Protein–RNA interactions for Protein: P18858

LIG1, DNA ligase 1, humanhuman

Predictions only

Length 919 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIG1P18858 NBL1-210ENST00000615215 2160 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.27■□□□□ 0.83
LIG1P18858 ARHGAP35-201ENST00000404338 8889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.27■□□□□ 0.83
LIG1P18858 SLC22A18-203ENST00000380574 1755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.26■□□□□ 0.83
LIG1P18858 FAM157B-201ENST00000446912 1795 ntTSL 2 BASIC20.26■□□□□ 0.83
LIG1P18858 LINC00905-202ENST00000588117 1768 ntTSL 1 (best) BASIC20.26■□□□□ 0.83
LIG1P18858 HFE2-201ENST00000336751 2234 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.26■□□□□ 0.83
LIG1P18858 EXOSC5-201ENST00000221233 1118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.26■□□□□ 0.83
LIG1P18858 TYMSOS-201ENST00000323813 844 ntTSL 1 (best) BASIC20.26■□□□□ 0.83
LIG1P18858 MRPL24-202ENST00000368211 883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.26■□□□□ 0.83
LIG1P18858 CRELD2-204ENST00000407217 1230 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.26■□□□□ 0.83
LIG1P18858 ISOC2-202ENST00000425675 998 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.26■□□□□ 0.83
LIG1P18858 DAP-202ENST00000432074 1048 ntTSL 2 BASIC20.26■□□□□ 0.83
LIG1P18858 PVRIG2P-201ENST00000435460 978 ntBASIC20.26■□□□□ 0.83
LIG1P18858 NT5C2-211ENST00000470299 249 ntTSL 5 BASIC20.26■□□□□ 0.83
LIG1P18858 AC116353.4-201ENST00000507279 576 ntTSL 4 BASIC20.26■□□□□ 0.83
LIG1P18858 ASF1B-205ENST00000592798 769 ntTSL 2 BASIC20.26■□□□□ 0.83
LIG1P18858 NDUFV2-AS1-203ENST00000608008 779 ntBASIC20.26■□□□□ 0.83
LIG1P18858 LINC01451-201ENST00000623792 534 ntBASIC20.26■□□□□ 0.83
LIG1P18858 ACP2-206ENST00000529444 1719 ntTSL 2 BASIC20.26■□□□□ 0.83
LIG1P18858 ZNF133-205ENST00000401790 2642 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.26■□□□□ 0.83
LIG1P18858 ZNF133-206ENST00000402618 2622 ntTSL 2 BASIC20.26■□□□□ 0.83
LIG1P18858 SPRYD7-202ENST00000378195 3086 ntTSL 2 BASIC20.26■□□□□ 0.83
LIG1P18858 FIGNL2-202ENST00000618634 4812 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.26■□□□□ 0.83
LIG1P18858 FAM181B-201ENST00000329203 3924 ntAPPRIS P1 BASIC20.26■□□□□ 0.83
LIG1P18858 FOXD4L4-201ENST00000377413 2230 ntAPPRIS P1 BASIC20.26■□□□□ 0.83
LIG1P18858 ZACN-201ENST00000334586 1335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.26■□□□□ 0.83
LIG1P18858 AKIRIN1-201ENST00000372984 1330 ntTSL 2 BASIC20.26■□□□□ 0.83
LIG1P18858 FKBP3-201ENST00000216330 1684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.26■□□□□ 0.83
LIG1P18858 THEM4-201ENST00000368814 2377 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.26■□□□□ 0.83
LIG1P18858 VAC14-201ENST00000261776 3099 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.25■□□□□ 0.83
LIG1P18858 AC106886.4-201ENST00000623557 2502 ntBASIC20.25■□□□□ 0.83
LIG1P18858 STARD4-203ENST00000502322 1467 ntTSL 1 (best) BASIC20.25■□□□□ 0.83
LIG1P18858 RIC8B-203ENST00000392839 2440 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.25■□□□□ 0.83
LIG1P18858 RHNO1-209ENST00000618250 2070 ntAPPRIS P3 TSL 4 BASIC20.25■□□□□ 0.83
LIG1P18858 NOL3-201ENST00000268605 1394 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC20.25■□□□□ 0.83
LIG1P18858 IER3-202ENST00000376377 1350 ntBASIC20.25■□□□□ 0.83
LIG1P18858 OGG1-206ENST00000349503 1950 ntTSL 5 BASIC20.25■□□□□ 0.83
LIG1P18858 LAT-203ENST00000395456 1616 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.25■□□□□ 0.83
LIG1P18858 RHBDF1-201ENST00000262316 2992 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.25■□□□□ 0.83
LIG1P18858 ISCA1-202ENST00000326094 1264 ntTSL 3 BASIC20.25■□□□□ 0.83
LIG1P18858 FXN-203ENST00000396366 922 ntTSL 2 BASIC20.25■□□□□ 0.83
LIG1P18858 SPDYE13P-201ENST00000445314 798 ntBASIC20.25■□□□□ 0.83
LIG1P18858 PDZD7-203ENST00000470414 1057 ntTSL 2 BASIC20.25■□□□□ 0.83
LIG1P18858 LY6E-213ENST00000522528 606 ntTSL 3 BASIC20.25■□□□□ 0.83
LIG1P18858 EEF1D-243ENST00000532400 419 ntTSL 3 BASIC20.25■□□□□ 0.83
LIG1P18858 AP000777.3-201ENST00000538705 491 ntTSL 3 BASIC20.25■□□□□ 0.83
LIG1P18858 GFOD2-207ENST00000602855 819 ntTSL 3 BASIC20.25■□□□□ 0.83
LIG1P18858 ROCK2-209ENST00000616279 6401 ntTSL 1 (best) BASIC20.25■□□□□ 0.83
LIG1P18858 TTC13-202ENST00000366662 3112 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.25■□□□□ 0.83
LIG1P18858 RAI1-201ENST00000353383 7662 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.25■□□□□ 0.83
LIG1P18858 CDC73-201ENST00000367435 4969 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.25■□□□□ 0.83
