885 6347 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
CCDC54Q8NEL0 ZNF281-203ENST00000367353 3080 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
CCDC54Q8NEL0 FAM157B-201ENST00000446912 1795 ntTSL 2 BASIC15.36■□□□□ 0.05
CCDC54Q8NEL0 C8orf34-206ENST00000518698 2223 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC15.36■□□□□ 0.05
CCDC54Q8NEL0 FUS-201ENST00000254108 5119 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
CCDC54Q8NEL0 PTPN21-201ENST00000328736 6089 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
CCDC54Q8NEL0 SMIM25-203ENST00000425497 2010 ntTSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
CCDC54Q8NEL0 ABHD14B-203ENST00000395008 1818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
CCDC54Q8NEL0 NRG2-205ENST00000361474 3020 ntTSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
CCDC54Q8NEL0 DIABLO-204ENST00000413918 1859 ntTSL 2 BASIC15.35■□□□□ 0.05
CCDC54Q8NEL0 ATXN7-213ENST00000538065 6842 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
CCDC54Q8NEL0 TRIM8-201ENST00000302424 2831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
CCDC54Q8NEL0 AC133785.1-201ENST00000429282 2824 ntTSL 2 BASIC15.35■□□□□ 0.05
CCDC54Q8NEL0 COQ6-201ENST00000334571 2118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
CCDC54Q8NEL0 PAPOLB-201ENST00000404991 4262 ntAPPRIS P1 BASIC15.35■□□□□ 0.05
CCDC54Q8NEL0 VWA1-203ENST00000476993 4511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
CCDC54Q8NEL0 DDIT4L-201ENST00000273990 2604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
CCDC54Q8NEL0 FLOT2-202ENST00000394908 2618 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
CCDC54Q8NEL0 REXO1L11P-201ENST00000620964 1927 ntBASIC15.35■□□□□ 0.05
CCDC54Q8NEL0 SLIT1-204ENST00000371070 4564 ntTSL 5 BASIC15.35■□□□□ 0.05
CCDC54Q8NEL0 PRKX-201ENST00000262848 6031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
CCDC54Q8NEL0 LINC00937-205ENST00000538304 2157 ntTSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
CCDC54Q8NEL0 VANGL2-201ENST00000368061 5340 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.35■□□□□ 0.05
CCDC54Q8NEL0 PTCHD3-202ENST00000622555 1720 ntTSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
CCDC54Q8NEL0 PANX1-202ENST00000436171 2750 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
CCDC54Q8NEL0 SERPINB6-208ENST00000616722 2047 ntTSL 2 BASIC15.35■□□□□ 0.05
CCDC54Q8NEL0 SLC10A3-202ENST00000369649 1763 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
CCDC54Q8NEL0 POMZP3-201ENST00000275569 1259 ntTSL 2 BASIC15.35■□□□□ 0.05
CCDC54Q8NEL0 SSSCA1-201ENST00000309328 698 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
CCDC54Q8NEL0 IGHGP-201ENST00000390555 1178 ntBASIC15.35■□□□□ 0.05
CCDC54Q8NEL0 CD70-202ENST00000423145 881 ntTSL 2 BASIC15.35■□□□□ 0.05
CCDC54Q8NEL0 PDCD6-206ENST00000507528 1088 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
CCDC54Q8NEL0 PDCD6-207ENST00000509581 1156 ntTSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
CCDC54Q8NEL0 AC087623.2-201ENST00000528407 534 ntTSL 4 BASIC15.35■□□□□ 0.05
CCDC54Q8NEL0 NDUFS3-213ENST00000534716 1263 ntTSL 2 BASIC15.35■□□□□ 0.05
CCDC54Q8NEL0 MIR2117HG-201ENST00000588060 506 ntTSL 4 BASIC15.35■□□□□ 0.05
CCDC54Q8NEL0 C16orf74-203ENST00000602675 744 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
CCDC54Q8NEL0 PPP1R16B-202ENST00000373331 6106 ntTSL 5 BASIC15.35■□□□□ 0.05
CCDC54Q8NEL0 CMIP-201ENST00000398040 2825 ntTSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
CCDC54Q8NEL0 RTKN2-203ENST00000395260 2076 ntTSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
CCDC54Q8NEL0 RASSF8-AS1-202ENST00000500276 2610 ntTSL 2 BASIC15.35■□□□□ 0.05
CCDC54Q8NEL0 C9orf66-201ENST00000382387 2918 ntAPPRIS P1 BASIC15.35■□□□□ 0.05
CCDC54Q8NEL0 SYTL3-203ENST00000367081 2692 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.35■□□□□ 0.05
CCDC54Q8NEL0 SNX16-201ENST00000345957 1853 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
CCDC54Q8NEL0 FGFR4-202ENST00000393637 2418 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
CCDC54Q8NEL0 LAT-203ENST00000395456 1616 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
CCDC54Q8NEL0 HMGA1-201ENST00000311487 1920 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
CCDC54Q8NEL0 ZNF655-203ENST00000357864 1370 ntTSL 2 BASIC15.35■□□□□ 0.05
CCDC54Q8NEL0 EMD-202ENST00000369842 1379 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
CCDC54Q8NEL0 AGPAT2-201ENST00000371694 1391 ntTSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
