Protein–RNA interactions for Protein: P28360

MSX1, Homeobox protein MSX-1, humanhuman

Predictions only

Length 303 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
MSX1P28360 NFIC-211ENST00000641145 8399 ntBASIC16.13■□□□□ 0.17
MSX1P28360 IFFO1-204ENST00000396840 2677 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.13■□□□□ 0.17
MSX1P28360 GCH1-207ENST00000622544 2923 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
MSX1P28360 SATB1-201ENST00000338745 7810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
MSX1P28360 SDR39U1-206ENST00000553930 1325 ntTSL 5 BASIC16.13■□□□□ 0.17
MSX1P28360 SRRM2-201ENST00000301740 9353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
MSX1P28360 HCK-210ENST00000629881 1969 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.13■□□□□ 0.17
MSX1P28360 CXorf58-201ENST00000379211 1752 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
MSX1P28360 TOM1L2-203ENST00000395739 1766 ntTSL 2 BASIC16.13■□□□□ 0.17
MSX1P28360 ITPK1-202ENST00000354313 2803 ntTSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
MSX1P28360 KMT5B-205ENST00000402789 1599 ntTSL 5 BASIC16.13■□□□□ 0.17
MSX1P28360 AC010460.3-201ENST00000511359 1579 ntBASIC16.13■□□□□ 0.17
MSX1P28360 PORCN-205ENST00000367574 1368 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
MSX1P28360 PORCN-214ENST00000537758 1371 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
MSX1P28360 PGR-201ENST00000263463 2496 ntTSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
MSX1P28360 CCDC115-201ENST00000259229 1646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
MSX1P28360 ADM-208ENST00000534464 1640 ntTSL 2 BASIC16.12■□□□□ 0.17
MSX1P28360 CRTC3-208ENST00000560098 1421 ntTSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
MSX1P28360 OPRK1-205ENST00000612786 5196 ntTSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
MSX1P28360 HNF1A-202ENST00000400024 2337 ntTSL 2 BASIC16.12■□□□□ 0.17
MSX1P28360 STRN3-202ENST00000357479 2799 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.12■□□□□ 0.17
MSX1P28360 KCNC4-203ENST00000413138 3018 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.12■□□□□ 0.17
MSX1P28360 ZNF302-206ENST00000505242 2849 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
MSX1P28360 ALAS2-203ENST00000396198 1936 ntTSL 5 BASIC16.12■□□□□ 0.17
MSX1P28360 AAED1-201ENST00000375234 2863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
MSX1P28360 LRRC27-214ENST00000625755 1738 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
MSX1P28360 PRMT2-201ENST00000291705 1011 ntTSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
MSX1P28360 GUCA2A-201ENST00000357001 569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
MSX1P28360 NUS1P2-201ENST00000417358 873 ntBASIC16.12■□□□□ 0.17
MSX1P28360 AL590627.1-203ENST00000421194 1026 ntBASIC16.12■□□□□ 0.17
MSX1P28360 UBXN10-AS1-201ENST00000442226 510 ntTSL 2 BASIC16.12■□□□□ 0.17
MSX1P28360 PPIE-208ENST00000470213 927 ntTSL 3 BASIC16.12■□□□□ 0.17
MSX1P28360 MIR130B-201ENST00000498589 1093 ntTSL 5 BASIC16.12■□□□□ 0.17
MSX1P28360 TRAF3IP2-AS1-208ENST00000525151 609 ntTSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
MSX1P28360 AC005944.1-201ENST00000592758 564 ntTSL 3 BASIC16.12■□□□□ 0.17
MSX1P28360 AC011455.1-201ENST00000593830 504 ntTSL 3 BASIC16.12■□□□□ 0.17
MSX1P28360 BNIP3P18-201ENST00000593976 575 ntBASIC16.12■□□□□ 0.17
MSX1P28360 HYAL1-203ENST00000395143 1522 ntTSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
MSX1P28360 NSUN5P2-205ENST00000602348 1776 ntTSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
MSX1P28360 SCARB2-223ENST00000640640 4608 ntTSL 5 BASIC16.12■□□□□ 0.17
MSX1P28360 CEP120-201ENST00000306467 4900 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.12■□□□□ 0.17
MSX1P28360 SLC35F3-201ENST00000366617 2762 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
MSX1P28360 CACNA1H-206ENST00000565831 7815 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
MSX1P28360 SEC22C-202ENST00000273156 1608 ntTSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
MSX1P28360 CTSA-204ENST00000372484 2149 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
MSX1P28360 SLBP-202ENST00000429429 1623 ntTSL 2 BASIC16.12■□□□□ 0.17
MSX1P28360 VAV2-203ENST00000406606 4691 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
MSX1P28360 FAM208B-201ENST00000328090 8626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
MSX1P28360 FBXW11-202ENST00000296933 4539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