LIG1P18858 CD209-210ENST00000601951 1439 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.25■□□□□ 0.83
LIG1P18858 LSP1-201ENST00000311604 1699 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.25■□□□□ 0.83
LIG1P18858 MIOX-202ENST00000395732 1658 ntTSL 1 (best) BASIC20.25■□□□□ 0.83
LIG1P18858 C14orf28-201ENST00000325192 2915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.25■□□□□ 0.83
LIG1P18858 USP2-202ENST00000455332 2903 ntTSL 1 (best) BASIC20.25■□□□□ 0.83
LIG1P18858 PTPRA-205ENST00000399903 3337 ntTSL 5 BASIC20.25■□□□□ 0.83
LIG1P18858 OSBP2-211ENST00000446658 2836 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.25■□□□□ 0.83
LIG1P18858 TSC22D1-AS1-201ENST00000616360 2845 ntTSL 1 (best) BASIC20.25■□□□□ 0.83
LIG1P18858 ABHD14B-203ENST00000395008 1818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.25■□□□□ 0.83
LIG1P18858 KLHDC7B-201ENST00000395676 2991 ntAPPRIS P1 BASIC20.25■□□□□ 0.83
LIG1P18858 GGN-201ENST00000334928 2239 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.25■□□□□ 0.83
LIG1P18858 UBALD1-205ENST00000590891 2641 ntBASIC20.24■□□□□ 0.83
LIG1P18858 JHDM1D-AS1-201ENST00000566699 2380 ntBASIC20.24■□□□□ 0.83
LIG1P18858 CCDC63-202ENST00000545036 1887 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.24■□□□□ 0.83
LIG1P18858 CAPN15-201ENST00000219611 4744 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
LIG1P18858 KLHL24-201ENST00000242810 2345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
LIG1P18858 ABCG5-201ENST00000260645 2740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
LIG1P18858 GCGR-201ENST00000400723 2051 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
LIG1P18858 DAP3-214ENST00000471642 1671 ntTSL 5 BASIC20.24■□□□□ 0.83
LIG1P18858 MYD88-206ENST00000443433 914 ntTSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
LIG1P18858 MYD88-211ENST00000495303 976 ntTSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
LIG1P18858 AC132938.3-201ENST00000579095 357 ntTSL 2 BASIC20.24■□□□□ 0.83
LIG1P18858 CADM1-222ENST00000616271 1246 ntTSL 5 BASIC20.24■□□□□ 0.83
LIG1P18858 TBC1D9B-220ENST00000630103 303 ntTSL 5 BASIC20.24■□□□□ 0.83
LIG1P18858 SNED1-204ENST00000401884 4538 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.24■□□□□ 0.83
LIG1P18858 LTV1-201ENST00000367576 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
LIG1P18858 KCNK3-201ENST00000302909 6162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
LIG1P18858 AC074389.1-201ENST00000382528 1423 ntTSL 2 BASIC20.24■□□□□ 0.83
LIG1P18858 AP003717.1-202ENST00000537019 1412 ntTSL 5 BASIC20.24■□□□□ 0.83
LIG1P18858 DUOXA1-201ENST00000267803 1996 ntTSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
LIG1P18858 CDK8-201ENST00000381527 3055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
LIG1P18858 TBC1D2-202ENST00000375063 2100 ntTSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
LIG1P18858 SCAMP4-201ENST00000316097 2684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
LIG1P18858 PHF20L1-220ENST00000622263 3375 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.24■□□□□ 0.83
LIG1P18858 ARL6IP6-201ENST00000326446 2805 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
LIG1P18858 VPS37A-201ENST00000324849 4906 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
LIG1P18858 LINC00847-201ENST00000501855 1871 ntTSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
LIG1P18858 FBXO18-201ENST00000362091 3560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
LIG1P18858 LRP4-201ENST00000378623 8076 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
LIG1P18858 CCDC115-201ENST00000259229 1646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
LIG1P18858 TLE3-205ENST00000539550 2464 ntTSL 2 BASIC20.24■□□□□ 0.83
LIG1P18858 RAB15-203ENST00000533601 3515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
LIG1P18858 PCDH7-201ENST00000361762 6403 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
LIG1P18858 EMD-202ENST00000369842 1379 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
LIG1P18858 TMEM82-201ENST00000375782 1520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
LIG1P18858 CLDN15-202ENST00000401528 2131 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.23■□□□□ 0.83
LIG1P18858 NOMO2-211ENST00000621364 3921 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
LIG1P18858 CBL-204ENST00000634840 4813 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.23■□□□□ 0.83
LIG1P18858 GUCA1B-201ENST00000230361 1113 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 22.8 ms