CCDC54Q8NEL0 TSC2-202ENST00000350773 5532 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
CCDC54Q8NEL0 ATOH1-201ENST00000306011 2212 ntAPPRIS P1 BASIC15.35■□□□□ 0.05
CCDC54Q8NEL0 HFE2-201ENST00000336751 2234 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.35■□□□□ 0.05
CCDC54Q8NEL0 ZBED3-AS1-208ENST00000512001 1668 ntTSL 3 BASIC15.35■□□□□ 0.05
CCDC54Q8NEL0 HDAC5-201ENST00000225983 5326 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.35■□□□□ 0.05
CCDC54Q8NEL0 FAM129C-202ENST00000335393 2508 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
CCDC54Q8NEL0 UBAP1-203ENST00000379186 2524 ntTSL 5 BASIC15.35■□□□□ 0.05
CCDC54Q8NEL0 REPS1-208ENST00000450536 4537 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
CCDC54Q8NEL0 ARL5B-201ENST00000377275 7196 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
CCDC54Q8NEL0 SPATC1L-201ENST00000291672 2303 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.34■□□□□ 0.05
CCDC54Q8NEL0 SLC22A18-203ENST00000380574 1755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
CCDC54Q8NEL0 BFSP1-201ENST00000377868 2063 ntTSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
CCDC54Q8NEL0 CCDC120-206ENST00000603986 2379 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.34■□□□□ 0.05
CCDC54Q8NEL0 DISC1-209ENST00000439617 7059 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.34■□□□□ 0.05
CCDC54Q8NEL0 SHTN1-203ENST00000392901 2190 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.34■□□□□ 0.05
CCDC54Q8NEL0 USH1C-205ENST00000527020 2159 ntTSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
CCDC54Q8NEL0 TBX6-203ENST00000553607 2162 ntTSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
CCDC54Q8NEL0 DMRTA2-201ENST00000404795 3137 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.34■□□□□ 0.05
CCDC54Q8NEL0 GPR6-201ENST00000275169 1089 ntAPPRIS P1 BASIC15.34■□□□□ 0.05
CCDC54Q8NEL0 HOPX-201ENST00000317745 1129 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
CCDC54Q8NEL0 ATP6V0C-201ENST00000330398 1175 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
CCDC54Q8NEL0 GSTO2-201ENST00000338595 1179 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
CCDC54Q8NEL0 MIR662-201ENST00000384847 95 ntBASIC15.34■□□□□ 0.05
CCDC54Q8NEL0 AC096633.1-201ENST00000422446 749 ntBASIC15.34■□□□□ 0.05
CCDC54Q8NEL0 AL596275.1-201ENST00000423464 877 ntBASIC15.34■□□□□ 0.05
CCDC54Q8NEL0 HOMER2P1-201ENST00000455653 964 ntBASIC15.34■□□□□ 0.05
CCDC54Q8NEL0 AP003733.1-201ENST00000491725 852 ntBASIC15.34■□□□□ 0.05
CCDC54Q8NEL0 APBB3-216ENST00000511201 1014 ntTSL 5 BASIC15.34■□□□□ 0.05
CCDC54Q8NEL0 ZNF444P1-201ENST00000559497 298 ntBASIC15.34■□□□□ 0.05
CCDC54Q8NEL0 YPEL3-207ENST00000566134 761 ntTSL 5 BASIC15.34■□□□□ 0.05
CCDC54Q8NEL0 AL441883.1-201ENST00000566170 1045 ntBASIC15.34■□□□□ 0.05
CCDC54Q8NEL0 SPAG7-207ENST00000575142 1094 ntTSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
CCDC54Q8NEL0 UBA52-210ENST00000598780 668 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.34■□□□□ 0.05
CCDC54Q8NEL0 SPEG-225ENST00000617028 815 ntTSL 5 BASIC15.34■□□□□ 0.05
CCDC54Q8NEL0 DMKN-201ENST00000339686 1927 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
CCDC54Q8NEL0 OPN5-204ENST00000489301 1931 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.34■□□□□ 0.05
CCDC54Q8NEL0 FBXO33-201ENST00000298097 3853 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
CCDC54Q8NEL0 MOB3B-201ENST00000262244 6454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
CCDC54Q8NEL0 ACSS2-201ENST00000253382 2925 ntTSL 2 BASIC15.34■□□□□ 0.05
CCDC54Q8NEL0 WNT2-201ENST00000265441 2907 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
CCDC54Q8NEL0 SLBP-202ENST00000429429 1623 ntTSL 2 BASIC15.34■□□□□ 0.05
CCDC54Q8NEL0 PAX4-204ENST00000463946 1613 ntTSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
CCDC54Q8NEL0 PLA2G15-202ENST00000413021 1346 ntTSL 2 BASIC15.34■□□□□ 0.05
CCDC54Q8NEL0 GBX2-203ENST00000551105 1307 ntTSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
CCDC54Q8NEL0 AC097374.2-201ENST00000618617 1306 ntBASIC15.34■□□□□ 0.05
CCDC54Q8NEL0 RBBP7-203ENST00000380087 2333 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
CCDC54Q8NEL0 SUPT20H-202ENST00000356185 2681 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
CCDC54Q8NEL0 SEPT9-236ENST00000591088 1691 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.34■□□□□ 0.05
CCDC54Q8NEL0 SLC2A10-201ENST00000359271 4389 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
CCDC54Q8NEL0 ZNF385A-212ENST00000551109 2369 ntTSL 5 BASIC15.34■□□□□ 0.05
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 35.7 ms