MSX1P28360 SMN1-204ENST00000506163 1445 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
MSX1P28360 PCDHA1-202ENST00000394633 2204 ntTSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
MSX1P28360 WDR25-202ENST00000402312 1969 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.11■□□□□ 0.17
MSX1P28360 CYP2D6-204ENST00000389970 1714 ntTSL 5 BASIC16.11■□□□□ 0.17
MSX1P28360 PHRF1-202ENST00000413872 5224 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
MSX1P28360 AC007613.1-201ENST00000572811 2597 ntBASIC16.11■□□□□ 0.17
MSX1P28360 HS3ST2-201ENST00000261374 2314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
MSX1P28360 MINDY2-202ENST00000450403 4820 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
MSX1P28360 CGRRF1-201ENST00000216420 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
MSX1P28360 AL445238.1-203ENST00000606050 1525 ntTSL 2 BASIC16.11■□□□□ 0.17
MSX1P28360 SPIRE2-201ENST00000378247 3235 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
MSX1P28360 GGT2-202ENST00000405188 1845 ntTSL 5 BASIC16.11■□□□□ 0.17
MSX1P28360 RNASEH2A-201ENST00000221486 1165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
MSX1P28360 NDUFB9-201ENST00000276689 711 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
MSX1P28360 RWDD3-202ENST00000370202 1235 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.11■□□□□ 0.17
MSX1P28360 LSM5-204ENST00000409909 740 ntTSL 2 BASIC16.11■□□□□ 0.17
MSX1P28360 AC005104.2-201ENST00000427818 678 ntBASIC16.11■□□□□ 0.17
MSX1P28360 AC096582.2-201ENST00000510860 516 ntBASIC16.11■□□□□ 0.17
MSX1P28360 NDUFB9-204ENST00000518008 789 ntTSL 2 BASIC16.11■□□□□ 0.17
MSX1P28360 SHBG-211ENST00000574539 938 ntTSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
MSX1P28360 IGHV3OR16-7-201ENST00000604106 360 ntBASIC16.11■□□□□ 0.17
MSX1P28360 AC114341.1-201ENST00000618070 349 ntBASIC16.11■□□□□ 0.17
MSX1P28360 MAPT-205ENST00000351559 5811 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
MSX1P28360 THEG-201ENST00000342640 1877 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
MSX1P28360 GNE-204ENST00000539208 2190 ntTSL 2 BASIC16.11■□□□□ 0.17
MSX1P28360 MB21D2-201ENST00000392452 3368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
MSX1P28360 PKP3-201ENST00000331563 2809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
MSX1P28360 PXK-206ENST00000463280 2825 ntTSL 2 BASIC16.11■□□□□ 0.17
MSX1P28360 HAPLN4-201ENST00000291481 3449 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
MSX1P28360 LRCH2-201ENST00000317135 4929 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
MSX1P28360 KIZ-211ENST00000619574 1971 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.11■□□□□ 0.17
MSX1P28360 ZNF419-205ENST00000424930 2323 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
MSX1P28360 ZNF346-208ENST00000511834 2306 ntTSL 5 BASIC16.11■□□□□ 0.17
MSX1P28360 GINS4-206ENST00000520710 2022 ntTSL 2 BASIC16.11■□□□□ 0.17
MSX1P28360 UBE2Q2-208ENST00000569423 2969 ntTSL 2 BASIC16.11■□□□□ 0.17
MSX1P28360 SRPX-202ENST00000432886 1725 ntTSL 2 BASIC16.11■□□□□ 0.17
MSX1P28360 PITPNM2-209ENST00000546049 1793 ntTSL 5 BASIC16.1■□□□□ 0.17
MSX1P28360 SENP5-201ENST00000323460 6308 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
MSX1P28360 TPSD1-201ENST00000211076 1499 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
MSX1P28360 PEX16-201ENST00000241041 1479 ntTSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
MSX1P28360 ECE2-201ENST00000324557 1823 ntTSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
MSX1P28360 MARK2-209ENST00000509502 2862 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.1■□□□□ 0.17
MSX1P28360 LUC7L-204ENST00000397783 1504 ntTSL 2 BASIC16.1■□□□□ 0.17
MSX1P28360 FMR1-205ENST00000370475 4308 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
MSX1P28360 COLEC11-206ENST00000403096 1557 ntTSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
MSX1P28360 CHPF-201ENST00000243776 3013 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
MSX1P28360 ZBTB4-202ENST00000380599 5866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
MSX1P28360 CDCP2-202ENST00000530059 1623 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.1■□□□□ 0.17
MSX1P28360 NXPH2-201ENST00000272641 1052 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
MSX1P28360 SLC9A3R1-202ENST00000413388 1285 ntTSL 2 BASIC16.1■□□□□ 0.17
MSX1P28360 SATB1-AS1-201ENST00000414198 737 ntTSL 2 BASIC16.1■□□□□ 0.17
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 28.5 ms